cours 2 transport et régulation Flashcards
cmb de protéines aux fonctions spécifiques composent le système de transport nucléocytoplasmique
environ 60
nommer les 3 catégories de protéines qui composent le système de transport nucléocytoplasmique
-les protéines formant le complexe de pore nucléaire (NPC)
-les caryophérines (exportines et importines)
-les petites GTPase de la famille des Ran
que font les GTPases
elles dirigent et assurent le transport; définit leur affinité
cmb de NPC (complexe de pore nucléaire) possède chaque cellule mammifère classique
entre 2000 et 5000 NPC;
bcp de nucléoporines tout autour du noyau
quel est le poids de chaque NPC
environ 120 MDa; immense complexe protéique
le NPC est divisé en 3 parties importantes
nommer-les
-partie centrale
-panier formé de 8 filaments
-8 longs filaments cytoplasmiques
définir la partie centrale du NPC et son rôle
elle comporte des protéines ancrées dans la membrane;
elle est le pont entre noyau et cytosol
définir ce que sont des caryophérines
composé des exportines et des importines; elles font le taxi jusqu’au noyau pour faire entrer et sortir les protéines du noyau
définir le panier formé de 8 filaments du NPC
formé par les NUP de répétition FG
c’est un gel poreux fait de protéines à répétitions FG hydrophobes, font que les protéines interagissent entre elles et forment ce gel filet;
peut laisser passer certaines protéines plus petites que 40 kDa; les plus grosses et sans chaperons utiliseront les caryophérines
à quoi servent les 8 longs filaments intermédiaires cytoplasmiques
ils facilient les différents types de transport
cmb de sous-unités protéiques composent chaque NPC
environ 500-1000 sous-unités protéiques
par quoi sont faites les sous-unités protéiques des NPC
elles sont faites par de multiples copies d’environ 30 nucléoporines différentes
10 nucléoporines dans le NPC contiennent des longues séquences répétées en FG; à quoi servent-elles
elles servent à former un filet qui sert à la diffusion passive et à la liaison avec les caryophérines
nommer les fonctions des nucléoporines
-ancrage dans la membrane nucléaire
-échafaudage/squelette
-diffusion (protéines peuvent passer sans aide)
-transport actif (protéines empruntent les caryophérines pour passer)
-liaison à la chromatine
cmb y a til de filet (formé de 8 filaments) dans la cellule
il y a un panier au niveau nucléaire qui lie des protéines et un panier au niveau cytosolique;
quelles nucléoporines forment l’anneau central
celles du complexe Y
cmt les protéines plus grosses que 40 kDa passent à travers le filet/gel poreux
elles sont transportées par les caryophérines, qui les reconnaissent via des séquences d’aa conservés;
NLS-signal de localisation nucléaire (cytosol au noyau)
NES-signal d’export nucléaire (noyau au cytosol)
nommer des protéines nucléaires
histones
ARN ou ADN polymérase
facteurs de transcription
quel est le processus pour que les protéines nucléaires puissent être exprimées
elles doivent être synthétisées au cytoplasme et migrer au noyau pour accomplir leur fonction
puisque les protéines nucléaires doivent migrer au noyau, quel signal de transport émet-elle
le NLS; signal de localisation nucléaire
dans la majorité des cas, les NLS sont de quelle charge
elles sont basiques (positives) à cause de leur aa, mais qq exceptions sont hydrophobes (protéine hnRNPA1)
nommer les 3 modifications post-traductionnelles apportées à une lysine du NLS qui peuvent modifier la fonction du NLS
-ubiquitine
-protéines SUMO
-groupement acétyl
comment les modifications à la lysine du NLS peuvent moduler la fonction de ce dernier
