Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

Proteinkemi og enzymologi I > F5 - Strukturbestemmelse og -analyse > Flashcards

F5 - Strukturbestemmelse og -analyse Flashcards

1
Q

Ved hvilken bølgelængde absorbere aromatiske aminosyre?

A

~280 nm (pH 6)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Lambert-Beers lov

A

A = log(I_0/I) = epsilon x c x l

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Bølgelængden på synligt lys

A

400 - 700 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Bølgelængden på röngtenstråler

A

0,07 - 0,15 nm (0,7 - 1,5 Å)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Ved hvilken type frekvens foregår NMR spektroskopi?

A

Ved radiobølge frekvens (

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

En peptidbindings stærkeste absorbans

A

190 nm (svagere absorption v. 210-220 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Ved hvilken bølgelængde absorbere Phe præcist ved?

A

257 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Ved hvilken bølgelængde absorbere Tyr præcist ved?

A

274 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Ved hvilken bølgelængde absorbere Trp præcist ved?

A

296 nm

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Er det bedst at bestemme koncentrationen af et protein ved høj koncentration eller lav?

A

Bedst at bestemme i det lineære område, (lav-mellem), da der vil ske en skærmning ved højere koncentrationer (molekyler blokere for hinanden).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Jo længere bølgelængde, jo …. energi?

A

…, jo lavere energi.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Jo kortere bølgelængde, jo …. energi?

A

…, jo højere energi.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hvilke aminosyre arbejder man oftest med (fluroforer) i proteiner?

A

Oftest Tyr og Trp

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Flurocerer en peptidbinding?

A

Nej, en peptidbinding flurocerer ikke.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hvilken aminosyre vil FRET være domineret af?

A

Trp-profil

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hvad er en fluorofor?

A

Fluorofor er et stof som udviser luminiscens i form af fluorescens dvs. afgiver synligt lys ved påvirkning med elektroner, ultraviolet lys eller kortbølget synligt lys.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Hvilket carbon-atom er chiralt i en aminosyre?

A

C_alpha atomet

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hvad er enheden for NMR signaler?

A

ppm (parts per million)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hvad vil det sige at tilordne efter man har fået NMR spektrum ud?

A

At man tilordner signalerne fra protonerne (H) til diverse aminosyre f.eks. H_alpha i Ser12.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hvilket spin har højest energi i NMR? Parallelt eller anti-parallelt?

A

Anti-parallelt har den højeste energi og vil henfalde til parallelt efter et stykke tid.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Hvad afspejler det kemiske skift?

A

Det kemiske miljø omkring kernen i protonen (H).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Måler man på absorption eller emission i NMR?

A

Man måler på den energi en kerne absorbere fra radiobølgerne, når kernens kernespin går fra parallelt til anti-parallelt.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

To dimensionelt NMR-spektrum bruges til?

A

Måling af afstands afhængigheden af kerne spin ift. nærliggende atomer i rummet (NOE, Nuclear Overhauser Effect).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hvilken information giver NOE signaler?

A

Information om afstanden imellem individuelle atomer i et protein.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
25
Q

HVad er afstandsbegrænsningen på et cross peak i et NOE?

A

Enhver cross peak svarer til er par af hydrogenatomer hvis afstand er mindre en 5 Å.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
26
Q

Beskriv processen fra protein til struktur i X-ray crystallografi.

A

1) Først crystalliseres et protein (svært)
2) Herefter sendes der x-ray igennem proteinet som skaber et diffractionsmønster.
3) Data processeres i en computer, for at få et ‘Electron density map’
4) Dette bruges til at modullere proteinet
5) Forfining af struktur –> færdig struktur

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
27
Q

Hvad betyder krystallisation?

A

Danne repetitive krystaller af molekylet (ofte svært især proteiner med hydrofobe dele).

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
28
Q

Hvad er diffraktionsprincippet?

A

Röngtenstråler generer et diffraktionsmønster - mønsteret repræsenterer elektrontætheden.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
29
Q

Hvad bidrager hvert atom til i et diffraktionsmønster?

A

Hvert atom bidrager til hver eneste spot i mønsteret.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
30
Q

Hvilken process bruger man for at komme fra diffraktionsmønster til elektrontætheds kort?

A

FT, Fourier Transformation

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
31
Q

Planck ligning (energien for en photon)

A

E = h𝜈 = hc/𝜆 𝜈: Frekvensen for lyset /s, h: Planck’s constant (J · s) 𝜆: Bølgelængden (i meter)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
32
Q

Hvad er en kromofor?

