Cours 3 Flashcards
quel est le dogme centrale de la biologie moléculaire
ADN —-Transcription—-ARN——Traduction—-Protéine
dans certains cas l’ADN peut se répliquer
combien de temps prend la division cellulaire environ? et la réplication de l’ADN?
division cellulaire: environ 16 heures
réplication de l’ADH: environ 10 heures
La réplication de l’ADN nécessite 2 choses principalement, lesquelles?
dNTP (désoxyribosetriphosphate)
Jonction amorce:matrice
qu’est-ce que la matrice?
et la jonction amorce matrice?
où le dNTP va s’accrocher?
matrice: ce que l’on veut copier
jonction amorce:matrice début (à partir de cet endroit que l’on copie)
le dNTP va s’accrocher à l’extrémité 3’OH de la jonction amorce:matrice
quel enzyme permet la réplication de l’ADN? quel est son mécanisme d’action?
La pyrophosphatase
- hydrolyse du phosphate alpha
- libération d’une molécule de pyrophosphate
- création d’une liaison
- la jonction amorce:matrice avance de 1 nt
combien de réaction l’ADN polymérase est-elle capable de catalyser?
4 réactions
il existe 4 bases
s’il y a un appariement incorrect des paires de bases, que ce passe-t-il au niveau de l’ADN polymérase
le phosphate n’est pas rapproché suffisamment pour qu’il y ait hydrolyse et le lien ne se fait pas (ou très peu souvent)
à quoi correspond la paume de la main (ADN polymérase) quelle est sa fonction?
2 ions métalliques divalents
un ion réduit le 3’OH en 3’O-
l’autre stabilise les phosphates bêta et gamma
que se passe-t-il s’il y a un mésappariement dans la paume?
l’affinité avec la jonction amorce matrice est diminué et l’amorce se lie au site exonucléase et l’ADN mésapparié est enlevé
Vrai ou Faux
le site catalytique de l’ADN polymérase et celui de l’exonucléase sont tous les deux dans la paume de la main
Vrai
quel est la fonction des doigts dans l’ADN pol? Sont-ils nécessaires à la réaction?
se referment sur le dNTP, rapproche le nucléotide des ions métalliques et augmente la vitesse catalytique. Ils induisent une une rotation de 90 degrés entre la 1ere base et la 2e base de la matrice. empêche les appariements avec les mauvaises bases
ils ne sont pas nécessaires à la catalyse
quel est la fonction du pouce?
stabilisation
association forte entre l’ADN pol et son substrat
Dans un tube, on veut répliquer une fragment d’ADN, qu’a-t-on besoin?
dNTPs
ADN polymérase
Amorce
Que veut-on dire par l’ADN polymérase est processive?
À chaque liaison a son substrat, l’ADN polymérase catalyse l’ajout de plusieurs nucléotides. L’étape limitante devient alors la liaison de la polymérase a sa jonction amorce:matrice
Vrai ou Faux
dans les cellules, les 2 brins d’ADN sont répliqués simultanéments
Vrai
comment se nomme l’endroit où l’ADN passe de 1 ADN bicaténaire a 2 ADN bicaténaire
la fourche de réplication
dans quel sens se fait la réplication de l’ADN?
5’ –> 3’
à quoi sert la primase?
une ARN polymérase consacrée à la fabrication d’amorces courtes sur la matrice monocaténaire. Elle va créer une jonction amorce matrice pour partir la réplication
à quoi sert la RnaseH?
Dégrade spécifiquement les ARN appariés à l’ADN . Elle enlève tout l’amorce formé par la primase, sauf le dernier nucléotide
quel enzyme enlève le dernier ribonucléotide?
Exonucléase 5’
Quel enzyme permet de remplir la brèche suite au retrait des nucléotides de la jonction créé par la primase?
l’ADN polymérase
à quoi sert la ligase?
À lier l’ADN nouvellement formé dans la brèche
vrai ou faux
les hélicases ne sont pas processives, mais ont une polarité
Faux
elles sont processives et ont une polarité
À quoi servent les SSB?
empêche les réappariements, la dégradation et la formation de boucles
explique le principe de coopérativité des SSB
lorsqu’un SSB est lié, les autres arrivent plus rapidement
Quel type de surenroulement l’hélicase induit-elle
surenroulement positif
quel enzyme permet de défaire le surenroulement positif induit par l’hélicase?
La topoisomérase
L’ADN polymérase a des spécialisation. Qu’est-ce qui différencie les polymérases eucaryotes des procaryotes dans la nomenclature?
procaryote: chiffre romain
eucaryote: lettre grecque
À quoi sert la pol alpha? comment est caractérisé sa processivité?
commence la réplication après que la primase ait fait le brin d’initiation.
processivité faible
à quoi servent la pol delta et la pol epsilon? quelle est la différence entre les 2? comment est caractérisée leur processivité?
prennent le relais de la pol alpha
pol epsilon: brin continu
pol delta: brin discontinu
processivité élevée
L’anneau coulissant a quel lien avec l’ADN? et avec l’ADN pol? quel est son influence sur la processivité?
il encercle l’ADN
à une très forte affinité pour l’ADN pol
Augmente beaucoup la processivité
quelle est la fonction de l’anneau coulissant?
garde l’ADN pol près de son substrat et l’empêche de s’éloigner.