notamment en changeant les charges de la lysine
ils peuvent rendre la séquence invisible au niveau de l’interaction protéine-protéine, le signal devenant caché (ou dévoilé) à l’importine/exportine ciblée
cmt se déroule les changements impliquant les protéines SUMO ou ubiquitine
ajout d’une petite protéine (comme un drapeau)
cmt se déroule le changement impliquant l’acétylation
ajout d’une fonction chimique
qcqui est la source d’énergie au transport des cargos à travers le pore nucléaire
le cycle d’hydrolyse du GTP en GDP
quelle est la fonction du système Ran-GTP
il importe et exporte des cargos
SYSTÈME RAN-GTP IMPORT:
au cytoplasme, quelle est le complexe se liant, comportant une grande affinité
le complexe cargo+NLS - importine
SYSTÈME RAN-GTP :
ce système se base sur un gradient de 2 éléments; comment
au noyau, on retrouve plus de Ran-GTP à cause de la présence de GEF
au cytoplasme, on retrouve plus de Ran-GDP à cause de la présence de GAP
gradient assure les mouvements du cargo dans la bonne direction
+recyclage de l’importine l
SYSTÈME RAN-GTP IMPORT:
définir GEF et son rôle
Facteur d’Échange nucléotidique de la Guanine ;
il transforme le Ran-GDP en Ran-GTP au noyau
SYSTÈME RAN-GTP IMPORT:
définir GAP et son rôle
Protéine Activatrice des GTPases;
elle stimule l’hydrolyse du GTP en GDP au cytoplasme, ce qui libère l’importine
SYSTÈME RAN-GTP IMPORT:
nommer les étapes du système
1) AU CYTOPLASME: complexe cargo+NLS - importine se crée et passe à travers le NPC en liant les répétitions FG sur les NUP
2) AU NOYAU: importine lie Ran-GTP (transformation par GEF), ce qui dissocie cargo+NLS
3) AU CYTOPLASME: le complexe Ran-GTP- importine retourne dans le cytoplasme en passant encore au travers du NPC en liant les FGs sur les NUP
4) GAP va stimuler l’hydrolyser du GTP en GDP, libérant l’importine qui sera recyclée par des enzymes
SYSTÈME RAN-GTP IMPORT:
comment ecq le cargo+NLS se dissocie de l’importine une fois rendu dans le noyau
pcq lorsque l’importine se lie à RAN-GTP, elle change de conformation, ce qui la détache du cargo+NLS
SYSTÈME RAN-GTP EXPORT:
le cargo+NES est liée à quelles protéines afin d’être exportée
à l’exportine et Ran-GTP;
cette association permet la translocation du complexe protéique au cytoplasme
SYSTÈME RAN-GTP EXPORT:
qcqi défait le complexe cargo+NES-exportine-RanGTP rendu cytoplasme
c’est la GAP qui stimule l’hydrolyse de Ran-GTP en Ran-GDP, ce qui stimule la séparation des protéines du complexe
SYSTÈME RAN-GTP EXPORT:
nommer les étapes du système
1) Ran-GDP est importé du cytoplasme, passe par le NPC au travers du filet de la NUP, et se fait transformé par GEF en Ran-GTP
2) l’exportine est importée du cytoplasme, afin de se lier avec le Ran-GTP et cargo-NES afin de former le complexe
3) l’association permet la translocation protéique au cytoplasme; il sera désassembler après que GAP hydrolyse GTP, ce qui change la conformation de l’exportine et la détache aussi du cargo-NES
grâce à quelles protéines du système Ran le transport bidirectionnel (import et export) est possible
grâce au gradient créé de Ran-GTP et Ran-GDP ; la direction du transport est tjrs établie par les protéines Ran de conformation différentes
la présence de Ran-GEF et Ran-GAP stimule aussi la formation du gradient
dans quelle direction le transport se fera si:
il ya des concentrations élevées de Ran-GTP dans le nucléoplasme
facilite l’export par les exportines
dans quelle direction le transport se fera si:
il ya des concentrations élevées de Ran-GDP dans le cytosol
facilite l’import des importines
