Chap 5 : replication et réparation ADN Flashcards
La polymérisation de l’ADN est dans quel sens?
5’ –> 3’
Vrai ou faux : À chaque origine de réplication, 1 complexe de réplication synthétise les 2 brins complémentaires aux 2 brins matrices.
Faux. 2 complexes de réplications partent dans le sens opposés
Qu’est-ce que le brin tardif?
Il est synthétisé à partir du brin 5’-3’ par des fragments d’Okazaki
Que sont les fragments d’Okazaki et par quoi sont-ils composés?
Des fragments d’ADN de sens 5’-3’ avec une amorce d’ARN, pas reliés entre eux par des liens phosphodiester
Quel est le mécanisme de polymérisation du brin tardif?
L’adn polymérase marche à reculons à partir de la forche de réplication dans le sens 5-3 pour chaque fragment
Qu’est-ce qu’une ADN polymérase?
Enzyme qui catalyse la polymérisation de l’ADN
Combien de type d’ADN polymérase y a til ?
eucaryote : 5
procaryotes : 3
Citer les propriétés des ADN polymérases?
- catalysent la formation d’une liaison phosphodiester entre le phosphate 5’ du nucléotide ajouté et la fonction OH 3’ du mucléotide de la chaine
- ADN dépendnate
- processivité variable
- elles sont les memes substrats dNTP
- requièrent une amoorce d’ARN
Qu’est-ce que la processivité?
la capacité de l’ADN pol. à synthétiser un long fragment d’ADN avant de se dissocier du brin matrice
Quelles sont les polymérases à faibles processivité?
Les polymérases associées dans le sprocessus de réparation de l’ADN
Qu’est-ce que la clampe coulissante et ses noms?
Un cofacteur protéique en anneau qui augmente la processivité appelée PCNA ou coomplexe B (bactéries)
a
a
Vrai ou faux : L’ADN polymérase a une activité autocorrectrice?
Vrai
Vrai ou faux : l’ADN polymérase peut parfois élonger une amorce dont la dernière base jointe n’est pas correctement appariée.
Faux.
Citer les 5 ADN polymérases eucaryotes.
alpha, beta, gamma, delta, epsilon
Quelles ADN polymérases ont une haute processivité?
Delta
Quelles ADN polymérases ont une faible processivité?
alpha, beta, epsilon
Quelles ADN polymérases sont des primases?
alpha
Quelles polymérases font la réplication?
delta et epsilon
Quelles polymérases font la réparation?
Beta, epsilon
Quelles polymérases font l’exonucléase 3à5’ (relecture)?
Delta et epsilon
Dans quel sens est l’activité exonucléasique?
3’ à5’
Quels sont les 2 sites de la polymérase?
1) site de synthèse et relecture
2) site de correction sur épreuve (site pour l’Activité exonucléase)
Comment l’ADN pol. ajoute un dNTP à la chaine de nucléotide ?
en utilisant l’énergie de l’hydrolyse de la liaison phosphodiester du phosphate beta du dNTP.
Comment se fait la correction sur épreuve 3’ à 5’ par l’ADN pol?
l’ADN pol test l’appariement du dNTP et s’il est correct : ajout du DNTP, s’il est incorrect : retire le dNTP par hydrolyse de la liaison phosphodiester et le remplace par un bon nucléotide
Quelles sont les protéines d’initiation de la réplication?
- protéines de reconnaissance
2. hélicase
Où s’attachent les protéines de reconnaissance?
Origine de réplication
Que fait l’hélicase?
Déroule la double-hélice par rupture des lisaisons H de l’ADN avec de l’ATP
Primase =
ARN polymérase ADN dépendante
Amorce =
10 nucléotides d’ARN
Protéines SSB =
forte affinité pour l’ADN simple brin et empêche les appariements de se former
Clampe coulissante =
anneau autour de l’hélice d’ADN qui maintient l’ADN pol attachée à la matrice d’ADN et permet la synthèse –> PCNA ou clampe Beta
Fonction nucléase ?
Cassent les liaisons phosphodiester entre les nucléotides.
Types de nucléases :
- DNAse: clivent molécules d’ADN –> exo et endo nucléases
2. RNAase : ARN, dégradent les amorces d’ARN
Fonctions ADN ligases
Catalysent la formation de la liaison phosphodiesteravec de l’ATP
Mécanisme de remplacement d’amorces du brin retardé:
- Nucléase enlève amorce d’ARN
- polymérase de réparation
- ligase lie avec des liaisons phosphodiester les fragments d’Okazaki
Comment le brin retardé peut fournir à l’ADN polymérase un sens de progression 5-3?
