Avl 1 Flashcards
Slægtskabskoefficient
Beskriver slægtskabet mellem to dyr
Indavlskoefficient
Halvdelen af slægtskabet mellem forældre
Beskriver graden af indavl for et dyr
Selektion
Processen der bestemmer hvilke individer der bliver forældre, hvor mange afkom de skal producere og hvor længe de skal blive i avlspopulationen
Avlsværdi
Et individs værdi som en genetisk forældre
Hvor gode gener individet videregiver til sit afkom
Fænotypisk selektion
Selektion baseret udelukkende på individets egenpræstation (fænotype)
Heritabilitet
Et mål for styrken af forholdet mellem avlsværdier og fænotypiske værdier i en population
Når heritabiliteten er høj, er fænotyperne generelt en god indikator af de underliggende avlsværdier og den fænotypiske selektion vil være effektiv
Performance testing
Systematisk test af performance (fænotype) i populationen (for bedre at kunne udvælge de bedste dyr)
Pedigree data
Ved at kigge på forældrene og udvoksede søskende, kan man danne sig et billede af hvordan hvalpens gener kommer til udtryk
Progeny data
Her lærer bonden om koens gener ved at se på afkommets performance
Simpelt nedarvede egenskaber
Egenskaber der påvirkes af få gener
Fx polled kvæg (uden horn) vs. kvæg med horn
Polygene egenskaber
Komplekse egenskaber der påvirkes af mange gener
De fleste økonomisk interessante egenskaber
Epistasi
Interaktion iblandt gener på forskellige loci således at expressionen af gener på ét locus afhænger af allelerne på et eller flere andre loci
Indavlskoefficient
Sandsynligheden for at begge gener af et par i et individ er identiske af oprindelse
Avlsmål
Hvad er det vi vil opnå gennem avlen?
Eksteriør, mælkeydelse, temperament, bevarelse, slagtekvalitet, yversundhed osv. osv.
Simpel nedarvning
Kvalitative egenskaber
Kontrolleres af et enkelt gen-par
Upåvirket af miljø
Kategorisk fænotype (ikke rækkefølge)
Eks: Blodtyper, farver, dobbelt-muskulatur
Polygen egenskab
Kvantitativ egenskab
Egenskab som er påvirket af mange gener
Påvirkes af miljø
Beskrives på en kvantitativ eller kontinuerlig skala
Eks: Mælkeproduktion, løbshastighed, væksthastighed
NB: Det er de polygene egenskaber der er vigtigst i avlen!
Threshold traits
Egenskaber som er polygene men som udviser kategoriske fænotyper
(Fx dværgvækst, fertilitet, naturlig gangart)
IBD
”Identical By Descent”
Sandsynligheden for at et par homologe alleller er identiske pga. nedarvning fra fælles ane
Pleiotropi
To egenskaber påvirkes af samme gen
Ofte forskellig påvirkning (r
Kobling
Tætsiddende gener på samme kromosom nedarves ofte sammen (p>50%)
Den fænotypiske værdi
Individets performance record, dvs. et mål på individets egen performance i forhold til en specifik egenskab
Den genotypiske værdi
Overall effekten af individets gener på dets performance i forhold til egenskaben
Ikke direkte målbar
Den miljømæssige effekt
Består af alle non-genetiske faktorer som påvirker et individs performance ift. egenskaben
Avlsværdi (BV)
Parental værdi, dvs. værdien af et individ som en bidragyder af gener til den næste generation
Repræsenterer den del af den genotypiske værdi som kan overføres fra forældre til afkom!
