F3 - genetiske metoder Flashcards
Hvordan undersøges mutationer? opdeling
Mindre mutationer
- specifikt gen = Sanger
- flere gener/hele genom = NGS
ved større mutationer menes
- et eller flere exons
- hele gener
- kromosom arm
Hvordan undersøges større mutationer? (kromosomer = translokation og antal)
- MLPA
- Kromosom microarray (array CGH)
- Karyotypering
- FISH
Hvad bruges PCR Reverse transkription til? hvordan?
funktion
- undersøge om et gen er udtrykt
- påvirker mutation splejsning
hvordan
- RNA –> cDNA
- rtPCR opformering = er genet overhovedet udtrykt
- kombi med qPCR = hvilken omfang er genet udtrykt.
Hvordan bruges kvantitativ PCR (qPCR)?
funktion - i hvilket omfang er genet udtrykt:
- detektere mutation
- verificere deletion eller duplikation
hurtig PCR kurve = meget DNA udtryk
langsom PCR kurve = lidt DNA udtryk
Hvad bruges MLPA til? hvordan?
Multiplex Ligation Probe Amplification
funktion
- detektion af ploidi
- detektion af deletioner og dublikationer
hvordan
- specifik probe - ligation
- opformering af flourecerence PCR
- elektroferase
- alignment: ratio mellem patient og reference.
Hvordan aflæses MLPA ratioen?
1 = normal
0,5 = del på 1 allel
0 = del på begge alleler
1,5 dub på 1 allel
2 = dub på begge alleler
Hvad er funktionen af FISH?
flourescent insitu
- lokalisere kromosomer og specifik DNA sekvens
- detektere translokationer
- detektere partiel trisomi og monosomi.
specielt god ved balanceret, da det ikke kan aflæses ved mikroarray
Hvad er funktionen af kromosom array CGH?
funktion
- detektere ubalancerede translokationer
- detektere tab eller forøgelse af genmateriale = kromosom specifikt (både numertisk og strukturelt)
- IKKE inversioner eller balancerede translokationer
Hvad er inversioner?
stykke af kromsom et klippet over og vendt rundt, så det fucker med transkription af DNA.
Hvad undersøges ved mindre mutationer?
enkelte baseændringer
- missense (aminosyre ændring)
- silent (ingen ændring, kan påvirke splejsning)
- nonsense (stopkodon)
deletioner og dublikationer
- in-frame (delelig med 3)
- frameshift (ikke delelig med 3)
Hvordan undersøges mindre mutationer?
- enkelt, kendt gen = Sanger
- mange gener/helt genom = NGS
Hvordan virker Array CGH?
hvordan
- prøve fra patient (rød flour) og reference (grøn flour) tilføjes til mikroarray
- prøver hybridisere og array scannes
resultat
- gul = DNA findes i begge
- grøn = tab af DNA hos patient
- rød = forøgelse af DNA hos patient