Le brin matrice 5-3 avance et se retourne/s’enroule : “collier coulissant ou bride mobile”
Vrai ou faux : il y a plusieurs ADN polymérase par fourche de réplication
Faux
Qu’est-ce que la trouée de l’amorce et comment est-elle formée?
Un espace vide d’ADN à l’extrémité 5’ de chaque chromosome, formé car il ne reste plus de matrice d’ADN matrice pour compléter le brin retardé une fois que l’amorce d’ARN est enlevée
Comment éviter de perdre les segments de télomères de la trouée de l’amorce?
Télomérase et une ADN polymérase ARN dépendante
Télomérase =
utilise l’extrémité 3’ comme amorce en ajoutant des séquences répétées supplémentaires, contient un fragment interne d’ARN et allonge le brin matrice de 3’ qui permet compléter la réplication du brin retardé
Nommer une mutation des cellules germinales
Anémie falciforme
Nommer une mutation des cellules somatiques
Cancer (cumulation de mutations aléatoires)
Nommer les 2 sortes de réparation de l’ADN
- Réparation des mésappariements au cours de la réplication
- Réparation des dommages spontanés ou induits par agents chimiques ou radiations
Nommer les 2 mécanismes de réparation des mésappariements au cours de la réplication
- correction sur epreuve
2. protéines de réparation des mésappariements et polymérases de réparation
Nommer les 2 types de réparation des dommages spontatés ou induits
- mécanisme d’excision-réparation
2. photolyase pour UV
La machinerie de réparation corrige combien des erreurs de l’ADN polymérase?
99% (laisse 1 erreur par 10^9 nucléotide copiée)
Comment la machinerie de réparation distingue-t-elle le brin parental du brin fils?
- reconnaissance de brèches pendant la réplication
2. ADN méthylé (le C du CG est méthylé)
Quels sont les types de modifications spontanées?
1) dépurination : perte de bases puriques (a et g)
2) désamination : perte de groupe amines des cytosines, les transformant en uracile
3) oxydation des bases par les espèces réactives de l’oxygène
Quels sont les types de dommages induit?
1) agents mutagènes physiques (UV, chaleur) ou
2) chimiques (agents intercalants ou alkylants)
Décrire la dépurination/déglycosilation
altération de l’ADN où se rompt le lien entre une purine (A ou G) et le désoxyribose auquel elle est attachée. La base enlevée laisse un site libre = le site AP (apurinique)
Décrire la désamination
hydrolyse de la cytosine en uracile ou de la 5-méthylcytosune en thymyne en libérant de l’ammoniac, donne un mésappariement
Quels sont les 2 types de mutations associées au 2 types de dommages (dépurination et désamination)
Dépurination : délétion
Désamintation : mutation ponctuelle
Mécanisme de réparation d’une base azotée endomagée par excision-réparation:
1) ADN glycosylase : clive liaison base/sucre et libère la base pour former un site AP
2) endonucléase AP : coupe squelette sucrephosphate
3) exonucléase : enlève nucléotides voisins
4) ADN polymérase : comble le trou
5) ADN ligase : lie la nouvelle séquence
Que font les dommages induits par les radiations UV?
Un photodimère de la thymine : une formation de laisions covalentes entre 2 pyrimidines, qui crée une distorsion (distance entre les 2 bases plus courtes) et compromet la matrice
2 mécanismes de réversion des dommages aux UV?
1) réparation par excision
2) réparation par photoréactivation
Expliquer la réparation par excision des dommages UV?
Le système de réparation UV excise le dimère T-T et des nucléotides adjacents, et la brèche est comblée par ADN pol et ligase
Expliquer la réparation par photoréactivation des dommages UV?
Lumière visible donne de l’énergie à une photolyase qui restaure la structure normale d’appariement entre les 2 T du dimère avec les A de leur brin complémentaire.
Comment la copie d’ADN endommagée est discernable du brin non-altéré?
La copie altérée a des altérations qui n’existent pas sur le brin non-endommagé
Étapes du système de réparation?
- ADN endommagé reconnu et excisé par nucléase et laisse une entaille
- ADN pol de réparation (epsilon) remplit la brèche par l’extrémité 3’OH
- ADN ligase répare la cassure dans le squelette sucre phosphate
