Cours 6 Flashcards
qu’est-ce qu’un activateur? et un répresseur?
activateur: active la transcription d’un gène en recrutant des protéines sur le promoteur
répresseur: inhibe la transcription d’un gène en recrutant des modificateurs de nucléosomes
qu’est-ce un enhencer? a quoi ça sert?
plusieurs sites activateurs regroupés en une seule unité
quel problème peut engendrer l’activation des gènes a distance?
l’activateur lié a l’enhenceur peut controler plusieurs gènes à sa portée plutôt qu’un seul
quelle structure permet de réguler le controle a distance des enhencers? comment ces structures fonctionnent-elles
les isolateurs
ils sont situés entre l’enhencer et le promoteur et bloquent l’activation du promoteur induite par l’activateur
quel est la fonction de Gal 4?
où se lie-t-il?
comment réagit-il en présence de galactose?
active la transcription des gènes galactose chez S. cerevisiae
il lie 4 sites (SAAg) situés à 275 pb en amont de Gal 1
il active la transcription de Gal 1 en présence de galactose
Vrai ou Faux
Un DLA bactérien peut remplacer un DLA eucaryote
Vrai
il n’y a pas de différence fondamentale dans la facon dont ils lient l’ADN
Sous quel forme la plupart des régulateurs bactériens lient l’ADN? Comment?
sous forme de dimère
chaque monomère insert un hélice alpha dans le grand sillon
quel motif est employé par la grande majorité des protéines bactériennes?
hélice-coude-hélice
qui a découvert la structure cristtalline de l’hélice-coude-helice?
McKay et Steitz
Pabo et Lewis
ou se lie la 1ere hélice dans le modèle hélice-coude- hélice? et la 2e hélice?
1ère helice: dans le grand sillon pour reconnaitre des paires de base spécifiques
2e hélice: crée des contacts
nommez 1 régulateur bactérien qui se lie sous forme d’hétérodimère? et sous forme de monomère?
hétérodimère: AP-1
monomère: NF-1
Qu’est-ce qu’un homéodomaine chez les eucaryotes?
Région de 60 A.A. très conservés dont la structure 3D est de type HCH
quelle est la séquence consensus de l’homéodomaine?
TAATNN
Quel est le plus commun des domaines de liaison de l’ADN? Où l’a t-on identifié la première fois?
Domaine en doigt de zinc
TFIIA
Quelle est la composition des domaines en doigt de zinc?
2 résidus cystéine + 2 résidus histidine
le domaine en doigt de zinc comprend une structure de 30 A.A qui se replie pour former quelle structure?
Quelle portion permet la liaison a l’ADN?
2 barreaux bêta antiparallèle suivi d’une hélice alpha
l’hélice alpha
Comment est la structure de l’activateur Sp1?
3 structures en doigt de zinc consécutive
comment le zinc est-il recruté dans la structure en doigt de zinc?
par 4 résidus cystéines
comment fonctionnent les récepteurs glucocorticoïdes?
ils ont 8 cystéines pouvant lier 2 atomes de zinc
quelle est la fonction d’une fermeture a glissière?
elle combine les surfaces de dimérisation et la liaison à l’ADN dans une même molécule.
qui a identifier la fermeture a glissière initialement?
Steven L. McKnight
quelles sont les structures essentiels a la dimérisation dans la fermeture à glissière?
une région de leucines (4-6) séparés par intervalle de 7 résidus
Vrai ou Faux
les fermetures à glissière forment des homodimères
Vrai
mais ils forment aussi des hétérodimères
que permet l’arrangement particulier des leucines dans la fermeture à glissière?
la formation d’une hélice alpha avec une interface très hydrophobe
le motif hélice-boucle-hélice comprend 2 régions, lesquelles? comment sont-elles liés ensemble?
hélice de reconnaissance a l’ADN
hélice alpha plus courte
elles sont séparées par une boucle flexible
pourquoi peut-on dire que le motif hélice-coude-hélice ressemble a la fermeture leucine?
car il possède une région basique pour la liaison de l’ADN et une région permettant la dimérisation
quelle est la région conservée du motif hélice-boucle-hélice?
la boite E = CAXXGT
Vrai ou Faux
la région activatrice a une structure définie
Faux
aucune structure définie
pourquoi dit-on que la région activatrice de gal 4 est acide?
a cause de sa prépondérence en acide aminé acides
de quoi est constitué l’Activateur Sp1? et l’activateur CTF1?
sp1 est riche en glutamine
CTF1 riche en proline
a quoi servent les modificateurs de nucléosomes? par quoi peuvent-ils être recrutés?
aident a l’initiation
sont recrutés par les activateurs
le recrutement de modificateurs de nucléosome peut aider a activer un gêne empaqueté dans la chromatine. Nommez 2 mécanismes de régulation.
