Cours 1 Flashcards
Où retrouve-ton les bases azotées dans la structure de l’hélice de l’ADN?
Se projettent à l’intérieur
Sont accessibles par les petits et grands sillons
Quelle est la longueur du pas d’hélice du petit sillon?
1,2 nm
Quelle est la longueur du pas d’hélice du grand sillon?
2,2 nm
Quelle réaction permet la formation d’un nucléotide?
réaction de condensation
permet la formation d’un lien phosphoester et d’un lien glycosyle
quel type de lien relient les nucléotides entre-eux?
lien phosphodiester
Quelles sont les 2 classes de base de l’ADN? quelles bases comprennent chacune de ces classes?
Purine : A G
Pyrimidine : C T U
Chaque base existe sous deux configuration en équilibre. Comment appelle-t-on ce phénomène?
État tautomérique
Dans les molécules d’ADN, quel état tautomérique est requis?
État amino est requis
Quelle est la condition prérequise pour que l’appariement watson-crick soit possible?
Les bases doivent être dans leurs états tautomériques préférentielles
Les liaisons H entre les bases assurent quoi? (2)
Stabilité thermodynamique de l’hélice
Spécificité d’appariement des paires de bases
Qu’est-ce qui assure la stabilité de la double hélice? (3)
Entropie
Empilement des bases
Influence hydrophile/hydrophobe
Comment est la polarité de l’armature sucre-phosphate? et celle de la partie intérieure de l’ADN?
polaire (hydrophile)
relativement non polaire (hydrophobe)
qu’est-ce que le pivotement de base?
quelle est l’avantage de ce processus?
se produit lorsque certaines bases ressortent de la double hélice
les bases retournées deviennent ligand de certains enzymes
À quoi servent les méthyltransférases?
À balayer les bases d’ADN jusqu’à trouver la base a modifier
qu’est-ce que la périodicité?
nombre de paire de base requis pour faire un tour d’hélice
quelles sont les 2 angles qui séparent les 2 sucres de chaque paire?
120 et 240
Quel sillon contient le plus d’information? pourquoi?
Le grand sillon
contient toute l’information pour faire la distinction avec les possibilités de paire de base (on reconnait A-T de T-A) les séquences dans le petit sillon font des palindromes donc le sens n’est pas reconnaissable
Quelles sont les 3 formes de la double d’hélice d’ADN?
quelle est leur péridiocité?
B: 10 pb/tour
A: 11 pb/tour
Z: 12 pb/tour
Comment sont organisés les hélices d’ADN A, B et Z ?
B: Grand et petit sillon
A: Grand sillon étroit , Petit sillon + large et - profond
Z: Grand sillon applatie à la surface de l’hélice, Petit sillon très étroit et plus profond
Quelle type d’hélice est plus près des conditions physiologiques?
Solution pauvre en eau
Quelle est la périodicité de l’hélice de l’ADN? (grand et petit sillon)
3,4
Avec un ADN à hélice à droite, le lien glycosyle est toujours en configuration________
Anti
Avec un ADN à hélice à gauche, le lien glycosyle est en configuration____________
Syn (résidus purique) ou anti (résidus pyrimidiques)
De quoi a lair une molécule avec une alternance de configuration syn-anti?
zigzag
De quoi est composé le squelette de chacun des brins d’ADN?
Alternance de sucre-phosphate
Qu’est-ce qu’un nucléotide?
phosphate attaché à un ose (2’désoxyribose) et auquel la base azotée est reliée
Quelle est le type de réaction qui contribue à la formation d’un nucléoside? Quelles sont les groupements fonctionnels impliqués?
Condensation
Oh du carbone 1 du pentose et H de l’azote de la base
Quel état prédomine pour l’azote chez les purines et les pyrimidines ? (amino ou imino)
État amino prédomine
Quelle est la différence entre l’État amino et l’état imino?
et céto et énol?
