1 paskaita Flashcards
molekulinė bio tiria:
informacijos saugojimo, dauginimo, perdavimo ir raiškos mechanizmus; biobopilmerų (baltymų ir nukleorugščių) struktūrą ir funkcijas
atvirkštinė transkripcija vyksta
retrovirusuose arba eukariotuose retrotranspozonų ir telomerų sintezėje
RNR replikacija vylsta
virusuose, eukariuotuose RNR nutildyme
Nukleotidai sudaryti iš:
heterociklinės bazės, angliavandenio, fosforo rūgšties
koks ryšys tarp fosfato grupių
anhidridinis
kokiu ryšiu ir kaip heterociklinės bazės susijungusios su monsacharido žiedu
beta-N-glikozidiniu ryšiu; per C1 atomą. Purinai sujungti per jų N9 atomą, pirimidinai - per N1
vandeniliniai ryšiai antrinėj DNR struktūroj yra tarp
heterociklinių bazių ir vandens molekulių
elektrostatinė sąveika
įkrautos fosfatinės grupės sąveikauja su priešingo krūvio jonais
kas destabilizuoja DNR
DNR grandinių fosforibozinio karkaso neigiamas krūvis
karkaso neigiamą krūvį slopina:
vienvanlenčiai ir dvivalenčiai katijonai, ląstelėse sintetinami poliaminai, baltymai
Hugstyno sąveika yra
ne votsono-kriko tipo sąveika. Šioje sąveikoje dalyvauja purinų imidazolo ir pirimidino žiedų atomai; A-T sąveika panaši kaip votsono-kriko, G-C sąveikai reikalingas protonizuotas citozinas (pH= 4-5)
DNR struktūrą stabilizuoja:
stekingas tarp heterociklinių bazių porų
stekingą lemia
hidrofobinė sąveika, dispersinis efektas
ribozės(deoksiribozės) konformacija
žiedas niekada nebūna plokščias
B spiralės dnr deoksiribozė yra (endo/egzo)
C2 endo
Torsiniai kampai nusako
atomų padėtis nelinijinėje atomų grandinėje
B ir A formų DNR energetiškai palankiausios konformacijos yra
anti ir sin
Pirmidinai beveik visada yra(anti/sin) konformacijos, nes
anti konformacijos, nes sin atveju jų atomai susidurtų su ribozės atomais
B formos DNR spiralės pilną apviją sudaro
10 bazių
B formos DNR spiralės išorėje yra
2’ deoksiribozės kartu su neigiamo krūvio fosforo rūgšties liekanomis
KOkio krūvio yra DNR fiziologinėmis sąlygomis
neigiamo
Kas neutralizuoja neigiamą DNR krūvį
in vitro - Na+ ir Ka+ jonai;
in vivo - druskų jonai ir baltymai
didžiojo griovio pusėje yra
purino C5-C8 atomai ir pirimidino C4-C6 atomai
Mažojo griovio pusėje yra
purino C2 bei N3 atomai ir pirimidino C2 atomai
kokioje konformacijoje yra ribozės A formos DNR spiralėje
C3’ endo
kas gamtoje įgyja A fromą
DNR-RNR heterodupleksai ir dvigrandinė RNR
kodėl dvigrandiniai RNR fragmentai negali sudaryti B tipo spiralės
dėl erdvinio 2’-OH grupės trikdžio, nes syra per arti fosforilgrupės ir gretimos heterociklinės bazės C8 atomo
kokia yra Z -DNR spiralė
energetiškai nestabili ir trumpaamžė
kur svarbi Z formos DNR in vivo
-RNR redagavimo procesuose
-imuniniame atsake (interferonų sekrecijos valdymas)
-bakterijose randamas kai kurių genų promotorių srityse
B DNR drėgnumas ir druskų koncentracija
didelis; santykinai maža
A DNR drėgnumas ir druskų koncentracija
mažas; didelė
Z DNR drėgnumas ir druskų koncentracija
didelis; maža
kas sudaro trigubą DNR spiralę
trys oligonukleotidinės grandinės: DNR duplekas ir viena papildoma DNR arba RNR grandinė
Triplekso pasikartojimai gali būti
- tiesioginis
- atvirkščias
- veidrodinis