Forældrene videregiver hver især halvdelen af deres avlsværdi til afkommet, da avlsværdien er summen af independent gene effects
EBV
Estimated breeding value
Avlsværdi og genotypisk værdi er ikke direkte målbar, men kan forudsiges ved at bruge performance data
Progeny difference (PD) eller transmitting ability (TA)
Transmissionsevne/afkomsforskel
Halvdelen af forældrenes avlsværdi for en egenskab er vores forventning om hvad der er nedarvet fra forældrene
PD = ½BV
Ikke direkte målbar, men kan også forudsiges ved at bruge performance data
Heritabilitet
Hvor stor en del af forældrenes performance for en egenskab som er nedarvet til afkommet
Er heritabiliteten høj vil forældre med høj performance i en egenskab også få afkom med høj performance i samme egenskab
Er arveligheden for en egenskab derimod lav, så fortæller performance records af forældrene ikke ret meget om afkommets performance mht. egenskaben
Heritabilitet er et mål for styrken af forholdet mellem performance og avlsværdier for en egenskab i en population
Andelen af den fænotypiske variation der skyldes additiv arv
Kan man snakke om heritabilitet af enkelt individer? Fx. en hingst?
Man kan ikke snakke om at heritabiliteten af en egenskab hos en hingst er høj!
Man snakker om heritabilitet af egenskaber i populationer!
Hvad der menes er, at hingstens egen performance for en egenskab er enten god eller dårlig, og avlsværdien matcher dette. Fx arveligheden af springteknik, hingstens teknik er god og avlsværdien for denne egenskab er ligeledes høj -> altså vil hingsten få afkom som også har en god teknik!
Høj heritabilitet vil sige at…
.. Beslægtede individer ”ligner” hinanden i egenskaben.
Repeatability (r)
Et mål for styrken af forholdet mellem gentagne registreringer (gentagne fænotypiske værdier) for en egenskab i en population
Fx mælkeydelse, kuldstørrelse, show performance osv.
Hvis r er høj, dvs. ”gentagenhed” er høj, vil en høj første måling af kuldstørrelse og så gentage sig ved anden, tredje … måling. Den samme fænotypiske værdi gentager sig altså ved de forskellige registreringer lavet på forskellige tidspunkter! Den første måling er altså en god indikator for de efterfølgende!
Repeatability er ligeledes et populationsmål, og ikke et individmål!
En anden brugbar definition af repeatability
Repeatability er et mål af styrken af forholdet mellem single performance records (fænotypiske værdier) og produktionsevner for en egenskab i en population
Repeatability kan anvendes til at bestemme hvilke dyr som skal slagtes. Fx hvis man ser på mælkeydelse som har r=0,5 (ret høj) og har en ko som har givet under gns. ved første laktation, vil man forvente at de efterfølgende laktationer er ligeså dårlige og man vil vælge at aflive koen. Har man derimod med en egenskab at gør som har lav repeatability, så vil man ikke beslutte noget ud fra første måling, da de efterfølgende godt kan være over gns. og man på den måde ville komme til at aflive en god ko.
Korreleret respons til selektion
Genetisk forandring i en eller flere egenskaber som resultat af selektion for en anden egenskab
Hvorfor opstår dette?
Der er en række genetiske mekanismer der forårsager det korrelerede respons til selektionen:
Kobling (hvis de primære gener for to egenskaber sidder tæt sammen har de tendens til at hænge sammen) (før eller siden vil rekombination dog bryde dette mønster -> midlertidigt fænomen)
Pleiotropi (et gen som påvirker mere end én egenskab)
Relaterede polygene egenskaber er sandsynligvis påvirket af mange gener med pleiotropiske effekter
Genetisk korrelation
(rBVx,BVy)
1) Styrken af forholdet mellem avlsværdien for én egenskab og avlsværdien for en anden egenskab
2) Måler den relative vigtighed af pleiotrope effekter på to egenskaber
Fx er korrelationen mellem knoglelængde og kropsvægt hos kalkuner estimeret til 0,5 (ret høj). Dette er ikke overraskende da begge egenskaber er mål af kropsstørrelse. Gener der øger knoglelængden har tendens til at have samme pleiotrope effekter på kropsvægten. Selektion for øget knoglelængde vil altså også øge kropsvægten og vice versa
Fænotypisk korrelation
(rPx,Py)
Mål for styrken af forholdet mellem performance i en egenskab og performance i en anden egenskab (altså forskellig fra genotypisk korrelation! Korrelationerne er dog ofte, men ikke altid, ens)
Environmental korrelation
(rEx,Ey)
Mål for styrken af forholdet mellem miljømæssige effekter på én egenskab og miljømæssige effekter på en anden egenskab
Fx for fødselsvægt og vægt ved 1 år er 0,1. Dvs. at den påvirkning som miljøet har tilført kalven før den blev født ikke har ret megen sammenhæng med den påvirkning som miljøet tilfører kalven på det første leveår mht. vægt
Kompensatorisk gain
En relativ stigning i væksthastigheden hos tynde dyr efter de bliver placeret på tilstrækkeligt foder, de kompenserer altså for at have været undervægtige!