A

Kromofor, en gruppe af molekyler, der absorberer lys i det synlige område.

Lys-sentitivt molekyle.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
33
Q

I hvilken tilstand er et molekyler der har optaget en photon?

A

I en exciteret tilstand (højere energistadie).

34
Q

Hvad er fluorescence?

A

Emission af lys forsaget af exciteret molekyler. (altså laver energi, end den absorberet energi).

35
Q

Hvad er kemisk skift mål for?

A

Hvor godt afskærmet en kerne er med elektroner. Jo højere afskærmning jo højere ppm.

36
Q

Hvad er tilordning i NMR?

A

At tilordne en proton beliggenhed i molekylet ud fra et NMR signal.

37
Q

Hvad er restraints i løsning af struktur via NMR?

A

Afstands- og vinklebegræsninger (hovedparten af de anvendte restrains er dem man kalder NOE’er).

38
Q

Hvor stammer signalerne i NOE-type NMR spektre fra?

A

Dipol-dipol vekselvirkninger (aftager med 1/r^6)

39
Q

Hvad må de opfyldte NOE’er afvige med (afstand)?

A

0,3 Å

40
Q

Er en NMR struktur en fast struktur eller flere strukturer?

A

Det er et sæt af strukturer der opfylder de betingelser man har sat op f.eks. afstand og vinkelbegrænsninger (NOE’er)

41
Q

Hvad står ‘rmsd’ for?

A

Root mean sqaure deviation

42
Q

Er en høj eller lav rmsd bedst?

A

Jo bedre værdi (jo lavere) jo mere ligner de stukturer, man har beregnet hinanden og jo bedre er man istand til udfra sine data at reproducere strukturerne.

43
Q

Hvad er en god rmsd-værdi?

A

Omkring 0,5 Å for C,N,C(alfa) i proteinets backbone.

44
Q

Hvad kan man bruge ramachandran plot til i NMR?

A

Jo flere rester der er i de tilladte områder, jo bedre. (akkurathed)

45
Q

Når antallet af restrains stiger, …. antallet af muligstrukutrer

A

falder antallet af mulige strukturer.

46
Q

Hvad er faseproblemet?

A

Faseproblemet: Vi kender intensiteten af bølgen, men vi kender ikke fasen af bølgen.

47
Q

Hvad er forfining i x-ray crystallografi?

A

Justering/optimering så det passer på den eksperimentelle og teoretiske model.

48
Q

Hvad fortæller R-faktoren om (x-ray)?

A

R-faktor er et mål for hvor godt eksperimentelle struktur passer på den teoretiske struktur. God R-faktor = 0,2, Tilfældig = 0,6

(akkurathed)

49
Q

Hvad fortæller B-faktoren om (x-ray)?

A

B-faktor er en termisk faktor. Hvor stor er sandsynligheden for at dit atom befinder sig på en given position.

Optimal B-faktor > 30Å

50
Q

Hvad er fordele og ulemper ved NMR?

A 
Fordele:
Kan fortælle om dynamik i et protein. 
Udføres i solvent (ikke behov for krystallisering som kan ændre strukturen)
Kan se hydrogen
Få arbejdsprocesser. 
Kan undersøge ligandbindinger.

Ulemper:
Tidskrævende efterbehandling
Kun “små” proteiner (

51
Q

Hvad er fordele og ulemper ved Röngten krystallografi?

A 
Fordele:
Hurtigt (kan være)
Præcis
Også store proteiner
Metode været i brug længe

Ulemper:
Krystallisering
At lave nok materiale til krystallisering (mg)
Mange arbejdsprocesser.

52
Q

Hvor er NMR og X-ray i en arbejdsprocesses?

A

X-ray er endpoint, hvor NMR kan være første step hvorfra man kan begynde at analysere proteinet.

53
Q

Hvilken resolution har de fleste krystalstrukturer?

A

1,8 - 3,5 Å

54
Q

Hvad er akkurathed?

A

Hvor tæt på det eksperimentelle data er på det “sande”/teoretiske data.

Altså hvor tæt dartpilene er på Bulls Eye

55
Q

Hvad er præcission?

A

Beskriver hvor reproduktiv dine resultater er/hvor meget de varierer fra hinanden.
(Hvor gode er vi til at reproducere de eksperimeltielle data)

Om man kan ramme med mange dartpile samme sted.

56
Q

Siger lav NOEs noget om akkurathed eller præcission?

A

Akkurathed, hvor mange af ens resultater der overtræder det teoretisk mulige.

57
Q

Siger rmsd noget om akkurathed eller præcission?

