Caractérisation et classification Flashcards
Qu’est-ce que la taxonomie?
établir des groupes naturels d’organismes présentant des caractères communs.
Qu’est-ce qu’un taxon?
un groupe naturel d’organismes qui possèdent des caractères communs
Quels sont les 3 étapes essentielles à la formation d’un taxon?
identification, nomenclature et classification
Quel est la hiérarchie des taxons?
espèce, genre, famille, ordre, classe, phylum (embranchement), sous-embranchement, règne et domaine
Qu’est-ce que cela implique pour l’organisme, d’être dans une hiérarchie non-chevauchante?
un organisme fait parti d’un seul taxon à un niveau donné de la pyramide
Vrai ou faux, les cultures pures et les cellules souches sont des synonymes?
Faux. Les souches sont des descendants (sous-culture) des cultures pures.
Qu’est-ce qui caractérise une espèce?
groupes de souches dont les caractéristiques sont presque identiques. C’est le taxon de base.
En quoi consiste une souche-type?
souche possédant les caractéristiques représentatives de l’espèce (équivaut à la 1ere expérience)
Quels sont les 2 centres de référence?
ATCC et NTCC
En quoi consiste l’identification d’un taxon?
description et caractérisation d’une culture pure
Selon quels critères généraux les taxons peuvent être identifiés?
morphologie, composition biochimique, physiologie, métabolisme, génétique, interaction avec hôte, écologie, moléculaire
Dans quel type d’identification fait parti la réactions aux colorants?
identification morphologique
Quelle caractéristique de l’organisme peut nous donner sa taille, sa forme, son arrangement et sa structure?
caractéristique morphologique
Est-il possible d’identifier une espèce par la capacité à former des endospores? précisez.
oui, c’est une identification morphologique
Selon quels critères de la composition biochimique les organismes peuvent être identifier?
la composition de la membrane (lipides, alcools) et de la paroi (polysaccharides, protéines)
Les archea sont caractérisés par quel composant présent dans leur paroi cellulaire?
pseudomuréine
L’identification des organismes peut se faire selon quelles caractéristiques physiologiques?
les exigences nutritionnelles (sources carbones, facteurs de croissance) et les conditions d’incubation (température, O2 et lumière)
Quels sont les différents composants du métabolisme qui peuvent être identifiés?
produits finaux de fermentation
enzymes extracellulaires
Quelle est la composition en C et G des animaux et plantes?
environ 30-50%
Vrai ou faux? Un ADN bicaténaire a une densité optique plus grande qu’un ADN monocaténaire.
faux, la DO d’un bicaténaire est plus faible que monocaténaire
Si la composition en C et G est haute, la T° de fusion sera haute ou basse?
plus haute
Quel est le pourcentage de C et G en général chez les microorganismes? Qu’est-ce que cela implique?
25-80%, grande diversité
Qu’est-ce que la T° de fusion?
T° à laquelle l’ADN bicaténaire devient monocaténaire
La composition en C et G peut-elle changer entre les microorganismes?
oui au sein d’une espèce cela peut varier un peu, mais intra-genre ça reste très similaire
l’identification par le nombre de chromosomes ou les particularités des plasmides font parti de quelle caractéristique des organismes ?
caractéristique génétique
Quelles interactions entre les microorganismes et un hôte permet leur identification?
la pathogénicité, capacité de provoquer des maladies et symbiose
L’identification d’un taxon par l’écologie se fait de quelle façon?
par l’étude de leur habitat, la niche écologique, le rôle dans les cycles de la matière
Quelles méthodes moléculaires sont utilisées pour identifier des taxons?
comparaison de séquences, hybridation ADN-ADN,
Quel est le pourcentage de complémentarité entre des ADN d’organismes de même espèce?
plus de 80%
Quels types de séquences peuvent être étudiées afin d’identifier des taxons par une méthode moléculaire?
des gènes conservés, des protéines conservées, des séquences signatures et des homologies de séquences
Qu’est-ce qu’une hybridation ADN?
Processus par lequel un ADN est dénaturer en simple brin puis réapparier avec des séquences possiblement complémentaires
Qu’est-ce qui est nécessaire pour un taxonome pour attribuer un nom à un taxon?
identifier une nouvelle espèce avec un nombre élevé de caractéristiques différentes des autres espèces connues
Vrai ou faux? Seulement Bergey’s Manuel of Determinative Bacteriology peut être utilisé en référence pour l’identification de nouveaux microorganismes
faux, des sites internet existent aussi, comme NCBI, Genbank, EMBL
Qui est responsable d’attribuer les noms aux nouveaux microorganismes découverts ?
le comité international de Systématique des procaryotes/microorg eucaryotes
Qui est responsable de l’invention de la nomenclature linéenne?
