Aspects analytiques en diagnostic moléculaire et pertinence d’utilisation Flashcards
Quel champs d’application possède récemment un intérêt très fort pour le diagnostic moléculaire?
Microbiologie
Qu’est-ce que la génétique médical? Parle moi de la cytogénétique, génétique biochimique et génétique moléculaire
Spécialité mixte où il y a consultation clinique et réalisation d’analyses biomédicales:
En cytogénétique: Étude microscopique des chromosomes et la chromatine au cours du cycle cellulaire et lors de la mitose
En génétique biochimique: Dosage de substances chimiques dont la concentration peut être modulée par la présence d’une altération dans un ou plusieurs gènes
En génétique moléculaire: Analyse de la structure moléculaire de l’ADN nucléaire ou mitochondrial ou l’ARN associé à une maladie ou à une condition pathologique d’origine génétique.
Qu’est-ce que le diagnostic moléculaire?
Analyse qualitative ou quantitative des acides nucléiques (ARN et ADN) dans un spécimen biologique à des fins de prévention, de dépistage, de diagnostic, de pronostic ou de suivi de l’état de santé des individus
Est-ce qu’il y a une grosse “mode” de faire la pub des analyses génétiques auprès du grand public, et d’en vendre
oui
Parle moi un peu de l,histoire du diagnosic moléculaire
-Gregor Mendel père fondateur de la génétique (1866)
Pose les bases de la génétique et de l’hérédité (hérédité mendélienne): gamète = 1 seule copie de chaque gène, cell somatique = 2 copies
Lois de Mendel explique la transmission des traits (loi de ségrégation, loi de disjonction des allèles, loi de la dominance)
La base biochimique de la transmission demeure totalement inconnue.
-Isolation de l’ADN (1869)
Pour la première fois en 1869 dans les bandages chirurgicaux usagés. Substance riche en phosphore nommé nucléine;
Mise en évidence de la structure en double hélice par James Watson et Francis Crick en 1953;
Théorie fondamentale de la biologie moléculaire par James Watson en 1957
-Invention du séquençage de l’ADN
Première lecture de l’ADN en 1970;
Séquençage Sanger en 1977. Encore utilisé aujourd’hui;
Séquençage du premier génome complet en 1977 (Bactériophage ΦX174);
Séquençage à haut débit (Next Generation “NextGen”)
-Invention de la PCR (Polymerase Chain Reaction) en 1983
Considérée comme une des avancés les plus importantes du 20e siècle;
Prix Nobel de chimie en 1993;
Permet d’obtenir des milliards de brins d’ADN à partir d’un seul brin.
-Publications en diagnostic moléculaire (exponentielle depuis 1970)
Quels sont les niveaux d’organisation de l’ADN?
ADN s’enroule sur les histones = nucléosomes
→ nucléosomes forment structure plus compacte = chromatine
→ Lors de division cellulaire la chromatine devient extrêmement compacte = chromosome (chromatine extrêmement dense)
Combien de paires de chromosomes?
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Qu’est-ce que le TAAN? Nomme moi des méthodes
Test d’Amplification des Acides Nucléiques
-PCR en point final
-PCR en temps-réel
-Automate de biologie moléculaire
-EBMD moléculaire (développement important suite à la COVID)
C’est quoi le principe de base de la PCR?
-enzyme: polymérase
-produit de départ: produit génomique (ADN génomique)
-1.dénaturation de l’ADN à 94’C
-2.appariement des oligonucléotides à la séquence complémentaire à 55’C
-3.extension à 72’C (produits non définis en longueur)
-4.longs produits → produits courts
-5.produits cours → produits courts (amplification)
Désavantages du PCR en point final
-Faible précision
-Faible sensibilité
-Non-automatisé (maintenant certaines automatisation de la lecture sur gel)
-Grande composante manuelle
-Long
-Pas approprié pour la routine dans un laboratoire clinique
Avantages du PCR en temps réel
-Meilleure précision
-Meilleur sensibilité
-Possibilité de standardisation
-Automatisable
-Rapide
-Peu de manipulation nécessaire
-S’adapte facilement à un laboratoire médical
PCR en point final vs en temps réel
-Le PCR en point final est semi-quantitatif alors que le PCR en temps-réel est quantitatif
-L’analyse est plus longue pour le PCR en point final puisqu’on doit attendre la fin de la réaction
-Le PCR en point final ne peut être automatisé (en règle générale)
-Utilisation d’un agent intercalant cancérigène (artéfact du passé)
-PCR en point final ne peut être utilisé en routine.