L’ADN pol à une très forte affinité avec l’anneau coulissant a condition que…… ?
qu’elle soit dans une jonction amorce:matrice
Que fait l’anneau coulissant quand l’ADN pol se détache?
Il reste sur l’ADN pour recruter d’autres protéines
Dans quels types d’organismes peut-on retrouver les anneaux coulissants? qu’est-ce que cela veut dire?
eucaryote, virus, procaryotes
structure grandement conservée = importante
Comment l’anneau coulissant est fixé à l’ADN? à quel endroit est-il placé?
fixé à l’ADN par des poseurs d’anneaux coulissants
un anneau est ajouté à chaque jonction amorce:matrice
Vrai ou Faux
la primase reste toujours sur l’hélicase
Faux
chaque seconde la primase vient s’accrocher sur l’hélicase
quel est l’étape limitante dans la fourche de réplication?
La liaison de la primase sur le brin discontinu
Nommez les étapes de fonctionnement (4) de l’holoenzyme
- Une amorce d’ARN commence un nouveau fragment d’okazaki alors quela polymérase du brin discontinu prolonge le fragment d’okazaki précédent
- Quand le fragment d’okazaki est complet, l’ADN pol quitte l’ADN et l’anneau
- un anneau coulissant est déposé au niveau de la nouvelle amorce d’ADN
- L’ADN pol se lie au nouvel anneau et commence la synthèse
Comment se lie l’hélicase?
Via les sous-unités tau de l’holoenzyme
Comment se nomme le site spécifique où débute la réplication? À quel fréquence retrouve-t-on ces sites chez les eucaryotes?
l’origine de réplication
fréquence eucaryote: 1 ori /30kpb
Vrai ou Faux
toute la machinerie de réplication est indépendante de séquence
Vrai
Qu’est-ce qu’un réplicateur?
séquence d’ADN suffisante pour l’initiation de la réplication. Elle inclut des séquences de fixations de l’initiateur et des séquences AT riches facilement déroulable
qu’est-ce qu’un initiateur? À quoi ca sert?
protéine qui reconnait spécifiquement une séquence du réplicateur.
Active l’initiation de la réplication en recrutant les protéines nécessaires (hélicase en premier). Ils déforment ou dénature parfois la région adjacente à leur site de liaison.
Vrai ou Faux
la primase a une affinité pour l’hélicase
Vrai
En quel phase se fait la sélection et l’assemblage des réplicateurs? qu’en est-il de la stabilité de cette formation?
G1
peut rester stable très longtemps à cause des poseurs d’hélicases
Dans quelle phase se produit l’activation des origines de réplications? quelles sont les étapes de l’activation?
en phase S
séparation des doubles brins et recrutement des ADN pol lorsqu’il y a phosphorylation des 2 poseurs d’hélicases
Quelles sont les étapes de formation du pré-réplicatif
pre-RC)? (3
- le complexe origine de réplication (ORC) selie au site du réplicateur
- ORC recrute Cdc6 et Cdt1
- Ce complexe recrute l’hélicase
Quels structures permettent la phosphorylation des poseurs d’hélicase?
CdK et Ddk
Comment sont les niveaux de CdK et de Ddk en phase G1 et en phase S?
G1: niveaux CDK et DDK bas
S1: l’activité des CDK et DDK augmente
Comment appelle-t-on les extrémités des chromosomes?
Les télomères
Quelle est la séquence courte répété de télomère chez l’humain? quel structure permet-elle de recruter?
TTAGGG
la télomérase
qu’est-ce que la télomérase?
quelle est son rôle?
c’est un ADN polymérase de type rétrotranscriptase.
Elle n’a pas besoin de matrice exogène
c’est une protéine qui contient des ribonucléotide (ARN)
forme une jonction amorce:matrice pour la TERT
Elle protège les extrémités chromosomiques en allongeant l’extrémité 3’
Qu’est-ce que la TERT ?
c’est une protéine qui permet l’ajout des nucléotides. E
Vrai ou Faux
le rôle de la télomérase est d’empêcher la perte des télomères
Faux
elle la compense ne l’empêche pas
Quelles sont les étapes d’extension des télomères (4)?
- la télomérase allonge l’extrémité 3’ du télomère
- l’extension 3’ sert de matrice pour la formation d’un nouveau fragment d’okazaki
- Réparation du fragment d’okazaki
- Extension du télomère (qui conserve un dépassement en 3’)
Vrai ou Faux
toutes les cellules possèdent la télomérase
Faux
une très petites fractions des cellules (multipotentes seulement)
Vrai ou Faux
la télomérase à un role important dans la durée de vie cellulaire
Vrai
pas la durée de vie de l’organisme
Qu’est-ce qui régule l’expression de la télomérase?
De faibles protéines inhibitrices. Lorsqu’elles sont trop nombreuses sur le brin, la télomérase part.
À quoi sert la boucle T ?
permet de protéger les unités terminales en les enfouissant dans sa propre ADN
