cours #1 Flashcards
Les isolats reliés épidémiologiquement sont présumés:
A) provenir d’un précurseur semblable et donc représenter un clone ou génotype distinct.
B) provenir d’un précurseur différent et donc représenter un clone ou génotype distinct.
C) provenir d’un précurseur commun et donc représenter un clone ou génotype distinct.
C) provenir d’un précurseur commun et donc représenter un clone ou génotype distinct.
Qu’est ce qu’un isolat?
Culture pure d’une bactérie, obtenue par sous-culture d’une colonie isolée à partir de la gélose primaire et présumée provenir d’un seul organisme.
Qu’est ce qu’une souche?
Une «souche» est une subdivision descriptive d’une espèce qui est dépendante de la méthode de typage moléculaire utilisée.
Dans quel contexte retrouve-t-on un isolat reliés épidémiologiquement?
Lors d’un investigation épidémiologique
Qu’est ce qu’un isolats reliés génétiquement
Isolats que l’on ne peut distinguer l’un de l’autre par une variété de tests génétiques, ou qui sont tellement similaires qu’on présume qu’ils proviennent d’un précurseur commun
Qu’est ce qu’un isolats reliés épidémiologiquement?
Isolats cultivés de spécimens de patients ou de l’environnement durant une période et à un endroit
spécifiques, dans le cadre d’une investigation épidémiologique qui suggère que les isolats pourraient provenir d’une source commune.
Quels sont les trois qualificatifs d’un résultat de typage?
- Non différenciable
- Différents
- Similaires
Qui suis-je?
2 isolats qui donnent le même résultat par une méthode de typage donnée.
des isolats non différenciables
Qui suis-je?
2 isolats qui donnent des résultats très différents par une méthode de typage donnée
des isolats différents
Qui suis-je?
Zone grise entre les 2 catégories précédentes qui peut varier selon les méthodes de typage et selon les espèces.
des isolats similaires
Qu’est ce qu’une souches épidémiques?
Isolats de la même espèce qui sont reliés génétiquement et épidémiologiquement (dans le temps, l’endroit et provenant d’une source commune).
Vrai ou faux:
Le typage moléculaire complète mais ne remplace pas l’investigation épidémiologique et clinique de base
vrai
Quels sont les critères d’évaluation des méthodes de typage moléculaire? (7)
- Résultat non ambigu pour chaque isolat
- Reproductibilité
- Pouvoir de discrimination
- Facilité d’interprétation
- Facilité de la technique
- Étendue de l’utilisation
- Coûts
Vrai ou Faux
Présentement, la méthode MSLA rempli tous ces critères.
FAUX!!!! ITS A LIE!
Il n’y a AUCUNE méthode qui possède tous ces caractéristiques.
En quoi constitue les méthodes phénotypiques?
Détectent les caractéristiques exprimées par les microorganismes en réponse à un substrat, aux antibiotiques ou à d’autres inhibiteurs.
Donnez des exemples de méthodes phénotypiques
- Biotypage (galerie API)
- Antibiogrammes
- Typage des phages (lysotypie)
- Sérotypage
Donnez les caractéristiques des biotypage et des antibiogrammes.
- Peu de pouvoir discriminant entre des souches d’une même espèce.
- Faible reproductibilité
- Test de routine pour dépistage
Donnez les caractéristiques des typages de phages et du sérotypage.
- Méthodes peu discriminantes
- Plusieurs souches non typables
- Problème de conservation des stocks de phages et d’antisérums
Nommez un exemple de méthodes basées sur des patronns de bandes d’ADN.
Électrophorèse sur gel en champs pulsé (EGCP)
Qu’est ce que l’électrophorèse sur gel en champs pulsé (EGCP)?
Technique de caractérisation moléculaire qui compare le matériel génétique (ADN chromosomique et plasmidique) d’une même espèce
L’électrophorèse sur gel en champs pulsé (EGCP) sert-il de remplacement à l’enquête épidémiologique?
NON! C’EST UN COMPLÉMENT!
À quoi sert l’EGCP?
À confirmer ou infirmer une éclosion potentielle
Quelle est la seule technique pour laquelle il existe des critères d’interprétation standardisés des résultats?
L’EGCP
Quels sont les avantages de l’EGCP?
- Très discriminant entre les souches (avec quelques exceptions).
- Nombreux protocoles standardisés.
Quels sont les désavantages de l’EGCP?
- Nécessite une culture pure.
- Technique coûteuse, nécessite un équipement spécialisé (migration).
- Comparaison entre laboratoires difficile.
Quels sont les désavantages de MLVA?
Pas applicable pour l’épidémiologie à long terme.
Quels sont les avantages de MLVA
- Rapidité de la méthode
- Coûts faibles
- Résultats non ambigus
- Base de donnée internationale
- Méthode très discriminante
Quels sont les avantages de MLST?
- Très reproductible
- Résultats facilement échangeable entre laboratoire
- Taux de discrimination à 1 base près
- Le matériel requis pour la détermination des “séquences types” (STs) est facilement transportable
Quels sont les désavantages de MLST?
- Ne détecte pas la variabilité des isolats proches
- Coûteux et long
Définissez: Contig
Assemblage des lectures (Reads) chevauchantes en une séquence e plus grande et non redondante
Avantages du séquençage génomique?
Méthode hautement discriminante par rapport aux méthodes conventionnelles
Cette méthode permettra de mieux identifier les sources de toxi-infections
Elle permettra également d’améliorer les connaissances sur l’attribution de source
Le génome séquencé fourni également l’espèce, le sérotype, les gènes de virulences, les gènes de résistance et tout autre marqueur génétique
Qui va devoir faire un tableau de comparaison des différentes méthodes pour l’examen?
C’est Milly!!!
*Let’s go t’es capable!
