Alineamiento de secuencias Flashcards
son formas de organizar las secuencias de DNA,RNA o proteínas, con le fin de identificar regiones similares entre ellos, debido a relaciones evolutivas y funcionales.
alineamiento de secuencias
que son los alineamientos de secuencias
forma de organizar el ADN, RNA y las proteinas, con el fin de identificar regiones similares entre ellos, debidos a relaciones evolutivas y funcionales
los desajustes se pueden interpretar como ___
mutaciones puntuales
cambio de un nculeotido por otro
mutación puntual
que son las brechas (GAP)
Inserción o eliminación de nucleótido
las ___ se pueden interpretar como indeles
Brechas (GAP)
cuáles son los objetivos del alineamiento de secuencias
- Estimar similitud e inferir relaciones evolutivas
Herramientas necesarias para analizar secuencias en detalle
- Diagrama de puntos para análisis grafico
- Alineaciones locales o globales para analisis de residuos
Tipos de procedimiento de alineacion de secuencias
- Alineamiento local
- Alineamiento global
- Dot- Plot
Sus funcion hacer del mismo tamaño las dos secuencias
Alineamiento global
Busca la solución donde se encuentra la mayoría de la secuencia encontrada a comparación de la de referencia.
Solo compara una pequeña parte de la cadena, buscando la similitud que hay
ABCDF
ABC
Alineamiento local
caracteristicas alineamientos locales
comparan secuencias con homologia parcial
alienamiento de alta calidad
analiza residuo por residuo
características de los alineamientos globales
compara secuencias sobre su longitud total
identifica mutaciones totales en tus secuencias
encuentra grandes indels
Función del Dot Plot
Buscar similitudes en secuencias. Es el método más usado
Secuencias divergentes donde solo un segmento es homólogo, usando repeticiones en tandém
Interpretación
Cuando se le agrega un nucleótido a la cadena copia se le llama __
Inserción
cuando se cambia un nucleótido por otro ____
Sustitución
Cuales algoritmos se consideran alineamientos globales
- Needleman-Wunch
- Secuencia multiple
Cuales algoritmos se consideran alineamientos locales
Smith and waterman
Dot-Plot complicado, problema se resuelve con optimización
Necesita de tres puntos importantes:
- Match
- Mismatch
- GAP
Algoritmo Needlman-Wunch
Encuentra las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias
Es local
Algoritmo Smith and waterwan
Características del alineamiento de secuencias multiples
Algoritmo complejo y sofisticado
Usado para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteinass
Usado para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteínas. Alines mas de dos secuencias perimitiendo identificar regiones funcionales
Algoritmo de secuencias múltiples
que programas realiza el alineamiento de secuencias multiple
- Cristal W/X
- T-coffe
- 3D-Coffe
- Muscle
Para que se usa BLAST
Usado para detectar regiones de variabilidad o conservación en una familia de proteina
Tipos de BLAST
- BLASTP
- BLASTX
- BLASTN
- MEGABLAST
-Psi-Blast - Phi- Blast
Una secuencia de nucleótidos es contrastada contra otra secuencia de nucleótidos de referencia
BLASTN
Una secuencia proteínica es contrastad contra otra secuencia proteínica de referencia
BLASTP
Todos los marcos de lectura de una secuencia de nucleótidos se contrastan contra una secuencia de proteínas de referencia (nucleótidos - proteínas)
BLASTX
Las traducciones de seis marcos de la secuencia de nucleótidos se buscan contra seis marcos tradicionales de una base de datos de secuencias de nucleótidos
TBLASTX
Una secuencia proteínica es contrastada contra todos los marcos de lectura de secuencias de nucleótidos de referencia
TBLASTN
Adecuado para encontrar alineación entre secuencias estrechamente relacionadas
MEGABLAST
Adecuado para buscar homólogo remotos o miembros de una familia de proteínas
PSI-BLAST
Adecuado para encontrar secuencia de proteínas con un patrón especifico en la base de dato
PHI-BLAST
Elige la versión de BLAST que sería la más apropiada si tu objetivo es hacer un alineamiento de las secuencias de nucleótidos que componen a la hemaglutinina. Cual utilizarías
A) BLASTX
B) BLASTP
C) BLASTN
BLASTN
