Chromatine/Transcriptome/Épigénétique Flashcards
Que font les miRNA (micro ARN)?
Régulent la dégradation des ARNm produits par la polymérase
Quelle proportion d’ARN totaux occupent les ARNt (arn ribosomaux)?
90%
Que font les lncRNA? Long non coding RNA
intéragissent avec la chromatine pour réguler sa structure
Quelle est la vision linéaire de la transcription?
La polymérase est recrutée au TSS et peut s’arrêter en chemin selon la signalisation médiée par des kinases et phosophatases (PTM)
Quand se fait le splicing?
L’épissage, tout gène épissé se fait en même temps que la transcription, tout travaille ensemble : Queue PolyA en 3’ est éliminée et les Mirs vont se placer en 3’
Quelle est la différence entre un enhancer et un promoteur
Enhancer agit à une grande distance : lie les facteurs de transcption, potentiel bcp plus grand que le promoteur
Promoter agit près du site : lie les TF = obligatoire pour initier, mais pas le + grand potentiel
À quoi servent les transcription factors et les enhancers?
TF et protéines connectrices (enhancer) : stabilisent la polymérase et augmentent la probabilité que les protéines d’intérêt soient au bon endroit au bon moment
À quoi sert la séquence peptidique du domaine C-term de la PolII YSPTSPS?
Maintient le NDR (nucleosome depleted region) et promouvoit l’assemblage des TF et de PolII
Décris les PTM des étapes de la transcription: Initiation, Élongation, Termination
Initiaiton: pol II est phosphorylé à S5P et S7P (dans le promoteur)
Elongation: pol II est phosphorylé à 5’ S5P et 3’ Y1P et S2P
Termination: pol II est phosphorylé à S2P (serine 2 phosphorylation)
Comment mesure-t-on l’activité du promoteur?
Par la quantité de nascent RNA produite à un certain temps
Quelle est la différence entre la bursting vs non bursting transcription au niveau de la quantité de nascent RNA?
Nonbursting: nascent RNA flucture à un niveau constant
Bursting; L’activité du promoteur alterne entre des périodes de grosses production et des périodes d’inactivité = cyclique, non constant
Donne un exemple de nonbursting gene.
Gapdh = gène de référence/de ménage = gène constitutivement transcrits, constant
Que fait le nucléosome?
Il bloque l’accès au promoteur en enroulant l’ADN.
Vrai ou faux, le profil de bursting est important pour la spécialisation cellulaire?
Vrai, une cellule peut exprimer un gène alors que l’autre non, spécialise le tissu etc
Vrai ou faux: Les cellules abérrantes dans l’oncogénèse ont un profil similaires aux cellules lors du développement humain
Vrai
Que pourrais-tu faire pour suivre la GFP dans le temps? Quelle expérience pourrais-tu conduire afin de voir si l’ARN est produit de façon cyclique (bursting)?
On pourrait former un bactériophage avec :
- Protéine de coating MS2
- Une proteine qui reconnait les loops d’ARN : MCP
MS2-ARN complexe forme des loops qui peuvent être détectées au site de trancription comme des spots de fluorescents par la protéine de fusion MCP-GFP. Donc la transcription peut être visualisés en suivant l’intensité de la fluroescence de GFP et on peut voir s’il y a des bursts ou non
MCP = protéine du qui reconnait les loop et qui ajoute de la GFP. GFP s’attache aux loop
Dans le temps on peut suivre la GFP et voire que l’ARN est produit de façon cyclique ou non.
**REVIEW
Que font les super-enhancers?
Ouvre la chromatine alors permettre un burst de transcription même si la chromatine est fermée (force la transcription)
Comment les super enhancer ouvrent la chromatine (entre autre)?
Acetylent les histones (hat histone acetyltransferase)
Qu’est-ce qu’un insulator?
