פרק 14 - ספלייסינג Flashcards
מה הם השלושה עיבודים על רנא אקריוטי?
ספלייסינג
פולי איי
והחמש קאפ
איזה עיבוד עובר מסנג׳ר רנא פרוקריוטי?
העיבוד היחידי שניתן להגיד שהוא עובר הוא פירוק ..
חוץ מזה הוא לא עובר עיבוד כלשהו
איך תהליכי העיבוד קשורים לפולימרז?
הם קשורים בכך שהזרחון בסרין מספר 2 בזנב הפולימרז מקדם את תהליכי העיבוד השונים - ספלייסינג , יצירת הקאפ והפולי איי
מהם ה
R-loops
?
הם הוכחה לכך שיש אינטרונים
הלופים נוצרים כאשר מזווגים רנא שעבר עיבוד ואת הדנא הקומפלמנטרי אליו - ובגלל שהאינטרונים הוצאו בתהליך העיבוד ישארו פיסות דנא שלא יעברו זיווג- והן יוצרות את הלופ
מהו
hnRNA?
האם הוא יצור
R-Loops?
זו הצורה של הרנא הגולמי - לפני העיבוד והספלייסינג, ישר לאחר שעתוקו
הוא לא יצור לופים , בגלל שהוא קומפלמנטרי בצורה מלאה
לדנא
מה הם הנוקלאוטידים התוחמים את האקסונים והאינטרונים בשביל הספלייסינג?
מצורפת תמונה שמראה הכל
דרך לזכור את הנוקלאוטידים האלו :
אני זוכר את הסדר של הנוקלאוטידים כמילה
AGUAG-G
שכל אות במילה מייצגת את הנוקלאוטיד…
מהם ה
accptor / donor sites?
הדונור זה החלק שנמצא בקצה ה-5 של האינטרון, וזה אומר שזה הקצה ה-3 של האקסון
והוא ספציפית מתייחס לחמצן שנמצא בקצה ה-3 של האקסון
האקפסטור - זה הקצה ה-5 של האקסון שנמצא אחרי האינטרון,
וזה הקצה ה-3 של האינטרון
אפשר לתמצת את זה כשני החלקים שתוחמים את האינטרון
מה תהליך יצירת ה
lariat
בגרופ אינטרון-2 ?
שלב ראשון :
החמצן בעמדה מספר 2 של אדנוזין בברנצ׳-פוינט תוקף את הפוספט באזור הדונור (הנוקלאוטיד הוא גוואנין) , וככה נגרם הניתוק הראשון בין האקסון והאינטרון
שלב שני:
החמצן של עמדה מספר 3 בדונור (הנוקלאוטיד הוא יורידין) תוקף את הפוספט שנמצא בחיבור האקסון-אינטרון באיזור האקספטור
כמה קשרים פוספודאסטרים נוצרים ונשברים במהלך היצירה של גרופ-2 אינטרונים?
שני קשרים נשברים : בשני צמתי האקסון-אינטרון
ושני קשרים נוצרים : בין הברנצ׳-פוינט וקצה 5 של האינטרון ובין הקצה 3 ו-5 של שני האקסונים
סך הכל - לא השתנו מספר הקשרים
כמה קשרים יש לאדנזוין בברנצ׳-פוינט?
הוא מבצע שלושה קשרים :
קשר עם הגוואנין בקצה ה-5 של האינטרון
ושני עם הנוקלאוטידים הסמוכים לו
מהו התהליך של אינטרון מגרופ-1?
נוקלאוטיד גוואנין חיצוני, אשר אינו רצף מהאינטרון, נכנס לתוך כיס כלשהו שנוצר באינטרון
קבוצת חמצן בעמדה ה-3 של הגוואנין תוקפת את הפוספט בצומת האינטרון-אקסון בקצה ה3 של האינטרון
(בדרך כלל יש שם גוואנין)
הקצה ה-3 של האקסון, תוקף את קצה ה-5 של האקסון הנוסף ויוצר צומת אקסון-אקסון
כמה קשרים נוצרים ומתפרקים באינטרון גרופ-1?
