DT2 Flashcards
Wat is microarray?
-Meettechniek om te kijken welke genen tot expressie komen in twee (vaak waarvan 1) geïnfecteerde organisme.
-RNA omzetten in cDNA, verschillende kleuren geven, verspreidden over microarray, afspoelen, gebonden dna stukjes zijn actief
-geen kleur= geen actief, akleur=aactief, mengel=beide actief
Wat is sanger sequencing?
-meettechniek om sequence te bepalen
-PCR dna, uit elkaar gebroken, primers toegevoegd, in vier verschillende epjes met in elk normale NTP’s +gemodificeerde NTP(in elk een ander), dit in gelelektroforese aflezen.
Wat is whole genome shotgun sequencing?
-Stukjes gesequencde DNA aan elkaar plakken tot een groot DNA-sequence
-zoeken naar overlap tussen de stukjes, dit wegknippen en plakken.
-vaak geen overlap
Wat is pyrosequencing?
-sequencen obv licht wat wordt gevormd door het binden van een nucleotide.
Wat is Contig en wat Scaffold? en hoe kom je van Contig naar scafold?
Contig zijn stukjes reads die aan elkaar zijn geplakt door overlappend dns, scaffold zijn stukjes contig die aan elkaar zijn geplakt door paired-ends reads van je rondje adapters.
Wat is een microsataliet? en wat een indel?
Korte stukjes niet-coderend DNA die in een aantal kopieen naast elkaar voorkomen
Indel is een kleine deletie of insertie van 1 of een paar nucleotiden.
Wat zijn de 5 harde weinberg assumpties?
- Populatie oneindig groot
- Alle genotypen hebben een gelijke fitness
- Geen mutaties
4.willekeurige paring - Geen uitwisseling met andere populaties.
Noem twee processen die samenhangen met genetische drift
- bottleneck(brand)
2.foundereffect(avonturiers die nieuwe populatie starten)
Wat is nano-pore sequencing?
Wat is illumina sequencing?
noem 3 soorten paring?
- Willekeurige paring
- positieve assortatieve paring
-soort zoekt soort - Negatieve assortatieve paring
-vermijden van inteelt
3 verschillende vormen vannatuurlijke selectie:
- stabiliserende selectie
-selecteren tegen beide homozygoten genotypen
-variatie wordt minder groot - directionele selectie
-selecteren tegen één genotype - disruptieve selectie
-selecteren tegen heterozygote genotype
-populatie wordt uit elkaar gedreven, twee groepen van homozygoten
Leg de neutrale theorie uit
Mutaties in genen zijn vrijwel altijd neutraal want de mutaties ie grote verschillen maken zijn alweer uitgestorven omdat het individu met de mutatie zich niet heeft kunnen voortplanten.
De meeste genetische verschillen in soorten zijn gekomen door random drift.
dit samen maakt dat de neutrale theorie is: vrijwel alle genetische variatie komt door mutaties en random drift en niet door selectie.
Welke 3 soortopvattingen zijn er en hoe noem je het wanneer een soort nakomelingen kan krijgen zonder paring?
- Biologische soort; Individuen die met vruchtbare nakomelingen kunnen produceren.
- Fylogenetische soort; individuen die op basis van hun genotype tot een soort behoren of de kleinste verzameling van individuen met dezelfde voorouder.
- Cryptische soort; individuen die qua fenotype op elkaar lijken, maar genetisch verschillen.
Aseksuele soorten kunnen alleen nakomelingen krijgen
Noem twee verschillende vormen van reproductieve isolatie.
reproductieve isolatie: Voorkomt dat er genetische uitwisseling plaatsvindt tussen individuen/populaties.
1. prezygotische isolatie, voordat er een zygoot kan worden gevormd. bestaande uit pre-mating en nabestuiving/inseminatie.
2. postzygotische isolatie, nadat er een zygoot is gevormd, lage overlevingskans, ouderlijke allelen passen niet goed samen.
Noem vier verschillend vormen van pre-zygotische isolatie.
- Mechanische isolatie; vorm van lichamen/geslachtsdelen niet passend.
- Chemische isolatie; communicatie dmv feromonen niet mogelijk, vrouwtjes reageren alleen op eigen soort.
- ecologische isolatie; het eten van ander voedsel; het paren in verschillende seizoenen.
- Geografische isolatie; populaties gescheiden door leefomgeving; berg, rivier.
Leg Haldane’s rule uit.*
Als een kruising tussen twee individuen nakomelingen produceert en de sekse is afwezig, zeldzaam of steriel, betekent dit dat het een heterogamete. ONDERZOEK NODIG
Noem 3 verschillende soortvormingen
1.Allopatrische soortvorming; populatie gescheiden door geologische reden; uiteindelijk twee nieuwe soorten.
2. Peripatrische soortvorming; Populatie start nieuwe kolonie (eiland of andere berg) met nieuwe overlevingswaarden, waardoor het op den duur twee populaties worden
3. Sympatrische soortvorming; populatie blijft in zelfde gebied maar er onstaan twee nieuwe populaties omdat vrouwelijke voorkeur uitgaat naar twee uiterste tegenpolen (heel groot of heel klein snavel, middelgroot vervalt. )(kan ook door nieuw soort voedsel komen)
Wat is een threshold eigenschap? En wat is een complexe eigenschap?