Si l’efficacité de la PCR = 100%, de combien augmente la quantité d’ADN à chaque cycle?
on double la quantité d’ADN à chaque cycle
L’efficacité de la PCR dépend de quoi?
Du design des oligonucléotides « primers »
Des conditions et température des cycles
De la présence d’inhibiteurs pouvant limiter l’amplification
Comment le design des oligonucléotides pout affecter l’efficacité de la PCR?
-Une distance courte entre les « primers » = plus petits produits = amplification plus efficace et plus rapide
-Éviter l’auto-appariement des « primers »
-S’assurer de la spécificité. Éviter les séquences répétitives et s’assurer d’éviter séquences similaires non voulues.
L’outil BLAST du NCBI est très utile pour s’assurer de la spécificité
-Longueur optimale entre 18 et 25 bases
-Choisir des « primers » avec température de dénaturation (melting) similaire
Comment les conditions et températures des cycles peuvent affecter l’efficacité de la PCR?
-Performance supérieure si on évite les plateaux de température ou les pauses (permet d’éviter les sous-produits indésirables et augmentation de la spécificité)
–température/période de transition = moins stable en terme de température
–possibilité de création de produits non spécifiques
–diminuer le temps des cycles = moins de sous-produits
-L’efficacité de la PCR augmente si on effectue une amplification rapide
-Les processus sont extrêmement rapides
Est-ce qu’on se retrouve avec des sous produits lorsque la PCR est plus longue ou moins longue?
plus c’est long, plus on a de sous-produits
Comment la présence d’inhibiteurs pouvant limiter l’amplification peuvent affecter l’efficacité de la PCR?
-Des inhibiteurs de PCR peuvent interagir directement avec l’ADN ou d’autres composants et bloquer l’activité de la polymérase (ex: EDTA peut chélater MgCl2).
-Peuvent être retrouvés dans plusieurs types de matrices
–Urine : Sang, Urée, Mucine, Bilirubine
–Endocervicaux/vaginaux: Sang, Mucine, Poudre
–Sang: Hème, IgG
–Nasopharyngé: Différents médicaments, mucine
–Selles : Sels biliaires
–Tubes et préservatifs : Medium de transport viral, héparine, formaline, wabs avec gel ou charbon
Quel est l’avantage de l,amplification isothermale et dans quel appareil on retrouve se type d’amplification?
-Avantages par rapport à la PCR: Pas de nécessité de thermocycleur et peut être très rapide
-appareils = EBMD
Nomme moi 4 techniques d’amplification isothermale
Amplification basée sur la transcription (Transcription-mediated amplification, TMA)
Amplification basée sur le déplacement de brin (Strand displacement amplification, SDA)
Amplification hélicase dépendante (Helicase dependant amplification, HDA)
Amplification médiée par boucle (Loop-mediated Amplification, LAMP)
Explique moi l’amplification basée sur la transcription
-Méthode basée sur la réplication des rétrovirus
-Utilise les activités de transcription reverse, RNAse H (dégrade l’ARN pour laisser simple brin ADN) et ARN polymérase
-Utile lorsque l’ARN est la cible (Exemple: VIH ou HCV)
Explique moi l’amplification basée sur le déplacement de brin
-Requiert la génération de matériel de départ et requiert donc une dénaturation initiale par chauffage
-4 « primers » sont ajoutés: 2 pour le déplacement et 2 pour interne qui ajoutent un site de restriction
-L’amplification exponentielle est effectuée à 37’C en utilisant l’activité d’une enzyme de restriction qui coupe un brin simple
Explique moi l’amplification hélicase dépendante. Quels sont les avantages et inconvénients?
