COURS 3 : CYTOGÉNÉTIQUE : PATHOLOGIES CHROMOSOMIQUES ET MÉTHODES DE DÉTECTION Flashcards
Le caryotype permet quoi?
Caryotype : classement des chromosomes selon un ordre établi par entente internationale
Permet :
-d’analyser la structure des chromosomes
-de comparer les 2 homologues
Définir comment établir le caryotype
La première étape consiste à compter le nombre de chromosomes
Par la suite, l’analyse des chromosomes se base sur :
-la taille des chromosomes
-classés du plus grand au plus petit (1 à 22) : la 23ième paire constitue les gonosomes qui sont classés à part
-la forme des chromosomes
-le marquage particulier à chacun des chromosomes
La forme des chromosmes est déterminée par quoi?
Par la position du centromère
VRAI OU FAUX : La forme d’une paire de chromosome est constante
VRAI, mais elle varie d’une paire à l’autre
Décrire les 3 types de morphologies de chromosomes
-Métacentrique : position du centromère au centre entraîne 2 bras symétriques
-Submétacentrique : position du centromère entraîne 2 bras asymétriques
-Acrocentrique : position du centromère à une extrémité entraîne un très petit bras court
Décrire l’anatomie du chromosome
-Télomère
-Bras p (bras petit et toujours placé en haut)
Bras q (bras long et toujours placé en bas)
-Télomère
Le marquage chromosome est-il variable?
Le marquage est constant pour une paire donnée et permet de la distinguer d’une autre paire
Le marquage varie d’une paire à l’autre
Le marquage des bandes des chromosomes se fait grâce à quoi?
Marquage en bandes GTG ou bandes G
-obtenu après traitement à la trypsine et coloration au Giemsa
-marquage utilisé en routine dans les laboratoires de cytogénétique
Nous étudions les cellules dans quelle phase du cycle cellulaire?
métaphase de la mitose
Les cellules du cycle cellulaire se divsion de 2 façons, nommez les
Spontanément
-fibroblastes de la peau ou du fascia, amniocytes (on peut mettre ces cellules en culture)
-cellules tumorales (hémopathies ou tumeurs solides)
Par stimulation : lymphocytes T sanguins peuvent se diviser suite à la stimulation par la PHA (phytohématoglutinine)
L’obtention des chromosomes sur caryotype nécessite quoi?
-une culture cellulaire
-un arrêt du cycle cellulaire en métaphase en ajoutant un inhibiteur du fuseau mitotique (Colcemid)
-récolte des chromosomes après un traitement hypotonique de la cellule (les cellules sont traitées pour permettre la libération des chromosmes sur une lame de microscope
Décrire la formule chromosomique
C’est la composition en chromosomes d’une cellule donnée
Elle est constituée des éléments suivants :
-le nbr total de chromosomes par cellules (46,47, etc)
-les gonosomes (XX ou XY)
-l’indication de l’anomalie chromosomique, s’il y en a une
-s’il n’y a pas d’anomalie : 46, XX ou 46, XY
Pour déterminer la constitution chromosomique d’un individu, on doit analyser quoi?
au moins 10 cellules différentes
Définir constitution chromosomique homogène
-lorsque toutes les cellules analysées sont normales (46 XX, 46 XY ou anormales)
-toutes les cellules ont donc la même formule chromosomique
-il s’agit de la majorité des cas
Définir constitution chromosomique non homogène ou mosaïque
-lorsqu’on retrouve 2 types ou plus de cellules chez le même individu (2 lignées cellulaires différentes dans un tissu)
-on parle de mosaïcisme pour une anomalie chromosomique lorsque les types cellulaires proviennent d’un même zygote
-on parle de lignées cellulaires
-due à des anomalies dans la ségrégation mitotique des chromosomes
Lorsqu’on parle d’anomalies des chromosomes, on parle de quel type de chromatine?
modifications de l’EUchromatine des chromosomes
Une anomalie chromosomique qui modifie la quantité d’euchromatine aurait un effet sur quoi?
Une anomalie chromosomique qui modifie la qté d’euchromatine dans le génome entraîne un effet sur le phénotype
Si l’anomalie ne touche que l’hétérochromatine, qu’est-ce qui se passe?
