dna nanotechnology Flashcards
perchè le molecole di dna vengono utilizzate come building block ?
come viene sintetizzato il dna in lab ?
descrivi il duplex dal punto di vista entropico entalpico
come si misura la stabilità degli acidi nucleici?
come può essere predetta la tm ?
cosa è l’effetto ipocromo? disegna un grafico in cui mostri la curva di dna denaturato e nativo. asse y assorbanza e asse x lunghezza d’onda. fai un secondo grafico in cui metti in relazione assorbanza a 260 nm e temperatura.
dna triplex. come sono fatti ? disegnane uno TAT e CGC.
fai differenza tra dna triplex unimolecolare e monomolecolare
perchè CGC nel dna triplex è ph sensibile ? fai un grafico in cui rappresenti sulle y la frazione di triplex unfolfolded e sull’asse delle x il ph. fai questo grafico per un dna unimolecolare cgc e uno tat
metiltransferasi. cosa sono ? cosa fanno ? come si può monitorare la presenza di metiltransferasi in un campione in cui è presente un triplex con una guanina o più metilate ?
DNA i-motif
DNA g-quadruplex
dna hairpin o molecular beacon. spiega come è fatta questa struttura e poi spiega perchè con un duplez aperto si ha una tm minore rispetto a uno stem loop (come si chiama questo fenomeno? )
xeno-nucleic acid XNA. cosa sono in generale?
descrivi LNA se puoi disegnali. cosa succede alla molecola se al posto di mettere delle basi normali si mette LNA? a che enzimi è resistente il duplex di LNA ?
PNA. Cosa sono? come si accoppiano due strand di pna ? come avviene la sintesi? cosa comporta l’inserimento di pna nella molecola e perchè ? cosa succede ad un duplex di pna se lo mettiamo in acqua pura? a che enzimi sono resistenti?
fai un confronto tra LNA e PNA sulla solubilità in acqua
aptameri. cosa sono ? quali sono i loro ligandi? processo di selezione
sensore molecolare per la cocaina
secondo te perchè un’azienda potrebbe investire nell’uso di aptameri e sostituirli agli anticorpi?
sensore elettrochimico per la trombina
cosa è holliday junction ? applicazioni biotech, parla dei motivi strutturali principali.
dna origami come sono fatti? come si formano in laboratorio? spiega anche la tecnica di sungle stranded tile e spiega i vantaggi
applicazioni biotech degli origami a dna (ne abbiamo fatte 3 )
Toehold-mediated Strand Displacement. cosa è e come avviene. spiega la reazione dal punto di vista cinetico e termodinamico e quali sono i fattori che la influenzano. rappresenta la reazione graficamente mettendo sulle y la velocità e sulle x la lunghezza del toehold
reazione di strand Displacement senza toehold
toehold exchange reaction
DNA fuelled molecular machine made of DNA. Spiega e se vuoi fai un disegnino
spiega la funzionalizzazione di un elettrodo con DNA
sviluppo di un metodo analitico per la rilevazione di anticorpi tramite programmable dna circuits
mRNA DETECTION in live cells
biomolecular switches. cosa sono ? spiega il funzionamento e fai un esempio di dna based molecular switches
immagina di avere un hairpin di con stem corto (alle estremità sono legato fluoroforo e quencher) eseguire una titolazione in cui si aggiunge microRNA. cosa succede? disegna il grafico di questa titolazione in cui sull’asse delle y è presenta la fluorescenza relativa misurata in a.u. a lunghezza d’ona di 562 nm e sull’asse delle x è presente la quantità di miRNA (nM). spiega il 3-state population shift model. cosa è e come si calcola la costante di dissociazione osservata ?
come si può intervenire sulla ks nel caso di un sistema di acidi nucleici e questo cosa comporta ? spiega cosa si può fare per aumentare la ks di un hairpin e per ababssarla. cosa cambia nel grafico se si ha una ks di 0.001, 0,01, 0.1, 1 e 10? spiega il grafico
