Cours 1 et 2 Flashcards
ARN polymérase
Faire transcription des gènes
Lamines
Forme le cytosquelette du noyau
Permet de résister aux forces de pression et traction
Connectent avec chromatine
Maintien intégrité du génome
Mutation E145K
Lamine A affecte intégrité de membrane nucléaire
Ce qui affecte la formation du filet et donc des lamines B
Lamine B1
Permet de structurer la localisation des chromosomes
Perte = Augmente relâchement de la chromatine
Mutation BAF A12T
Défait l’interaction avec lamine A/C, cause rupture de l’enveloppe nucléaire
Prévient le recrutement de lamine A/C et Emerin au site de rupture
Que fait l’expression de BAF WT
Révères les problèmes de recrutement de lamine A/C et emerin
Rôle commun de BAF et Emerin
Font lien avec chromatine et lamine (cytosquelette)
NPC (Complexe du pore nucléaire)
Protéines qui forment le complexe de pore nucléaire
Divisé en 3 parties importantes (partie centrale, panier formé de 8 filaments et 8 longs filaments cytoplasmique)
Nucléoporine (+ fonctions)
Contiennent longues séquences répétées en FG qui forment filet qui sert à diffusion passive et à liaison avec les caryophérines
Fonctions :
- Ancrage dans la membrane nucléaire
- Échafaudage/squelette
- Diffusion
- Transport actif
- Liaison à chromatine
NUP du complexe Y
Forment l’anneau central
NUP de répétion FG (phénylalanine et glycine)
Hydrophobiques et forment un gel qui empêche la diffusion des molécules de plus de 40 kDa
Caryophérine
Sont nécessaires pour les protéines de plus de 40 kDa
Reconnaît les protéines via séquence aa (NLS et NES)
NLS
Signal de localisation nucléaire
Souvent basique (Exception = protéine hnRNPA1 sont hydrophobes)
Lysines du NLS peuvent être modifiées par ubiquitine, les protéines SUMO, groupement acétyle (donc changement des charges des lysines)
NLS de l’antigène T de SV40
7 acides aminés donc 5 basiques
GTPase Ran
Liée au GTP ou GDP
Ce cycle d’hydrolyse du GTP en GDP fournit l’énergie au transport des cargos à travers le pore nucléaire
Complexe cargo-NLS-importine
Dans cytoplasme
Passe au travers du NPC en liant les répétitions FG sur les NUP
Rendu dans noyau, l’importune lie RAN-GTP, ce qui permet la dissociation du cargos NLS
GEF
Facteur d’échange nucléotidique de la guanine
Transforme le Ran-GDP en Ran-GTP au noyau
GAP
Au cytoplasme
Protéine activatrice des GTPase
Stimule l’hydrolyse du GTP en GDP au cytoplasme, ce qui libère l’importine et génère le Ran-GDP
NES
Signal d’export nucléaire
Sa séquence en a.a. est un peu conservé, mais conservation du signal est faible (surtout comparé au NLS)
Lié par une exportine et Ran-GTP (permet la translocation du complexe protéique au cytoplasme)
Présence de Ran-GEF
Noyau
Présence Ran-GAP
Au cytoplasme
Concentration de Ran-GTP
Dans nucléoplasme
Facilite l’export par les exportines
Concentration élevée Ran-GDP
Dans le cytosol
Facilite import des importines
Exosome cytoplasmique
ARNase du cytoplasme
Transcription par Pol II
ARNm
Transcription par Pol 1
ARNr
Transcription par Pol III
ARNt
Les protéines qui régulent l’épissage alternatif régulent quoi d’autres?