On parle de variant chromosomique et l’anomalie n’a pas d’effet sur le phénotype
Le chromosome 1 se distingue par quoi?
Variant hétérochromatique (Zone d’hétérochromatine toujours présente en-dessous du centromère au niveau du bras long. La taille de l’hétérochromatine va varier d’un individu à l’autre sans que cela n’est d’impact sur le phénotype)
Quels sont les 2 grands types d’anomalies chromosomiques?
-anomalies de nbr
-anomalies de structure
Quels sont les 2 types d’anomalies de nombre + description
Polyploïdie : addition d’un ou plusieurs complément haploïde (n) :
-triploïdie : 69, XXX (3n)
-tétraploïdie
Aneuploïdie : touche une seule paire d’homologue dont le nombre est augmenté ou diminué
-trisomie 47, XY +21
-monosomie : 45 X (1 seul X)
Décrire les 2 mécanismes de triploïdie
Digénique : le complément chromosomique supplémentaire provient de la mère (fécondation de spermatozoïde ayant 23 chromosomes avec un ovule ayant 46 chromosomes)
Diandrique :
-complément chromosomique supplémentaire provient du père (fécondation de spermatozoïde ayant 46 chromosomes avec un ovule ayant 23 chromosomes)
-2 spermatozoïdes à 23 chromosomes avec 1 ovule à 23 chromosomes
= 69 chromosomes pour chacune de ces triploïdie
Quel est le mécanisme de triploïdie le plus fréquent?
le mécanisme diandrie dans 84% des cas par fécondation d’un ovule par 2 spermatozoïdes ou dispermie
Nommez les caractéristiques de phénotypes importantes pour la diandrie et la digynie
Diandrie
-retard de croissance intra-utérin important, kystes du placenta (changements molaires), peu viable
Digynie
-placenta hypotonique, syndactylies 2-3 (doigts collés ensemble), RCIU
Décrire l’aneuploïdie
Anomalie du nombre d’une seule paire de chromosome (augmenté ou diminué)
Résulte d’une erreur dans la répartition des chromosomes lors de la division cellulaire
-pour être homogène doit se faire en méiose
-non dysjonction en mitose entraîne un mosaïcisme tissulaire
Nommez un facteur de risque de l’aneuploïdie
âge maternel avancé (plus de 35 ans) constitue un facteur de risque
L’aneuploïdie résulte de quoi?
Non-dysjonction en méiose 1
-division réductionnelle (séparation des homologues)
-2 chromosomes homologues (différents d’un même parent) demeurent dans la gamète
-type le plus fréquent
Non-dysjonction en méiose 2
-division équationnelle (sert à séparer les chromatides soeurs)
-non-dysjonction MII : 2 chromatides soeurs demeurent dans le même gamète (donc 2 chromosomes identiques sauf pour les recombinaisons subies)
Est-ce que les monosomies sont viables?
Non, sauf pour le chromosome X, les monosomies d’un chromosome complet ne sont pas viables
Quel est l’effet de l’âge maternel sur les trisomies?
> 90% des trisomies origine de la méiose maternelle
Erreur en méiose 1 le plus souvent
-sauf pour trisomie 18 où l’erreur en méiose 2 est plus fréquente
Effet de l’âge maternel est présent pour les erreurs en méiose 1 et 2
Quels sont les types de recombinaisons méiotiques et trisomies
L’absence de recombinaisons et les recombinaisons en positions télomériques sont des facteurs de risque pour la non-dysjonction à tout âge
-erreur de méiose 1
-le bivalent ségrégerait de façon plus ou moins indépendante
Les recombinaisons péricentromériques : facteur de risque chez la femme plus âgée
-erreur en M2
-interfèrerait avec la cohésion normale des chromatides soeurs
Qu’est-ce que le syndrome de Turner?
