Cours 2 Flashcards
Quels sont les deux types de classification en taxonomie?
Artificielle (phénotypique) et naturelle (phylogénétique)
Vrai ou faux. Il y a moins d’espèces dans le règne des fungi que dans le règne des plantes.
Faux, il y a 10 fois plus d’espèces de champignons que de plantes
Comment se nourrissent les champignons?
Par absorption (ils sont hétérotrophes, donc nécessitent du carbone organique dans le milieu)
Nommer une grande distinction entre les plantes et les champignons.
La paroi cellulaire des champignons est composée de chitine, alors que celle des plantes est faite de cellulose
Quelle est la différence entre une levure et une moisissure?
Une levure est unicellulaire, alors qu’une moisissure est sous forme de filaments (classification artificielle)
Vrai ou faux. Peu de champignons font la reproduction sexuée.
Faux, la plupart en font
À quoi correspond les fungi imparfaits?
Auparavant, c’était une classe de champignons qui regroupait les espèces pour lesquelles il n’y avait pas de mode de reproduction sexué connu
À quoi correspond les champignons qu’on voit hors de la terre?
Ce sont les organes de fructification (basidioma). Les hyphes sont regroupe en mycélium et poussent pour permettre aux basidiospores d’être libérés
Vrai ou faux. Ce ne sont pas toutes les levures qui sont capables de fermenter.
Vrai
Vrai ou faux. Il n’y a pas d’organe de fructification chez les levures.
Vrai, la forme sexuée s’effectue d’une autre manière
Quel est le groupe de fungi duquel proviennent les “vraies” levures?
Groupe monophylétique saccharomycotina (si ne fait pas partie de ce groupe, on appelle “organisme levuriforme”)
Quelle est la particularité des espèces appartenant au groupe des ascomycota?
Les espèces sont plutôt homogènes, car elles proviennent toutes d’un ancêtre de levure commun
Vrai ou faux. On peut retrouver des levures dans plusieurs groupes phylogénétiques.
Vrai (levures = groupe polyphylétique), ex. ascomycota et basidiomycota. C’est un regroupement artificiel
Nommer les mode de reproduction asexuée (anamorphe).
- Fission (cellules filles identiques)
- Bourgeonnement unipolaire (cellule fille plus petite que la cellule mère, col très large)
- Bourgeonnement bipolaire (plus petit col de bourgeonnement)
- Bourgeonnement multilatéral (jamais au même endroit)
- Bllistoconidies (formation d’un “spore” et propulsion)
Nommer une méthode qui permet de déterminer l’âge d’une cellule.
Staining au calcofluor permet de visualiser les cicatrices sur les cellules à bourgeonnement multilatéral, ce qui nous permet de savoir combien de reproduction elle a fait
En quoi consiste la technique de Dalmau?
Ensemencer une génoise en profondeur pour observer les structures caractéristiques des levures (ex. formation d’hyphes et d’arthroconidies, absence de filamentation…)
Homothallisme VS hétérothallisme
- Homo: les cellules ont un “sexe” flexible à l’état 1n (suite au bourgeonnement)
- Hétéro: Il y a des cellules + et des cellules -
Qu’est ce que la caryogamie chez les levures?
C’est l’état diploïde qui fait suite à la rencontre de deux cellules de “sexe” opposé (les spores sont formées à partir de là)
Comment fait-on pour déterminer si une levure est homo ou hétérothallique?
On prend une thalle (descendance d’une levure ex. via une colonie) et on remet en culture. Il va y avoir croissance seulement chez les hétérothalliques
Quelle est la forme de levure la plus observée?
Cellules diploïdes. Il y a formation d’ascospores surtout quand les conditions deviennent sous-optimales
Comment fait-on pour mettre en évidence les ascospores?
En faisant croitre la levure dans des conditions difficiles puis en colorant avec du vert de malachite (spores = paroi épaisse qui retient le colorant)
Vrai ou faux. Les asques sont liés à la reproduction asexuée.
Faux, on voit souvent de la reproduction sexuée
Quel milieu de culture utilise-t-on pour observer l’assimilation d’une source de carbone chez une levure?
Yeast nitrogen base (on fait varier les sucre et on voit sous quelle forme le carbone est assimilé)
Quelle est la différence entre l’assimilation d’une source de carbone et la fermentation?
L’assimilation se fait via la voie oxydation et la fermentation utilise plutôt une voie indépendante de l’O2
Quel milieu de culture utilise-t-on pour observer la fermentation d’une source de carbone chez une levure?