Régule le transport des ARN
Régulation de stabilité des ARNm
Par mécanismes et ARNases
Ajout coiffe 5’
Ajout se fait sur presque tous les ARNm + les protèges de la dégradation en 5’
Polyadénylation
Protège contre dégradation des ARN en 3’
Ajout de queue polyA
Décrire région après le site de clivage
20 nucléotides d’une région GU-riche ou U-riche
Vrai ou faux, la coupure et la polyadénylation des ARNm sont couplés
VRAI
CPSF
Liaison du complexe de reconnaissance du signal de polyadénylation (mauve)
CSTF
Liaison du complexe de reconnaissance de stimulation de la coupure
CFI et CFII
Facteurs de clivage, leur liaison permet le recrutement de poly (A) polymérase
bleu
PAP (poly A polymérase)
Stimule la coupure de l’ARNm entre 2 sites de reconnaissance par endonucléase présente dans CPSF mauve
(Jaune)
Stimule lentement l’ajout d’adénosine, cela permet dissociation des facteurs CFI et CFII et CSTF et le recrutement des protéines nucléaires liant la queue de poly(A) PABPN
PABPN1
Nuclear polyA-binding protéine
Quand ajout de pls AAAAAAAA
Rôle = donne le grand signal de recrutement de AAAAAAAA donc augmente la vitesse d’incorporation
Sa liaison est nécessaire à l’export au cytoplasme
PABPC
Cytoplasme poly A binding protéine
Lié la queue de poly-A mais qui se localise au cytoplasme
+ Facilite la traduction
Complexe exosome nucléaire
Contient une activité exonucléase 3’ vers 5’ via Rrp44
Rrp44
Donne activité exonucléase 3’ vers 5’ au complexe exosome nucléaire
Mtr4
Hélicase qui permet de linéariser les ARN
XRN1
Exonucléase 5’ vers 3’ qui permet la dégradation des ARN
Ne fait PAS partie du complexe exosome nucléaire
mRNP
Complexe ribonucléoprotéique
ARNm migre au cytoplasme sous forme de mRNP
Facteur REF
Lie les jonctions exons/exons et les facteurs NXF1 et NXT1
Facteur NXF1 et NXT1
Lié avec facteur REF
elF4E
Facteur d’initiation de la traduction
Remplace la protéine qui lie le Cap (CBC) et la protéine liant la queue de poly A
Donc PABPC1 remplacera PABPN1 pour faciliter la traduction
Commun entre protéines SR et hnRNPs?
Modulent épissage alternatif
(Guide de transport d’ARNm)
Protéine SR
Riche en sérine et arginine
Possède un ou des domaines de liaison à l’ARN
Reconnaît les séquences ESE (enhancer de séquence d’exon)
Stimule l’inclusion d’un exon dans l’ARNm
Recrute NXF1/NXT1
Protéine hnRNPs
Lient l’ARN via domaine de liaison à l’ARN
Reconnaissent des SSE (silencer de séquence d’exons)
Empêchent un exon d’être inclus dans l’ARNm
NXF1
Facteur d’export nucléaire
Lié les ARNm dans le noyau avec NXT1
Faut que ARN soit déplié
NXT1
Transporteur d’export nucléaire
Lié les ARNm dans le noyau
Nécessite le dépliment de l’ARN
Complexe NXF1/NXT1
Lie les ARNm dans le noyau
Dirige les mRNP dans le canal central du NPC
Interagit de manière transitoire avec les NUP à répétition FG
Dbp5
ARN hélicase
Localisé du côté cytosolique du NPC
Permet d’allonger l’ARNm afin de dissocier NXF1/NXT1 en utilisant l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP
Protéines libres de NXF1 et NXT1 dans cytoplasme
Retournés dans noyau par le système Ran-GTP
Glc7
Déphosphorylation qui permet au complexe NXF1/NXT1 de se lier à l’ARNm
Sky1
Phosphorylation de Npl3 qui permet au complexe NXF1/NXT1 de se défaire
Rev
Protéine de transport d’un rétrovirus
Vrai ou faux, un rétrovirus peut exprimer une protéine qui permet de recruter NXF1/NXT1?