Monosomie du chromosome X
-2% des conceptions
-90% résultent en avortements spontanés (phénotypes les plus sévères avec hydrops = oedème généralisés du foetus/embryon)
-majorité : non-disjonction dans les gamètes paternels
-1/2000 nouveau-né féminins
Décrire le syndrome de Turner à la naissance
Phénotype variable, intelligence normale
Le plus constant : courte taille proportionnée et dysgénésie gonadique
Nommez les caractéristiques du syndrome de Turner
Phénotype féminin avec corpuscule de Barr absent
Intelligence normale
-difficultés spatio-temporelles, d’attention possibles
Courte taille proportionnée
Insuffisance ovarienne par dysgénésie gonadique
-absence ou non complétion de la puberté spontan.e
-aménorrhée primaire
-infertilité (possible avec nouvelles technologies reproductives)
Autres signes possibles
-oreilles basses implantées
-cou palmé (pterygium colli), résultat d’un hygroma kystique en grossesse
-thorax large et mammelons écartés
-anomalie cardiaque (coartaction de l’aorte ou autre)
-anomalies rénales (reines fusionnées, ectopiques, etc)
-cubitus valgus (déviation de l’axe des avant bras)
-oedème du dorsum des mains et des pieds néonatal
-hydrops foetalis
Décrire l’étiologie cytogénétique du syndrome de Turner
Formule chromosomique 45, X trans
-55% des cas de façon homogène
-20% en mosaïque (avec lignée 46, XX ou 46, XY) : donc origine post-zygotique/mitotique
Anomalie de structure d’un chromosome X dans 25% des cas homogène ou en mosaïque
-isochromsome Xq, délétion, etc
Qu’arrive-t-il en cas de triple X ou 47, XXX
-Incidence 1/1000 filles
-Phénotype féminin
-Intelligence normale, mais légèrement diminuée par rapport à la fratrie
-Difficultés d’apprentissage fréquentes
-Grande taille
-Pas de malformation ou de dysmorphies
-Fertilité normale
Décrire le syndrome de Klinefelter
47 XXY
Incidence 1/500 garçons
Phénotype masculin
Intelligence normale, mais légèrement diminuée p/r à la fratrie (diff d’apprentissage fréquentes)
Grande taille
Hypogonadisme (petits testicules)
-infertilité (possible avec nouvelles technologies reproductives)
-risque de gynécomastie
-caractères sexuels secondaires peu développés
Décrire 47, XYY
Incidence 1/900 garçons
Phénotype masculin normal
Intelligence normale, mais légèrement diminuée p/r à la fratrie
-difficultés d’apprentissage fréquentes
-impulsivité possible
Quel est l’incidence de la trisomie 21?
1/660
Incidence augmente avec l’âge maternel
-1/1250 à 25 ans
-1/840 à 30 ans
-1/356 à 35 ans
-1/94 à 40 ans
-1/24 à 45 ans
Down syndrome est généralement causé par quoi?
95% causée par une non disjonction méiotique lors de la méiose maternelle
-formes plus rares (translocation 2.5%, mosaicisme 2.5%)
Quelles sont les caractéristiques du syndrome de down
Retard mental léger à modéré
Bon tempérament
Hypotonie
Traits physiques caractéristiques
-occiput plat
-visage rond
-orientation des fentes palpébrales vers le haut
-replis épicanthiques
-protrusion de la langue
-plis palmaires transverses
-clinodactylie 5ième doigt
Malformations cardiaques 40% (canal atrio-ventriculaire)
Malformations gastro-intestinales 12% (atrésie duodénale, de l’oesophage)
Risque de leucémie environ 1%
Description de la trisomie 13
Syndrome de Patau
Incidence 1/5000
Retard mental sévère
Fente labio-palatine
Polydactylie (un doigt supplémentaire)
Malformation cérébrale sévère (holoprosencéphalie)
Malformations cardiaques, rénales et autres
Anomalies létales le plus souvent
-survie médiane de 7 jrs
-91% décèdent dans la 1 année
-survie à long terme 5-10%
Description de la trisomie 18
Syndrome d’Edward
Incidence 1/6000-1/8000
Retard mental sévère
Retard de croissance
Mains fermées
2 et 3ième doigt et 5 et 4ièm doigt
Pieds en piolets
Malformations cardiaques, digestives, rénales fréquentes
Anomalie létale le plus souvent
-survie médiane 14.5 jrs
-5-10% survivent au-delà de la première année
Qu’est-ce que les anomalies de structures?
Modifications dans la forme des chromosomes
Presque toujours dues à des cassures
Un chromosome peut être le site d’une ou de plusieurs cassures transversales
Plus d’un chromosome peut subir des cassures en même temps
Les points de cassure ont tendance à se recoller entre eux
Un fragment chromosomique qui ne s’est pas recollé persiste dans les cellules filles au cours des divisions cellulaires seulement s’il contient un centromère
Qu’arrive-t-il suite à une cassure d’un chromosome?
