Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

B3 > Gen-ekspression og teknikker (F13+F14) > Flashcards

Gen-ekspression og teknikker (F13+F14) Flashcards

1
Q

Hvad er gen-ekspression? hvorfor?

A
  • Alle celler indeholder hele genomet
  • hvilke gener, der udstrykkes, reguleres af transkriptionsfaktorer
  • fra genotype til fænotype
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Hvad er transkriptionsfaktorer?

A

kontrollorer genudtrykket ved at være aktivator eller repressor

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Hvad er specielt ved prokayoter?

A
  • ingen cellekerne
  • ingen introns
  • ingen histoner og nukleosomer
  • cirkulært DNA
  • transkription-translation kobling
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Hvordan udtrykkes gener i mRNA i prokaryoter?

A
  • flere gener er lokaliseret i operons med 1 fælles promoter
  • alle gener udtrykkes i et stort polycistronisk mRNA
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Hvordan reguleres gen-ekspression i prokaryoter?

A
  • negativ kontrol = repressor
  • positiv kontrol = aktivator
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Hvilke mekanismer er der i negativ kontrol?

A

Inducer
- repressor er bundet
- fjerner den = gen aktiv

Co-repressor
- repressor er ikke bundet
- sætter den på = gen inaktiv

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hvilke mekanismer er der i positiv kontrol?

A

inducer
- aktivator er ikke bundet
- sætter den på = gen aktivt

inhibitor
- aktivator er bundet
- fjerner den = gen inaktivt

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hvad er en sigmafaktor?

A
  • vejviser, som også binder RNA polymerasen
  • koordinerer flere operons
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

De vigtigeste niveauer af regulering af eukaryoter?

A
  • Selve DNA kromatin-modellering, DNA-methylering og andre typer
  • Transkription faktorer og mediator kontrol
  • Translation kontrol
  • mRNA levetid
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hvad er kromatin modellering?

A

modellering i eu- og heterokromatin.

HAT’s –> mere eu
- acetylerer histonhaler
- mindre positiv ladning
- løs pakning til negativ DNA

HDAC –> mere hetero
- deacetylere histonhaler
- mere positiv ladning
- tæt pakning til negativ DNA

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Hvad er DNA-methylering?

A

DNA methyltransferaser
- methylerer cystesin-rester
- sker ved CG’ør
- inaktivere gener

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Hvilke andre måder kan DNA reguleres? (hvilke gen regulationer)

A
  • rekombination = sammensætning af gen-regioner
  • Gen-translokation = stykke flyttes mellem 2 kromosomer
  • Gen-amplifikation = udvide gen med et stykke
  • Gen deletion = mangler et stykke
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvordan reguleres transkriptionen?

A
  • basale regulering (er nødvendig)
  • specifik regulering
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hvad er de basal regulering? hvor?

A

basal transkriptionskompleks
- RNA polymerase II
- generelle transkriptionsfaktorer (TF2)

hvor
- binder til TBP
- –> sidder på TATA-box
- –> sidder i core promotor region

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvad er specifik regulering? hvor?

A

specifikke transkriptionsfaktorer for genet
- aktivatorer (øger)
- repressorer (hæmmer)

hvor
- sidder opstrømsk i promoter
- enhancer- og silencerregioner

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad er mediatoren?

A
  • Sidder mellem basale og specifikke TF’er = loop dannes
  • er Co-aktivator og/eller co-repressor
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvordan kan transkriptionsfaktorene reguleres?

A
  • Hormoner og andre væsktfaktorer binder til receptorer
  • fosforylerings respons
  • regulation af TF
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad er en transkriptionel kaskade?

A
  • TF er aktivator for et produkt
  • dette produkt fungerer som ny aktivator for et andet gen
  • fortsætter sådan = amplificeret signal, som giver kaskade
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvordan kan pre-mRNA reguleres post-transkription?

A
  • alternativ splicing
  • RNA editing (ændring af base efter transkription)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hvordan reguleres translationen?

A
  • Initieringskomplekset kan reguleres med initieringsfaktorer
  • kontrol med miRNA og RNA interferens
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Eksempel på regulering af initieringsfaktor

A

i røde blodlegemer uden kerne:
hæm-reguleret inhibitor-kinase
- hæmmer fosforylering af eIF2
–> mere aktiv
–> mere translation

22
Q

Hvad er kontrol med miRNA? dannelse og funktion

A

dannelse
- miRNA koder ikke (eks. intron)
- kompleks med dicer
- guide strand fra miRNA binder til RISC

funktion
- finder target mRNA vha. RISC
- inducerer nedbrydning
- blokerer translation

23
Q

Hvad er RNA interferens?

A

kan slå et gen ned i kort eller lang periode

  • miRNA fra genom (kan ramme flere)
  • siRNA kommer udefra (er mere speficik)
24
Q

Hvordan reguleres mRNA levetid?