-Utilisation de l’activité ADN hélicase en présence d’ATP
-Séparation des deux brins par adn helicase, ligation des
« primers » grâce a l’ADN polymérase et amplification
-Amplification asynchrone avec cinétique semblable au PCR
-Avantages: application clinique assez courante, faible coût, pas besoin de thermocycleur, développement facile, bonne sensibilité et spécificité, rapide
-Inconvénients: coûts de réactifs (+ que réactifs de PCR)
Qu’elle est la méthode isothermale préférée du prof?
Amplification médiée par boucle (LAMP)
Avantages de l,amplification médiée par la boucle. Qu’est-ce qu’il produit?
-Fréquemment utilisé pour la détection de pathogènes avec des performances pouvant excéder la PCR, immunoessai ou les cultures
-Très robuste (résistant aux interférences)
-Production de fragment de longueurs différentes avec branches et boucles
Explique moi le principe de l’amplification médiée par boucle
4 à 6 primers qui reconnaissent 6-8 régions de la séquence cible d’ADN. FIP (forward internal primer) et BIP (Backward Inner Primer) vont faciliter la formation des boucles.
Polymérase avec forte activité de déplacement des brins synthétise un nouveau brin d’ADN tout en déplaçant l’ancien. Forme ainsi des structures en boucle à chaque extrémité de la séquence cible
Ces structures en boucle permettent à de nouvelles amorces de s’hybrider, facilitant l’amplification continue du brin d’ADN cible.
Il va donc y avoir amplification exponentiel de l’ADNç
-Détection (plusieurs méthode) : turbidimétrie, fluorescence, visuellement, etc…
Nomme moi des exemples d’appareils qui utilisent le LAMP?
Lucifera vs QuidelOrtho
Comment fonctionne la combinaison CRISPR-CAS12 et LAMP?
concept de l’ARN guide
si cible présente: active CRISPR-Cas12, clivage non spécifique d’ADN simple brin
lorsque que cassure: coupure du lien entre biotine et fluorochrome donc migration jusqu’à la bande +
mesure de la fluorescence
Fait moi un tableau avec la méthode, le matériel de départ, le type d’amplification, la performance, la sensibilité analytique, le nombre de primers et la température d’initiation des amplifications isothermales
Nomme moi des appareils courammment utilisés et 1 appareils avecson menu (gros multi)
ROCHE COBAS 4800, 5800, 6800, 8800 (PCR en temps réel)
ABBOTT ALINITY (PCR en temps-réel)
HOLOGIC Panther fusion (PCR en temps-réel et TMA
CEPHEID GeneXpert (PCR en temps-réel)
ABBOT = VIH-1
CTNG
VHB
MTB
VHC
CMV
VPH
EBV
Nomme moi des appareils de EBMD moléculaire et 1 avec menu de tests
ABBOTT Alere i (NEAR/RPA)
-Résultats en 15min
-menu:
Influenza A/B + RSV
Strep A
COVID-19
ROCHE COBAS Liat (Real-Time PCR)
-Résultats en 20min
-menu:
Influenza A/B - RSV
Strep A
C.Difficile
COVID-19
QUIDEL SOLANA (HDA)
-Résultats en 35min
-menu:
C.Difficile
Strep Complet
VHS 1 et 2/VZV
Influenza A/B
Panel respiratoire
TV
Bordetella
Strep B
TV
COVID-19
CEPHEID GeneXpert (Real-Time PCR)
-Résultats en 45min et +
-menu: même que ci-dessus, sauf COVID-19 à la place de EV
Qu’est-ce que l’approche multiplex? Dans quoi est-ce utilisé?
-La spécificité et sensibilité des approches par amplification permet de combiner plusieurs cibles;
-Utile pour approche syndromique (ex: on observe une condition et on tente d’identifier le pathogène)
-Exemple d’utilisation:
Profil infections gastro-intestinales (22 pathogènes)
Profil infections respiratoires (22+ pathogènes)
Profil méningite (14 pathogènes)
Qu’est-ce qui est important de faire au niveau de l’équipe médical pour l’approche multiplex?
-Nécessité d’éducation médicale pour les non-spécialistes
-*Important de comprendre que la plupart des panels sont fait avec des spécialistes mais attention à la surutilisation des tests
-*Certaines personnes pensent que plus on teste, plus on gaspille des ressources. Ce n’est pas le cas, selon le prof. L’approche syndromique (chercher) = plusieurs possibilités sur le même panel
Peut entraîner des problème de remboursement par les assurances (USA), si les panels sont trop gros
Explique moi l’évolution des appareisl de séquençage?
-1997: 1ère génération (Sanger)
-2007: 2e génération (NGS)
-2010: 3e génération (Nanopore, SMRT)
-Diminution du coûts de séquençage, surtout grâce au NGS (3x109$ en 1998 vs 200$ en 2024)
Qu’est-ce que le séquençage sanger?
-Méthode de séquençage la plus utilisée pendant 40 ans;
-Repose sur le principe terminaison de chaîne avec l’utilisation de ddNTP;
-Encore utilisé couramment -e.g. pour valider les résultats de NextGen
-Considéré comme le “gold standard” avec une exactitude de 99.99%
-Ajout de forme marqué des nucléotides, lecture de chaque ajout par la polymérase
Nomme moi 3 séquençage de nouvelle génération
Séquençage exome, séquençage Genome et séquençage ciblé
Qu’est-ce que le séquençage de l’exome et nomme moi avantages et inconvénients
La méthode de séquençage ciblée la plus utilisée. Séquence moins de 2% du génome humain, mais contient la majorité des variants connus pour causer des pathologies. (Exome: toutes les séquences codantes d’ADN nucléaire, soit environ 180000 exon transcrit en ARN matures)
-Avantage :
Coût-efficace comparativement au «whole-genome»
Identifie la plupart des variants causant les pathologies
Amélioration récente mène à des TAT rapides.
-Inconvénients :
Techniques non-standardisées et couverture hautement variable
Problématique pour régions réfractaire (pseudogènes, régions codantes hautement répétitives, grandes délétions et duplications)
Région GC-riche et GC-faible plus difficiles à séquencer = couverture diminuée
Variation importante d’un labo à l’autre pour la profondeur et l’identification des variants
*argument contre à l’avenir pour utilisation exome: prédiction de l’augmentation du nb de variant pathogène non codant, c’est plutôt la sensibilité clinique du séquençage du génome qui sera plus pertinent
Qu’est-ce que le séquençage du genome et nomme moi avantages et inconvénients
La méthode la plus efficace de déterminer les 3.2 milliards de base du génome humain (nous serions maintenant plutôt dans l’ère du génome, et celle de l’exome serait terminée)
-Avantage :
Préparation simple (pas d’enrichissement de séquences)
Peut identifier variants structuraux et cassures de chromosomes dans régions non-codantes
-Inconvénients :
Coût significativement plus élevé que le séquençage “whole-exome” (mais de l’effort est mis ici)
Technique avec couverture non-standardisée et hautement variable
Nombre élevé de Variant de signification inconnue (le médecin a la responsabilité de savoir quand ces variants deviennent avec signification clinique)
Qu’est-ce que le séquençage ciblé et nomme moi avantages et inconvénients
Un sous-groupe de gènes ou régions du génome sont isolés et séquencés
-Avantage :
Niveaux de couverture plus élevés (30x-50x pour «whole genome» vs 1000x
Panels peuvent être pré-déterminés ou peuvent être modulés
Plus facile à analyser, TAT plus rapide
La sensibilité clinique peut être supérieure au séquençage de l’exome ou du génome
Pas de trouvailles non-voulues (si désignées de cette manière)
-Inconvénients:
Limité à certaines pathologies particulières
Le choix du panel de gènes peut être difficile à choisir pour les cliniciens (phénotypes moins bien définis)
Comment fonctionne le séquenage de nouvelle génération?
-Similaire à Sanger (même technologie) mais au lieu de séquencer un brin à la fois, on séquence des millions de brins à la fois (extrêmement plus efficace).
1- Préparation de la librairie
fragmenter ADN et liaison avec adaptateur à chaque bout, ce qui forme la librairie
2- Génération des groupes (clusters)
Librairie chargée sur une surface vitrée et amplification des fragments qui fait des clusters
3- Séquençage
Ajout de nucléotides marqués qui permet d’avoir des couleurs distinctes
Séquençage par synthèse
4- Analyse des données
Pipeline bioinformatique (grande complexité)
Fait moi un tableau avec le nombre de genes, cout, couverture, temps bioinformatique, trouvaille foruite, VUS, GUS et TAT pour les 3 analyses NGS
Dans qu’elle situation on pourrait utiliser le NGS en clinique?