-le fragment peut se perdre
-se recoller exactement comme il était avant la cassure
-se recoller différemment (au même endroit ou ailleurs)
Décrire la délétion terminale
Une seule cassure
Délétion : perte de matériel sur un chromosome
Le fragment qui ne contient pas de centromère et qui ne se recolle pas sera perdu lors des divisions cellulaires (fragment acentrique)
Les cellules filles conservent le chromosome cassé, c’est-à-dire le segment chromosomique qui contient le centromère
Nommez un exemple de délétion terminale
Syndrome du Cri-du-Chat
-délétion temrinale du bras court du chromosome 5
-retard de croissance
-cri caractéristique à la naissance
-retard mental
Définir la délétion interstitielle
Deux cassures dans le même chromosome
-2 cassures à l’intérieur d’un même bras chromosomique
-perte du matériel entre les 2 points de cassure (fragment acentrique)
-fusion aux 2 points de cassure
Définir l’inversion paracentrique
Deux cassures dans un même chromosome
-si les cassures affectent le même bras chromosomique (le bras court p ou le bras long q) et s’il n’y a pas perte du segment,
Le segment chromosomique peut se recoller à l’invers ce qui entraînera une inversion paracentrique (inv)
LA POSITION DU CENTROMÈRE N’A PAS CHANGER, MAIS LE PATRON DE BANDES À CHANGÉ
Décrire l’inversion péricentrique
Deux cassures dans un même chromosome
-si les cassures affectent chacun des bras chromosomiques (le bras court p et le bras long q) et est donc de part et d’autre du centromère
-le segment chromosomique peut se recoller à l’envers ce qui entraînera une inversion péricentrique (inv)
-ce type d’inversion change la position du centromère
PAS DE GAIN OU DE PERTE DE MATÉRIEL CHROMOSOMIQUE EN GÉNÉRl
Qu’est-ce que la translocation?
Lorsqu’il y a 2 cassures qui se produisent sur 2 chromosomes différents (une cassure sur chaque chromosome)
Qu’il y a échange de matériel chromosomique
Recollage des segments
Quels sont les 2 types de translocation?
La translocation réciproque
-exemple t (9,22)
La translocation robertsonienne
exemple rob (13;15) ou der (13;15)
Elles peuvent être équilibrées ou déséquilibrées
Les translocations réciproques équilibrées se font entre quoi?
Se font entre des chromosomes non-homologues et le long des bras chromosomiques
Est-ce que les translocations réciproques équilibrées font varier le nombre de chromosomes ou pas?
NE FAIT PAS varier le nbr de chromosomes (46)
Est-ce qu’il y a une perte de matériel chromosomiques lors des translocations réciproques équilibrées?
Ne s’accompagne d’aucune perte de matériel chromosomique et par conséquent, n’a pas d’effet sur le phénotype (l’individu porteur est phénotypiquement normal)
Les translocations réciproques équilibrées présentent quel risque lors de la méiose?
Présente un risque de ségrégation non-équilibrée lors des divisions de la méiose et par conséquent un risque accru
-de phénotype anormal chez les descendants
-de fausse couche
-d’infertilité
Chez le porteur d’une translocation réciproque équilibrée (pour les 2 chromosomes impliqués dans la translocation), ses gamètes peuvent contenir soit :
-deux chromosomes normaux
-deux chromosomes transloqués mais équilibrés (comme le parent porteur)
-un chromosome transloqué et un normal
Chez le porteur d’une translocation réciproque équilibrée ses gamètes peuvent contenir un chromosome transloqué et un normal, comment nomme-t-on cette combinaison?
Ségrégation non-équilibrée
Cette combinaison produira des zygotes anormaux avec une monosomie et une trisomie partielles combinées, et donc porteurs d’une translocation non-équilibrée
L’enfant, si viable, sera de phénotype normal
Quels sont les types de ségrégation qui peuvent résulter d’une translocation équilibrer
Ségrégation alterne
-individu normal
-porteur ou non porteur de la translocation
Ségrégation adjancent-1 et -2
-individus phénotypiquement anormaux
TYPES DE ZYGOTES
Normal, porteur de translocation, duplication-deletion
Le pedigree d’un chromosome de translocation comprend quoi?