Amino: NH2
Imino: NH
Céto: C=O
Énol: C-OH
Pour les bases T et G quel état prédomine? (céto ou énol)
L’état céto prédomine
Comment les 2 brins sont-ils reliés entre-eux?
Par des liens chimiques faibles non-covalents (liens hydrogènes)
Quelle est le code d’une paire de base A-T dans le grand sillon?
ADAM
Quelle est le code d’une paire de base G-C dans le grand sillon?
AADH
Quelles sont les conséquences d’un arrangement en hélice d’avion? (2)
Modification locale du nombre de pb/tour (périodicité)
grands et petits sillons de largeurs différentes
Quel type d’ADN peuvent avoir des configurations syn/anti?
ADN-B et ADN-Z
Vrai ou Faux
de l’ADN contenant une alternance de purine et de pyrimidine peut s’enrouler autant avec un pas a gauche qu’un pas a droite. Pourquoi?
Vrai
la liaison qui relie la base au sommet peut adopter 2 configurations. Syn ou Anti
Dans quelles conditions retrouve-t-on l’ADN A?
Conditions pauvre en eau et riche en sel
Pour l'ADN-A: proportion? Pas d'hélice? Périodicité? Configuration du lien glycosyle?
courte et large
Pas d’hélice à droite
environ 11 pb/tour
Configuration anti
Pour l'ADN-B: proportion? Pas d'hélice? Périodicité? Configuration du lien glycosyle?
Longue et mince
Pas d’hélice à droite
environ 10 pb/tour
configuration anti
Pour l'ADN-Z: proportion? Pas d'hélice? Périodicité? Configuration du lien glycosyle?
Étirée et fine
Pas d’hélice à gauche
environ 12 pb/tour
configuration anti pour les C et syn pour les G
Donner un moyen de séparer les brins d’ADN? est-ce que cette réaction est réversible? Comment?
Augmenter la température / pH
La dénaturation est réversible si on abaisse tranquillement la température (hybridation)
Qu’est-ce que l’hyperchromicité? Qu’est-ce qui explique ce phénomène?
Phénomène observée lorsque l’absorbance d’une solution d’ADN augmente suite a une augmentation de la température.
L’ADN simple brin absorbe plus fortement les UV que l’ADN double brin
Quels sont les 2 facteurs faisant varier la température de fusion (Tm) ?
concentration de sel
concentration de CG
Quelle est l’effet de la force ionique sur la température?
Plus la force ionique est élevée, plus la Tm augmente
Vrai ou Faux
à basse force ionique, les charges ioniques sont efficacement antagonisées par les sels
Faux
à HAUTE force ionique
Qu’est-ce qu’un plasmide?
Petits éléments épigénétiques autoréplicatifs contenu dans les bactéries
Dans quelle condition l’ADN circulaire (ADNccc) peut-elle être séparée?
En coupant au moins un des 2 brins
les topoisomérases servent à couper les brins d’ADN
Qu’est-ce qui définit le nombre d’enlacement?
Le nombre de fois qu’un ADNccc doit passer à travers l’autre pour que les 2 brins soient séparés.
TOUJOURS UN NOMBRE ENTIER
Quelle formule décrit l’enlacement?
Enlacement (Lk) = nombre de torsion (Tw) + Nombre de supertours (Wr)
Qu’est-ce qui définit le nombre de torsion?
Nombre de tour d’hélice d’un brin autour de l’autre
Quelle est la particularité du nombre d’enlacement sur un ADN circulaire?
Le nombre d’enlacement est invariable
Quelle est la différence entre les supertours plectonémiques et les supertours toroïdaux?
plectonémiques: la double hé.ice s’enroule en spirale
toroïdaux: enroulement de l’axe longitudinale de la double hélice autour d’un cylindre imaginaire (eucaryote = autour du noyau de protéine)
Que permet l’enzyme DnaseI en condition douce?
Clivage
Élimine les surenroulement et relâche l’ADN. Les 2brins peuvent alors tourner l’un autour de l’autre
Pourquoi la séparation de l’ADN est plus facile en présence de surenroulement négatif?
