6 - Métabolomique Flashcards
Qu’est-ce que la métabolomique ? (important)
La métabolomique est l’identification et quantification de métabolites intra- ou extracellulaires d’une masse de moins de 1000 Dalton.
Vrai ou Faux.
Il n’existe pas le métabolites plus grand que 1000 daltons. Il n’y a donc pas de délimitation entre eux et les protéines, les peptides, ADN et ARN.
Faux.
Il y en a des plus grands que 1000 daltons. Donc, il faut qu’il y ait une différentiation avec les prot, peptides, ADN et ARN.
Donnez les 3 grandes sciences “omiques” à haut débit et des exemples pour les quantifier.
- Transcriptomique (40000 gènes) : Puce à ADN
- Protéomique (500000 prot) : Électrophorèse sur gel & mass spec
- Métabolomique (2500 metabolites) : RMN & mass spec
Qu’est-ce qu’un système fermé et ouvert en en science omique à haut débit ?
- Un système fermé automatisé : nombre défini de transcripts annotés,
- Un système ouvert : variables non connues a priori et l’absence de techniques universelles pour toutes les protéines ou métabolites.
Quelle est la relation entre le génotype et le phénotype ?
La relation entre le génotype et le phénotype est complexe, impliquant des interactions entre les gènes et l’environnement qui influencent l’expression des traits observables.
Fill in the blank.
La minorité des métabolites sont impliqués en seulement (…) réactions (<30%). Plus que (…) sont impliqués en 10 ou plus réactions, et environs (…) sont impliqués en >20 réactions.
La minorité des métabolites sont impliqués en seulement 2 réactions (<30%). Plus que 10% sont impliqués en 10 ou plus réactions, et environs 4% sont impliqués en >20 réactions.
Comment les voies métaboliques alternatives deviennent-elles dominantes ?
Les voies métaboliques alternatives deviennent dominantes lorsqu’une voie est interrompue, tout en utilisant à peu près les mêmes métabolites.
Est-ce qu’une réaction impliquant plusieurs métabolites?
Une réaction peut impliquer plusieurs métabolites, avec des proportions telles que 2 métabolites (≈20%), 3 métabolites (≈20%) et 4 métabolites (≈50%).
Pourquoi y a-t-il toujours davantage de réactions que de métabolites ?
Il y a toujours davantage de réactions que de métabolites, surtout chez les eucaryotes, car chaque métabolite peut être impliqué dans plusieurs réactions enzymatiques différentes, ce qui augmente le nombre total de réactions.
Qu’est-ce que l’endométabolome? (important)
L’endométabolome est le métabolome à l’intérieur d’une cellule.
Qu’est-ce que l’exométabolome? (important)
Le métabolome dans un milieu de culture, ou des
liquides extracellulaires.
Qu’est-ce que le fingerprinting ? (important)
- Image globale de l’endométabolome
- ne permet pas souvent d’identifier tous les métabolites.
- Utilise pour des comparaisons (+/- klk chose)
Qu’est-ce que le footprinting ? (important)
- Image globale de l’exométabolome
- ne permet pas l’identification de tous les métabolites
- Mesure la disparition de nutriment d’un milieu (voire l’accumulation d’exométabolites).
Qu’est-ce que le Profiling ? (important)
- Analyse (souvent sémi-quantitative) d’un groupe de métabolites chimiquement similaires (carbohydrates, acides aminés, etc).
- Utile pour des modèles métaboliques.
Qu’est-ce que l’Analyse ciblée ? (important)
Analyse de métabolites définis participant dans une voie donnée (par exemple les hormones stéroïdiennes).
Quelles sont les étapes à la préparation des échantillons?
1 - Récolte
2 - Séparation
3 - Extraction
4 - Concentration
6 - Échantillon
Qu’est-ce qu’un métabolite primaire et secondaire ?
- Métabolite primaire : impliqué dans de nombreuses réactions métaboliques et a un débit élevé,
- Un métabolite secondaire : un métabolite qui ne sert plus à des réactions et qui est généralement excrété, avec un débit faible (ex: acide urique).
Pourquoi la préparation de l’échantillon est-elle une étape limitante dans l’analyse métabolomique ?
La préparation de l’échantillon peut être limitante en raison du débit (turnover) rapide des métabolites primaires, dont la demi-vie est souvent inférieure à une seconde, rendant leur capture et analyse difficiles.
Expliquez la récolte pour la préparation d’échantillon.
- faut inactiver tous les enzymes au même moment – dans l’espace de moins d’une seconde. De plus il faut tenir compte des réactions chimiques possibles (e.g. oxydation).
- Méthodes de choix: nitrogène liquide, acides, solvants.
- grand défi, par exemple lorsqu’il faut sacrifier un
animal… - Par la suite, les échantillons peuvent être déssiqués (« freeze-dried »).
Qu’est-ce que l’extraction en métabolomique ?
L’extraction en métabolomique est le processus par lequel les métabolites sont isolés d’un échantillon, selon leur nature physico-chimique diverse:
- hydrophiles
- hydrophobes
- gazeux
Avec quoi on fait l’analyse des échantillons en métabolomique?
- RMN métabonomique
- Mass spec couplé à chromato gazeuse ou liquide.
Donnez un avantage et un désavantage de la RMN.
- Avantage: échantillon qui n’a pas besoin de traitement
- Désavanage: sensibilité modérée (juste les métabolites en grandes quantités sont détectés).
Qu’est-ce que la spectrométrie de masse (MS) ?
La spectrométrie de masse est une technique analytique qui mesure la masse des molécules, souvent utilisée après la chromatographie pour analyser les métabolites.
Qu’est-ce que la chromatographie ?
La chromatographie est une technique d’analyse utilisée pour séparer les composants d’un mélange, souvent utilisée pour enrichir les métabolites moins abondants dans les échantillons.