-un individu affecté
-un porteur équilibré
-un individu normal
-des fausses couches
Qu’est-ce que les translocations robertsonnienne?
Survient après cassures et recollement au niveau des centromères des chromosomes acrocentriques (13, 14, 15, 21, 22)
-il y a alors fusion centrqiue des 2 chromosomes
-fait varier le nbr de chromosomes (45 chromosomes)
-s’accompagne d’une petit perte de matériel (les petits bras courts des 2 chromosomes acrocentriques) qui sont constitués d’hétérochromatine et par conséquent n’entraîne pas d’effet sur le phénotype chez les porteurs
Les translocations Robertsonnienne présente un risque pour quel type de ségrégation?
Présente un risque de ségrégation non-équilibrée et une possibilité accrue de malségrégation lors de la méiose et par conséquent augmente le risque
-de phénotypes anormaux chez leurs enfants
-de fausses couches
-d’infertilité
Décrire la formation d’une translocation robertsonnienne pour les chromosomes 14 et 21
-après cassures au centromère du chromosome 14 et au centromère du chromosome 21
-il y a fusion des bras longs des 2 chromosomes acrocentriques et formation d’un chromosome transloqué (14;21)
-un porteur de la translocation équilibrée à 45 chromosomes
La formule équilibrée d’un porteur de translocation robertsonnienne est de combien de chromosomes?
45
Nommez les types de ségrégations suite à une translocation Robertsonnienne
Ségrégation alterne : normal, porteur équilibré
Ségrégation adjacente : trisomie, monosomie
La translocation Robertsonnienne non équilibrée est en cause dans ____ % des cas de _________
La translocation Robertsonnienne non équilibrée est en cause dans 2.5 % des cas de trisomie 21
Lors du diagnostique clinique de la trisomie 21 chez un enfant, pourquoi serait-il pertinent de connaître son caryotype? Et celui des parents?
Le caryotype de l’enfant avec trisomie 21 détermine le risque de récidive pour les parents
-aneuploidie ou trisomie libre : environ 1%
-translocation robertsonnienne non-équilibrée : selon le statut de porteur des parents : de novo <1%
-un parent porteur à un risque de récurrence de trisomie 21 (15% pour une femme et 1% pour un homme)
Le caryotype des parents ne sera pas nécessaire si aneuploidie, mais primordial si translocation
Qu’est-ce que la cytogénétique moléculaire?
Permet d’étudier le génome humain d’une façon plus fine que le caryotype standard
Quelles sont les 2 techniques de cytogénétique moléculaire?
-hydridation in situ en fluorescence (FISH)
-hybridation génomique comparative sur micropuce
Définir l’hybridation in situ en fluorescence (FISH)
-Appariement d’une séquence d’ADN connue d’acides nucléiques (la sonde) et marquée
-À une ou des séquences complémentaires qu’on veut étudier
Se fait sur chromosomes en métaphase, des noyaux interphasiques de cellules fixées, de frottis, empreinte ou sur une section de tissus
Quels sont les principes de base de l’hybridation?
Se base sur la structure de l’ADN
-chaque chromosome contient une double hélice d’ADN hautement repliée et condensée
-chacun des brins est composé d’une polymère de désoxyribose phosphate lié à une base (purine ou pyrimidine)
-chacune des bases est reliée par une liaison hydrogène à une base qui lui est complémentaire (A-T, G-C)
L’hybridation se fait grâce à quoi?
L’hybridation s’effectue grâce à une alternance des processus de dénaturation et de renaturation de l’ADN
Dénaturation : processus dans lequel les liaisons hydrogènes sont rompues entre les bases des 2 brins complémentaires e l’ADN. Rend l’ADN simple brin
Renaturation : processus dans lequel des segments d’ADN simple-brin complémentaires vont s’apparier. Il y aura formation de liaisons hydrogène entre les bases complémentaires
Qu’est-ce que la sonde dans le principe d’hybridation?
Un fragment d’ADN simple-brin à séquence connue (sonde) sous des conditions spécifiques d’hybridation
La sonde va se lier à quoi?