en plus de la transcription, quel est l’autre moyen qui permet de réguler les niveaux de protéines dans la cellule
le transport des ARNm et leur dégradation
quel ARN est transcrit par Pol II
ARNm
quel ARN est transcrit par Pol I
ARNr
quel ARN est transcrit par Pol III
ARNt
quelles protéines régulent l’épissage des ARN
les mêmes qui régulent l’épissage alternatif
par quoi est régulée la stabilité des ARNm
par plusieurs mécanismes et des ARNases
nommer les 4 étapes de la formation du pré-ARNm
1) transcription, coiffe 5’
2) cilvage au site polyA
3) polyadénylation, ajout de la queue polyA 3’
4) épissage de l’ARN
il y a ajout d’une coiffe 5’ sur presque tous les ARNm
pour quelle raison
elle les protège de la dégradation en 5’, puisque les ARN sont très sensibles à la dégradation par les ARNases
à quoi sert l’ajout de la queue polyA à l’extrémité 3’ des ARN
extrémité 5’ protégée par la coiffe; on va aussi ajouter une queue polyA à l’extrémité 3’ afin de terminer la transcription et protéger les ARNm transcrits de la dégradation
nommer les 2 séquences conservées dans la majorité des ARNm afin de les lier au complexe de clivage et polyadénylation
séquence AAUAAA: 15-30 nucléotides AVANT le site de clivage
20 nucléotides d’une région GU-riche ou U-riche APRÈS le site de clivage
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
qcq le complexe CPSF
complexe de reconnaissance du signal de polyadénylation;
reconnait la séquence AAUAAA 15-20 nucléotides avant le site de clivage et s’y lie
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
quelle endonucléase est présente et va permettre la coupure de l’ARNm entre les 2 sites de reconnaissance
CPSF-73
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
qcq le complexe CSTF
complexe de reconnaissance de stimulation de la coupure
va rejoindre le complexe sur la séquence consens AAUAAA
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
qcq les facteurs CFI/CFII
ce sont des facteurs de clivage qui vont rejoindre le complexe CPSF et CSTF au site AAUAAAA afin de recruter la PAP (poly A polymérase)
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
à quoi sert la PAP
lorsque recrutée par les facteurs de clivage CFI/CFII, elle stimule la coupure de l’ARNm entre les 2 sites de reconnaissance par l’endonucléase CPSF-73
va polymériser lentement l’ajout d’une douzaine de résidus adénosine
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
qu’arrive-t-il après que la PAP polymérise lentement l’ajout des adénosines
ceci va stimuler la dissociation des facteurs de clivage CFI/CFII et le complexe CSTF
et va recruter les protéines nucléaires protectrices PABPN liant la queue de polyA
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
quel est l’effet du recrutement de la PABPN
elle augmente la vitesse d’incorportation des adénines, jusqu’à environ 200-250 A
sa liaison est nécessaire à l’export au cytoplasme
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
cmt se diffère les protéines PABPN et PABPC
PABPN stimule la vitesse d’incorportion des A sur l’ARNm et permet l’export au cytoplasme
alors que
PABPC lie la queue de poly-A et se localise au cytoplasme
COUPURE+ POLYADÉNYLATION COUPLÉS:
nommer les étapes de ce système
1) liaison du complexe de signal de polyadénylation CPSF à la séquence AAUAAA
2) liaison du complexe de reconnaissance de stimulation de coupure CSTF
3) liaison des facteurs de clivage CFI/CFII, ce qui permet de reruter la poly-A-polymérase PAP
4) PAP stimule la coupure de l’ARNm entre les deux sites de reconnaissance par l’endonucléase CPSF-73 comprise dans le complexe CPSF
