Chromatine/Transcriptome/Épigénétique

Question 1

Que font les miRNA (micro ARN)?

Answer 1

Régulent la dégradation des ARNm produits par la polymérase

Question 2

Quelle proportion d’ARN totaux occupent les ARNt (arn ribosomaux)?

Answer 2

90%

Question 3

Que font les lncRNA? Long non coding RNA

Answer 3

intéragissent avec la chromatine pour réguler sa structure

Question 4

Quelle est la vision linéaire de la transcription?

Answer 4

La polymérase est recrutée au TSS et peut s’arrêter en chemin selon la signalisation médiée par des kinases et phosophatases (PTM)

Question 5

Quand se fait le splicing?

Answer 5

L’épissage, tout gène épissé se fait en même temps que la transcription, tout travaille ensemble : Queue PolyA en 3’ est éliminée et les Mirs vont se placer en 3’

Question 6

Quelle est la différence entre un enhancer et un promoteur

Answer 6

Enhancer agit à une grande distance : lie les facteurs de transcption, potentiel bcp plus grand que le promoteur
Promoter agit près du site : lie les TF = obligatoire pour initier, mais pas le + grand potentiel

Question 7

À quoi servent les transcription factors et les enhancers?

Answer 7

TF et protéines connectrices (enhancer) : stabilisent la polymérase et augmentent la probabilité que les protéines d’intérêt soient au bon endroit au bon moment

Question 8

À quoi sert la séquence peptidique du domaine C-term de la PolII YSPTSPS?

Answer 8

Maintient le NDR (nucleosome depleted region) et promouvoit l’assemblage des TF et de PolII

Question 9

Décris les PTM des étapes de la transcription: Initiation, Élongation, Termination

Answer 9

Initiaiton: pol II est phosphorylé à S5P et S7P (dans le promoteur)
Elongation: pol II est phosphorylé à 5’ S5P et 3’ Y1P et S2P
Termination: pol II est phosphorylé à S2P (serine 2 phosphorylation)

Question 10

Comment mesure-t-on l’activité du promoteur?

Answer 10

Par la quantité de nascent RNA produite à un certain temps

Question 11

Quelle est la différence entre la bursting vs non bursting transcription au niveau de la quantité de nascent RNA?

Answer 11

Nonbursting: nascent RNA flucture à un niveau constant
Bursting; L’activité du promoteur alterne entre des périodes de grosses production et des périodes d’inactivité = cyclique, non constant

Question 12

Donne un exemple de nonbursting gene.

Answer 12

Gapdh = gène de référence/de ménage = gène constitutivement transcrits, constant

Question 13

Que fait le nucléosome?

Answer 13

Il bloque l’accès au promoteur en enroulant l’ADN.

Question 14

Vrai ou faux, le profil de bursting est important pour la spécialisation cellulaire?

Answer 14

Vrai, une cellule peut exprimer un gène alors que l’autre non, spécialise le tissu etc

Question 15

Vrai ou faux: Les cellules abérrantes dans l’oncogénèse ont un profil similaires aux cellules lors du développement humain

Answer 15

Vrai

Question 16

Que pourrais-tu faire pour suivre la GFP dans le temps? Quelle expérience pourrais-tu conduire afin de voir si l’ARN est produit de façon cyclique (bursting)?

Answer 16

On pourrait former un bactériophage avec :
- Protéine de coating MS2
- Une proteine qui reconnait les loops d’ARN : MCP
 MS2-ARN complexe forme des loops qui peuvent être détectées au site de trancription comme des spots de fluorescents par la protéine de fusion MCP-GFP. Donc la transcription peut être visualisés en suivant l’intensité de la fluroescence de GFP et on peut voir s’il y a des bursts ou non
MCP = protéine du qui reconnait les loop et qui ajoute de la GFP. GFP s’attache aux loop
Dans le temps on peut suivre la GFP et voire que l’ARN est produit de façon cyclique ou non.
**REVIEW

Question 17

Que font les super-enhancers?

Answer 17

Ouvre la chromatine alors permettre un burst de transcription même si la chromatine est fermée (force la transcription)

Question 18

Comment les super enhancer ouvrent la chromatine (entre autre)?

Answer 18

Acetylent les histones (hat histone acetyltransferase)

Question 19

Qu’est-ce qu’un insulator?