À l’ADN simple-brin complémentaire que l’on veut étudier
Décrire les étapes de l’hybridation FISH
-dénaturation de la sonde et de l’ADN génomique à étudier
-hybridation des 2 ADN simple brin et renaturation
-visualisation au microscope à fluorescence
Quelle est la résolution d’un caryotype versus la technique fish?
Caryotype standard : 10 Mb
Caryotype haute résolution : 2-5 Mb
FISH : sonde 100-150 Kb
-permet la détection d’anomalies chromosomiques inframicroscopiques (non visibles au caryotype)
Quels sont les types de sondes?
Peinture chromosomique
Sondes à séquence répétitive :
-sondes centromériques
-sondes télomèriques
Sondes à séquence unique : séquence d’une région spécifique du génome. ADN non répétitif
Décrire la sonde à séquence unique + son utilisation
Sonde qui utilise une séquence d’une région spécifique du génome où l’ADN n’est pas répétitif
Utilisée pour le diagnostic des syndromes de microdélétion, microduploication
Quelles sont les applications de la technique FISH?
Diagnostic cytogénétique :
-préciser une anomalie vue en cytogénétique classique et qui n’a pu être identifiée précisément en raison de sa complexité
-diagnostic de micro-remaniements chromosomiques, non visibles au caryotype
-FISH interphasique pour le diagnostic rapide
Comment détermine-t-on quelle sonde utiliser?
Le choix de la sonde se fait grâce aux informations cliniques
À quoi ressemble le caryotype lors de détection d’anomalies grâce à la technique FISH?
La détection de ces anomalies inframicroscopique ou cryptiques invisibles au microscope optique nécessite l’utilisation de sondes pour les mettre en évidence
Le caryotype est donc normal
Nommez 4 syndromes classiques dont le diagnostic peut être fait grâce à la technique FISH
-S. Velo-cardio-facial/Di George : del(22)(q11.2q11.2)
-S. de Williams : del(7)(q11.23q11.23)
-S. Prader-Willi : del (15)(q11q13)
-S. d’Angelman : del(15)(q11q13)
Qu’est-ce que le syndrome de DiGeorge ou vélocardiofacial?
Délétion interstitielle de la région 22q11.2
Incidence environ 1/4000
Phénotype très variable (expressivité) même dans une même famille
Quels sont les signes majeurs du syndrome de DiGeorge?
Dysmorphie
Cardiopathie conotroncale (qui atteint les voies de chasse du coeur; ex tétralogie de Fallot)
Anomalie du paais (fente ouverte à insuffisance vélo-palatine)
Hypoparathyroidie
Hypoplasie du thymus (déficit immunitaire possible)
Retard psychomoteur (déficience intellectuelle rare; difficultés d’apprentissage fréquent)
Retard de croissance
Quels sont les autres signes du syndrome de DiGeorge que ceux qui sont majeurs?
Surdité
An. rénales
An. endocriniennes
An. squelettiques
An. oculaires
Psychoses (30%)
An. laryngées
Décrire la taille et les gènes impliqués dans le syndrome de DiGeorge
La majorité des patients (environ 90%) ont une large délétion (>3 Mb) comprenant environ 30 gènes, alors qu’une petite portion des patients (environ 7%) ont une plus petite délétion (1.5 Mb).
Les 2 types de délétions incluent le gène TBX1
VRAI OU FAUX : Dans le syndrome de DiGeorge, la plupart du temps, le parent de l’enfant atteint est porteur
FAUX
93% survient de novo
Pour un individu atteint : transmission 50%
Pourquoi est-ce qu’il y a des microdélétions récurrentes?
À cause des séquences répétées similaires à l’extérieur de la région fréquemment délétée (DNA Low Copy repeats)
Recombinaison homologue non allélique durant la méiose
Les microdélétions récurrentes expliquent quoi?
-la fréquence de ces remaniements
-le haut taux de survenue de novo
-les points de cassures identiques
Quelles sont les caractéristiques du syndrome de Williams?
-Retard mental
-Retard de croissance
-Lèvres proéminentes
-Iris “en étoile”
-Sténose aortique supraventriculaire, sténose pulmonaire
-Hypoplasie de l’émail
Quelle est l’incidence et la transmission du syndrome de Williams?
Incidence environ 1/7500
Habituellement de novo
50% de risque de transmission pour les atteints
Quelles sont les caractéristiques du Syndrome de Prader Willi?