Vrai, pour que puisse transporter son ARN non-épissé du noyau au cytosol
Trois mécanismes de dégradation pour la stabilité des ARNm régulée au cytoplasme
- Dégradation dépendante de dé-adénylation
- Dégradation indépendante de la dé-adénylation
- Dégradation causée par les endonucléases
Demi-vie moyenne des ARNm dans cytoplasme
Plusieurs heures
P-bodies
ARNase
Corps denses et riches en protéines
Nécessaire à la dégradation des ARNm
Nommez 2 nucléases
XRN1 exonucléase 5’-3’
Exosome cytoplasmique 3’-5’
DCP1/DCP2
Retire le Cap
Le raccourcissement de la queue polyA empêche ______ de se lier, ce qui ______ le messager : Majorité des ARNm
PABPC
Déstabilise
Rps28B
Protéine qui lie son propre ARN pour s’autoréguler
Edc3 recrute DCP1/2 et cause dégradation par XRN1
Vrai ou faux, certains ARNm ont des séquences qui permettent la liaison de facteurs recrutant DCP1/2
Vrai
ARNm dégradés suite à coupure interne par endonucléase (type de dégradation)
Ne repose pas sur le décapage ou la déanylation
Génération des microARN
Générés par le clivage successif de longs ARNs en tige boucle par endonucléase Drosha et Dicer
Caryophérine exportine 5
Pour que microARN soit clivé par Dicer, précurseurs de microARN sont exportés par la caryophérine exportine 5
Argonaute 2
Endonucléase qui coupe en utilisant les siARN/miARN comme guide
Vrai ou faux, les ARNm peuvent être dégradés après le début de la traduction
Vrai
PTC
Codon stop prématuré
EJC
Complexe exon-jonction reste en place lorsqu’un ARNm n’est pas traduit en entier
Étapes de dégradation initiée par un mauvais épissage
- Interaction entre UPF1 du complexe SURF sur le ribosome lié au PTC et le EJC
- Relargage de certains facteurs et ajout de SMG7 pour marquer l’ARNm
- Stimulation de la dégradation de l’ARNm dans les P-bodies
B0 thalassémie
Anémie génétique
Souvent une délétion dans la chaîne B de l’hémoglobine qui change le cadre de lecture et insère un codon stop prématuré
Donc peu d’hémoglobine Bêta et trop d’hémoglobine Alpha donc augmentation de la toxicité et difficulté à former les globules rouges
NMD
Nonsense-Mediated mRNA Decay
Act D
Actinomycin D
Antibiotique qui bloque la transcription
Peut être utilisé pour visualiser la stabilité de l’ARNm
Non-stop decay (étapes)
Dégradation par manque de codon stop (dû à mutation)
Traduction va au-delà de la queue polyA
Présence des protéines de PABPC1 freine le ribosome
Recrutement de Ski7 qui recrute le complexe exosome 3’ vers 5’
La perte de PABPC1 déstabilise l’ARN et stimule le décapage + dégradation par XRN1 (5’-3’)
No-go decay
Dégradation suite à l’arrêt des ribosomes
Un ARNm qui possède une structure tertiaire (ex. Boucle) qui empêche la traduction sera dégradé
Structure reconnue par Dom34-Hbs1
Dom34-Hbs1
Reconnaît la structure tertiaire d’un ARNm
Activité endonucléase donc permet après la dégradation par exosome et XRN1
Complexe mTORC1
Régule l’activation et l’inhibition de plusieurs processus cellulaires en réponse à la disponibilité des nutriments et du stress
Kinase liée à une GTPase
Nommez protéines impliqué dans voies mTORC1
mTOR
GTPase Rheb
Rheb GTP
Rheb GDP
TSC2
TSC1
GTPase Rheb
Régule l’état d’activité de mTORC1
Rheb GTP = Active
Rheb GDP = inactive
Rheb
Régulée par les protéines TSC2 et TSC1 qui stimule l’hydrolyse du GTP
TSC2 et TSC1
Régule la protéine Rheb en stimulant l’hydrolyse du GTP
Phosphorylation de 4EBP
Permet de relâcher le facteur d’initiation de la traduction (EIF4E) donc cause augmentation de la traduction
Phosphorylation de la kinase S6k
Permet la Phosphorylation de la petite unité ribosome le et d’autres effecteurs qui permettent aussi d’augmenter la traduction protéique
Phosphorylation de l’inhibiteur de la polymérase III
Permet d’augmenter la transcription des ARN 5S et des ARNt
Famille des récepteurs RIG-I
Permet de stimuler l’interféron en présence d’ARN viral et d’ARN circulaire
Interférons
Protéines de communication qui permettent la mise en place d’une réponse antivirale
Inhibe la prolifération, stimule la mort cellulaire, module la différenciation et cause de l’inflammation
Mutation SKiV2L (dans complexe exosome)
Cause problème de croissance + inflammation, car ARN en trop grosses quantités donc ils vont aller partout
Rôle de DCP1/2
Retirent la coiffe 5’ (m7G) des ARNm (décapping) Essentielle pour diriger les ARNm vers la dégradation.
