6 paskaita

Question 1

ką daro žiedo užkėlimo kompleksas e.coli replikacinėj šakutėj

Answer 1

pašalina praimazę (per sąveiką su SSB), po to, kai ji susinteitna pradmenį

Question 2

DnaG praimazės struktūra

Answer 2

• cinko pirštų motyvą turintis ZBD domenas N-gale, reikalingas sąveikai su DNR
• Su DNR helikaze sąveikaujantis HBD domenas C-gale
  -RNR polimerazės domenas, RPD, reikalingas sintezei

Question 3

ką daro dnr helikazė

Answer 3

aktyvina praimazę, valdo kur ir kiek pradmenų praimazė sintetina

Question 4

kokios polimerazės dalyvauja eukariotų replikacijoje

Answer 4

• DNR Pol alfa
• DNR Pol delta
• DNR Pol epsilon

Question 5

ką daro dnr pol epsilon ir delta

Answer 5

sintetina pirmaujančią ir vėluojančią grandines

Question 6

ką daro dnr pol beta

Answer 6

dalyvauja BER procese

Question 7

ką daro dnr pol y

Answer 7

dalyvauja mitochondrijų DNR replikacijoje

Question 8

ką daro TLS DNR polimerazės

Answer 8

sintetina DNR ties pažaidomis matricinėje DNR grandinėje ir pasižymi skirtingu atrankumu substratui

Question 9

DNR Pol n yra unikali tarp eukariotų, nes

Answer 9

sintetina DNR ties timino dimerais

Question 10

kas yra RPA; kokios struktūros

Answer 10

prie viengrandės DNR prisijungiantis baltymas (bakterijų SSB analogas).
Heterotrimerinė struktūra

Question 11

ką daro RPA baltymas

Answer 11

apsaugo DNR nuo nukleazių poveikio ir segtukų susidarymo

Question 12

aktyvią helikazę sudaro 11 baltymų:

Answer 12

• 1 Cdc45 baltymas
• 6 MCM2-7 baltymai (heteroheksameras)
• 4 GINS baltymai (heterotetrameras

Question 13

kas yra PCNA baltymas

Answer 13

eukariotų slystantysis žiedas

Question 14

kaip PCNA funkcionuoja

Answer 14

kaip DNR polimerazių procesyvumo veiksnys

Question 15

kas PCNA užkelia ant DNR

Answer 15

RFC baltymų kompleksas

Question 16

kokių kofaktorių reikia okazaki fragmentų brendimui

Answer 16

• bakterijose - NAD+
• archėjose, virusuose, eukariotuose - ATP

Question 17

DNR ligazės katalizuojamos reakcijos etapai

Answer 17

1. susidaro tarpinis kovalentinis fermento-adenilato kompleksas (adenililligazės kompleksas)
2. adenilil grupė pernašama nuo fermento prie DNR 5’ galo fosfato
3. DNR ligazė katalizuoja AMP pašalinimą atakuojant DNR 3’-galo hidroksigrupę. susidaro kovalentinis esterinis ryšys

Question 18

kas yra ir ką daro FEN1

Answer 18

“uodegos” struktūrai atranki endonukleazė; šalina trumpą uodegą

Question 19

kas vyksta, jei išstumiama ne trumpa, o ilga uodega?

Answer 19

prisijungia Pif1 šeimos helikazė ir išstumia Okazaki fragmento pradmenį;
uodega padengiama RPA baltymais;
ilgą uodegą šalina nukleazė/helikazė Dna2