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MMD1042.3 > Cours 1: Transcription De L’ADN > Flashcards

Cours 1: Transcription De L’ADN Flashcards

1
Q

Explique le flux de l’information génétique

A

Replication: ADN —> ADN
Transcription: ADN —> ARN
Traduction: ARN —> protéines

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Q

La transcription génère un […] synthétisé par […]

A

Polymère de ribonucleotides
ARN polymerase

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3
Q

L’ARN Polymérase synthétise dans le sens

A

5’ —> 3’

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4
Q

ARN est synthétisé sur un brin …

A

Matrice

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5
Q

ARN a la même séquence que […] mis à part 2 différences, lesquelles?

A

Brin codant
Ribonucleotides au lieu de nucleotides
U au lieu de T

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6
Q

Différences structurelles entre ARN et ADN

A

Sucre:
ARN = ribose (OH sur carbone 2)
ADN = déoxyribose (H sur carbone 2)

Bases azotées:
ARN = uracil
ADN = thymine

Nb de brins:
ARN = monocaténaire (1 brin)
ADN = bicaténaire (2 brins)

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7
Q

À cause de l’interaction entre ses bases, l’ARN possède…

A

Une structure secondaire et tertiaire

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8
Q

Appariement des bases d’ARN

A

A—U (2 ponts H)
G—C (3 ponts H)

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9
Q

Qu’est-ce qu’un pseudoknot

A

Appariement de bases entre 2 régions simple brin de boucles différentes

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10
Q

Que ce passe-t-il de façon générale avec la double hélice d’ADN lors de la transcription

A

Déroulement de l’ADN au fur et à mesure de la synthèse d’ARN par ARN polymerase
Réformation de la double hélice derrière l’ARN polymerase

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11
Q

Qu’est-ce qu’un hétéroduplex

A

Courte région d’hélice hybride ADN/ARN formée de manière transitoire lors de la transcription (contient environ 9 nucleotides)

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12
Q

Nomme les 5 caractéristiques principales de ARN polymerase

A

1) synthèse en copiant un brin matrice d’ADN
2) transcrit 5’ —> 3’
3) pas besoin d’amorces
4) transcription n’a pas besoin d’être aussi précise que la réplication donc pas de système de correction
5) crée des liens phosphodiester entre les ribonucléotides en son site actif

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13
Q

Puisque ARN est synthétisé 5’ —> 3’, le brin matrice doit être lu dans quel sens

A

3’—>5’

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14
Q

La transcription commence et termine à des séquences précises d’ADN, quels sont elles?

A

Promoteur (site d’initiation)
Terminateur (site de terminaison)

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15
Q

Pour initier/terminer la transcription, on a besoin de…

A

Facteurs protéiques et signaux dans ADN

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16
Q

Quel est le facteur de la transcription des procaryotes

A

Facteur sigma

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17
Q

Le facteur sigma s’associe à […] pour former […]

A

ARN polymerase
Complexe d’initiation de la transcription

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18
Q

ARN polymerase (avec son facteur sigma) est recrutée à quel niveau

A

Niveau du promoteur

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19
Q

Le facteur sigma est relâché

A

Environ 10 nucleotides après initiation de la transcription

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20
Q

ARN polymerase relâchée

A

Au niveau du signal stop (arrêt de la transcription)

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21
Q

Qu’est-ce qu’une séquence consensus/canonique

A

Ordre calculé des nucléotidiques (acides nucléiques) ou des acides aminés (protéines) trouvés à chaque position dans un alignement de séquences

Une séquence consensus représente les résultats de l’alignement de séquences multiples apparentées qui sont comparées entres elles

Des pourcentages de motifs de séquences similaires sont calculés

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22
Q

Le facteur sigma est nécessaire à initiation de la transcription parce que il permet…

A

La sélection du promoteur du gène à transcrire

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23
Q

Vrai ou faux? Les gènes ont tous le même promoteur

A

Faux, chaque gène a un promoteur qui lui est propre mais tous les promoteurs ont des caractéristiques similaires

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24
Q

Vrai ou faux, il existe plusieurs facteurs sigma chez les procaryotes

A

Vrai

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25
Q

Le facteur sigma s’associe à […] pour former […] et ensuite se lier au […]

A

ARN polymerase
Complexe d’initiation de la transcription
Promoteur

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26
Q

Typiquement les facteurs sigma reconnaissent quoi

A

Paire de courtes séquences conservées: boîtes -10 et -35

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27
Q

La position des séquences consensus -10 et -35 dicte quoi

A

Brin à utiliser
Sens de transcription

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28
Q

Qu’est-ce que la séquence consensus des promoteurs

A

Séquence idéale obtenue par analyse statistique des fréquences des bases à chaque position