Barrière qui empêche les protéines d’être rapprochées vis à vis du enhancer
Que font les facteurs de transcription pionniers? (GATA3 ou HNF ex)
Capable de reconnaitre la chromatine fermée, recruter d’autres TF et briser le nucléosome ne dissociant les histones
Qu’ont en commun les gene clusters?
Un enhancer en commun
Comment la formation d’un super-enhancer menant à l’Activation de TAL1 induit un neuroblastome ou la leucemigenèse?
L’insersion d’une mutation qui introduit un nouveau site de liaison de MYB pour recruter la protéine. Le binding de MYB induit le recrutement de CBP-p300, une acetyltransferase, qui ouvre la chromatine en ajoutant des acetyl sur les queues d’histones, ce qui attire le reste/key genes impliqués dans la leukemogenesis** quel est le super enhancer
Comment le scRNA-seq permet de voir l’hétérogénéité de la transcription génique?
Permet de comaprer différentes populations qui se ressemblent, donc différencier les cellules impliquées dans différentes situations
Quelles sont les applications du scRNAseq
Voir quelles populations de cellules forment un type de tissu, comparer l’état normal vs pathologique, identifier un phénotype/soustype cellulaire nouveau, permet de suivre dans le temps (base du cancer!!)
Combien d’histones composent le nucléosome?
4, mais les dimers d’histones font en sorte qu’il y a plus que seulement 4: H2A, H2B… + sous variants (H3.3, H2AZ, etc)
En quoi les histones sont importantes?
Elles définissent le territoire du promoteur, enhancers et territoires fermés. Elles sont importantes pour donner une meilleure flexibilité aux nucléosomes
Quelle histone, par exemple, est présente dans les régions du promoteur pour recruter des complexes de transcription ?
H2AZ
Vrai ou faux: la combinaison optimale de PTM des histones est essentielle pour assurer la transcription d’un gène?
Vrai, code très complexe important puisque permet le recrutement d’enzymes qui modifient la chromatine
Qu’engendre l’acetylation des histones?
Acetylation = PTM positive, donc repousse les charges et OUVRE le nucléosome
Qu’engendre la déacétylation des histones?
Déacetylation = PTM négative, donc REFERME le nucléosome
Qu’est-ce que l’épigénétique?
Épigénétique : pouvoir de transcrire certains gènes ou non. On a tous les même gènes, mais neutre profile épigénétique est différent, ce qui fait en sorte que nous transcrivons pas tous les même gènes au même moment/fréquence.
Que sont les complexes SWI/SNF (cBAF et pBAF)?
Complexes de protéines (enzymes) qui consomment l’ATP pour agir comme des buldoser sur les nucléosomes
Très forts pour libérer les nucléosomes pour donner accès à la transcription
Quel facteur recrute l’enzyme SWI/SNF?
Les facteurs de transcriptions pionniers (super-enhancers) -> hautement spécifique
Pourquoi les activités SWI/SNF ATP dépendantes sont altérées en cancer?
Suractivées ou pas activées = change l’horizon du génome de façon massive, les cellules deviennent tellement aberrantes. Si cellules souches = produisent plus de cellules avec même mutations = cancer
Décris la Chip-seq: chromatine immunoprécipitation
Immunoprécipiter la chromatine et la séquencer afin d’aller chercher la région de la chromatine qui réagit avec l’ADN
QUESTION D’EXAM: tu as la protéine HNF4 (TF) qui se lie à l’ADN dans la cellule épithéliale intestinale, mais comment fais-tu pour déterminer où elle se lie?
- Anticorps contre HNF4 va se lier sur HNF4 mais on ne veut pas le génome au complet
- Doit couper la chromatine (200 nucléotides) et on purifie et crosslink, decrosslink
- On veut rendre HNF4 accessible à l’anticorps -> donc mélange avec anticorps
- On va pouvoir reconnaitre toutes les molécules d’ADN liée à HNF4
- Purifier et séquencer
