Cours 12 - Développement du Médicament Flashcards
Combien de temps a peu près pour dvlp un médoc ? Le coût ?
12ans
2.5 milliards dollars
Cest quoi les 5 étapes dans la découverte d’un médicament
Identification de la cible biologique
Validation de celle-ci
Identification des positifs
Optimisation = tête de série
Optimisation ++ = candidats pré cliniques
Quelles sont les 4 qualités d’une bonne cible biologique ? PERD
effet efficace apres modulation
Pas effet secondaire
Répond a un besoin clinique et commercial
Druggable (effet mesurable et observable)
Donne 2 moyens d’identification d’une cible biologique
Exploration des données biomédicales
Criblage phénotypique
Le criblage phénotypique est caractérisé par quoi ? (3)
Basé sur une activité biologique
Transposable aux conditions cliniques
Cible et mécanismes d’actions inconnus
C’est quoi le but de l’étape validation de la cible ?
Confirmer que la cible séléctionnée est pertinente et joue un rôle clé dans la maladie va du in vitro au in vivo
Donne 6 méthodes de validation de la cible
Technologie anti-sens (oligo compl a ARNm inhib synth)
Animaux transgéniques (knock in/ knock out)
siRNA (clive ARNm via RISC)
AC monoclonaux (extracell slm)
Génomique chimique
Crispr Cas9 (abolit exp gene)
Les 3 types de molécules de médicaments ? Celui privilégié ? Pk ?
Petites molécules
Protéines
Oligonucléotides
On préfère les petites molécules pck cest plus stable ; voie orale ; simple ; moins cher ;
C’est quoi un positif primaire ? Confirmé ? Validé ?
Premiere molec donnant Résultat positif dans un test de criblage
Reproductible et spécifique
Structure confirmée par synthèse de Novo avec effet DÉPENDANT de la concentration
C’est quoi les grosses différences entre un criblage phénotypique et un criblage basé sur une cible ?
Crib pheno = organisme complet, on trouve compose base sur pheno (on connait pas mecanisme)
Crib cible = on part de proteine cible in vitro (mecanisme connu)
transition in vitro in vivo dure pr criblage base sur cible
long et diff trouver mecanisme pr criblage pheno
C’est quoi le criblage par fragment ? Regle de 3
on bombarde cible avec petits fragments pr augmenter chance de trouver structure
regle de 3:
petites molec <300 MW
peu polaires
peu hydrophiles
(doivent etre cap de passer MEC)
Est ce que les intéractions détéctées dans le criblage par fragments sont fortes ? Comment sont elles détectées ? Doivent elles être optimisées ?
nonnn faibles
RMN (SAR aka relation struct-activite)
Cristallo X
SPR
Spectro de masse
Titration calorimétrique
Ouii
En théorie quel est l’avantage d’une libraire de fragments VS conventionnelles ? Mais pratique ?
Y’a une diversité
structurale bcp plus élevée donc bcp plus de chance de Hit 3-5%
En pratique c’est plus compliqué que ça
C’est quoi le criblage par DNA-encoded Libraries et ses flexs ?
fragments (synthons) lies a ADN unique = code barre
interaction avec cible bio et si actif, ampli par PCR et == compose recherche (pharmacophore)
criblage milliards compo en mm temps avec bonne affinite, pas trop dartefacts, sequencage rapide
C’est quoi le principe et avantage du criblage virtuel ?
Grace a la puissance computationnelle on simule les intéractions entre notre hit et la cible comme ca on réduit le nombre de tests expérimentaux
gain de temps et d’argent
complementaire a methode Haut Debit
Dans un arbre décisionnel de criblage virtuel (recherche in silico) quelle technique on utilise si on connaît la structure de la cible ? Si on la connaît pas ?
si on connait structure/ligand: a partir de struct cristallo on ft pharmacophore puis docking
si on connait pas: homologie puis docking
Une autre stratégie pour identifier un positif que le criblage ? hint: peptide connu
Basée sur la connaissance ex:
Via un peptidomimétique ou le pharmacophore va imiter un peptide naturel en gardant les interactions 3D et sa fonction mais il sera amélioré
Les 5 facteurs à considérer dans le dvlp des essais biologiques ? PRCQE
Pertinence pharmacologique
Reproductibilité
Coûts
Qualité et robustesse
Effets des composés
A quoi sert le facteur Z ? Quand est il bon ?
Outil qui permet de garantir la qualité des criblages a haut debit que les données soient fiables entre la separation des signaux positifs et négatifs
Bon quand Z>0,4
A quoi servent les essais biochimiques ? Cellulaires ?
Biochimique :
Juste pour mesurer l’affinité des composés on connaît par leur fonction
Cellulaire :
Mesure fonctionnelle dans des systèmes cellulaires
C’est quoi un essai de liaison ? Quels sont les 3 types ?
ça mesure l’interaction entre un ligand marqué et cible,
on ne connait pas fonction (pas distinction agoniste/antagoniste)
Cinétique du ligand = kon Koff
Saturation
Compétition
A quoi servent les essais fonctionnels ? hint: positif
validation effet / fct des positifs sur cible biologique specifique (phenotype)
Donne 3 méthodes pour étudier les interactions moléculaires ou activité enzymatique dans le cadre du criblage et explique (hint: fluo radio)
ATP radiomarquée :
Mesurer l’activité des kinases
FRET:
2flurophores qui sont excités par lumière si assez proche = signal
BRET:
Luciférase et fluorophore si assez proche = signal
(Bioluminescence et pratique pour regarder en temps réel dans les cellules vivantes)
C’est quoi une tête de série ? Un drug candidate ? Et un dvlp compound ?
tete de serie = positifs validés avec activité améliorée avec profil ADME acceptable pas toxique ect, SAR determine
medicament candidat = possible avec pharmaco cinetique/dynamique favorable en pré clinique
compose en dev = Profil favorable commercial, médical, stratégique
Quelle est l’étape limitante dans la fabrication d’un médicament ?