Answer 19

Barrière qui empêche les protéines d’être rapprochées vis à vis du enhancer

Question 20

Que font les facteurs de transcription pionniers? (GATA3 ou HNF ex)

Answer 20

Capable de reconnaitre la chromatine fermée, recruter d’autres TF et briser le nucléosome ne dissociant les histones

Question 21

Qu’ont en commun les gene clusters?

Answer 21

Un enhancer en commun

Question 22

Comment la formation d’un super-enhancer menant à l’Activation de TAL1 induit un neuroblastome ou la leucemigenèse?

Answer 22

L’insersion d’une mutation qui introduit un nouveau site de liaison de MYB pour recruter la protéine. Le binding de MYB induit le recrutement de CBP-p300, une acetyltransferase, qui ouvre la chromatine en ajoutant des acetyl sur les queues d’histones, ce qui attire le reste/key genes impliqués dans la leukemogenesis** quel est le super enhancer

Question 23

Comment le scRNA-seq permet de voir l’hétérogénéité de la transcription génique?

Answer 23

Permet de comaprer différentes populations qui se ressemblent, donc différencier les cellules impliquées dans différentes situations

Question 24

Quelles sont les applications du scRNAseq

Answer 24

Voir quelles populations de cellules forment un type de tissu, comparer l’état normal vs pathologique, identifier un phénotype/soustype cellulaire nouveau, permet de suivre dans le temps (base du cancer!!)

Question 25

Combien d’histones composent le nucléosome?

Answer 25

4, mais les dimers d’histones font en sorte qu’il y a plus que seulement 4: H2A, H2B… + sous variants (H3.3, H2AZ, etc)

Question 26

En quoi les histones sont importantes?

Answer 26

Elles définissent le territoire du promoteur, enhancers et territoires fermés. Elles sont importantes pour donner une meilleure flexibilité aux nucléosomes

Question 27

Quelle histone, par exemple, est présente dans les régions du promoteur pour recruter des complexes de transcription ?

Answer 27

H2AZ

Question 28

Vrai ou faux: la combinaison optimale de PTM des histones est essentielle pour assurer la transcription d’un gène?

Answer 28

Vrai, code très complexe important puisque permet le recrutement d’enzymes qui modifient la chromatine

Question 29

Qu’engendre l’acetylation des histones?

Answer 29

Acetylation = PTM positive, donc repousse les charges et OUVRE le nucléosome

Question 30

Qu’engendre la déacétylation des histones?

Answer 30

Déacetylation = PTM négative, donc REFERME le nucléosome

Question 31

Qu’est-ce que l’épigénétique?

Answer 31

Épigénétique : pouvoir de transcrire certains gènes ou non. On a tous les même gènes, mais neutre profile épigénétique est différent, ce qui fait en sorte que nous transcrivons pas tous les même gènes au même moment/fréquence.

Question 32

Que sont les complexes SWI/SNF (cBAF et pBAF)?

Answer 32

Complexes de protéines (enzymes) qui consomment l’ATP pour agir comme des buldoser sur les nucléosomes
Très forts pour libérer les nucléosomes pour donner accès à la transcription

Question 33

Quel facteur recrute l’enzyme SWI/SNF?

Answer 33

Les facteurs de transcriptions pionniers (super-enhancers) -> hautement spécifique

Question 34

Pourquoi les activités SWI/SNF ATP dépendantes sont altérées en cancer?

Answer 34

Suractivées ou pas activées = change l’horizon du génome de façon massive, les cellules deviennent tellement aberrantes. Si cellules souches = produisent plus de cellules avec même mutations = cancer

Question 35

Décris la Chip-seq: chromatine immunoprécipitation

Answer 35

Immunoprécipiter la chromatine et la séquencer afin d’aller chercher la région de la chromatine qui réagit avec l’ADN

Question 36

QUESTION D’EXAM: tu as la protéine HNF4 (TF) qui se lie à l’ADN dans la cellule épithéliale intestinale, mais comment fais-tu pour déterminer où elle se lie?

Answer 36

• Anticorps contre HNF4 va se lier sur HNF4 mais on ne veut pas le génome au complet
• Doit couper la chromatine (200 nucléotides) et on purifie et crosslink, decrosslink
• On veut rendre HNF4 accessible à l’anticorps -> donc mélange avec anticorps
• On va pouvoir reconnaitre toutes les molécules d’ADN liée à HNF4
• Purifier et séquencer