Cours 6B: ARNs Non-Codants Flashcards
vrai ou faux, ARN non-codant n’est pas fonctionnel puisqu’il n’est pas traduit en protéines
faux, meme si il n’est pas traduit, il est fonctionnel
est-ce que les molécules d’ARN non-codant sont transcrites
oui
qu’est-ce qu’un mRNA
ARN messager qui code pour une protéine
qu’est-ce qu’un ncRNA
ARN non-codant qui ne code pas pour une protéine
RAPPEL
Pourcentage de séquences utiles correspondant aux gènes dans l’ADN
Pourcentage d’exons dans ADN
Pourcentage de séquences intergéniques inutiles dans ADN
10-20%
1,5-2%
80-90%
vrai ou faux, il existe plusieurs types d’ARN non-codants différents
vrai
quel pourcentage du génome humain peut être transcrit
minimum 70%
cmb d’ARN transcrits total
cmb d’ARN traduits en protéines
180 000
30 000
environ 150 000 ARN sont…
des longs ARN non-codants (lncRNA)
le génome humain peut coder environ ???? miRNA
400-600 micro ARNs
à la base, on pensait que les ncRNAs étaient des…
bruits de fond transcriptionnel générés par liaison aléatoire de ARN polymérase à des séquences d’ADN ressemblantes à des promoteurs
les miRNA et les siRNA font partie de quel type de ncRNA
les iRNA (RNA interference)
différence entre lncRNA et miRNA
lncRNA plus de 200 nucléotides
miRNA moins de 200 nucléotides
les lncRNA, miRNA et siRNA régulent l’expression des gènes au niveau…
transcriptionnel, post-transcriptionnel et au niveau de l’épissage du pré-ARNm
les lncRNA, miRNA et siRNA participent à…
formation d’hétérochromatine, modification des histones, ciblage de méthylation et silençage des gènes
vrai ou faux, les lncRNA, miRNA et siRNA peuvent être impliqués dans différentes pathologies comme le cancer
vrai
vrai ou faux, les miRNA et les siRNA peuvent être impliqués dans des phénomènes épigénétiques
faux, ce sont les lncRNA et les miRNA qui peuvent être impliqués
iRNA joue un rôle important dans…
défense des cellules contre les séquences nucléotidiques parasites (virus et transposons)
iRNA est un processus biologique dans lequel…
molécule d’ARN inhibent l’expression ou la traduction des gènes en neutralisant les molécules d’ARNm ciblées
qui suis-je? je peux inhiber de manière sélectiveet robuste l’expression des gènes d’intérêt spécifique lorsqu’introduit dans la cellule
siRNA synthétiques
le miRNA est une petite molécule de ncRNA d’environ ? nucléotides de long
22
miRNA aussi retrouvé chez…
plantes, animaux et certains virus
les miRNA fonctionne dans…
régulation post-traductionnel de l’expression génétique
les miRNA sont abondants dans plusieurs types de cellules mammifères, vrai ou faux
vrai
les miRNA semblent cibler quel pourcentage des gènes humains
environ 60%
la plupart des miRNA sont conservés entres les espèces ce qui permet…
de les étudier chez une souris par exemple et d’en comprendre la fonction chez l’humain
fonctionnement des miRNA
la plupart inhibent l’expression génétique en ciblant ARNm
fonctionnent via appariement de bases avec séquences complémentaires au sein des molécules d’ARNm ciblées
les molécules d’ARNm ciblées par miRNA sont silencées par quels processus
clivage du brin d’ARNm en 2 morceaux
déstabilisation de l’ARNm par clivage de la queue polyA
diminution de l’efficacité de la traduction d’ARNm en protéines
la biogenèse des miRNA se fait à quel endroit
dans le noyau
les gèes de miRNA sont généralement transcrits par…
ARN polymérase II
le transcrit de miARN est d’abord…
coiffé, polyadénylé et épissé
les miRNA font partie d’un transcrit précurseur contenant ???? appelé ???
1 ou plus miRNA
pri-miRNA
1 pri-miRNA peut contenir ???