Carl von Linné
Quelles sont les caractéristiques calligraphiques de la nomenclature des microorganismes?
écrit en italique ou soulignée et la première lettre du genre est en majuscule alors que l’espèce en minuscule
Quelle nouvelle espèce fut découverte au CHUL en 2009?
Clostridium lavalense
Qu’est-ce que la classification?
C’est l’arrangement en groupes et relations intergroupes selon les caractères communs et les liens évolutifs
Quelles sont les classifications possibles?
naturelles, phénétiques, numérique, phylogénétique ou contemporaine
Selon quoi la classification naturelle se fait?
selon la nature biologique des organismes (anatomie)
Quel type de classification prendre en compte les similarités des caractères phénotypiques des organismes? Donnez des exemples.
la classification phénétique, selon la morphologie, métabolisme, génétique
Comment se fait la classification numérique?
Par la comparaison de plusieurs organismes 2 par 2
Quel est le minimum de caractères communs que doivent avoir des organismes pour être classifier ensemble par type numérique?
50
Quel est le %S?
C’est le pourcentage de similarité où les caractères similaires sont divisés par le nombre de caractères totaux
Quelles sont les limites de la classification numérique?
la pondération des caractères
Quel type de classification prend en compte plus l’origine des microorganismes?
la classification phylogénétique
Quels éléments peuvent être utiles pour étudier les relations évolutives probables entre des organismes?
les ancêtres communs, les comparaisons d’espèces distantes et les fossiles procaryotes
Qu’est-ce qui sert de chronomètre moléculaire?
comparaison de séquences de gènes ou protéines conservées
Vrai ou faux? Les mutations arrivent au hasard?
vrai
Que peut-on dire d’une mutation qui a un effet neutre ou plus?
c’est une mutation conservée
Dans les gènes d’ARNr, que représentent les région conservées?
des séquences essentielles à la fonction
Dans les régions variables du génome, quel effet ont les mutations?
aucun, elles n’altèrent par la fonction
Dans les régions variables, à quoi est proportionnel le nombre de différences?
proportionnel au temps depuis la divergence d’un ancêtre commun
Vrai ou faux? Plus il y a de mutations dans une séquence donnée comparée à celle d’origine, plus l’ancêtre est proche.
Faux, plus de mutations (donc de différences entre 2 séquences) = plus loin (plus de temps s’est écoulé)
Qu’est-ce qu’un nœud?
un événement de divergence
À quoi correspond les branches entre les nœuds? Qu’est-ce que cela nous apprend?
Ce sont les ancêtres des espèces qui divergent en un nœud. La longueur de ces branches nous indiquent le nombre de changements entre les ancêtres communs et les ancêtres.
Quel est l’avantage de la classification polyphasique?
elle combine les informations phénétiques et phylogénétiques, c’est donc plus complet
La classification polyphasique permet de faire une réévaluation de quoi?
de la notion d’espèce
En quelle année avait lieu la classification de linnaeus?
1753
Qu’est-ce qui est ressorti de la classification de linneaus?
2 règnes animaux et plantes
En 1865 le 3e règne protiste fu classifier par?
haeckel
Qu’est-ce qui fut classifié en 1940?
les structures fines des microorganismes
En quelle année et par qui a vu le jour les 5 règnes de l’évolution originelle unidirectionnelle?
whittaker en 1969
Quels éléments faisaient partie de la classification de whittaker en 1969?
la nutrition et l’organisation cellulaire, la photosynthèse, absorption soluble et rigide (intestin), eucaryotes/procaryotes et les organismes uni et pluricellulaires
Qu’est-ce que Woese a découvert en classifiant des microorganismes et en quelle année?
1977, a découvert (LUCA) le dernier ancêtre des 3 domaines eucaryotes, bactéries et archea
Par quel approche Woese a pu faire ces découvertes?
approche phylogénétique/ARNr
Quel serait l’origine des organites de la cellule?
selon la théorie de l’endosymbiose
Quelles sont les particularités des mitochondries et des chloroplastes?
elles sont autoréplicatives, leur chromosome est circulaire et unique, les gènes ARNr sont apparentées aux eubactéries
Quel est l’ancêtre de la mitochondrie?
une bactérie à métabolisme respiratoire (rickettsia)
Quels sont les ancêtre des chloroplastes?
les cyanoabctéries
quel organisme est un exemple d’endosymbioses récentes et multiples?
cyanophora paradoxa