-Hypotonie néonatale
-Difficultés alimentaires dans la première année de vie (gavage)
-Hyperphagie et prise de poids rapide à partir de 1 à 6 ans
-Obésité morbide
-Retard de développement et mental
-Phénotype : teint pâle, yeux en amande, petites mains et pieds
-Hypogonadisme
Quelles sont les complications associées au Syndrome de Prader Willi?
-Complications : diabète, apnées obstructives
Quels sont les traitements pour le Syndrome de Prader Willi?
Hormone de croissance, restriction calorique, exercices, réadaptation
Quelle est la différence au niveau chromosomique entre le syndrome de Prader Willi et le syndrome d’Angelmann?
Prader Willi : sur chromosome du père
Angelmann : sur chromosome de la mère
Pour le syndrome de Prader Willi, dans quelle situation la technique FISH est-elle pertinente?
La diagnostic cytogénétique (par FISH) permet de poser un diagnostic seulement s’il s’agit d’une délétion
Quel est le gène exprimé dans le syndrome de Prader-Willi?
Gène SNRPN sur la copie paternelle
Région soumise à l’empreinte parentale : 15q11q13q
Le syndrome de Prader Willi provient de quoi?
70% délétion allèle parternel
25% disomie maternelle
2% empreinte anormale
Le syndrome d’Angelmann provient de quel gène et de quel parent généralement?
Gène UBE3A exprimé à partir de l’allèle maternel
70% délétion allèle matenrel (détectable par FISH)
2-5% disomie paternelle
5% aN empreinte
20% mutation intragénique
Quelles sont les caractéristiques du syndrome d’Angelmann?
Retard mental important, ataxie, rires inappropriés
Les syndromes de microduplication ont quoi de différent des délétions pour les mêmes régions?
-phénotypes peu distinctifs, moins typés
-phénotypes moins sévères
-plus difficile à suspecter cliniquement a priori
Décrire Dup(15)(q11q13)
Duplication de la région Prader-Willi/Angelmann
-peu de malformations
-retard mental et autisme
-convulsions
Comment se fait le diagnostic de Dup(15)(q11q13)
Diagnostic sur noyaux interphasiques
Difficile sur métaphase
Quel est l’avantage de faire le FISH interphasique?
Pas besoin de mitoses donc pas nécessaire d’avoir des cellules en division (pas de culture); l’échantillon peut être traité immédiatement
Un grand nbr de cellules peuvent donc être analysées rapidement
Quand utilise-t-on FISH interphasique?
L’hybridation in situ en interphase, ie sur noyaux sans culture cellulaire s’avère indispensable pour la détection d’anomalies de nombre ou d’anomalie de structure dans les cas où :
-l’index mitotique est peu élevé (ex cellules néoplasiques)
-un résultat rapide est nécessaire (ex diagnostic prénatal)
-pour un diagnostic d’une mosaïque/clone faible pour une aneuploïdie ou pour une anomalie clonale précise
Quel type de sonde est utilisé pour le FISH interphasique?
Tout type de sonde peut être utilisé (sauf les peintures et les sondes télomériques)
Expliquez l’utilisation de FISH en oncologie
-Translocation 9;22 impliquant la fusion des gènes BCR et ABL
-Important facteur diagnostique et pronostique dans les leucémie myéloide chronique et leucémie aigue lymphoblastique
-parfois non visible au caryotype
FISH utilisé sur noyaux interphasiques pour le diagnostic rapide de la fusion des gènes BCR et ABL :
-sans translocation : 2 signaux séparés
-avec translocation : signaux fusionnés
Quels sont les principes de l’hybridation génomique comparative?
Comparaison de l’ADN d’un patient avec un ADN contrôle
Cette comparaison s’effectue grâce à l’hybridation de ces ADN marqués en fluorescence (patient + contrôle) sur un support d’ADN
-préparation chromosomique contrôle (lame cytogénétique)
-fragments de l’ADN génomique que l’on veut étudier (micropuce)
Se base sur les mêmes principes d’hybridation (dénaturation et renaturation) de la FISH
Intensité de la fluorescence hybridée sur un segment donné contrôle vs patient évalué par un ordinateur
L’hybridation génomique comparative sur micropuce permet quoi?
