פרק 13 - כרומטין ונוקלאוזומים Flashcards
מה הם סוגי ההיסטונים הקיימים ?
לזכור את הטבלה
מי הם ההיסטונים הכי שמורים באבולוציה
H3
H4
מהן המודיפיקציות על ההיסטונים ?
להסתכל בטבלה
באיזה חלק בהיסטון נעשות המודיפיקציות?
בקצה האמיני
מה מבנה הנוקלאוזום ?
אילו היסטונים הוא מכיל, וכמה בסיסי דנא קשורים סביבו?
הנוקלאוזום מכיל שני זוגות מכל היסטון
כלומר, מבנה אוקטמרי
המכיל את ההיסטונים
H2A,H2B,H3,H4
כל היסטון כורך סביבו כ150 בסיסי דנא, ב1.67 פיתולי על שליליים
מה תפקידו של ההיסטון
H1
?
איזו מודיפיקציות הוא עובר?
היסטון זה נקשר ללינקר-דנא המחבר בין נוקלאוזומים ודוחס את הנוקלאוזומים
עם 0.67 פיתולי על חיוביים ולעובי של 30 ננומטר
הוא אינו עובר מודיפיקציות ! ואינו מכיל שיירי ליזין !
כמה בסיסי דנא מתחברים לנוקלאוזום, וכמה להיסטון
H1 ?
סביב כל נוקלאוזום יש כ150 בסיסים,
וכ-50 בסיסים סביב ההיסטון הייצ׳-1
מה המבנה של ההיסטונים ?
איזה היסטון יוצא דופן מבחינת המבנה שלו?
כל ההיסטונים מכילים דומיין משותף הנקרא
histone fold domain
או שם נוסף
histone motif
שהוא עשוי משלושה הליקסים
ודומיין נוסף שהוא הזנב האמיני של ההיסטון
היוצא דופן הוא ההיסטון הייצ-1 שאצלו הוכפל מוטיב ההיסטון
עם איזו תעלה של הדנא ההיסטונים יוצרים קשר?
עם התעלה הקטנה -
ההסבר לכך נובע מהעובדה שהתעלה הגדולה משמשת לאינטרקציות ספציפיות עם דנא - כמו אינטרקציה עם פקטורי שעתוק
לעומת זאת , ההיסטון לא מקיים אינטרקציה ספציפית עם דנא, ולכן נקשר לתעלה הקטנה.
מה הוא סדר קיפול הכרומטין - לפי ננומטרים
?
מתחילים עם שני ננומטר - שזה הקוטר של דנא פרוס
לאחר קשירה לנוקלאוזומים - העובי נהיה אחד-עשר ננומטרים
דחיסת הנוקלאוזומים גורמת לעובי לעלות לשלושים ננומטר
כאשר הכרומטין נדחס ללופים הוא נהיה שבע-מאות ננומטר
וכרומוזום מיטוטי שלם במצבו הדחוס ביותר הוא אלף ארבעות מאות ננומטר
איך ההיסטון
H1
משפיע על שעתוק?
הוא גורם לרפרסיה של שעתק!
זה קשור לעובדה שהוא דוחס את הלינקר-דנא בין הנוקלאוזומים, ומפריע להקשרות של פקטורי שעתוק ואקטיבטורים
לאילו גנים תהיה רגישות ל
DNAase
ולמה?
לגנים שאמורים להיות משועתקים תהיה רגישות.
זה מכיוון שהם חשופים ולא ארוזים במבנה הכרומטין הסבוך, ולכן נגישים לחלבונים שונים
בגלל הנגישות הזו, ה
DNAase
יכול לפגוע בדנא , ולבקע אותו
אצטילציה על היסטונים - על אילו היסטונים נעשת,היכן היא נעשת על ההסיטון, ולמה היא גורמת?
הכוונה היא לחיבור קבוצת אצטיל להיסטונים
התהליך קורה על שיירי ליזין והוא נועד להגביר את השעתוק
איך אצטילציה גורמת להגברת שעתוק?