Threshold eigenschappen zijn eigenschappen die pas ontwikkeld worden als een bepaalde waarde wordt overschreven (vb. als er een bepaald aantal vissen in een meer zwemmen, is er een bepaalde hoeveel feromonen aanwezig, waardoor bij watervlo’s er fysieke eigenschappen worden gecreëerd.
Complexe eigenschappen worden veroorzaakt door meerdere genen en omgeving worden gecreëerd.
Waaruit bestaat de fenotypische variantie en Wat is de Broad-Sense Heriability en hoe bereken je het?
De fenotypische variantie bestaat uit de genetische variantie(Vg) en de omgevings variantie(Ve). Vx= Vg+Ve.
Broad-sense Heriability (H^2) is een maat om te berekenen hoe groot de genetische variantie tov de fenotypische variantie is. (welk deel van de Vx door Vg komt).
H^2= Vg/Vx.
Bij 1 heeft alle variatie een genetische oorsprong.
Bij 0 heeft alle variatie geen genetische oorsprong.
Noem de onderverdeling van tweelingen.
- Monozygotische tweelingen(MZ), een-eiig.
- Dizygotische tweelingen(DZ, twee-eiig.
Wat beschrijft de covariantie?
Covariantie beschrijft het verband tussen twee variabelen. Bij 0= geen verband.
Wat is de Narrow-sense Heriability en hoe bereken je het?
Is de mate waarin het genotype van een individu het fenotype van het nageslacht voorspelbaar bepaalt. Oftewel het additieve deel van de variantie gedeeld door de de totale variantie.
h^2= Va/ (Va+Vd+Ve)
met Vd= dominante variantie en Ve= omgevingsvariantie.
Wat is QTL analyse?
En wat is GWASS?
Een QTL analyse bekijkt welke genen van welke oorspronkelijke ouder bepalend zijn voor het fenotype van het nageslacht. Door middel van markers op verschillende delen van het gen te plaatsen en nageslacht te laten terugkruisen met een oudertype, kan voor elke maker het verschil in gemiddelden van genotypes bepaald worden, de marker met het grootste verschil ligt dus het dichtst bij het bepalende gen. dmv fine mapping kan nog beter onderzocht worden waar het gen ligt.
Bij mensen is QTL niet mogelijk (inteelt). GWASS is het alternatief waarbij er twee hele grote groepen met mensen worden bekeken, eentje met een bepaald fenotype en eentje zonder. Hierbij worden de SNP’s van al deze mensen onderzocht en wordt gekeken of er een structureel verschil te zien is tussen deze groepen.
Wat voor functie heeft een polyandrische soort?
Sperma dood selectief sperma van andere mannetjes.
Welke drie verschillende soorten expressiepatronen van genen zijn er?
- Housekeeping genen; actief in alle weefsels
- Weefsel specifieke genen; bepalen de aard van een weefsel
- Toolbox genen; actief bij de embryonale ontwikkeling; groot effect.
Wat is holometabool?
Volledige gedaantewissel; drosophilia bijv. van larve naar vlieg.
Op welke manier ontstaat er polariteit (ontwikkelt) het embryo in de aller eerste fases?
- Nurse cellen halen twee eiwitten binnen in het embryo, Bicoid eiwit(maternaal RNA) bepaalt de positie van de kop doordat een kant een hogere gradient heeft dan de andere. Nanos, positioneren de staart.
2.Gap genen, embryo verdeeld in 4 banden. - Pair-rule genen, 7 verschillende segmenten
- segment-polarity genen, vormt 14 verschillende segmenten.
Op welke twee manieren kunnen we zien waar genen en hun eiwitten tot expressie komen?
1.imuunlokalisatie: kleur eiwit met een gelabeld antilichaam
2.In situ-hybridisatie: kleur RNA met een gelabeld probe
Wat is de Ardipithecus ramidus (Ardi)
Ardi is de voorouder van de mens die dicht bij de splitising van mens chimpansee zat(geen voorouder van chimpansee)
Wat is de evolutionaire blind-spot waardoor ziektes bij veroudering nog steeds bestaan?
Evolutionaire blind-spot is het gedeelte van het levenspad van een organisme wat niet is door geëvolueerd omdat het reproductieve gedeelte van het leven al voorbij is. Oftewel ziektes die op latere leeftijd optreden zijn nooit weg geëvolueerd omdat het individu al nakomelingen heeft gehad.
Wat is de dN/dS ratio?
dit zegt iets over de overerving van genen.
het betekent: non-synonieme subs/ synonieme subs
met non-synoniem betekent eiwit mutatie/wisseling en synoniem betekent geen eiwit mutatie/wisseling.
Als dN/dS ratio = 0 is er dus geen mutatie, purifying selection.
Gen essentieel.
als =1 neutraal, evenveel wel als niet.
Gen niet essentieel
als >1 positieve selectie. gen verandert natuurlijke selectie.
Wat is de D/A ratio?
de Dominant/additief ratio zegt iets over de mate van dominatie van een bepaald gen.
Als deze ratio 0 is, dan is de eigenschap dus volledig additief (logisch overervend).
Als deze ratio -1 of 1 is dan is het gen dus volledig dominant.
Hoe werkt het Dobzansky muller incompatibiliteit?
Nadat 1 soort wordt gescheiden onstaan er mutaties in de gescheiden mutaties die elkaar tegenwerken als ze weer bij elkaar komen.