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29
Q

Plus la séquence du promoteur est similaire à séquence consensus idéale…

A

Plus affinité du facteur sigma est grande et plus efficacité de l’initiation de la transcription est grande
Ça fait donc un promoteur plus fort

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30
Q

Décrit la séquence -10

A

TATAAT: 10 pb avant le promoteur, pt de repère pour assemblage du complexe d’initiation

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31
Q

Quelle est la séquence -35

A

TTGACA

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32
Q

RAPPEL: quelles sont les liaisons chimiques faibles impliquées dans les interactions entre molécules

A

forces de Van der Waals
ponts hydrogene
liens ioniques
interactions hydrophobes

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33
Q

quelles sont les étapes de la reconnaissance moléculaire chez les procaryotes

A

1- facteur sigma s’associe à ARN polymérase avant la transcription
2- complexe d’initiation va se fixer sur promoteur: contact entre ARN polymérase et promoteur cause ouverture locale de la double hélice (bulle de transcription)
3- initiation de la synthèse d’ARN
4- relachement du facteur sigma apres synthese d’une chaine d’environ 10 ribonucléotides
5- élongation
6- reconnaissance du signal de terminaison: forme que prend ARN grace aux appariement locaux donc quand ARN se met sous cette forme c’est l’indication pour que ARN polymérase relache l’ARN
7- ARN polymerase se detache, libération de ARN; ARN polymerase est prete pour une nouvelle transcription (peut aller retrouver un facteur sigma)

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34
Q

vitesse de synthese de l’ARN

A

50 ribonucléotides/sec

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35
Q

lorsque l’ARN polymerase est relaché au niv. des signaux de terminaison, c’est que…

A

la transcription est terminée

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36
Q

ou se trouve le signal de terminaison procaryote

A

à l’extrémité 3’ de ARN synthétisé (encodé dans ADN)

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37
Q

quel est le signal de terminaison des procaryotes

A

séquence d’ARN transcrite complémentaire qui permet la formation d’une tige-boucle (“hairpin”) qui crée une contrainte au niv. du complexe d’ARN polymérase
composé de 2 séquences riches en G–C qui forment une tige-boucle suivi d’une série de U

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38
Q

vrai ou faux, il n’y a qu’un seul type de terminateur chez les procaryotes

A

faux, il y en a plusieurs mais ils ne seront pas abordés en classe

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39
Q

les eucaryotes utilisent combien d’ADN polymérase

A

3

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40
Q

quels sont les types d’ARN produit par les eucaryotes et leur ARN polymérase respectif

A

1) ARNm = ARN polymérase II
2) ARNr = ARN polymérase I
3) ARNt = ARN polymérase III
4) Petits ARN (ex: snRNA ou snoRNA) = ARN polymérase III

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41
Q

type d’ARN utilisé dans différents processus cellulaires

A

petits ARN

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42
Q

ARN qui compose les ribosomes

A

ARNr

43
Q

ARN qui code pour des protéines

A

ARNm

44
Q

ARN qui sert d’adaptateur pendant la synthèse protéique

A

ARNt

45
Q

vrai ou faux, le promoteur eucaryote a la meme complexité que le promoteur procaryote

A

faux, beaucoup plus complexe chez eucaryotes

46
Q

composante principale du promoteur eucaryote

A

boite TATA

47
Q

localisation de la boite TATA

A

-25 pb = 25 pb avant le site d’initiation

48
Q

la boite TATA sert de point de repere pour

A

assemblage du complexe d’initiation

49
Q

que font les facteurs généraux de transcription

A

reconnaissent boite TATA et s’y lient pour former le complexe d’initiation à la transcription

50
Q

quelles sont les autres séquences d’ADN conservées qui font partie du promoteur basal et quel est leur effet

A

CAAT box: -80 pb
GC box: -100 pb

augmentent efficacité du promoteur

51
Q

la CAAT box et la GC box sont liées par

A

des facteurs généraux de transcription (GTF) et par des facteurs protéiques activateurs spécifiques

52
Q

les facteurs spécifiques d’activation se lient à

A

des séquences “enhancer”

53
Q

les facteurs spécifiques de répression se lient à

A

des séquences “silencer”

54
Q

les enhancer/silencer peuvent se trouver ou?