Le surenroulement négatif est une forme d’énergie emmagasinée. Les régions en possédant ont tendance à se dérouler facilement.
Quel type de surenroulement est induit par le nucléosome?
surenroulement négatif
Qu’est-ce qu’un nucléosome?
petite structure nuclaire où l’ADN des eucaryotes est compactée
Quelles sont les topoisomérases? (2) quelle est la différence entre ces dernières?
Enzyme permettant le clivage d’un brin d’ADN
Topoisomérase 1: modifie la valeur du nombre d’enlacement d’un facteur 1
Topoisomérase 2: modifie la valeur du nombre d’enlacement d’un facteur 2
Vrai ou Faux
Les topoisomérases utilisent l’ATP
Topoisomérase 1: FAUX
topoisomérase 2: VRAI
Quelle est le mécanisme d’action de la topo1?
Clivage
transfert du brin non cassé à travers la cassure
Ligation
Quels sont les rôles des topoisomérases? (3)
Désenchainent, démêlent et éliminent les noeuds dans l’ADN
Les topoisomérases peuvent catalyser des réactions de ____________ et de _______________. Elles peuvent également effectuer la séparation de ______________
ou démêler _______________
caténation
décaténation
chromatides soeurs
des structures non communes
Vrai ou Faux
Seulement les topoisomérases 2 peuvent effectuer les réactions de caténation et de décaténation
Vrai si les 2 brins sont intacts
Faux si un brin est déjà coupé
Comment la brèche est-elle refermée suite a la coupure d’un brin avec une topoisomérase?
la topoisomérase conserve l’énergie de la coupure à l’intérieur du groupement phosphotyrosyle pour refermer la brèche après le clivage.
Qu’est-ce qui fait en sorte que l’ARN se distingue de l’ADN? (3)
ribose plutot que désoxyribose
uracile au lieu de thymine
généralement monocaténaire
Quels sont les 3 principaux types d’ARN et a quoi servent-ils?
ARN messagers: intermédiaire entre le gène et la machinerie cellulaire de synthèse des protéines
ARN transfert: adaptateurs entre les codons des ARNm et les acides aminés correspondant
ARN ribosomaux: rôle structuraux
Les ARNs peuvent se replier sur eux-même et former des structures secondaire de type tige-boucle. nommez 3 principales structures tige boucle
épingle à cheveux
hernies
simples boucles
Quelle est la séquence formant les tétra-boucles?
C(UUCG)G
Qu’est-ce qu’une enzyme?
Macromolécule qui fixe spécifiquement un substrat et y catalyse une réaction chimique particulière et qui répète cette série d’étape de nombreuses fois
Certains ARN sont des enzymes. Comment les appelle-t-on?
ribozyme
Quel est le premier ribozyme découvert? Comment agit-il?
RnaseP
Les ARNt sont traduits sous la forme de long précurseur. Ils doivent subir des clivages pour former des ARNm mature et c’est la RnaseP qui s’en occupe
De quoi est formé un ribozyme?
ARN: catalyse la réaction
Protéine: facilite l’association du substrat à l’ARN
qu’est-ce qu’un spliceosome? À quoi ca sert?
Ribozyme
catalyse les réactions de transestérification (base de l’épissage de l’ARN)
qu’est-ce que le ribozyme à tête de marteau?
ribonucléase séquence spécifique que l’on retrouve dans certains agents infectieux des plantes (viroïdes) qui dépendent de leur autoclivage pour se répliquer
Quel est le mécanisme d’action du ribozyme à tête de marteau à pH élevé?
- le groupement 2’OH est progressivement déprotoné
- les atomes d’oxygène en 2’ portent alors une charge négative
- Effectuent une attaque nucléophile du phosphate 3’ adjacent
- La réaction coupe la chaine de l’ARN en produisant un groupement phosphate cyclique et un groupement OH libre
Vrai ou Faux
Chaque ribozyme peut effectuer plusieurs clivage
Faux
réaction de clivage une seule fois