A
  • Poly(A)-hale: kort hale, fordi meget er nedbrudt = gammelt mRNA
  • specifikke proteiner kan binde og beskytte
25
Hvad er restriktionsenzymer? egenskaber
endonukleaser, som - er sekvensspecifikke (palindrome) - kan skærer forskudt = sticky ends - kan skærer lige = blunt ends
26
Hvad kan restriktionsenzymer bruges til?
at lave rekombinant DNA fra 2 forskellige organismer - samme enzym skærer stykker (sticky ends) fra hvert DNA - DNA ligase sætter dem sammen
27
Hvad betyder det at lave amplifikation af DNA sekvensen?
klone/ lave identiske kopier af DNA sekvensen
28
Hvilke teknikker anvendes til aplifikation af DNA sekvens?
- DNA kloning - PCR
29
Hvad er DNA kloning?
- restriktionsenzym danner rekombinant plasmid med gen vi vil have med. - sendes ind i bakteriecelle = mange kopier - men bliver resistent for noget antibiotika (så det fjernes)
30
Hvad er PCR
Polymerase chain reaction - denatunering - annealing - elongering
31
Hvad er denatunering i PCR?
adskille DNA strengene ved opvarmning til 90-95 grader
32
Hvad er annealing af PCR?
- sænke temperatur til 50-60 grader - overflod af primere sætter sig på DNA som den nye strengs 5'-ende
33
Hvad ellongering af PCR?
- hæve temperatur igen til 65-72 grader - taq-polymerase (DNA) som er varmestabil begynder syntesen mod genets 3' ende
34
Kan man lave PCR analyse af RNA?
ja, men det skal først laves om til DNA ved reverse transkriptase = cDNA
35
Hvordan kan man identificere DNA-sekvenser?
med prober - lille stykke DNA - mærket eller farvet - hybridisere og binder specifikt til det vi vil se.
36
Hvad er DNA micro-arrays?
glasplade hvor der kan identificeres DNAs tilstedeværelse i celler - probe viser specifikt DNA i bestemt farve - man kan sammeligne f.eks. normale celler og kræft celler ved at give flere DNA sekvenser forskellige farve prober
37
Hvad er in situ hybridisering?
kan lokalisere specifikt DNA og RNA i biologiske strukturer (direkte hvor de er)
38
Hvad er gel elektroferase?
seperation af DNA i stykker - tilsætter DNA i brønd - strøm til så det vil vandre mod positiv pol - gelen er et net = små stykker når længst - probe mærker DNA = bånd kommer frem
39
Hvad er gelen lavet af? funktion?
- Agarose gel = adskille store stykker DNA, eks. PCR fragmenter - Polyacrylamid = adskille enkelte nukleotider
40
Hvad er DNA sekventering? teknik til at gøre det?
- kortglægge rækkefølgen af baser teknikker - sanger-sekventering - next generation sequencing
41
Hvad skal bruges til Sanger sekventering?
- RNA polymerase + NTP = primer - DNA polymerase + dNTP = syntetisere sekvens - andre enzymer til DNA syntese (ligase og RNAase H) - ddNTP for at stoppe syntesen
42
Hvad er ddNTP? funktion?
- nukleotid, hvor både C2 og C3 kun er bundet til et H - terminere syntese
43
Hvordan kan ddNTP bruges til at sekventere?
- Hver ddNTP er jo en af baserne = syntesen stopper ved netop den base - ved at bruge gelelektroferase - 1 type ddNTP puttes i hver brønd = giver bånd ud fra hvor netop den type base er i længden. - længst fra brønd = kortest = tættest på primer (5'-ende)
44
Hvorfor er det smart at bruge PCR?
- hurtig og sensitiv - kan analysere mange prøve ad gangen - kræver meget lille startmateriale
45
Hvad er polymorfismer?
hyppige DNA-sekvens-variationer i en population (ofte ikke sygdom)
46
Hvad er genterapi?
gen editing med CRIPSR/CAS9 - primitiv immunsystem - CAS9 protein og sgRNA (single guide) genkender sekvenser - klipper hele DNA over og laver reperation
47
Hvilke typer gen editing er der? (reperation)
- homolog: gen korrigeres med donor nukleotid - non-homolog: gen knock-out uden nukleotid (aflæsning fuckes up)
48
Hvordan kan man undersøge proteiner?
- proteomics / 2D gelelektroforase = seperation efter størrelse med flourescent - mass spectrometry
49
Hvad er mass spectrometry?
protein fra gel eller biopsi - adskilles i peptider - peptidsekvens og masse undersøges i mass spectrometer = bestemme protein
50
Hvad er NGS?
Next generation sequencing - DNA fragmenter får adaptor så de binder til flowchart - DNA bøjer + primere aplificere DNA fragment + dissociation = stor cluster. - aplifikation sker med dNTP'er, hvor hver base er flourescent til at vise forskellige farver - sekventering. Rækkefølge synliggøres med flourescenterne 1 ad gangen.

B3 (14 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2025 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions