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genómica > Alineamiento de secuencias > Flashcards

Alineamiento de secuencias Flashcards

1
Q

son formas de organizar las secuencias de DNA,RNA o proteínas, con le fin de identificar regiones similares entre ellos, debido a relaciones evolutivas y funcionales.

A

alineamiento de secuencias

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2
Q

que son los alineamientos de secuencias

A

forma de organizar el ADN, RNA y las proteinas, con el fin de identificar regiones similares entre ellos, debidos a relaciones evolutivas y funcionales

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3
Q

los desajustes se pueden interpretar como ___

A

mutaciones puntuales

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4
Q

cambio de un nculeotido por otro

A

mutación puntual

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5
Q

que son las brechas (GAP)

A

Inserción o eliminación de nucleótido

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6
Q

las ___ se pueden interpretar como indeles

A

Brechas (GAP)

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7
Q

cuáles son los objetivos del alineamiento de secuencias

A
  • Estimar similitud e inferir relaciones evolutivas
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8
Q

Herramientas necesarias para analizar secuencias en detalle

A
  • Diagrama de puntos para análisis grafico
  • Alineaciones locales o globales para analisis de residuos
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9
Q

Tipos de procedimiento de alineacion de secuencias

A
  • Alineamiento local
  • Alineamiento global
  • Dot- Plot
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10
Q

Sus funcion hacer del mismo tamaño las dos secuencias

A

Alineamiento global

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11
Q

Busca la solución donde se encuentra la mayoría de la secuencia encontrada a comparación de la de referencia.
Solo compara una pequeña parte de la cadena, buscando la similitud que hay
ABCDF
ABC

A

Alineamiento local

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12
Q

caracteristicas alineamientos locales

A

comparan secuencias con homologia parcial
alienamiento de alta calidad
analiza residuo por residuo

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13
Q

características de los alineamientos globales

A

compara secuencias sobre su longitud total
identifica mutaciones totales en tus secuencias
encuentra grandes indels

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14
Q

Función del Dot Plot

A

Buscar similitudes en secuencias. Es el método más usado

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15
Q

Secuencias divergentes donde solo un segmento es homólogo, usando repeticiones en tandém

A

Interpretación

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16
Q

Cuando se le agrega un nucleótido a la cadena copia se le llama __

A

Inserción

17
Q

cuando se cambia un nucleótido por otro ____

A

Sustitución

18
Q

Cuales algoritmos se consideran alineamientos globales

A
  • Needleman-Wunch
  • Secuencia multiple
19
Q

Cuales algoritmos se consideran alineamientos locales

A

Smith and waterman

20
Q

Dot-Plot complicado, problema se resuelve con optimización
Necesita de tres puntos importantes:
- Match
- Mismatch
- GAP

A

Algoritmo Needlman-Wunch

21
Q

Encuentra las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias
Es local

A

Algoritmo Smith and waterwan

22
Q

Características del alineamiento de secuencias multiples

A

Algoritmo complejo y sofisticado
Usado para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteinass

23
Q

Usado para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas. Alines mas de dos secuencias perimitiendo identificar regiones funcionales

A

Algoritmo de secuencias múltiples

24
Q

que programas realiza el alineamiento de secuencias multiple

A
  • Cristal W/X
  • T-coffe
  • 3D-Coffe
  • Muscle
25
Q

Para que se usa BLAST

A

Usado para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteina

26
Q

Tipos de BLAST

A
  • BLASTP
  • BLASTX
  • BLASTN
  • MEGABLAST
    -Psi-Blast
  • Phi- Blast
27
Q

Una secuencia de nucleótidos es contrastada contra otra secuencia de nucleótidos de referencia

A

BLASTN

28
Q

Una secuencia proteínica es contrastad contra otra secuencia proteínica de referencia

A

BLASTP

29
Q

Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrastan contra una secuencia de proteínas de referencia (nucleótidos - proteínas)

A

BLASTX

30
Q

Las traducciones de seis marcos de la secuencia de nucleótidos se buscan contra seis marcos tradicionales de una base de datos de secuencias de nucleótidos

A

TBLASTX

31
Q

Una secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de secuencias de nucleótidos de referencia

A

TBLASTN

32
Q

Adecuado para encontrar alineación entre secuencias estrechamente relacionadas

A

MEGABLAST

33
Q

Adecuado para buscar homólogo remotos o miembros de una familia de proteínas

A

PSI-BLAST

34
Q

Adecuado para encontrar secuencia de proteínas con un patrón especifico en la base de dato

A

PHI-BLAST

35
Q

Elige la versión de BLAST que sería la más apropiada si tu objetivo es hacer un alineamiento de las secuencias de nucleótidos que componen a la hemaglutinina. Cual utilizarías
A) BLASTX
B) BLASTP
C) BLASTN

A

BLASTN

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