-Dépistage/diagnostic de pathologies diverses
-NIPT (Non-Invasive Prenatal Testing)
-Dépistage de risque de cancer (ex: BRCA1/BRCA2)
-Dépistage de maladies génétiques
-Réponse aux médicaments
-Séquençage du génome entier
-Détection de cancer aux stades les plus précoces
Pourquoi le NGS révolutionne les laboratoires médicaux ?
-Le séquençage de prochaine génération démocratise les analyses génétiques et permet de connaître:
les prédispositions à souffrir de maladies;
les prédispositions à transmettre ces maladies à la génération suivante;
les risques de développer un cancer;
la présence d’anomalie génétique foetale, de façon non-invasive
Nomme moi des exemples de séquencage de 3e génération?
PacBio – SMRT, single molecule real time
Oxford Nanopor
Qu’est-ce que le PacBio – SMRT, single molecule real time
-Technologie de 3e génération la plus utilisée (SMRT: single molecule real-time)
-Très rapide
-Produit des lectures très longues (> 10kb)
-Attention: Haut taux d’erreurs
Qu’est-ce que le Oxford Nanopor
-La technologie avec le plus de promesses dans le domaine du séquençage de 3e génération
-Disponible aux utilisateurs depuis 2014
-Potentiel virtuellement illimité (microbiome, génétique humaine, Recherche sur le cancer, maladies infectieuses, analyses d’eau, sciences judiciaires)
-Cadence très élevée (pourrait être une compétition potentiel pour le HISeq X d’Illumina)
Nomme moi le principe dans exemple d’utilisation du oxford nanopore?
-principe:
membrane avec trou de 1 nm de large
ADN polymérase spéciale/protéine qui décompresse ADN et la guider pour séquençage
protéine qui crée un pore et qui tient l’adaptateur
un flux d’ions crée un courant, chaque base coupe le courant de manière différente
l’adaptateur tient la base en place le temps qu’elles soient identifiées
-Exemple d’utilisation
142 échantillons contaminés au Ebola Virus
Séquençage sur le terrain en 15-60 minutes
Résultats disponibles 24h après la réception de l’échantillon (avec tout le traitement bioinformatique)
Nomme moi 2 technologies de génotypage
Technologie «BeadArray Microarray»
Technologie «MassArray»
Explique moi la Technologie «BeadArray Microarray»
-Billes de silicone de 3 um espacé de 5-7 um
Chaque bille est couverte avec des centaines de milliers de copies d’oligonucléotides spécifiques
1-Fragment d’ADN passe dans la région des billes et se lie à la séquence complémentaire
Liaison se fait jusqu’avant la région d’intérêt
2-Extension d’une seule base
Confère la spécificité allélique
3-Incorporation du nucléotide marqué
Amplification du signal
4-Excitation par laser
Analyse intensité de couleur et détermination du génotype (ex: WT, homozygote, hétérozygote)
Explique moi laTechnologie «MassArray»
-Utilisation de la spectrométrie de masse (MALDI-TOF) pour la détection d’amplicon obtenus par PCR
1-Amplification de fragment spécifique d’ADN
2-Transfère sur le support pour la désorption-ionisation laser assisté sur matrice (MALDI)
3-Détection par TOF (time of flight) (séparation basée sur la masse des amplicons)
Dit moi des généralités sur les biopsies liquides. Quel est son but et le contexte?