- un activateur se lie a un site sur un nucléosome. il recrute une histone acétyl-transférase qui va ajouter des groupements acétyl permettant de déserrer l’ADN et de découvrir le promoteur
- un activateur se lie a un site sur un nucléosome et recrute un complexe modifiant la chromatine (SWI/SNF) rendant le promoteur accessible a la machinerie transcriptionnelle
l’acétylation ne permet pas seulement de décompacter l’ADN, que peut-elle faire d’autre?
crée des sites de liaisons spécifiques contenant des bromodomaines qui peuvent être reconnus par TFIID
Gal 4 peut interagir avec 3 composants permettant une activité d’acétylation, lesquels?
Médiateur
SAGA (contient des TAFs)
TFIID
Comment se nomme la séquence cible reconnue par GAL 4?
UAS
Quelle est la fonction de GAL 80? que se passe-t-il avec Gal 80 en présence de galactose?
elle bloque le domaine d’activation UAS
Legalactose induit l’expression de Gal 3 qui modifie Gal 80 permettant de rendre accessible la région UAS.
Il y a alors recrutement de SAGA qui recrute TBP a la boite TATA et il y a amorce de la transcription de Gal1
Qu’est-ce qui active le gène HSP70 chez la drosophile? par quels activateurs ce gène est-il contrôlé?
Activé par un choc thermique
GAF-1 et HSF controlent HSP70
quelle est la fonction de GAF-1?
Que se passe-t-il en absence de HSG?
se lie a l’élément GATA pour recruter les composantes de la machinerie transcriptionnelle
En absence de HSF la polymérase qui a initié la transcription s’arrête a 25 pb en aval du promoteur
Quel est le mode de fonctionnement du promoteur HSP70?
avant le choc thermique les résidus sérines 5 sur l’a-CTD de la polymérase sont partiellements phosphorylés. La queue a-CTD est complexé avec DSIF et NELF
Choc thermique
Trimérisation de HSF qui recrute P-TEF qui phosphoyryle ser 2 de a-CTD + DSIF + NELF libérant l’enzyme
qu’est-ce qui fait en sorte que la polymérase s’arrête en absence de HSF?
DSIF et NELF obligent l’arrêt
Nommer un enhencer chez la bactérie. Quel est son fonctionnement?
IHF
lie des sites d’ADN en la courbant, ce qui aide l’activateur lié à l’ARN pol a atteindre le promoteur
À quoi sert la protéine CHIP?
aide la communication entre l’enhencer et le gène chez la drosophile
Si un enhencer active un gène spécifique a 50 kb, qu’est-ce qui l’empêche d’activer d’autres gènes dont les promoteurs sont dans le rayon?
les isolateurs
ils inhibent l’activation du gène induite par l’activateur en bloquant la communication
Où sont exprimés les gènes APO? a quoi servent-ils?
dans l’intestin et le foie
sont essentiels au métabolisme et a la redistribution des lipides et des lipoprotéines
Quels sont les constituants prédominants des HDL?
APOA1, APOA4, APOA5
Quelle est la fonction de CTCF?
en association avec la cohésine (RAD21, Scc1), il se lie aux isolateurs AC2 et AC3 pour former 2 boucles
permet de rapprocher l’enhencer C3E des promoteurs et bloquer la fonction enhancer pour réprimer la transcription
quelles sont les globines humaines et quand sont-elles exprimés?
epsilon gamma G gamma A delta bêta
ne sont pas tous exprimés en même temps
on dit que les multiples activateurs sont synergiques, expliquer
l’effet des 2 activateurs ensemble est plus grand que la somme des 2 séparés
la synergie peut se faire de 3 facons, lesquelles?
