2 paskaita Flashcards
DNR superspiralizuojasi, kai molekulėje atsiranda:
torsinė įtemptis
Lk
Sankibos laipsnis nurodo, kiek kartų DNR grandinės sukibusios apie vieną kitą tam tikra kryptimi
Tw
sūkių skaičius konkrečios erdvinės struktūros DNR (a, b arba z) ir ilgio uždaroje relaksuotoje DNR molekulėje
Wr
superspirališkumo laipsnis (superspiralinių vijų skaičius arba DNR duplekso sukimasis erdvėje)
kaip priversti konkrečią relaksuotą DNR molekulę superspiralizuotis?
įvesti įtemptį - panaikinti sukibimus (-Lk) arba įvesti papildomus sukibimus (+Lk).
Kaip superspiralizuota DNR, jei delta Lk > 0
teigiamai
Kaip superspiralizuota DNR, jei delta Lk < 0
neigiamai
etidžio bromido poveikis DNR superspiralizacijai
etidžio bromido dažas įsiterpia (interkaliuoja) į DNR, mažina Tw, o Wr - didėja; molekulė superspiralizuojasi
Kaip sukasi DNR apie šerdies histonus
į kairę
I tipo topoizomerazė
kerpa tik vieną DNR grandinę ir didina spiralės sakibos skaičių
II tipo topoizomerazė
kerpa abi DNR grandines; veikimui reikalinga ATP; vadinama giraze
RNR molekulių antrinė struktūra susidaro dėl
polinukleotidinės gradninės struktūrinių elementų vidumolekulinės sąveikos
dažniausias RNR antrinės struktūros elementas
dvigrandinis stiebas
dvigrandiniai stiebai molekulėje kaitaliojasi su
viengrandinės RNR fragmentais
Plaukų segtuko pagrindinis struktūrinis elementas
stiebas, turintis nesuporuotą kilpą
pupsas
nesuporuotas vienas ar keli nukleotidai RNR dvigrandiniame stiebe
tretinę RNR struktūrą stabilizuoja
-stekingas tarp heterociklinių bazių
-vandeniliniai ryšiai
-mono/dvivalenčiai katijonai, poliaminai
RNR tretinės struktūros elementai:
-pseudomazgas
-besibuciuojantys plauku segtukai
-segtukas-pupsas
Pernašos RNR (tRNR) molekulės svarbiausi elementai:
-antikodono stiebas ir antikodono kilpa
-antikodonas komplimentarus kodonui iRNR
-5’ galas yra fosforilintas, akceptorinis stiebas, o 3’ gale - 5’RCCA3’OH iškyša
- T, D ir kintamoji kilpos
kokia bazių pora yra paplitusi tRNR ir ką ji daro
G-U pora tarnauja kaip atpažinimo signalas
kokie nukleotidai dažni nesuporintose RNR srityse
konservatyvus A minorinis motyvas
kas yra ribozimas
katalitiškai aktyvi RNR
HDV ribozimas
vineintelis žinomas ribozimas žmogaus ląsteles infekuojančioje satelitinėje RNR. Jis susilanksto į kataliziškai aktyvų pseudomazgą
VS ribozimas
yra RNR molekulėje, kuri kopijuojama nuo Neurospora crassa mitochondrijų plazmidės
kas yra viroidai
tai viengrandinės žiedinės RNR molekulės, funkcionuojančios be baltymų kapsidės
kas yra ribojungiklis
iRNR molekulė, koduojanti baltymą, 5’ netransliuojamoje dalyje sąveikaujanti su mažomis molekulėmis (ligandais) ir galinti keisti iRNR raišką
ribojungiklį sudaro
- aptametras, kuris gali įgyti alternatyvias erdvines struktūras
-raiškos platforma