5) PAP polymérise lentement l’ajout de 12 nucléotides adénosine, ce qui dissocie les facteurs CFI/CFII et CSTF et recrute les protéines PABPN
6) les protéines nucléaires protectrices PABPN lient la queue polyA et augmente la vitesse d’incorportation des adénine jusqu’à environ 200-250 A
7) liaison de PABPN permet aussi l’export de l’ARNm au cytoplasme
à quoi sert l’épissage de l’ARNm
ce processus permet de retirer de longs fragments d’ARN qui doivent être dégradés pour ne pas s’accumuler dans le noyau
définir le complexe exosome nucléaire et son rôle
complexe contenant une activité exonucléase 3’ vers 5’ via Rrp44
elle effectue l’épissage des ARN
quelle protéine permet de linéariser les ARN au sein du complexe nucléaire exosome
l’hélicase Mtr4; elle défait les grandes structures et permet à d’autres protéines de faire leur activité
que fait la 5’-3’ exonucléase XRN1
elle dégrade aussi les ARNs, mais ne fait pas partie du complexe nucléaire exosome
sous quelle forme migre l’ARNm au cytoplasme
au début de sa transcription, ARNm est lié à plusieurs protéines qui forment un complexe ribonucléoprotéique (mRNP)
donc ARNm migre au cytoplasme sous forme de mRNP
avant de sortir au cytoplasme, l’ARNm est lié à quels facteurs
le facteur REF, qui lie les jonctions exons/exons et les facteurs NXF1/NXT1
à quoi servent les facteurs NXF1/NXT1
ils interagissent avec les NUP-FG, facilitant le transport de l’ARNm à travers le NPC et vers le cytoplasme
lorsque REF se lie à l’ARNm, quel message cela transmet-il à la cellule
cela dit à la cellule que l’épissage de l’ARNm a été fait
quels seront les 2 changements de protéine effectués lors de l’arrivée de l’ARNm dans le cytoplasme pour faciliter la traduction
CBC, la protéine qui lie le Cap/la coiffe, sera remplacée par le facteur d’initiation de la traduction elF4E
PABPN1 sera remplacée par PABPC1, protéine liant la queue polyA
pourquoi certaines protéines resteront liées à l’ARNm même après maturation
1) pour permettre l’association avec NPC durant l’export
2) pour permettre la liaison avec les protéines ribosomales directement à la sortie du NPC
EXPORTATION NUCLÉAIRE DE l’ARNM:
nommer les étapes de ce processus
1) immédiatement au début de la transcription, ARNm est lié à plusieurs protéines, formant un complexe ribonucléoprotéique (mRNP)
2) Le facteur REF, signalant la fin de l’épissage, lie les jonctions exons/exons et les facteurs NXF1/NXT1
3) l’ARNm, sous forme de mRNP, passe par le NPC et sort dans le cytoplasme
4) Le facteur d’initiation de la traduction elF4E remplace CBC à la coiffe
5) PABPC1 remplace PABPN1 à la liaison de la queue polyA 3’ === facilite la traduction
nommer les 2 protéines qui modulent l’épissage alternatif
protéines SR et hnRNPs
vont servir de guide à l’épissage et au transport des ARNm
qu’arrive-t-il aux ARNm qui ne sont pas épissés correctement
ils sont retenus dans le noyau
définir les composantes des protéines SR et leur rôle
riches en sérine et arginine
elles ont un/des domaines de liaison à l’ARN qui reconnaissent les séquences ESE (enhancer de séquence d’exon)
**elles vont stimuler l’inclusion d’un exon dans l’ARNm
**elles vont permettre le transport des ARNm au travers du pore nucléaire
définir les rôles des protéines hnRNPs
elles lient l’ARN via domaine de liaison reconnaissant des SSE (silencer de séquence d’exons)
**elles vont empêcher un exon d’être inclus dans l’ARNm
que fait l’hétérodimère de NXF1 et NXT1 dans le noyau
il lie les ARNm et dirige les mRNP dans le canal central de NPC;
intéragit transitoirement avec les NUP-FG
où est situé l’ARN hélicase Dbp5
que permet-elle
elle est localisée du côté cytosolique du NPC