-regarder les constituants moléculaires d’une tumeurs, qui se rendent dans la circulation
-lire la signature moléculaire d’une tumeur en circulation
-but : détection précoce des cancers
-contexte: détection précoce et suivi des tumeurs ou détection des mutations menant à la résistance
Parle moi du cfDNA physiologique (grossesse) vs pathologique (cancer)
-Grossesse
Processus physiologique hautement reproductible
Haut % ADN foetal circulant (+/- 10%) (l’idée des biopsies liquides part de ça)
Standardisation des procédures diagnostiques faciles
ex: ADN foetal circulant pour détecter trisomie, processus diagnostic plus facile
-Cancer
Processus pathologique hétérogène (donc pas encore possible d’identifier précocement dev. cancer)
Microenvironnement dynamique = % ctDNA variable
% ctDNA souvent plus bas que 4%
Difficile à standardiser (vs grossesse qui est reproductible)
ex: N/A (on est pas capable de le faire encore en clinique), ca serait plus intéressant d’utiliser cette technologie surtout en stade 1/ plus précocement
Qu’est-ce que ADN tumoral circulant (ctDNA) et Cellules Tumorales Circulantes (CTC). Qu’elle est la meilleure stratégie?
ctDNA
Composé de petits fragments d’acides nucléiques non associés aux cellules ou aux fragments cellulaires. Pourraient provenir des CTC. (Meilleure sensibilité)
CTC
Cellules intactes et souvent viables. Peuvent être purifiées selon leur caractéristiques physicochimiques ou marqueurs de surface.
La meilleure stratégie
Une sensibilité maximale est atteignable en identifiant des réarrangements plutôt que des mutations ponctuelles ET une meilleure sensibilité est atteinte avec l’utilisation du ctDNA.
Explique moi le séquençage SMRT avec les biopsies liquides. Comment pourrait-on augmenter la spécificité pour savoir à quel organe il se retrouve?
-Une étude a montré qu’on peut détecter des long fragments d’ADN provenant des cancers (+ stable), les patrons sur ces fragments (épigénétique, méthylation) pourraient nous indiquer la provenance
-On sait que les fragments d’ADN cancéreux circulants sont généralement plus courts que l’ADN physiologique circulant
-On sait également que les techniques de nouvelle génération (séquençage massivement parallèle) ont une limite de longueur de séquençage
-L’utilisation du séquençage SMRT met en évidence la présence de longs fragments (jusqu’à 13.5 kb)
-Les patrons de méthylation sur ces longs fragments pourraient augmenter la spécificité de l’organe d’origine - épigénétique va donc permettre d’aider à savoir l’origine
Comment dans des patients on peut utiliser le ctDNA détectables? Parle moi de la relation entre ctDNA et survie
-caractériser la fréquence ou on retrouve l’ADN tumoral circulant (ex: cancer colorectal presque 100% et gliome très faible %) (grande variabilité de la quantité selon la tumeur)
-possible de trouver ctDNA dans cancers localisés et non-localisés
-tendance à augmenter la fréquence de détection d’ADN circulant selon le stade de progression du cancer
-ctDNA et survie sont en relation
Patients avec CRC métastatique
Corrélation marquée entre ctDNA et survie sur 2 ans
Association similaire rapportée chez patientes avec cancer du sein
Est-ce que détecter les tumeurs de façon précoce est utile ? Parle moi du cancer du sein vs celuici du CRC
-Dépistage cancer du sein à partir de 40 ans
Grande augmentation de tumeur < 2cm
Diminution modérée de tumeur >= 2 cm
22% de surdiagnostic (les petites tumeurs n’auraient pas été dépistées)
Pas nécessairement inutile, mais est-ce la bonne façon de faire les choses si on a du surdiagnostic?
Débat de société à avoir
Dépistage du CRC (colo-rectal)
Il n’y a aucun doute que c’est super utile (extrêmement corrélé)
USA: 50% de réduction de mortalité par CRC
Taux de survie: Stade 1: 94%, Stade 2: 82%, Stade 3: 67%, Stade 4: 11%
Nomme moi un exemple concret de biopsie liquide en utilisation clinique au Québec
-Plateforme: Cobas
-Spécimen: Plasma (Biopsie liquide)
-Intention:
Approuvé pour détection de mutation L858R du EGFR pour identifier patient NSCLC éligible pour Tarceva.
Patients négatifs sont réflexés vers analyse EGFR sur FFPE. Pour chimio de 2ième intention.