Hybridation sur des séquences d’ADN fractionnées (sondes) qui représentent tout le génome
Permet de comparer l’ADN d’un patient à un ADN de référence et de déceler des :
-surplus de séquences par rapport à cet ADN de référence : duplication de la séquence pour le patient
-pertes de séquences par rapport à cet ADN de référence : délétion pour le patient
Nommez les tapes de l’hybridation génomique comparative sur micropuce
1-3 : L’ADN du patient + l’ADN de contrôle ont un marqueur de fluorescence
4 : Les 2 ADN compétitionnent pour s’attachent/hybrider le micropuce
5 : Le micropuce mesure le signal d’intensité defluorescence
6 : L’ordinateur ramasse les données
Quels sont les types de micropuce? + description
BACs
-sondes de la taille d’une sonde de FISH
-résolution de l’analyse moins grande
Oligonucléotides
Meilleure résolution vs BACs
Sondes oligonucléotides : fragments d’ADN de env 60 pb
Oligonucléotides avec ou sans marqueurs SNPs
SNP : single nucleotide polymorphism
-polymorphisme le plus commun du génome humain
-segment d’ADN où les 2 chromosomes ne diffèrent que par 1 nucléotide ou paire de base
-permet de détecter allèles différents (hétérozygotes vs homozygotes)
-résultat techniquement plus fiable et technique plus rapide
À quoi sert la technique de micropuce? + description
Sert à détecter des variants du nombre de copie (CNV) pathogénique expliquant le phénotype du patient
Un déséquilibre à 1 Kb ou plus
Toujours déséquilibré : délétion (perte de matériel), duplication, triplication (surplus de matériel)…
Sont des variations fréquentes dans le génome normal
-seraient présents dans 5-13% du génome
-11 700 CNV décrit sur 1000 gènes
-la majorité sont rares
Quels sont les avantages d’hybridation génomique sur micropuce?
-permet de raffiner l’analyse chromosomique à une résolution de quelques dizaines de kb et donc de poser un diagnostic chez un plus grand nombre de sujets (env 25%)
-meilleure sensibilité pour la détection de duplication que la FISH
-allie la précision de la FISH et l’approche d’évaluation globale du génome du caryotype (ne nécessite pas de savoir où cibler dans le génome au préalable)
-ne nécessite pas de cellules en division (extraction d’ADN)
L’analyse par micropuce est recommandée pour l’investigation des sujets avec quoi?
-retard intellectuel, retard de développement
-désordres du spectre de l’autisme
-malformations congénitales, dysmorphies
Recherche d’un déséquilibre chromosomique chez ces patients
Quels sont les désavantages/limites de l’hybridation génomique sur micropuce?
Ne permet pas de détecter les remaniements équilibrés (translocation, inversion, etc)
Ne permet pas de “voir” l’organisation cytogénétique du remaniement détecté
Limite quant à la détection des mosaïques (anomalie d’environ 20% et plus détectable)
Polymorphismes sans conséquence du génome fréquents et parfois n’ont jamais été vus encore dans le lab
-la plupart sont rares (retrouvés chez <2% de la population)
-impact sur le phénotype clinique pas toujours clair
Risque de trouve aN pathogénique non reliée (ex gènes cancer, gènes à révélation tardive, porteurs)
Quels sont les critères pour déterminer la pathogénicité d’une délétion ou d’une duplication
- Taille du remaniement
- Survenu de novo
-mais, présence de remaniement de non chez 1% des contrôles
-certains parents peuvent avoir un phénotype plus léger (expressivité) ou non exprimé (non pénétrance) - Type de gènes impliqués et lien avec le phénotype (le plus fort)
- Remaniement déjà décrit avec phénotype semblable dans la littérature ou les bases de données
- vs région connue comme polymorphique
Les analyses par micropuce ne sont pas recommandés dans quels cas?
-rechercher des remaniements équilibrés (ex translocation) car non détectable par cette méthode
-si phénotype clair d’anomalie chromosomique précise
Quelles sont les indications pour les caryotypes?
Recherche de remaniements chromosomiques équilibrés
-couples avec avortements spontanés répétés
-infertilité
-histoire familiale d’un tel remaniemement
Recherche de mosaïcisme
Phénotype clinique clair d’une anomalie chromosomique détectable par caryotype