**permet d’allonger l’ARNm afin de dissocier NXF1/NXT1 en utilisant l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP
lorsque NXF1/NXT1 se font dissocier grâce à l’ARN hélicase Dbp5, que font-elles
elles retournent dans le noyau par le système Ran-GTP
comment le complexe NXF1/NXT1 se lie
à l’ARNm, autre que le facteur REF
elles sont recrutées par les SR et la déphosphorylation de SR-Npl3 par Glc7 permet au complexe de se lier à ARNm
après le passage de l’hélicase Dbp5 dans le cytoplasme, quelle autre protéine permet au complexe NXF1/NXT1 de se défaire
la phosphorylation de SR-Npl3 par Sky1 permet à NXF1/NXT1 de se défaire (ils y sont liés)
certains virus ont développer des mécanismes pour exporter des ARN non-épissés par le pore nucléaire
nommer les 2 moyens
-exprimer une protéine qui recrute NXF1/NXT1
-exprimer la protéine de transport Rev, qui va lier des séquences consensus dans les sites d’épissage, afin de permettre aux ARNm non-épissés complètement de passer par le pore nucléaire au cytosol + être traduit
quelle est la demi-vie moyenne des ARNm
plusieurs heures
la stabilité des ARNm est aussi régulée au cytoplasme;
nommer les 3 mécanismes
-dégradation dépendante de la dé-adénylation
-dégradation indépendante de la dé-adénylation
-dégradation causées par les endonucléases
certains ARN sont transcrits en grande quantité pour de très courte période
-cytokines
-protéine du cycle cellulaire
-protéines de stress
décrire ce que sont des P-bodies
+rôle
corps denses et riches en protéines nécessaires pour la dégradation des ARNm
ils gèrent donc la quantité d’ARN qui seront traduits dans la cellule
où se fait régulée la dégradation des ARN
dans des endroits spécifiques de la cellule, comme des usines; là où les p-bodies seront (sites de dégradations au cytoplasme)
quelle est la méthode de dégradation des ARNm la plus commune
la dégradation dépendante de la déadénylation; le raccourcissement de la queue polyA empêche PABPC de se lier, déstabilisant le messager
nommer les 2 voies de dégradation possibles lors de la dégradation dépendante de la déadénylation
1) dégradation 5’-3’ avec l’exonucléase XRN1
2) dégradation 3’-5’ avec l’exosome cytoplasmique
dans les 2 voies de dégradation dépendante de la déadémylation, comment se fait dégrader la queue polyA
par le complexe déadénylase; va raccourcir la queue
DÉGRADATION DÉPENDANTE DE LA DÉADÉNYLATION:
quel est le rôle de DCP1/DCP2
complexe de décaping; va retirer la coiffe en 5’ lors de la dégradation 5’-3’
DÉGRADATION DÉPENDANTE DE LA DÉADÉNYLATION:
décrire la voie de dégradation 5’-3’
1) déadénylation de l’ARNm; le complexe déadénylase va raccourcir la queue polyA, déstabilisant le messager
2) le complexe DCP1/DCP2 peut ainsi retirer la coiffe en 5’
3) ceci permet à l’exonucléase XRN1 de dégrader l’ARNm en 5’-3’
DÉGRADATION DÉPENDANTE DE LA DÉADÉNYLATION:
décrire la voie de dégradation 3’-5’
1) déadénylation de l’ARNm; le complexe déadénylase va raccourcir la queue polyA, déstabilisant le messager
2) l’exosome cytoplasmique va débuter sa dégradation 3’-5’
3) lorsque l’exosome atteint le bout 5’, la “Scavenger decapping enzyme” (DcpS) va retirer la coiffe; l’ARNm n’est plus
comment diffère la dégradation !indépendante! de la déadénylation
ces ARNm possèdent des séquences qui permettent la liaison de facteurs recrutant DCP1 et DCP2, et donc débutant la dégradation
principe d’autorégulation des quantités d’ARNm par leurs niveaux de protéines
DÉGRADATION INDÉPENDANTE DE LA DÉADÉNYLATION:
comment sont recrutés DCP1 et DCP2
l’ARNm possède des séquences, que reconnait Edc3 (Enhancer of Decapping 3), qui va s’y lier