Selektionsindex
En lineær kombination af fænotypisk information og vejende faktorer der bruges til genetisk forudsigelse når performance data kommer fra genetisk ens midlertidige grupper
Individets egen performance data
Information om individets egen fænotype
Anvendes når dyret når en alder hvor fænotypen for en egenskab bliver målbar
Pedigree data
Information om genotype eller performance af forfædre og/eller slægtninge i sidelinje for et individ
Anvendes ved vurdering af unge dyr der ikke selv har præsteret noget endnu eller som ikke har fået afkom
Progeny data
Information om genotype eller performance af et individs efterkommere
Kan anvendes til ældre dyr, og giver en mere præcis vurdering
Forudsigelse ved anvendelse af en enkelt kilde af information
I = b•x
De mest simple selektionsindex’ er dem med kun ét x, altså én kilde
Common environmental effect
En stigning i ensartethed i performance hos familiemedlemmer som skyldes at de deler det samme miljø. Især vigtig med kuld (helsøskende)
Epistasi
Vekselvirkninger på kryds af forskellige alleler
Størst sandsynlighed ved nedarvning allerne sammen ved tæt kobling
Ved overkrydsning overføres epistasi ikke til afkommet
Den genetiske korrelation mellem produktion og sundhed er ofte…
… UGUNSTIG!
Formålet med avlsværdivurdering er at…
… beregne det bedst mulige skøn af den additive effekt af dyrenes gener under gennemsnitlige miljøforhold
Altid i forhold til populationsgennemsnittet
Man bruger avlsværditallet til…
.. at give en rangering af dyr i populationen, til selektion af bedst rangerede dyr som så kan anvendes til videre avl
BLUP
Best Linear Unbiased Prediction
y = genetik + miljø + rest
genetik -> avlsværdi
Statistisk metode til samtidig estimering af avlsværdital og miljø-effekter
Går altså ind og korrigerer for miljøet og anvender information fra slægtninge optimalt
Tager hensyn til ikke-tilfældig parring samt selektion og genetisk trend når al information, som selektionen er baseret på, inddrages i analysen
Selektion baseret på BLUP avlsværdier giver automatisk det optimale generationsinterval og maksimal avlsmæssig fremgang
Avlsværdier korrigeres i retning af gennemsnit når sikkerheden er lav
Genetisk parametre skal kendes (h^2 og rA)
Vi skal IKKE kunne beregne BLUP-avlsværdital
Højere avlsværdi…
… jo bedre slægtninge præsterer ifht. populationsgennemsnittet
Sikkerhed på avlsværdien afhænger af:
Heritabiliteten for den pågældende egenskab
Mængden af de oplysninger der er til rådighed om de enkelte dyr
Højere sikkerhed når…
Højere slægtskab mellem dyr vi avlsvurderer og dyr med registreringer
Mindre intraklassekorrelation (lavere slægtskab mellem dyr med registreringer og lav fælles miljø komponent)
Flere registreringer
Højere heritabilitet
Afhænger den forventede avlsværdi af afkommet af sikkerheden på forældrenes avlsværdi?
NEJ!!
Avlsværdital kan kun sammenlignes hvis:
De er beregnet i forhold til samme referencepopulation
Udtrykt i forhold til samme gennemsnit og spredning
Heterosis
Sammenblanding af effekter
QTL
Kort betegnelse for gener som har betydelig effekt på visse kvantitative egenskaber
Aktive gener, ofte en gruppe af aktive gener