A

à des milliers de pb en amont ou en aval du promoteur

55
Q

ARN polymérase nécessite ??? pour initier la transcription

A

facteurs protéiques et des signaux d’ADN

56
Q

lorsque les facteurs généraux de transcription s’Associent à ARN polymérase II, que ce passe-t-il

A

formation du complexe d’initiation

57
Q

quels sont les facteurs généraux de transcription chez les eucaryotes

A

TFIID (sous-unité TBD & sous-unités TAF)
TFIIB
TFIIF
TFIIE
TFIIH

58
Q

quel facteur général reconnait la boite TATA

A

sous-unité TBD du TFIID

59
Q

quel facteur général déroule ADN au site d’initiation, phosphoryle Ser5 de ARN polymérase CTD et relache ARN polymérase du promoteur

A

TFIIH

60
Q

quel facteur général reconnait d’autres séquences d’ADN proche du site d’initiation et régule la liaison à ADN par la sous-unité TBD

A

sous-unité TAF de TFIID

61
Q

quel facteur général attire et régule TFIIH

A

TFIIE

62
Q

quel facteur général reconnait l’élément BRE des promoteurs et positionne ARN polymérase au début du site d’initiation

A

TFIIB

63
Q

quel facteur général stabilise l’interaction de ARN polymérase avec TBD et TFIIB et aide à attirer TFIIE et TFIIH

A

TFIIF

64
Q

vrai ou faux, l’initiation de la transcription chez les eucaryotes nécessite plusieurs facteurs généraux

A

vrai

65
Q

ARN polymérase se fixe au niveau de…

A

promoteur

66
Q

ARN polymérase est fixé à la boite TATA par…

A

facteurs de transcription

67
Q

est-ce que l’ARN polymérase reconnait directement le promoteur?

A

NON, ce sont d’abord les facteurs généraux TFIID et TFIIB qui s’associent à ADN du promoteur ce qui permet ensuite à ARN polymérase de s’y lier

68
Q

décrit les étapes de l’assemblage du complexe d’initiation, de l’initiation et de l’élongation de la transcription des eucaryotes

A

1- reconnaissance de la boite TATA par TBP de TFIID (TATA binding protein)
2- recrutement de TFIIB par TFIID qui est lié à ADN
3- recrutement ARN polymérase II et des facteurs généraux TFIIF, TFIIE et TFIIH
4- ARN polymérase + facteurs généraux = complexe d’initiation
5- TFIIH cause séparation des 2 brins d’ADN
6- TFIIH effectue la phosphorylation (fn kinase) de queue C-terminale de ARN polymérase
7- phosphorylation cause la libération des autres facteurs de transcription (TFIIB, TFIIE, TFIIF et TFIIH)
8- libération de GTF annonce à ARN polymérase que tout est en place pour commencer la transcription et élongation de la chaine d’ARN DONC C’EST LE SIGNAL DE DÉPART

69
Q

est-ce que TFIID est libéré suite à la phosphorylation

A

non, TFIID et donc TBD continuent dans le processus d’élongation

70
Q

vrai ou faux, dans un noyau l’ARN des eucaryotes est transcrit puis modifié mais jamais en meme temps

A

faux, l’ARN est transcrit et modifié simultanément

71
Q

quelles autres molécules peuvent se lier à la queue C-terminal de l’ARN polymérase

A

des facteurs de maturation des pré-ARNm

72
Q

la terminaison chez les eucaryotes est couplé à

A

la polyadénylation

73
Q

quel est le terminateur eucaryote

A

séquence dans le pré-ARNm transcrit (AAUAAA)

74
Q

vrai ou faux, AAUAAA est aussi le signal de polyadénylation

A

vrai

75
Q

que ce passe-t-il avec le pré-ARNm lors de la terminaison

A

il est clivé et polyadénylé, l’ARN polymérase se détache ensuite

76
Q

qu’est-ce que la demi-vie de l’ARN

A

temps nécessaire pour arriver à 50% de la qté initiale

77
Q

ARN est constamment synthétisé et dégradé pour assurer quoi?

A

régulation stricte de son abondance

78
Q

abondance (qté totale) d’ARN est régulée au niveau de quoi?

A

initiation de la synthèse (transcription) et dégradation

79
Q

en moyenne, quelle est la durée de vie d’un ARNm dans une cellule eucaryote

A

4,8 minutes

80
Q

l’adaptation des cellules aux conditions changeantes de l’environnement implique

A

des changements dans les patrons d’expression des gènes (soit induits ou réprimés)

81
Q

la régulation de la transcription permet…

A

expression des gènes au bon moment selon les besoins de la cellule

82
Q

l’efficacité de la transcription/taux de transcription est déterminée par ??? et cela a donc un impact sur ???