Donne moi un exemple de l’utilisation de tests prénataux (TGPNI)
-Cas exemple : Une mère passe les tests biochimiques du programme de dépistage prénatal biochimique
-Résultats : Les résultats révèlent un risque élevé de trisomie 21 (plus de 1 dans 300)
-Conclusion : Le médecin conseille à la mère de passer un test de dépistage prénatal non-invasif (DPNI). Le résultat de ce test révèle un faux-positif biochimique et la mère évite un amniocentèse associée avec risque de perte de foetus
Qu’elle est la position de l’ACMG sur le dépistage prénatal non-invasif?
“ Les laboratoires doivent œuvrer avec les autorités médicales, les décideurs de politiques et les payeurs privés pour faire en sorte que le NIPs, incluant une éducation et conseil pré et post-test, soit disponible pour toutes femmes enceintes.”
“ Informer toutes les femmes enceintes que le NIPS est l’option de dépistage la plus sensible pour la détection des aneuploïdies traditionnellement testés (Patau, Edwards, Down)
Nomme moi et explique moi les 3 scénarios de détection précoce
-Après un résection de tumeur
Détection de ctDNA après résection (suivi rapproché)
Profilage de la tumeur = Essais personnalisés
Barcoding (duplex sequencing)
Problème: Pas de lignes directrice encore
-Individus à risque
Dépistage chez patients à risque (ex: BRCA1/BRCA2, plus simple que mammographie)
Test adapté à type de cancer (avec biopsie liquide)
Exemple de Cologuard, Salive pour Cancer tête et cou
-Population en générale (choisir la population et y aller en prévalence, ex: 50 ans et +)
Plus grand défi
Dépistage des mutations est insuffisant
Exemple de Cologuard, Salive pour Cancer tête et cou
parle moi du GRAIL
Exemple de dépistage dans la population en général
-prémisse: Les thérapies pour lutter contre le cancer sont beaucoup plus efficaces lorsque le cancer est diagnostiqué et traité aux stades précoces
-but: une prise de sang et détecter une cinquantaine de cancers (population générale)
-nom du test = Galleri (étude clinique tres récente, 140 000 volontaire, 50-77 ans pour 3 ans consécutives de dépistage de 50 types de cancer; épigénétique, prise de sang, etc )
-but de l’étude: réduire le nombre de stade 3 et 4
Balance entre surcharge du système si test mis trop vite sur le marché, mais en même temps on sauve des vies.
Quand est-ce qu’on utilise la génétique au cours d’une vie?
-tests prénataux
-dépistage néonatal et soins pédiatriques
-séquençage du génome entier
-évaluation des risque de cancer
-risque de maladie d’alzheimer
-tests de préconception
Qu’est-ce qui peut causer des faux résultats dans le TGPNI?
La FDA (qui n’a autorisé aucun test de TGPNI) a observé que certains patients ont pris des décisions médicales importantes, comme l’interruption de grossesse, uniquement sur la base des résultats de ces tests sans tests de confirmation.
TGPNI = seulement un dépistage…
Les erreurs de résultats peuvent être particulièrement fréquentes pour les affections rares, où un résultat positif est souvent plus susceptible d’être incorrect que pour des anomalies courantes comme la trisomie 21.
Les causes des faux négatifs incluent des anomalies chromosomiques présentes dans le placenta mais pas dans le fœtus, ce qui signifie que l’ADN analysé peut ne pas refléter l’état réel du fœtus.
La FDA recommande donc de discuter des avantages et des risques de ces tests avec un conseiller en génétique pour bien comprendre leurs limitations avant de prendre des décisions basées sur ces résultats
Ne jamais utiliser seulement le TGPNI pour diagnostiquer une anomalie chromosomique
Explique moi le TGPNI
es tests de dépistage prénatal non invasif (NIPS) analysent de petits fragments d’ADN fœtal libre circulant dans le sang de la personne enceinte, afin d’évaluer le risque de certaines anomalies génétiques chez le fœtus.
Utilisés correctement, ils offrent une méthode non invasive pour le dépistage prénatal et peuvent fournir des informations utiles sur le risque d’anomalies génétiques potentielles.
Il est cependant essentiel que les patients et les professionnels de santé comprennent que ces tests sont de nature indicative et non diagnostique, et qu’ils prennent en compte leurs avantages, leurs risques et leurs limites.
