Chapter 2 Étude de la structure microbienne Flashcards
La microscopie optique
- Le microscope à fond clair
- Le microscope à fond noir
- Le microscope à contraste de phase
- Le microscope d’interférence différentielle
- Le microscope à fluorescence
La microscopie électronique
- Le microscope électronique à transmission
* Le microscope électronique à balayage
Les nouvelles techniques microscopiques
- La microscopie confocale
- La microscopie à balayage de sonde
Fixation
Le proceedé par lequel les structure internes et externes des cellules et des organismes sont conservées et fixés en place
A) Fixation à la chaleur
Conserve la morphologie, mais pas les structures. Utilise une flamme
B) Fixation chimique
Pour protéger les structures cellulaires fines et la morphologie. Rend protéines et lipides inactifs, insolubles et immobiles. Éthanol, acide acétique, chlorure mercurique, formaldéhyde, glutaraldéhyde
Principe de la coloration
Présence des groupement chromophores qui possèdent des doubles liaisons conjuguées, permet la liaison aux cellules par interaction ionique, covalente ou hydrophobe
Colorants qui se fixent par liaisons ioniques
Divisé en deux classes
• Colorants basiques
• Colorants acides
Cette méthode est la méthode le plus couramment utilisé.
Les colorants basiques
- Bleu de méthylène
- Fuschine basique
- Cristal violet
- Safranine
- Vert de malachite
Chargées positivement, se fixe aux substances chargées négativement comme les acides nucléiques, des protéines, et la surface des cellules bactériennes, plus efficace à pH élévée
Les colorants acides
- Éosine
- Rose Bengale
- Fuchsine acide
Chargées négativement (carboxyles et hydroxyles), liaisons aux structures chargées positivement.
Coloration Simple
Un seul agent colorant est utilisé.
Crystal violet, bleu de méthylène et carbolfuchsine sont souvent utilisés pour déterminer la taille, arrangement, etc.
Coloration différentielle
L’utilisation de 2 ou plus agents colorants pour afin comparer et distinguer les organismes
- Coloration de Gram
- Coloration Zhiel-Neelson
Coloration de Gram
1) Échantillon dans Crystal violet pour 1 min, rincer à l’eau
2) Ajout de l’iode (mordant, augmente int. Entre cellule et colorant, plus de contraste) pour 1 min, rincer à l’eau
3) Ajout de l’alcool (éthanol/acétone) qui décolore les bactéries Gram (–) pour 10-30sec, rincer à l’eau
4) Ajout de Safranine pendant 30-60sec, rincer à l’eau
5) Gram (+) est bleu/violet, Gram (-) est rouge
Coloration Ziehl-Neelson
Utilisé pour les bactéries acido-alcoolo-résistante
Mycobactéries
• Ont une paroi qui contient l’acide mycolique
• M. tuberculose, M. leprae
1)Chaleur et phénol pour forcer la fuchsine basique à entrer dans la cellule
2) Ces cellules deviennent acido-alcoolo-résistantes.
3) Bactéries non-acido-alcoolo-résistantes sont décolorés par l’alcool acide et colorées par le bleu de méthylène
Coloration par liaisons covalence
Réactif de Schiff- se lie au désoxyribose (de l’ADN)
Coloration par interactions hydrophobes
Noir de Soudan
-Coloration des lipides (pas soluble dans l’eau)
Coloration des capsules
Coloration négative; les cellules apparaissent claires sur un fond noir
Coloration des endospores
-Procédé de Shaffer-Fulton
C’est difficile de décolorer les endospores.
1) Endospores colorées par chauffage des bactéries avec du vert de malachite
2) Les endospores sont ensuite lavés à l’eau, puis contre-colorées à safranine
(savoir la position; centrale, terminales, sub-terminale)
Coloration des flagelles
- Épaississement avec de l’acide tannique + et l’alun de potassium
- Méthode de Leifson (utilise aussi pararosaniline)
- Méthode de Gray (utilise aussi la fuchsine basique)
Microscope à fond clair
Caractéristiques: L’objet est directement illuminé et apparaît sombre sur un fond plus clair
Application: Organismes avec de fortes différences de contrastes
Microscope à fond noir
Caractéristiques: l’objet est fortement éclairé sur un fond noir
Application: Observer des cellules d’organises vivants non colorés. Peut révéler de grandes structures internes de cellules eucaryotes ou de grosses bactéries (Treponema Pallidum agent de la syphilis)
Microscope à contraste de phase
C: Convertit de faibles indices de réfraction et de densité cellulaire, en différences d’intensité lumineuse, facilement observables
A:Observer la mobilité microbienne, forme de cellules vivantes, constituants bactériens (endospores, corps d’inclusion), eucaryotes
Microscope à contraste d’interférence différentielle (DIC)
C: Deux rayons de lumière plane qui seront combinés après passage à travers l’objet. Leur interférence crée l’image
A: Observer un échantillon vivant en 3D (paroi cellulaires, endospores, granules vacuoles, noyaux de cellules ex) amibe
Microscope à fluorescence
C: La lumière permet de former une image grâce à la lumière fluorescente produite par un échantillon coloré par une substance fluorescente (fluorochrome)
A: Identification de bactéries pathogènes après coloration ou après marquages avec des Ac fluorescents
EN écologie ou voir des organismes photosynthétiques
Localisation de protéines spécifiques intracellulaires
Microscope à force atomique
C: Donne une image d’une surface
Microscope confocal à balayage au laser
C: Le rayon laser balaie l’échantillon et permet avoir une image dont le contraste et la résolution sont d’excellente qualité
A: `Biolofilms
Microscope électronique à balayage
C: Balaie la surface de l ‘échantillon avec un faisceau d’électrons et forme une image de cette surface à partir des électrons émis
A: Donne des images 3D (fig.2.27),
Observer des micro-organimses in situ dans leurs niches : peau, intestin, tissus
Microscope électronique à transmission
C: Forme une image en faisant passer un faisceau d’électrons à travers un échantillon et en concentrant les électrons dispersés à l’aide de lentilles magnétiques
A: Grossissement x 100 000 (5A 05nm)
Morphologie de virus, flagelles, ADN, forme d’organites
Cryotomographie électronique
C: Technique de congélation avec préservation des structures internes
A: Ultra structures de bactéries et d’Archées, moteurs flagellaires, structures associes aux magnétosomes, etc.
Microscopie à balayage de sonde
- Microscopie à effet tunnel
- Microscope à force atomique
Microscopie à effet tunnel
C: Pointe de la sonde : un atome. Les nuages électroniques de la sonde et de l’objet qui se touchent et les électrons circulent dans un canal étroit (en tunnel)
A: X 100 millions, permet de voir des atones à la surface d’un solide
ADN
Microscope à force atomique
C: Déplace une sonde effilée à la surface de l’échantillon, balayer des surfaces qui ne conduisent pas l’électricité
A: Interactions entre protéines, comportement de bactéries, aquaporines membranaires
