Alineamiento de secuencias Flashcards
Características del alineamiento de secuencias
Estima similitud.
Infiere relaciones evolutivas.
El procedimiento de alineación comparando dos secuencias biológicas (podrían ser ADN, ARN o proteína) se denomina:
Alineación de secuencia por pares
El procedimiento de alineación que compara tres o más secuencias biológicas se denomina:
Alineación de secuencias múltiples
Los alineamientos de pares de secuencias pueden ser categorizados como:
Alineamiento global
Alineamiento local
En el alineamiento global pueden haber:
Inserciones o deleciones
En el alineamiento local pueden haber:
SOLO SUSTITUCIONES
Identifica regiones conservadas entre dos secuencias
Alineamiento de pares de secuencias
Herramientas para el alineamiento de pares de secuencias:
BLAST
LAIGN
EMBOSS
Needle
EMBOS Water
El método más simple para identificar entre dos secuencias
Dot Plot
Dot Plot es ideal para buscar:
Características que pueden aparecer en diferentes órdenes
La línea de Dot Plot será discontinua cuando haya:
Missmatch
Dot Plot más complicado
Algoritmo Needleman-Wunch
El algoritmo de Needleman-Wunch es utilizado para:
Identificar inserciones y deleciones (alineamientos globales)
Algoritmo Smith and Waterman es optimizado para:
Alineamientos locales
Un alineamiento local encuentra:
Las regiones de mayor coincidencia entre dos secuencias
