פרק 6 - תרגום פרוקריוטי Flashcards
איזו תת יחידה של רנא פולימרז נקשרת לפרומוטור ?
תת יחידה סיגמא
לאן היא נקשרת?
היא נקשרת לפרומוטור המצוי בין
מינוס 35
ובין מינוס 10
לפני תחילת השעתוק
מה הוא הוא מבנה ה
holo-enzyme ?
זהו המבנה כאשר תת יחידה סיגמא מתחברת לשאר הפולימרז
מה הם
up-elements?
רכיבים הנמצאים אפסטרים לפרומוטור
עוזרים לתחילת השעתוק
נמצאים בערך בין
מינוס ארבעים ומינוס שישים
מה הוא
open complex
הדנא נפתח באזור שבין ה
מינוס 35
ומינוס 10
כאשר מתחברת תת היחידה סיגמא
מה קורה לתת היחידה סיגמא לאחר תחילת השעתוק?
תת יחידה סיגמא עוזבת וזה קורה לאחר סנתזה של בערך עשרה נוקלאוטידים
מה הוא השלב שמגביל מהירות בשעתוק?
השלב המגביל הוא האינציאציה - זה התהליך הכי איטי
מה מבנה הפקטור סיגמא ?
מחולק ל-4 תת יחידות שונות
תת יחידה 1 - בקצה האמיני . תפקידה למנוע מסיגמא להקשר לדנא באופן עצמאי . היא קיימת ,לפי הספר, רק בסיגמא שבעים וסיגמא ארבעים ושלוש
תת יחידה שתיים וארבע - אחראיות על הקישור למינוס עשר ומינוס שלושים וחמש
תת יחידה 3 אחראית על הקישור לדנא וגם על הקישור לשאר התת יחידות של הפולימרז
מה מזהה את ה
up elements
של הפרומוטור
?
הזנב הקרבוקסילי של תת היחידה אלפא בפולימרז
מה המבנה הכללי של רנא פולימרז ?
מחולק ל5 תת יחידות
סיגמא מתחברת לפרומוטור
אלפא ואלפא תאג אחראיות על אינציאציה
בטא ובטא תאג אחראיות על אלונגציה
אומגה - מין תת יחידה שעוזרת לחבר את כל שאר תת היחידות
מה תפקיד התת יחידה בטא ?
תת יחידה בטא חשובה ליצירת קשרים פוספו-דה-אסטריים
ולכן היא חשובה לאלונגציה
בנוסף היא גם חשובה לאינציאציה ולהתחלת סינתזת גדיל הרנא
איזו אנטיביוטיקה משפיעה על תת יחידה בטא, ואיך היא עושה זאת?
rifampicin
האנטיביוטיקה חוסמת את סינתזת הרנא לאחר בערך שני נוקלאוטידים
לכן ניתן להגיד שהיא מונעת איניציאציה
מה עושה האנטיביוטיקה
streptolydigin
?
גם היא נקשרת לתת היחידה בטא
ומונעת אלונגציה של הרנא
אילו מרכיבים יש באתר הקטליטי של תת יחידה בטא?
מגנזיום
חומצה אמינית אספרטט
מה תפקיד יון המגנזיום באתר הקטליטי?
משמש כזרז לתגובה
לאיזה כיוון מתקדם השעתוק ?
ואיך קורת התגובה של הוספת הנוקלאוטידים?
השעתוק מתקדם מכיוון 5 ל-3
כאשר קבוצת ה
OH
שנמצאת בקצה ה-3 של הנוקלאוטיד מבצעת התקפה נוקלאופילית על פופסט אלפא של נוקלאוטיד בקצה ה5 שלו
אז יוצא פירופוספט אנאורגני
אילו פוספטים עוזבים מהקצה החמש?
פופסט בטא וגאמא
מהי טופולוגית הדנא בזמן השעתוק?
יש יצירה של פיתולי על חיוביים עם כיוון השעתוק , לפני הפולימרז
ופיתולי על שליליים מאחורי הפולימרז
מהי אטנואציה בזמן השעתוק?
למה התהליך הזה קורה?
כאשר הפולימרז עוצר
זה חלק מתהליך פרופ-רידינג של השעתוק
מה עושה החלבון
GreA
?
מתי הוא פועל?
החלבון הזה חשוב כדי לעשות פרופ-רידינג
והוא גורם לפולימרז ללכת אחורה
זה קורה כשיש טעות בהנכסת נוקלאוטידים
בזמן השעתוק
מהו החלבון
GreB
מה הוא עושה?
גורם לפעילות של רנאז
שחותך את הרנא שנוצר
זה גם סוג של פרופרידינג -כאשר צריך לעצור את השעתוק
מהי טרמינציה שלא תלויה ב
Rho
?
זוהי טרמינציה שנובעת מאינברטד ריפיט
רצפים אלו עוברים קומפלימנטציה שיוצרת מבנה ראש-סיכה
אילו נוקלאוטידים נמצא במבנה ראש-הסיכה
בחלקים שעוברים קומפלמינטציה נצפה למצוא הרבה ג׳י וסי
בחלקים שיוצרים את הראש עצמו - נמצא בעיקר איי ויו (או איי וטי אם מסתכלים על הדנא ולא על הרנא)
בקצה ה-3 של הרנא שנוצר יהיה רצף פולי-יו
למה חשוב הרצף פולי יו?
ושואל שוב - באיזה קצה הוא נמצא ?
זיווג הבסיסים שנעשה עם הדנא יהיה חלש יותר כאשר הקשרים יהיו בין איי ויו
הוא חלש יותר בגלל שיש פחות קשרי מימן - שני קשרי מימן לעומת שלושה קשרים בין ג׳י וסי
פחות קשרי מימן = חיבור רופף יותר לדנא = הסתברות גבוה יותר שהרנא יתנתק מבועת השעתוק
נמצא בקצה ה-3 של הרנא !
שאלה מגעילה - אבל זה מוזכר בספר -
למה למעשה צריך את המבנה הזה?
והאם הוא בפני עצמו חשוב לטרמינציה
שהמבנה עצמו כמבנה לא חשוב לסיום השעתוק
המבנה חשוב כי ככה הוא מונע מהרנא לעבור זיווג בסיסים עם בועת השעתוק של הדנא
מה עושה החלבון
Rho
?
החלבון נתפס לרנא באזור העשיר בנוקלאוטיד סי
ועל ידי שימוש באיי-טי-פי
הוא נע לאורך הרנא עד שהוא פוגש את תת היחידה
בטא , וגורם להפרדה בין הזיווג בסיסים של הרנא והדנא בבועת השעתוק
מה המבנה של
Rho
הוא הקסמר
לאיזה כיוון הוא נע על הרנא?
מקצה 5 ל-3
