4 paskaita Flashcards
Kas pasižymi hisotnų acetiltransferazės aktyvumu
Gcn5p, mielių transkripcijos aktyviklis
kas pasižymi histonų deacetilazės aktyvumu
Rpd3p, transkripcijos slopiklis
kaip veikia potransliacijnės histonų baltymų modifikacijos
hisotnai po transliacijos yra modifikuojami prijungiant prie jų aminorūgščių liekanų įvairias chemines grupes, baltymus
kam histonų modifikacijos daro įtaką
- histonų sąveikai su DNR nukleosomoje
- sąveikai tarp nukleosomų
- histonų sąveikai su kitais baltymais, kurie valdo chromatino veiklą
kokios yra modifikacijų pasekmės
- suardoma sąveika tarp nukleosomų, chromatinas tampa lengviau prieinamas
- modifikacijas atpažįsta nehistoniniai baltymai
kas yra modifikuojami ląstelėje
- šerdiniai histonai
- šerdinių histonų variantai
- jungties histonai
kas dažniausiai acetilinama histonuose
lizino e-amino grupė
ką liudija chromatino imunoišsodinimo eksperimentai
kad acetilinti histonai yra aktyviai transkribuojamuose chromatino regionuose
kas acetilina histonų lizino aminorūgščių liekanas
histonų acetiltransferazės, HAT
kas deacetilina aminorūgščių liekanas
histonų deacetilazės, HDAC
kur acetilinamas H3
H3 lizinas 14
kur acetilinamas H4
H4 lizinas 8 ir 16
kokių a.r. liekanos metilinamos histonuose
lizino ir arginino
kas metilina histonus
histonų metiltransferazės, HMT
kaip metiltransferazės metilina histonus
perneša metilgrupę nuo S-adenozilmetionino ant aminorūgšties
kokie fermentai demetilina histonus
demetilazės
kokios a.r. yra fosforilinamos
serino, tirozino, treonino
(jų hidroksi grupė)
kas fosforilina histonus
kinazės
kas panaikina fosforilinimą
fosfatazės
kas yra krotonilinama
jungties histonų lizinai
ką žymi “kcr”
aktyvius promotorius ir stipriklius
kokiu ryšiu ubikvitinas prijungiamas prie histonų lizino
izopeptidiniu ryšiu
kuomet vyksta poliubikvitilinimas
kai prijungiamos kelios ubikvitino molekulės
ką daro Rad6
jungia ubikvitiną prie H2B K123. Ši modifikacija skatina histono H3 metilinimą K4 ir K79 padėtyse
kas dažniausiai ribozilinama
aspartato ir glutamato y karboksigrupės
kas vykdo ADP ribozilinimą
- MART – mono ADP riboziltransferazės
- PARP – poli (ADP) polimerazės
kas yra ADP ribozės donoras
NAD+
histonų kodo hipotezė
tam tikra modifikacija tam tikrame histone gali daryti įtaką tos pačios aminorūgšties arba kitso aminorūgšties modifikacijai tame pačiame ar kitame histone
kas atpažįsta histonų modifikacijų kombinacijas
baltymų kompleksai, kurie turi įvairių atpažinimo domenų
kokie yra histonų modifikacijas atpažįstančių baltymų domenai ir su kuo jie sąveikauja
- bromodomenas, sąveikauja su acetilinta Lys liekana
- chromodomenas, sąveikauja su metilinta Lys liekana
kas atpažįsta metilintus lizinus
baltymai, turintys chromodomeną
kas užtikrina nukleosomų dinamiškumą
chromatiną pertvarkantys baltymų kompleksai
kas yra chromatiną pertvarkantys kompleksai
nuo ATP priklausomos DNR translokazės, prisijungiančios prie tam tikros vietos histonų oktamere ir keičiančios DNR padėtį jo atžvilgiu
kokiais būdais pertvarkomas chromatinas
- histonų oktameras gali slysti išilgai DNR
- gali kisti atstumas tarp histonų oktamerų
- hisotnų oktameras gali būti išstumtas iš nukleosomos
kaip veikia INO80
nukleosomų redagavimas pakeičiant H2A-H2B ir H2A.Z-H2B dimerus
ką daro ISWI ur CDH
nukleosomų brendimas ir susirinkimas
Ką daro SWI/SNF
nukleosomų išsidėstymas - lemia prieinamumą, nukleosomų išmetimas ir dimerų atskyrimas
kaip SWI/SNF lemia nukleosomų pašalinimą
- DNR paslenkama nukleosoma arba dėl susidariusios įtampos pašalinama
- DNR nukleosomos susiduria ir viena iš jų pašalinama
ką daro ISWI
vykdo chromatino reguliaciją, kuri lemia DNR translokaciją ir tikslią nukleosomų padėtį
ką daro SWR1C
pakeičia kanoninius histonus nekanoniniais
ką daro INO80
pakeičia struktūrą arba įtraukia/pašalina alternatyvius histonus