A

qté d’ARN synthétisé
qté de protéines produites

83
Q

taux de transcription d’un gène est régulé au niveau de…

A

l’initiation par séquence du promoteur et les facteurs de transcription spécifiques qui s’y attachent

84
Q

vrai ou faux, la vitesse d’élongation varie selon les facteurs de transcription spécifiques utilisés

A

faux, elle reste toujours la meme = 50 ribonucléotides/sec

85
Q

que font les facteurs spécifiques d’activation

A

facilitent assemblage des facteurs généraux et de l’ARN polymérase sur le promoteur

86
Q

que font les facteurs spécifiques de répression

A

empechent l’assemblage sur promoteur

87
Q

la régulation est faite par des facteurs protéiques qui…

A

stimulent/inhibent la transcription

88
Q

les facteurs protéiques se lient à des régions de contrôle spécifiques sur ADN en amont ou en aval du promoteur, quelles sont elles

A

enhancers = séquences qui activent transcription
silencers = séquences qui inhibent la transcription

89
Q

les facteurs spécifiques reconnaissent…

A

les séquences spécifiques sur ADN et s’y lient

90
Q

la liaison d’un facteur spécifique sur une séquence spécifique de ADN entraine quoi?

A

changement de conformation de ces complexes et de ADN qui active ou inhibe la transcription

91
Q

les facteurs d’activation peuvent recruter quoi?
comment comparent les facteurs de répression?

A
  • facteurs généraux et ARN polymérase
  • complexes de remodelage de la chromatine (décondenser la chromatine)
  • modificateurs de chromatine

facteurs de répression font le contraire

92
Q

la liaison d’une protéine activatrice à ADN cause…

A

une boucle d’ADN qui permet l’intéraction malgré la distance de l’activateur à ARN polymérase

93
Q

les facteurs spécifiques de transcription comportent quoi?

A

1 domaine spécifique de liaison à ADN (DBD)
1 domaine d’activation (TAD pour protéine d’activation) ou 1 domaine de répression

94
Q

estce que les facteurs de transcription spécifiques peuvent contenir un autre domaine?

A

oui, peuvent contenir un domaine de réponse à un signal (SSD) par exemple un domaine de liaison à une hormone stéroïdienne

95
Q

les facteurs protéiques agissent en…

A

complexe protéiques en s’associant aux séquences d’ADN

96
Q

qu’est-ce qui détermine la vitesse d’initiation de la transcription

A

les facteurs de transcription qui se lient à ADN et les complexes protéiques qui se lient à ces facteurs

97
Q

vrai ou faux, le complexe d’initiation à la transcription est le meme pour tous les genes

A

vrai, ARN polymérase + facteurs généraux de transcription

98
Q

vrai ou faux, les facteurs de transcription et les complexes protéiques qui se lient aux régions régulatrices sont aussi les memes pour tous les genes

A

faux, ils sont en combinaison spécifique selon le gene

99
Q

décrit la modulation de l’activité des facteurs protéiques en cas d’effort physique

A

effort physique entraine production de glucocorticoïdes qui favorise la transformation du glycogène (énergie de réserve) en glucose

cette transformation est possible pcq présence d’une enzyme convertissant le glycogène

cette enzyme n’est pas constamment présente dans la cellule, elle est synthétisée seulement au besoin

sa synthèse est modulée par la présence de glucocorticoïdes

100
Q

donne des exemples de facteurs de transcription qui remodèlent la chromatine

A

acétylase d’histone, déacétylases, complexes de remodelage de la chromatine

101
Q

le recrutement d’acétylase d’histone est fait par…
pk?

A

facteur de transcription activateur
puisque les queues d’histones acétylées donnent une meilleure accessibilité à ADN ce qui favorise la transcription

102
Q

le recrutement de déacétylase d’histone est fait par…

A

facteur de transcription répresseur
inhibe la transcription

103
Q

le recrutement d’un complexe de remodelage de chromatine se fait par…
pk…

A

facteur de transcription activateur
puisqu’il fait glisser les nucléosomes qui masquent le promoteur et donc favorise l’initiation de la transcription

104
Q

ouverture de la chromatine par recrutement d’acétylase d’histone (HAT) et le remodelage de la chromatine pour accéder au promoteur par recrutement d’un complexe de remodelage de la chromatine ont quel effet commun

A

recruter les facteurs généraux et ARN polymérase pour activer la transcription

MMD1042.3 (11 decks)

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