- plusieurs activateurs peuvent recruter un composant
- plusieurs activateurs peuvent recruter plusieurs composants
- de multiples activateurs s’entraident pour lier leur site
qu’est-ce que la coopérativité?
condition où la liaison de l’un dépend de la liaison de l’autre
le répresseur lamda est un exemple d’action synergique. comment fonctionne-t-il?
les monomères lamda forment des dimères lamda qui forment des tétramères lamda qui vont se lier a l’opérateur lamda
Les gènes HO fonctionnent sous 2 conditions, lesquelles? comment ces conditions sont-elles communiquées dans la cellule?
sont exprimés dans la cellule mère seulement a un certaine moment du cycle cellulaire
les conditions sont communiquées via2 activateurs: Swi 5 et SBF
Quelle est la particularité de Swi 5 dans la liaison de l’ADN? et SBF?
Swi5: lie plusieurs sites a une certaine distance du gène sans aide
SBF: ne peut pas lier ses sites sans aide
Qu’est-ce qui permet la liaison de SBF a l’ADN?
Swi5 recrute des modificateurs de nucléosomes (HAT) agissant sur le site SBF permet a SBF de se lier
l’interféron beta est activé dans la cellule sous infection virale. quels sont les 3 activateurs ciblés?
quelle est leur fonction?
NF-KB, IRF, Jun/ATF
ils lient de facon coopérative un site compacté d’un enhancer pour former une structure appelée enhanceome
quelle est la fonction de HMGA1?
redresse l’ADN enhancer pour activer le coactivateur CBP
expliquer le contrôle combinatoire?
un gène est contrôlé par 4 signaux sur 4 activateurs indépendants. un autre gène peut être contrôlé par 3 signaux sur 3 activateurs indépendants. Il est possible que ces 2 gènes aient un activateur/signal commun permettant le controle combinatoire
pourquoi dit-on que SP1 est ubiquitaire?
il est exprimé dans presque toutes les cellules
nommez 4 stratégies adoptées par les répresseurs eucaryotes?
- l’activateur et le répresseur partage la même séquence (compétition)
- le répresseur peut masquer le domaine de l’activateur (répression indirecte)
- recrutement d’une histone désacétylase qui enlève les groupements acétyls sur le nucléosome et rend indisponible le site d’activation
- la liaison du répresseur sur son site inhibe l’activateur
qu’est-ce que Mig 1? quel est son mécanisme d’action?
Mig 1: répresseur de Gal 1
il réprime la transcription de Gal1 en recrutant une Tup 1
Tup 1 peut recruter des histones désacétylases ou interagir directement avec la machinerie transcriptionnelle
comment se fait l’expression d’un gène chez la bactérie? chez les eucaryotes?
bactérie: petite molécule relargué par une cellule et recue par une autre (changement allostériques)
eucaryotes: voie de transduction du signal (régulateurs transcriptionnels)
Quel est le principe général de la voie de transduction du signal?
un ligand se lie a un récepteur de surface cellulaire. il y a communication au domaine intracellulaire où il y a une cascate de protéine kinase
expliquer le mécanisme de la voie STAT?
activation du récepteur par son ligand
provoque le rapprochement de 2 récepteurs qui induit la kinase de chacun des récepteurs a phosphoryler des domaines intracellulaires.
les sites phosphorylés sont reconnus par STAT qui se dimérise et entre dans le noyau
comment fonctionne E2F sur le cycle cellulaire? par quoi est-il régulé?
contrôle l’entrée en phase S du cycle cellulaire
régulé par le répresseur Rb qui bloque l’activation des gènes cibles et recrute une désacétylase. la phosphorylation de Rb l’empêche de se lier a E2F.
comment est régulé le dimère Nf-kB?
il est maintenu inactif dans le cytoplasme par IkB
la signalisation par un récepteur activa la kinase Ikk qui phosphoryle IkB et libère NF-Kb
quel est le mécanisme des récepteurs nucléaires?
GR peut aussi bien réprimer que activer un gène selon la nature. En absence de son ligand, GR est maintenu avec Hsp90 et HSP70
que lie le GRE répresseur? et le GRE activateur?
GRE répresseur: lie HDAC
Gre activateur: lie CBP
