F3: Proteinevolution og proteomanalyse

Question 1

Ortolog gener/protein

Answer 1

To homologe gener, der fundet i forskellige organismer og deres protein produkter er ortologe.

afledt af samme stamprotein (gen).

Question 2

Homologe gener/protein

Answer 2

Når to gener deler mange sekvens ligheder (nemt at genkende).

Deres sekvens siges at være homologe gener.

Deres proteiner de koder er ‘homologe’.

OBS: Man kan ikke diskutere grad af homologi.

Question 3

Paraloge

Answer 3

Paraloge proteiner er når to homologe gener optræder i samme organisme kaldes generne paraloge.

Deres protein produkt paralog.

Paraloge gener formodes at være afledt af gendublikation efterfuldt af gradvise ændringer sekvenserne af kopierne.

Question 4

-OMICS

Answer 4

Storskala analyser

Question 5

SDS-PAGE kan bruges til…

Answer 5

Estimering af molekylvægt

Question 6

Bevæger små eller store proteiner sig længest i SDS-page?

Answer 6

Små proteiner bevæger sig længest.

Question 7

Hvad kan siges om interaktionen med solvent når pH = pI?

Answer 7

Maksimal interaktion

Question 8

3 ting Massespektrometri kan benyttes til:

Answer 8

Bestemmelse af molekylvægt (M_r)
Proteinidentifikation
Identifikation af Post-translationelle modifikationer

Question 9

Massespektrometris bestemmelsesområde

Answer 9

500 –> >200.000 Da

Question 10

Kan Massespek måle mængden af et stof i en prøve?

Answer 10

Nej, Massespek er ikke kvantitativ, da et signal fra et molekyle undertrykker signalet fra et andet.

Question 11

Nævn to Massespektrometri former

Answer 11

MALDI-TOF

ESI MS

Question 12

Analyte

Answer 12

Molekylet der analyseres

Question 13

Sådan fungerer ESI MS (Elektrospray Ionisation Massespektrometri)

Answer 13

En proteinopløsning omdannes til multiladede dråber ved passage igennem en nål under påvirkning af højspænding.

Dråberne fordamper, og ionerne (med påsatte protoner) kommer ind i massespektrometeret
og m/z bestemmes.

Question 14

Beregning af masse ved ESI MS

Answer 14

M = n_2 [(m/z)_2 - X)], hvor M: Proteinmassen, n: Antal påsatte ladninger, X: Massen af påsat ladning (1 for H+)

Question 15

Princippet ved MALDI-TOF

Answer 15

Energi overføres fra en UV-laser til matrix/prøve-blandingen. (udkrystallisering i matrix).

Matrixkrystallerne absorberer energi, som omdannes til varme.

Dette resulterer i lokale eksplosioner i matrix/prøve-blandingen

Protonoverførsel resulterer i nye ioner (MH+) på gasfasen.

Question 16

MS/MS (tandem MS)

Answer 16

• En peptidopløsning sprøjtes ind i et massespektrometer (MS-1)
• Et peptid vælges til efterfølgende analyse og fragmenteres
• m/z for hvert fragment måles i det næste massespektrometer (MS-2)
• Fragmentering af peptidbindingen resulterer i b-type eller y-type ioner, afhængig af om ladningen findes på amino- eller carboxyl-terminal siden