dna nanotechnology

Question 1

perchè le molecole di dna vengono utilizzate come building block ?

Question 2

come viene sintetizzato il dna in lab ?

Question 3

descrivi il duplex dal punto di vista entropico entalpico

Question 4

come si misura la stabilità degli acidi nucleici?

Question 5

come può essere predetta la tm ?

Question 6

cosa è l’effetto ipocromo? disegna un grafico in cui mostri la curva di dna denaturato e nativo. asse y assorbanza e asse x lunghezza d’onda. fai un secondo grafico in cui metti in relazione assorbanza a 260 nm e temperatura.

Question 7

dna triplex. come sono fatti ? disegnane uno TAT e CGC.
fai differenza tra dna triplex unimolecolare e monomolecolare

Question 8

perchè CGC nel dna triplex è ph sensibile ? fai un grafico in cui rappresenti sulle y la frazione di triplex unfolfolded e sull’asse delle x il ph. fai questo grafico per un dna unimolecolare cgc e uno tat

Question 9

metiltransferasi. cosa sono ? cosa fanno ? come si può monitorare la presenza di metiltransferasi in un campione in cui è presente un triplex con una guanina o più metilate ?

Question 10

DNA i-motif

Question 11

DNA g-quadruplex

Question 12

dna hairpin o molecular beacon. spiega come è fatta questa struttura e poi spiega perchè con un duplez aperto si ha una tm minore rispetto a uno stem loop (come si chiama questo fenomeno? )

Question 13

xeno-nucleic acid XNA. cosa sono in generale?

Question 14

descrivi LNA se puoi disegnali. cosa succede alla molecola se al posto di mettere delle basi normali si mette LNA? a che enzimi è resistente il duplex di LNA ?

Question 15

PNA. Cosa sono? come si accoppiano due strand di pna ? come avviene la sintesi? cosa comporta l’inserimento di pna nella molecola e perchè ? cosa succede ad un duplex di pna se lo mettiamo in acqua pura? a che enzimi sono resistenti?

Question 16

fai un confronto tra LNA e PNA sulla solubilità in acqua

Question 17

aptameri. cosa sono ? quali sono i loro ligandi? processo di selezione

Question 18

sensore molecolare per la cocaina

Question 18

secondo te perchè un’azienda potrebbe investire nell’uso di aptameri e sostituirli agli anticorpi?

Question 19

sensore elettrochimico per la trombina

Question 20

cosa è holliday junction ? applicazioni biotech, parla dei motivi strutturali principali.

Question 21

dna origami come sono fatti? come si formano in laboratorio? spiega anche la tecnica di sungle stranded tile e spiega i vantaggi

Question 22

applicazioni biotech degli origami a dna (ne abbiamo fatte 3 )

Question 23

Toehold-mediated Strand Displacement. cosa è e come avviene. spiega la reazione dal punto di vista cinetico e termodinamico e quali sono i fattori che la influenzano. rappresenta la reazione graficamente mettendo sulle y la velocità e sulle x la lunghezza del toehold

Question 24

reazione di strand Displacement senza toehold

Question 25

toehold exchange reaction

Question 26

DNA fuelled molecular machine made of DNA. Spiega e se vuoi fai un disegnino

Question 27

spiega la funzionalizzazione di un elettrodo con DNA

Question 28

sviluppo di un metodo analitico per la rilevazione di anticorpi tramite programmable dna circuits

Question 29

mRNA DETECTION in live cells

Question 30

biomolecular switches. cosa sono ? spiega il funzionamento e fai un esempio di dna based molecular switches

Question 31

immagina di avere un hairpin di con stem corto (alle estremità sono legato fluoroforo e quencher) eseguire una titolazione in cui si aggiunge microRNA. cosa succede? disegna il grafico di questa titolazione in cui sull’asse delle y è presenta la fluorescenza relativa misurata in a.u. a lunghezza d’ona di 562 nm e sull’asse delle x è presente la quantità di miRNA (nM). spiega il 3-state population shift model. cosa è e come si calcola la costante di dissociazione osservata ?
come si può intervenire sulla ks nel caso di un sistema di acidi nucleici e questo cosa comporta ? spiega cosa si può fare per aumentare la ks di un hairpin e per ababssarla. cosa cambia nel grafico se si ha una ks di 0.001, 0,01, 0.1, 1 e 10? spiega il grafico