1-6 précurseurs de miRNA appelés pré-miRNA
structure de chaque pré-miRNA
structure tige-boucle de 70-80 nucléotides
décrit la maturation des miRNA dans le noyau
- chaque structure d’ARN double brin des épingles à cheveux d’un pri-miRNA est reconnue par protéine nucléaire DGCR8 (ou pasha chez invertébrés)
- DGCR8 et enzyme Drosha forment un complexe microprocesseur
- activité enzymatique de Drosha découpe les pré-miRNA à partir du pri-miRNA
- CROPPING: Drosha libère les pré-miRNA (épingles à cheveux) des pri-miRNA à la base des épingles à cheveux
uen fois séparé du pri-miRNA par la Drosha, le pré-miRNA résultant a quelle particularité
2 nucléotides non-appariés à son extrémité 3’
décrit l’export des pré-miRNA
exportés vers cytoplasme par Exportin-5 qui reconnait les 2 nucléotides laissées à extrémité 3’ par drosha
le transport par Exportin-5 est dépendant de…
énergie du GTP lié à la protéine Ran (Ran-GTP)
décrit la maturation des pré-miRNA dans cytoplasme
- DICING: épingle à cheveux pré-miRNA est processé par Dicer
- Dicer = endoribonucléase qui coupe la boucle reliant les bras de l’épingle à cheveux et donnant un duplex miRNA:miRNA* imparfait d’environ 22 nucléotides
dans le duplex miRNA:miRNA*, lequel est le brin guide et lequel est le brin passager
miRNA: brin guide
miRNA*: brin passager
vrai ou faux, l’un ou l’autre des brins du duplex peut potentiellement agir en temps que miRNA fonctionnel
vrai
qui choisi le brin à utiliser (brin guide miRNA)
Argonaute (Ago)
le brin guide, Ago et d’autres protéines forment ensemble
RISC (complexe de silencing induit par ARN)
dans RISC quelles composantes peuvent intéragir
miRNA et sa cible d’ARNm
vrai ou faux, miRNA mature ne fait pas partie du RISC
faux
autre nom de RISC
complexe miRNA ribonucléoprotéine (miRNP)
quel est le role que joue Ago dans RISC
Ago lie le miRNA mature qui va alors guider le RISC pour une interaction avec un ARNm cible
quels sont les 2 mécanismes d’action principaux de RISC
appariement étendu
appariement pas extensif
décrit l’appariement extensif
SLICING: si appariement entre miRNA et ARNm est étendu (presque parfait), ARNm cible est clivé et dégradé
vrai ou faux, certains Ago sont en mesure de cliver directement les ARNm cibles
vrai par exemple Ago2 humaine
décrit l’appariement non extensif (imparfait, partiel)
séquestration dans les P-bodies:
- si appariement pas extensif, Ago ne slice pas, la traduction est inhibée et ARNm est déstabilisé
- ARNm sont séquestrés dans des structures cytosoliques dites P-bodies (processing bodies) ou a lieu leur dégradation
décrit les P-bodies
structures dynamiques contenant enzyme Dcp1 (decaping enzyme) ainsi que des enzymes de dégradation des ARNm
quels sont les 2 autres mécanismes d’action plus secondaires de RISC
- miRNA partiellement complémentaire peuvent inhiber l’initiation de la traduction de ARNm cible en se liant au début du ARNm
- miRNA partiellement complémentaire peuvent également accélérer la déadénylation entrainant ainsi la dégradation précoce des ARNm
les miRNA provoquent parfois aussi ???? des sites promoteurs qui affecte l’expression des gènes cibles
modification d’histones et méthylation de l’ADN
les miRNA ont certaines interactions avec quel supresseur de tumeur
quelles sont ces interactions
p53
certains miRNA sont régulés par p53 alors que d’autres régulent p53
différents miRNA peuvent affecter différentes étapes du…
cancer du sein
vrai ou faux, la majorité des miRNA sont extracellulaires
faux, intracellulaires
vrai ou faux, certains miRNA ont été découverts dans environnement extracellulaire (comme différents fluides biologiques et milieux de culture cellulaire)
vrai
nom donné généralement aux miRNA trouvés en milieux extracellulaires
miRNA circulant ou extracellulaire
2 types de miRNA qui peuvent affecter les diverses étapes du cancer du sein
oncogenic miRNA
tumor suppressor miRNA
vrai ou faux, des miRNA diagnostiques, prédictifs et prognostiques peuvent être impliqués dans le cancer du sein
vrai
qu’est-ce qu’un lncRNA
transcrit de plus de 200 nucléotides qui ne code pas pour une protéine
vrai ou faux, les lncRNA sont exprimés plus fortement que les gènes codants pour des protéines
faux, plus faiblement
vrai ou faux, les lncRNA sont généralement plus enrichis dans le cytoplasme
faux, plus enrichis dans les noyaux
vrai ou faux, les lncRNA montrent une plus faible conservation de séquence
vrai (même si certains sont fortement conservés)
les lncRNA sont ??? comme les ARNm codants mais ils ne sont pas ???
transcrits et matures
traduits
les gènes des lncRNA sont définis par…
position relative aux gènes codants situés à proximité
quels sont les types de lncRNA
lncRNA intergéniques
lncRNA antisens
lncRNA introniques
lncRNA divergents
décrit les lncRNA intergéniques
lincRNA localisés dans une région entre gènes
décrit les lncRNA antisens
transcrits dans direction opposée d’un gène codant et leur séquence chevauche en partie ou totalement gène codant associé
décrit les lncRNA introniques
contenus dans un intron d’un gène codant
décrit les lncRNA divergents
transcrits de façon divergente au promoteur d’un gène codant
les lncRNA peuvent contrôler l’expression de quels gènes et de quelle façon
voisins (en cis, action locale)
indépendamment de localisation de gènes cibles (en trans, action distale)
le contrôle des lncRNA sur l’expression des gènes cibles peut être soit…
positif (activation) ou négatif (répression)
à travers quels mécanismes les lncRNA peuvent-ils agir pour réguler l’expression génique
- diriger des modificateurs de chromatine vers gènes cibles spécifiques
- déplacer des régulateurs de l’expression (activateurs ou répresseurs) des séquences régulatrices de l’expression
- entrer en compétition avec miRNA et protéger les ARNm de la dégradation par miRNA (fonction éponge)
- moduler des évènements d’épissage et interférer avec la traduction
- promouvoir association des facteurs des séquences amplificatrices et promotrices pour initier la transcription