Bouillon peptone et ampoule de Durham (croissance et production de CO2)
Décrire les lois de Kluyver (4)
- Une levure qui ne peut assimiler une source de carbone ne peut la fermenter
- Une levure qui le peut fermenter le glucose ne fermente aucun sucre
- Une levure qui peut fermenter le glucose peut aussi fermenter le fructose et le mannose
- Une levure qui fermente le lactose ne peut fermenter le maltose (et vice versa)
Quel milieu de culture utilise-t-on pour observer l’assimilation d’une source d’azote chez une levure?
Yeast carbon base (contient du glucose, on fait varier la source d’azote)
Vrai ou faux. Il y a une différence entre les ascomycetes et les basidiomycetes quant à l’hydrolyse de l’urée.
Vrai, la plupart des asco sont négatifs, tant dis que les basidio sont plutôt positifs
Quels types de métabolites s’accumulent lors de l’hydrolyse de l’urée?
Métabolites alcalins (ex. ammoniaque), ce qui augmente l’acidité du milieu
Quel milieu de culture utilise-t-on pour observer l’hydrolyse de l’urée?
Gélose urée de Christensen (rouge vire au jaune lorsque acide)
Quel milieu de culture utilise-t-on pour observer la résistance au cycloheximide?
Yeast nitrogen base + glucose + 0.1µg/ml de clycloheximide
À quoi sert le bleu de diazonium B?
On l’ajoute au milieu de croissance pour différencier les ascomycetes (colonies blanches/jaunes car rx négative) des basidiomycètes (colonies rouges/mauves car rx positive)
Que peut nous indiquer la nature du coenzyme Q?
On peut différencier les ascomycètes des basidiomycetes selon le nombre d’unités isoprènes de la chaine latérale de la quinone (6 à 8 VS 9 à 10)
À quoi sert la coenzyme Q?
Elle est impliquée dans le transport d’électrons dans les mitochodries
À quoi sert la taxonomie moléculaire?
À savoir si deux levures appartiennent à la même espèce ou à savoir le % d’homologie de séquence entre deux espèces (basé sur le % en GC et la réassociation)
Vrai ou faux. Un % en GC différent permet d’affirmer que les deux levures ne sont pas de la même espèce.
Vrai
Vrai ou faux. Un même % en GC permet d’affirmer que les deux levures appartiennent à la même espèce.
Faux. Le % en GC est spécifique, mais pas exclusif (les séquences peuvent être différentes malgré une ressemblance dans leur composition)
Qu’est ce que la T° de fusion de l’ADN?
C’est la T° lorsque la moitié des brins sont séparés (t° médiane entre l’ADN double brin et simple brin)
De quoi dépend la T° de fusion?
Entre autre du contenu en GC
Vrai ou faux. Il peut y avoir une variation d’environ 15% en GC au sein d’une même espèce.
Faux. 1-2% de différence dans le % en GC indique que les souches appartiennent à des espèces différentes
Vrai ou faux. Les basidiomycètes ont un % en GC plus élevé que les ascomycètes.
Vrai. 50-70% VS 27-50%
Plus la T° de fusion augmente, plus le % en GC…
est grand
Quelle est la principale différence entre le % en GC et le test de réassociation?
Lors du test de réassociation, on ne peut pas comparer à des études antérieures
Quelle conclusion peut-on tirer lorsque la réassociation est supérieure à 80%?
Il s’agit de la même espèce
Sous quel % de réassociation peut-on dire qu’il s’agit d’espèces distinctes?
< 40%
Vrai ou faux. Le séquençage permet seulement d’étudier les liens de parenté proches.
Faux, on peut aussi étudier les liens de parenté distants, selon la séquence étudiée
Nommer une bonne séquence à utiliser pour comparer deux levures entre elles.
Région D1/D2 de la sous unité ribosome 26S
Qu’est ce que la E value dans BLAST?
c’est une valeur de concordance. Plus elle s’approche de zéro, plus la séquence étudiée et la séquence correspondante sont semblables
Quelle est la forme des levures à reproduction asexuée?
Forme anamorphe
Quel est le mode de reproduction des levures à forme télomorphe?
Reproduction sexuée
Nommer 3 choses qu’il faut décrire lorsqu’on identifie une nouvelle espèce de levure?
- Écologie et spécificité de l’habitat
- Description de la morphologie
- Ordre phylogénétique basé sur l’analyse de la séquence D1/D2 de l’unité 26S
Décrire les deux types de clé d’identification.
- Générale: permettent d’identifier toutes les levures
- Spécialisées: permettent d’identifier certains groupes de levures