ceci lui permet de recruter DCP1/2
DÉGRADATION INDÉPENDANTE DE LA DÉADÉNYLATION:
décrire la voie de dégradation
1) Edc3 reconnait les séquences sur l’ARNm
2) il va recruter DCP1/2, et donc stimuler l’élimination de la coiffe 5’ et prépare l’ARNm à la dégradation
3) XRN1 est recruté et dégrade l’ARNm en 5’-3’
si les ARNm ne sont pas dégradés pas déadénylation dépendante ou indépendante, comment le sont-ils
ils sont dégradés par une coupure interne par une endonucléase
quelle est l’action de dégradation des miRNA
ils vont bloquer la traduction de l’ARNm; en étant partiellement complémentaire à l’ARNm;
ils vont bloquer sa traduction puisqu’il perturbe l’assemblage ou le déplacement des ribosomes, réduisant ainsi la production de protéines.
quelle est l’action de dégradation des siRNA
ils vont être 100% appariés sur l’ARN, ce qui permet à l’endonucléase de venir couper en plein milieu;
ceci crée 2 nouvelles extrémités non-protégées et non-capées, ce qui rend l’ARN totalement susceptible à la dégradation par XRN1 et le complexe exosome
comment sont générés les microARN
ils sont générés par le clivage successif de longs ARNs en tige boucle par les endonucléases Drosha et Dicer
que doit-il se passer pour que le 2e clivafe fait par Dicer se produit
il faut que les précurseurs de microARN soient exportés par la caryophérine exportine 5 dans le cytoplasme, où se trouve Dicer
GÉNÉRATION DES microARN:
décrire les étapes
1) premier clivage d’un long ARN en tige boucle effectué par Drosha dans le noyau
2) exportation du précurseur de microARN par caryophérine-exportine-5
3) clivage final par Dicer dans le cytoplasme pour obtenir le microARN
4) il n’y a pas de traduction de la protéine, et le microARN mature se lie à une protéine argonaute
la protéine argonaute est celle qui coupe; par quoi est-elle guidée
par la disposition des siARN/miARN sur l’ARNm
ainsi, elle peut former les 2 nouvelles extrémités non-protégées
DÉGRADATION CAUSÉE PAR LES ENDONUCLÉASES:
décrire ses étapes
1) la protéine argonaute (endonucléase) coupe au milieu de l’ARNm en se servant des siARN/miARN comme guide
2) formation de 2 nouvelles extrémités non-protégées
3) dégradation 5’-3’ par XRN1 et dégradation 3’-5’ par le complexe exosome
définir une protéine argonaute
la partie active du complexe de silençage induit par l’ARN, clivant le brin d’ARNm cible complémentaire de leur siRNA lié
quelle est la cause commune d’une dégradation initiée par un mauvais épissage
souvent initié par la présence d’un codon stop prématuré avant la fin de la protéine
qu’arrive-t-il lorsqu’il y a PTC (codon stop prématuré)
le codon STOP arrête l’épissage et la maturation de l’ARNm, ce qui laisse le complexe protéique de jonction d’exon sur l’ARN
DÉGRADATION INITÉE PAR UN MAUVAIS ÉPISSAGE;
définir ce qu’est EJC (complexe exon-jonction
c’est un ensemble de protéines qui sont déposés sur un ARNm à la jonction de 2 exons;
servent de marqueur aux ARNm qui sont prèts pour l’exportation nucléaire, sera enlevé slmt après traduction
DÉGRADATION INITÉE PAR UN MAUVAIS ÉPISSAGE;
définir ce que sont les UPF
ce sont des protéines clés des nonsense-mediated decay, qui vont permettre la liaison du complexe SURF au EJC afin d’aboutir à la dégradation
DÉGRADATION INITÉE PAR UN MAUVAIS ÉPISSAGE;
quel UPF est placé sur le EJC dès le départ
l’UPF3
DÉGRADATION INITÉE PAR UN MAUVAIS ÉPISSAGE;
décrire les étapes du NMD
1) codon STOP arrête l’épissage et la maturation de l’ARNm, qui va se faire exporter
2) UPF2 se lie à UPF3 sur l’EJC
3) le complexe SURF est recruté et l’UPF1 le composant se liera sur le ribosome de l’ARNm
4) il y a ensuite liaison de l’UPF1 au complexe EJC, ce qui pliera en boucle l’ARNm
5) certains facteurs sont largués et il y a ajout de SMG7, protéine qui recrute les mécanismes de dégradation et amène l’ARNm aux P-bodies
6) stimulation de la dégradation de l’ARNm dans les P-bodies
décrire la maladie de la B0 thalassémie (anémie génétique) et ses conséquences
les patients ont une délétion de la chaine B de l’hémoglobine qui change le cadre de lecture et insère un PTC
les ARN vont donc subir le NMD et les patients auront des niveaux de protéines de B-globine très bas + surplus d’A-globine
dans quel contexte l’antibio Act D (actinomycin D) peut être utilisé dans le cadre de la B0 thalassémie (anémie génétique)
cet antibio bloque la transcription; on peut donc l’utiliser pour visualiser la stabilité de l’ARNm
les chercheurs peuvent observer combien de temps un ARNm déjà présent dans la cellule reste stable avant d’être dégradé. Cela permet d’analyser les défauts dans la régulation de l’ARNm des globines et d’explorer des approches thérapeutiques potentielles.
que se passe-t-il dans le cas de non-stop decay
il y a dégradation de l’ARNm par manque de codon stop
NON-STOP DECAY:
qcqui va freiner le ribosome s’il y a absence de codon stop
ce sera la présence de PABC1 sur la queue polyA qui va le déstabiliser et donc le freiner
NON-STOP DECAY:
quel est le rôle de Ski7
il va être recruté afin de recruter le complexe exosome après la déstabilisation du ribosome par PABPC1
NON-STOP DECAY:
nommer les étapes
1) absence de codon stop; la traduction va au-delà de la queue de polyA
2) présence de PABPC1 déstabilise et freine le ribosome
3A) recrutement de Ski7 qui recrute le complexe exosome; dégradation 3’-5’
3B) la perte de PABPC1 déstabilise l’ARN et absente Ski7; décapage stimulée et recrutement de XRN1; dégradation 5’-3’
que se passe-t-il dans le cas de no-go decay
il y a dégradation de l’ARNm suite à l’arrêt des ribosomes
l’ARNm possède une structure tertiaire qui empêche la traduction (encombrement stérique)
NO-GO DECAY;
quel est le rôle du complexe Dom34-Hbs1
il s’attache au ribosome bloqué lorsqu’il reconnait la structure tertiaire;
ce complexe possède une activité endonucléase; clive l’ARNm
NO-GO DECAY;
nommer les étapes
1) ARNm possède une structure tertaire empêchant la traduction; encombrement stérique
2) ribosome bloqué; structure tertiaire reconnue par le complexe Dom34-Hbs1
3) le complexe Dom34-Hbs1 possède une activité endonucléase; va cliver l’ARNm
4) les deux morceaux créés seront dégradés par le complexe exosome (3’-5’) et XRN1 (5’-3’)
à quoi sert la voie mTORC1
il sert à réguler l’activation et l’inhibition de plusieurs processus cellulaires en réponse à la dispo des nutriments et du stress
définir ce qu’est mTORC1
mTORC1 est une kinase liée à une GPase
VOIE mTORC1;
dans quelles circonstances mTORC1 est activé
la kinase est activée lorsque des nutriments sont disponibles, par stimulation de facteurs de croissance et par inhibition de Rheb-GAP
activation par des facteurs de croissance, niveaux d’aa élevés dans les lysosomes, niveau d’ATP et d’O2 élevés
VOIE mTORC1;
l’activation de mTORC1 mène à quels changements cellulaires
son activation permet de stimuler la croissance cellulaire via
-la synthèse de ribosomes
-la traduction de protéines
-l’inhibition de l’autophagie
VOIE mTORC1;
quel est le rôle de GTPase Rheb
elle régule l’activité de mTORC1
Rheb GTP= active
Rheb GDP= inactive
VOIE mTORC1;
quel est le rôle de Rheb-GAP
elle comprend le complexe des protéines TSC1/TSC2;
ils stimulent l’hydrolyse du GTP en GDP sur Rheb, le rendant inactif.
VOIE mTORC1;
quels sont les signes cellulaires favorisant l’inactivation de mTORC1 par Rheb-GAP et TSC1/TSC2
- stress
-hypoxie (manque d’O2)
-faible énergie via AMPK
VOIE mTORC1;
sur quoi agit la mTORC1 active afin de stimuler la traduction des protéines
elle va phosphoryler 4E-BP afin de relâcher le facteur d’initiation de la traduction ElF4E et donc augmenter la traduction
+
phosphorylation de la kinase S6k permet la phosphorylation de la petite unité ribosomale et d’autres effecteurs qui permettent d’augmenter la traduction protéique
VOIE mTORC1;
sur quoi agit la mTORC1 active afin de stimuler la transcription
elle va phosphoryler l’inhibiteur de la poly III, ce qui augmente la transcription des ARN 5S (ARN ribosomique) et des tRNAs (ARN de transfert)
VOIE mTORC1;
nommer les étapes d’ACTIVATION
1) facteurs stimulants: nutriments, facteurs de croissance, hauts niveaux d’ATP et de O2
2) activation de mTORC1 par inhibition de Rhab-GAP et hydrolyse de Rheb-GDP en Rheb-GTP
3) Rheb-GTP active mTORC1 et stimule de la croissance cellulaire via la synthèse des ribosomes, la traduction protéique et l’inhibition de l’autophagie
VOIE mTORC1;
nommer les étapes d’INACTIVATION
1) facteurs d’inhibition: stress, hypoxie, faible énergie via AMPK, manque de nutriments
2) Activation de Rheb-GAP, qui comprend le complexe TSC1/TSC2; va hydrolyser Rheb-GTP en Rheb-GDP afin de d’inactiver m TORC1
3) Réduction des processus associés à m TORC1 comme la synthèse protéique et la croissance cellulaire, tout en favorisant l’autophagie.
définir ce que sont des interférons
ce sont des protéines de communication qui permettent la mise en place d’une réponse antivirale
quel type de récepteurs stimule l’interféron en présence d’ARN viral et ADN cellulaire
la famille des récepteurs RIG-1
lors de la présence virale dans la cellule, quels processus seront influencés par les interférons
ils inhibent la prolifération, stimulent la mort cellulaire, modulent la différenciation
que peut-on conclure d’une présence chronique d’interférons
elle est de source pathologique
nommer les détecteurs d’ARN de la cellule
MDA et RIG-1;
ils sont des récepteurs intracellulaires RIG-I impliqués dans la reconnaissance des infections virales et l’activation de la réponse immunitaire innée.
définir SKI2VL
hélicase faisant partie du complexe exosome (dégradation 3’-5’)
quelles seraient les conséquences de l’absence de SKI2VL
le complexe exosome ne dégraderait pas comme il faut les ARN; trop d’ARN et pas à leur place
-arrêt de croissance cellulaire
-inflammation
-augmentation d’apoptose