Passer d’une tête de série fonctionnelle in vitro à aussi fonctionnelle In vivo
Il faut trouver des candidats pour démontrer de l’activité dans un modèle in vivo
Comment on fait le dvlp de SAR (Relation structure-activité) ?
On fait des analogues structuraux en modifiant des groupes fonctionnels…
On prend en fonction la taille charge hydro/lipophicilité…
Pour faire des analogues de structure est ce que l’ordi peut nous aider ? Cite les 2 cas
ouiiii
- Si on connaît le site actif on peut se baser sur la structure avec DOcking
- Si on connaît les ligands mais pas la structure avec QSAR
C’est quoi le QSAR ?
algorithme predit l’activité biologique d’un positif/tete de série dans ce cas la on n’a pas besoin de connaître la structure de la cible biologique.
C’est quoi le docking ?
Nécessite la structure de la cible biologique + celle du positif pour rechercher les intéractions les plus favorables et déterminer la position optimale d’interaction entre les deux
Donne les 3 méthodes de synthèse avec petite description ? Laquelle on privilégie ?
Synthèse conventionnelle : un composé a la fois (on privilégie tjrs celle-là)
Synthèse parallèle :
Plusieurs composés en mm temps avec intermédiaire commun
Chimie combinatoire :
Mélange complexe avec bille de résine un peu comme DEL risque de synergie
Pharmacocinétique ? (ADME)
Pharmacodynamiques ?
Etudier les effets du corps sur le médicament
Absorption, distribution, métabolisme, excrétion
Étudier les effets du médicament sur le corps
Quelle est la voie favorisée pour la prise de médicament ?
PO
Voie orale
C’est quoi la phase d’absorption ? Les deux types de transport ? Celui préféré ?
Transfert d’un médicament de son site d’administration au flux sanguin
Diffusion passive (majoritaire) selon gradient de concentration
Transport actif a l’aide de protéines
C’est quoi le LogP ? CLogP ? PSA ?
Coefficient de partage entre solvant organique octanol et eau pour mesurer la lipophilicité d’une mol
CLogP pareil sauf que basé sur des calculs
PSA : la surface polaire accessible exposé au solvant pour indiquer la capacité d’une molécule a traverser la mb
C’est quoi un bon CLogP et PSA pour une bonne absorption par voie orale ? Dans le cerveau ?
CLogP entre 0 et 5
PSA entre 25 et 140
Dans le cerveau il faut un PSA plus bas mm que 90
A quoi servent les outils Caco-2 et Pampa ?
Caco-2 :
cell epi intest sur une mb perméable (apicale)et produisent des P-gp (responsables de transport actif)
Sert a étudier le transport ACTIF/PASSIF et donc le potentiel d’absorption intestinale des médocs
PAMPA:
In vitro mb artificielle qui permet de mesurer le coefficient de perméabilité et donc le potentiel d’absorption mais uniquement PASSIF pas de transport actif here
C’et quoi les 4 règles de Lipinski ? On les respecte encore auj ?
Poid mol < 500kd
Groupe donneur H < 5
Groupe accepteur H < 10
CLogP entre -1 et 5
Auj la majorité des médocs ne respectent que la moitié des critères
C’est quoi la phase de Métabolisme ? Ces deux phases ?
Biotransformation des composés Xénobitiques
Phase 1 :
Foie avec les CYP450 qui va rajouter OH pour rendre les groupes plus polaires et fonctionnels
Phase 2:
Conjugaison par dif organes pour préparer excrétion
Les enzymes responsables de la phase 1 du métabolisme dans le foie ?
CYP450 notamment CYP3A plus de 75% de l’élimination des médocs
Donne un exemple de test de métabolisme in vitro ?
Centri diff pr recuperer enzymes des microsomes
= riches en CYP –> on voit vitesse metabolisme
Comment identifier précisément les CYP450 impliqués dans le métabolisme du composé ?
On inhibe certains isoformes de CYP450 (avec pamplemousse par exemple)
Quel est la fraction active du médicament ?
FORME LIBRE dans le plasma souvent seulement 1% le reste est blindé et inactif
Les molécules qui se bind sont souvent lipophile
3 méthodes pour déterminer la forme libre d’un médoc ?
Dialyse équilibrée
Ultrafiltration
In vitro serum shift assay
Que s’est il passé en 90 avec le Terfenadine ?
bloquent canaux potassiques (hERG) = arythmie cardiaque
aussi en presence dautres medicaments, inhib le cyp metabolisant terf ce qui aug chance dinhiber les hERG
On a fait quoi suite a cette découverte sur le Terfenadine ? quels types d’essais ?
On a mis au point des tests de dépistage précoce in vitro pour détecter l’intéraction du composé et de ses métabolites
Liaisons
Patch-clamp
C’est quoi le test Ames ? comment ca fonctionne
Test qui évalue le potentiel mutagène d’une substance chimique - potentiel génotoxique - carcinogène
On prend des bactéries mutantes qui peuvent pas produire d’histidine mais en ont besoin pour croître
Donc si on voit que la colonie croit apres exposition ca veut dire que elle a mute pour contourner cet handicap