A

Præcission

58
Q

Hvad fortæller ekstinktionskoefficenten noget om?

A

Sammenhængen mellem absorbans og koncentration af protein (proportionalitetskonstant).

Kan bestemmes eksperimentielt ved at bruge kendte koncentrationer og måle absorbans. Dette plottes lineært hvorledes det efterfølgende kan bestemmes som hældningen.

59
Q

Beskriv princippet i fluoroscensspektroskopi

A

Et molekylet absorbere en energi og går derved fra grundtilstanden til den exciteret tilstand. Når molekylet henfaldet emitterer det en foton med en energi (som er fluorescens).

60
Q

Hvorfor er emmissions bølgelængden større end excitations bølgelængden?

A

Fordi der er energi tab (vibrationsenergi) mellem de forskellige energitilstande i forskellige vibrationstilstande mellem grundtilstand og exciteret tilstand.

61
Q

Hvad er blåskifte?

A

Emission ved længere bølgelængde (=lavere energi) grundet fluoreforen interagerer med et POLÆRT miljø og taber energi.

62
Q

Hvad er rødskifte?

A

Emission ved længere bølgelængde relativt til upolært solvent (=lavere energi) grundet fluoreforen interagerer med et POLÆRT miljø og taber energi ift. i upolær solvent.

63
Q

Hvad er quenching?

A

Quenching: Alle processer der sænker emission.

64
Q

Hvad er quantum yield?

A

Quantum yield: Antallet af fotoner der emitteres ift. Dem der absorberes
(fotoner emitteret)/(fotoner absorberet)

altså hvor meget af det absorberede lys der er emitteret.

65
Q

Hvilke parameter vil anvendes til at analysere den færdige NMR struktur?

A

rmsd
NOE’er overtrædelser
Distance restrains
Psi og Phi vilnkler i Ramachandran plot

66
Q

Kan man måle koncentrationen af et protein selvom det ikke indeholder Trp, Tyr eller Phe?

A

Ja, for peptidbindinger har en stærk absorption mellem 180 og 240 nm. (dog kan ekstensionskoefficient være svær at estimere)

67
Q

Interagerer et en dipol i en exciteret tilstand bedst med en polær eller upolær solvent?

A

Interagerer bedst med en polær solvent og vil derfor tabe energi (spektrum vil være forskubbet mod højere bølgelængde, ‘Rødskift’, relativt til en dipol i upolær solvent).

68
Q

Hvad er foldede proteins fluoroscencsmaksimum typisk? (Trp)

A

335 nm

69
Q

Hvad er ufoldede proteins fluoroscencsmaksimum typisk? (Trp)

A

356 nm

70
Q

Er foldelde eller ufoldelde proteiner den laveste fluorescensmaksimum/højeste energi (bølgelængde)?

A

Foldende 335 nm ift. 356 nm for ufoldede.

71
Q

Ændres fluorescensen for proteinet ved ligand bindingen eller interaktion med et andet protein?

A

Ja, det ændre signifikant og fluorescens kan derfor bruges til at bestemme bindingskonstanter og kinetik processer.

72
Q

Hvad står FRET for?

A

Fluorescens resonans energi transport (Overførsel)

73
Q

Hvad er bruger man FRET til?

A

At bestemme om to fluoreforer er i nærheden af hinanden.

74
Q

Hvad er princippet i FRET?

A

En del af første flurorefor (donor) emissions spektrum overlapper absorptions spektret af den anden fluorefor (acceptor), som vil emittere lys ved højere bølgelængde.

75
Q

Hvad er intervallet som afstanden mellem donor og acceptor i FRET må være?

A

15 - 35 Å.

76
Q

Nævn UV CD spektre minima, skæring med 0 og maksimum for alfa-helix

A

Minima = 222 og 208 nm
Skæring af 0 (Zero-crossing) = 200 nm
Maksimum = 192 nm

77
Q

Nævn UV CD spektre minima, skæring med 0 og maksimum for beta-streng

A

Minima = 218 nm
Skæring af 0 (Zero-crossing) = >205 nm
Maksimum = 195 nm

78
Q

Nævn UV CD spektre negativt og positivt bånd for random coil

A

Positivt (svagt) = 218 nm

Negativt = 195

79
Q

Hvad er stokes shift?

A

Energiforskellen mellem den laveste energi absorbtionstop og den højeste energi emissionstop.

80
Q

Giver ANS blå eller rødskifte?

A

Blåskifte (hydrofob miljø) = Kortere bølgelængde

Proteinkemi og enzymologi I (9 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions