F1: Aminosyre - Primærstruktur og analyse Flashcards
pKr for Cys
≈8 (8,18)
pKr for His
=6
pKr for Lys
≈10 (10,53)
pKr for Arg
≈12 (12,48)
pKr for Asp
≈3,5 (3,65)
pKr for Glu
≈4,5 (4,25)
pK_1 for aminosyre
≈2 (for carboxyl-gruppen, COOH)
pK_2 for aminosyre
≈9
En K i nærheden af en E kan resultere i
a) en stigning i Es pKa-værdi
b) en forskydning af Es syre-base ligevægt mod den konjugerede syreform
c) et fald i Es pKa-værdi
c) Et fald i Es pKa-værdi
Hvordan kan det være at aminosyre kun syntetiseret i L-form?
Da enzymernes aktive site er asymmetrisk, hvilket betyder de er stereospecifikke og derfor kun katalysere reaktionen til L-form
Ala, Val, Leu og Ile (som gruppe)
Klynger sammen i proteiner og stabilisere proteinet pga. hydrofobe interaktioner.
Bidrager Gly til den hydrofobe interaktioner?
Nej, pga. den lille sidekæde, bidrager den ikke.
Nævn de aminosyre der er karakteriseret som aromatiske
Tyr, Trp og Phe
Hvilke aminosyre er positivt ladet v. pH 7?
His, Arg og Lys
Kan de aromatiske aminosyre deltage i hydrofobe interaktioner?
Ja, da de er relativt upolære. Dog er Tyr og Trp signifikant mere ladet end Phe.
Ved hvilken bølgelængde absorbere de proteiner med aromatiske aminosyre-rester mest?
280 nm. Trp og Tyr absorbere væsentlige mere lys end Phe
Nævn de polære uladet aminosyre
Ser, Thr, Cys, Asn og Gln
Polære uladet R grupper opløses let i vand fordi…
De indeholder funktionelle grupper, der kan danne hydrogenbindinger med vand.
Er Cys en syre?
Ja, det er en svag syre og kan lave hydrogenbindinger m. oxygen og nitrogen.
Altså en Hydrogen donor
Hvad er forskellen på hydrogen acceptor og donor?
Donor er det atom, hvor H’et er kovalent bundet til, hvor acceptor er det elektronegative atom, der tiltrækker protonen
Hvad er forskellen på Cystein og Cystin
Cystin er hvor to cystein molekyler er bundet af et disulfid bånd/bro.
Lambert Beer’s lov og betydning af konstanter
A = log(I_0/I) = ε * c * l, hvor ε er ekstriktionskoefficienten, l er tykkelsen af cuvetten (cm) og c er koncentrationen.
Hvad sker der når Asn og Gln hydrolyseres?
Asn og Gln bliver nemt hydrolyseret til Asp og Glu af en syre eller base.
Hvad er absorbansen proportional med?
Absorbansen er proportional med koncentrationen af peptidet
En peptidbinding har karakter som en enkeltbinding eller dobbeltbinding?
Begge dele, dog har den 40% karakter som dobbeltbinding pga. resonans.
Phi vinklen, φ i hovedkæden er mellem…
N - C_alpha
Psi vinklen, ψ i hovedkæden er mellem..
C_alpha og C
Er His en proton donor og/eller acceptor?
His er begge dele
Er peptidbindingen typisk trans eller cis-konfiguration?
Er normalt i Transkonfiguration (H på C_alpha er trans til C=O).
Dog oftest cis-konfiguration i Pro pga. sterisk hændring.
Hvad er en rotamer?
En lav energi sidekæde konformation.
Afhænger Met nukleofile egenskaber af pH?
Nej, Met nukleofile egenskaber afhænger ikke af pH da svovl-atomet ikke er ioniserbar.
Hvad er gennemsnitsvægten for en aminosyrerest?
≈110 Dalton (g/mol)
Hvilke aminosyre er gode nukleofiler?
His og Cys (Met)
Cys: Ekstrem nukleofil (ensomme elektronpar og god Lewis
base), oxideres nemt
Met: delvis reaktiv nukleofil pga. ensomme elektronpar,
oxideres nemt
Hvordan kan man bryde disulfidbroer?
Enten ved oxidation til sulfonsyre eller reduktion med DTT
Disulfidbroer stabiliserer generelt proteiner, fordi…
De stabiliserer den ufoldede form af et protein
Henderson–Hasselbalch ligningen (bufferligningen)
pH = pKa + log([B]/[S]) = pKa + log([A^-/HA])
eller
pH = pKa - log([S]/[B])
Hvor findes er bufferkapaciteten stor for en aminosyre? (tænk titreringskurve)
I pK1, pK2 osv. regionerne, hvor den ene halvdel er på syre form og den anden halvdel på konjungeret baseform.
Hvordan beregner man hvilken fraktion af en aminosyre, der er på syreform ved en given pH?
Henderson–Hasselbalch ligningen, pH = pKa + log([B]/[S]), hvor [B]/[S]er fraktionen.
Hvordan beregnes pI?
pI = 1/2*(pK1 + pK2)
Hvad betyder det isoelektriske punkt for et protein?
Der hvor nettoladningen af protein er lig 0
Hvilke(n) aminosyre har en bufferkapacitet ved fysiologisk pH?
Histine (pKa = 6)
Hvad er et peptid?
To eller flere aminosyre kovalent bundet til hiannden via et peptidbånd.
I hvilken retning læses en aminosyre sekvens?
Fra N-terminal (venstre) mod højre (C-terminal)
Er et peptidbånd termodynamisk stabilt?
Nej, hydrolysen af peptidbåndet er exogen, men pga. den høje aktiveringsenergi, er den delvist stabil (halveringstid 7 år)
Hvornår kaldes et peptid for oligopeptid?
Op til 20 AA
Hvilke ladninger er der overskud af proteinet når pH > pI
Negative ladninger
Hvilke ladninger er der overskud af proteinet når pH
Positive ladninger
Ioniseringskonstant
Ka = ([H+]*[A-])/[HA]
HA (H+) + (A-)
Hvor findes Asp og Glu typisk i et protein?
Overfladen pga. negative ladninger
Hvordan er Arg og Lys typisk placeret i et protein?
Alifatisk del i kernen og ladet del på overfladen
Hvilken rolle har Arg ofte i proteiner?
Strukturelrolle, da det kan danne saltbroer pga. dens guanidinium-gruppe.
Val og Ile i en alfa helix?
Dårlig idé, pga. C-beta forgrening giver sterisk hændring, hvilket gør at de er dårlige alfa-helix dannere.
Gode kerne dannerne i et protein?
Ala, Leu, Val og Ile
4 Specielle egenskaber for Proline
- Ingen amidhydrogen, der kan danne hydrogenbindinger.
- Laver knæk i en alpha helix og bryder mønsteret.
- Peptidbinding er cis
- Fast struktur, så fleksibiliteten af peptidregioner begrænser sig til en phi vinkel -60°
Glycine skildret i en Ramachandran plot?
Stor konformationel frihed
Formlen for pKa
pKa = -log(Ka)
Hvordan beregnes pI for et peptid?
1) Estimering af pH hvor nettoladning af peptid er 0
2) Beregning af gennemsnit af to pKa værdier henholdsvis over og under estimeret pH
(pI = 1/2 (pK1 + pK2))
Er et peptid en god buffer ved pI?
Nej, et peptid er ikke en god buffer ved pI, da det ved ændring i koncentration af syre eller base vil skabe store udsving i pH.
Hvilke aminosyrer kan danne saltbroer
Alle aminosyrer som har en ladet sidekæde. Lysin, glutamat, arginin, histidin, aspartat, cystein(-SH kan afprotoniseres), tyrosin(benzenringen trækker i eletronerne på –OH gruppen og denne kan derfor afprotoniseres), N-terminal og C-terminal
Hvad er formålet med interne saltbroer?
Ikke at have frie ladning i proteinets kerne, som kan reagere/påvirke resten af proteinet
Hvad er gennemsnitsvægten for en aminosyrerest?
110 + 18 (fra vand) = 128 Dalton
Hvad sker der med Glu’s pKr hvis miljøet er negativt omkring?
Så stiger pKr for Glu (højere pKr)
Hvad sker der med Glu’s pKr hvis miljøet er positivt omkring?
Så falder pKr for Glu (lavere pKr)
Hvad sker der med Glu’s pKr hvis miljøet er hydrofobisk omkring?
Så stiger pKr for Glu (højere pKr)
Hvad sker der med Lys’ pKr hvis miljøet er hydrofobisk omkring?
Så falder pKr for Lys (lavere pKr)
Tegn en Prolin-aminosyre rest forbundet til en anden aminosyre i en peptid binding
….
