6 paskaita Flashcards
ką daro žiedo užkėlimo kompleksas e.coli replikacinėj šakutėj
pašalina praimazę (per sąveiką su SSB), po to, kai ji susinteitna pradmenį
DnaG praimazės struktūra
- cinko pirštų motyvą turintis ZBD domenas N-gale, reikalingas sąveikai su DNR
- Su DNR helikaze sąveikaujantis HBD domenas C-gale
-RNR polimerazės domenas, RPD, reikalingas sintezei
ką daro dnr helikazė
aktyvina praimazę, valdo kur ir kiek pradmenų praimazė sintetina
kokios polimerazės dalyvauja eukariotų replikacijoje
- DNR Pol alfa
- DNR Pol delta
- DNR Pol epsilon
ką daro dnr pol epsilon ir delta
sintetina pirmaujančią ir vėluojančią grandines
ką daro dnr pol beta
dalyvauja BER procese
ką daro dnr pol y
dalyvauja mitochondrijų DNR replikacijoje
ką daro TLS DNR polimerazės
sintetina DNR ties pažaidomis matricinėje DNR grandinėje ir pasižymi skirtingu atrankumu substratui
DNR Pol n yra unikali tarp eukariotų, nes
sintetina DNR ties timino dimerais
kas yra RPA; kokios struktūros
prie viengrandės DNR prisijungiantis baltymas (bakterijų SSB analogas).
Heterotrimerinė struktūra
ką daro RPA baltymas
apsaugo DNR nuo nukleazių poveikio ir segtukų susidarymo
aktyvią helikazę sudaro 11 baltymų:
- 1 Cdc45 baltymas
- 6 MCM2-7 baltymai (heteroheksameras)
- 4 GINS baltymai (heterotetrameras
kas yra PCNA baltymas
eukariotų slystantysis žiedas
kaip PCNA funkcionuoja
kaip DNR polimerazių procesyvumo veiksnys
kas PCNA užkelia ant DNR
RFC baltymų kompleksas
kokių kofaktorių reikia okazaki fragmentų brendimui
- bakterijose - NAD+
- archėjose, virusuose, eukariotuose - ATP
DNR ligazės katalizuojamos reakcijos etapai
- susidaro tarpinis kovalentinis fermento-adenilato kompleksas (adenililligazės kompleksas)
- adenilil grupė pernašama nuo fermento prie DNR 5’ galo fosfato
- DNR ligazė katalizuoja AMP pašalinimą atakuojant DNR 3’-galo hidroksigrupę. susidaro kovalentinis esterinis ryšys
kas yra ir ką daro FEN1
“uodegos” struktūrai atranki endonukleazė; šalina trumpą uodegą
kas vyksta, jei išstumiama ne trumpa, o ilga uodega?
prisijungia Pif1 šeimos helikazė ir išstumia Okazaki fragmento pradmenį;
uodega padengiama RPA baltymais;
ilgą uodegą šalina nukleazė/helikazė Dna2