מכיוון שהדנא הוא בעל מטען שלילי, וליזין היא ח״א בעלת מטען חיובי, אז שיירי ליזין הנמצאים בקצה האמיני של ההיסטון , נקשרים לדנא, ומהדקים את חיבורו להיסטון - ובכך מונעים מחלבונים לגשת אליו ולשעתקו.
אך כאשר מחברים קבוצת אצטיל לליזין , נוצר מטען שלילי הנובע מהחמצן באצטיל.
המטען השלילי דוחה את הדנא מההיסטון, ומשחרר את אחיזת ההיסטון מהדנא - וכך הוא יותר חשוף לחלבונים ופקטורי שעתוק, אשר יכולים להקשר לדנא.
איפה מתרחשת אצטילציה , ועל ידי אילו חלבונים?
האצטילציה יכולה להתרחש גם בציטוזול וגם בגרעין
בציטופלזמה:
מתרחשת על ידי קומפלקס חלבוני הנקרא האט-בי , והיא חשובה להכנסת היסטונים לנוקלאוזום
קבוצות אצטיל אלו מוסרות לאחר שילוב ההיסטון בנוקלאוזום
בגרעין
מתרחשת על ידי קומפלקס האט-איי אשר מוסיף אצטיל בזנב האמיני על שיירי ליזין
איך קשור החלבון
TAF1
לכל סיפור האצטילציה?
הוא יודע להקשר להיסטונים שעברו אצטילציה ולגייס אליהם פקטורי שעתוק כמו
TBP
אילו היסטונים הם אלו שעוברים את עיקר המודיפיקציות
?
H3,H4
לעבור על התמונה הזו - ולזכור את מה שקורה שם
רצוי לזכור כמה שיותר שמות חלבונים
מה עושה החלבון
Mad-Max?
עם איזה חלבון חשוב נוסף הוא עובד?
חלבון שנקשר לדנא, ויוצר אינטרקציה עם רפרסורים על מנת לדכא שעתוק
עובד יחד עם החלבון
HDAC - Histon de-acetylase
מהם
Bromo domains?
איזה חלבון מוכר שדיברנו עליו הרבה שייך לקבוצה הזו?
הם קבוצה
של חלבונים המקדמים שעתוק
TAF1
הוא דוגמה לחלבון ברומו
מה הם
chromatin remodeling complexes?
חלבונים אשר יודעים ״להחליק״ את הדנא מהנוקלאוזום וכך לחשוף אותו לפקטורי שעתוק ולקדם שעתוק
מהו
swisnf?
איך הוא עובד, מה הוא עושה
הוא קומפלקס חלבוני שמזיז את הדנא מהנוקלאוזום על מנת לחשוף אותו לפקטורי שעתוק
הוא נעזר בהידרוליזה של איי-טי-פי
יש שני מודלים שלפיהם אומרים שהוא פועל -נראה לי לא כזה קריטי, אבל צירפתיאת התמונה מהספר
מהו
GCN5?
ולספר על הדרך שבה הוא פועלץ
GCN5
הוא חלבון אצטילז השייך לקומפלקסי
HAT
המבצע אצטילציה על היסטונים
H3,H4
בנוקלאזום של הגן לאינטרפרון בטא
הוא מגויס על ידי קומפלקס אנהנסוזום
לאחר אצטילציה, הוא מגייס את הכרומטין רמודלינג קומפלקס
Swisnf
מה קורה בתהליך המתילציה בעזרת החלבון
HP1
?
איך זה משפיע על שעתוק?
תהליך המילציה נועד כדי למנוע שעתוק.
החלבון הנ״ל בשאלה מגויס על ידי מתילציה של ליזין על ההיסטון
H3
מתילציה זו גורמת לחלבונים נוספים המבצעים מתילציות על נוקלאוזומים שכנים
אחד מהחלבונים המבצעים מתילציה נקרא
HMTase
באילו אתרים ההיסטון יכול לעבור מודיפיקציות ?
כמו שנשאל מקודם - רוב רובן של המודיפיקציות נעשה בקצה האמיני של ההיסטונים
H3, H4
אבל גם הקצוות הקרבוקסילים יכולים לעבור מודיפיקציות, וגם ההיסטון עצמו יכול לעבור.
גם ב
H2A,H2B