נוצרים שני קשרי -
קשר בין אקסון לאקסון, וקשר בין הגוואנין ובין הקצה 5 של האינטרון
נשברים שני קשרים -
שני צמתי האקסון-אינטרון
סך הכל - אין שינוי במספר הקשרים
והגוואנין שהיה חופשי - עכשיו חלק מהאינטרון
איך נקרא לאינטרון שיודע לשחבר את עצמו ?
ריבוזים
מה ההבדלים בין שני סוגי השחבור ?
גוואנין מול אדנזין
3OH , 2OH
(עמדה 3 תוקפת בגוואנין ועמדה 2 תוקפת באדנוזין)
לא נוצרת לולאה בגרופ-1 אינטרון
מהם
snRNP
?
הם מורכבים מ
guide RNA
וחלבונים יחדיו
מהו הספלייסוזום ?
מבנה המורכב מרנא וחלבונים שיוצר את ריאקצית השחבור
רנא וחלבונים יחדיו נקראים
snRNP
המטרה הסופית שלו הוא לקרב את האדנוזין של הברנצ׳-פוינט אל הצומת אקסון-אינטרון, על מנת לאפשר את הריאקציה
מה הם חלקיקי הספלייסוזום ?
U1,U2,U2AF,U4,U5,U6
היכן מצוי הספלייסוזום?
לרוב נמצא בגרעין
יש גם בציטוזול , והוא נקרא ספלייסוזום קטן
מהו סדר היווצרות הספלייסוזום ?
אני כותב הכל במילים - אבל אפשר פשוט להעזר בתמונה
U1
נקשר לצומת אקסון-אינטרון בקצה 5 של האינטרון
U2
נקשר לאדנוזין בברנצ׳ פוינט
לאחר מכן מגיע
U4 + U5 + U6
כאשר
U6
מחליף את
U1
ומעיף אותו החוצה
וגם
U4
עוזב
U5
מחבר את שניהם יחדיו , ועוזר לקרב את האדנוזין כדי שהוא יוכל ליצור את ריאקציית השחבור.
איפה ולמה יש שימוש ב
ATP
בתהליך הספלייסוזום
?
פעם ראשונה - בחיבור של
U1 and U2
פעם שניה - בהגעה של
U4,U5,U6
פעם שלישית ביציאה של
U1,U4
השימוש באנרגיה חשוב על מנת לחבר ולשנות את מיקום חלקיקי הספלייסוזום
איזה יון נמצא בספלייסוזום?
מגנזיום
אילו זיווגי בסיסים קורים במהלך התהליך?
זיווגי בסיסים קורים גם בין ה
snRNP
לבין עצמם
וגם בינם לבין הסובסטרט (אינטרונים(
מה הם החלבונים
U2AF and BBP ?
איזה קומפלקס זה?
חלבונים אלו קשורים לאדנוזין בברנצ׳-פוינט לפני הגעתו של
U2
הקומפלקס שהם יוצרים נקרא קומפלקס
E
מה הם הקומפלקסים השונים שנוצרים - מה האות שלהם..
complex A
כאשר יו-2 מחליף את החלבון בי-בי-פי
complex B
כאשר מגיעים
U4/5/6
ואז
U1.
עוזב
complex C
נוצר כאשר
U4
עוזב
מתי תיווצר לולאת הלריאט בספלייסוזום?
היא תווצר כאשר ישארו רק
U5,6,2
והם יקרבו את האדנוזין בברנצ-פוינט מספיק קרוב כדי לבצע התקפה נוקלאופילית
איזה מהחלקיקים אינו הכרחי לפעילות הספלייסוזום?
רשום בספר ש
U1
הוא אכן חשוב לפעילותו, אבל גם בלעדיו הספלייסוזום יכול לפעול
מהם חלבוני
SR
?
נקשרים לאקסון ברצף הקרוי
ESE - exon splicing enhancer
ויודעים לגייס את
U1 and U2AF
וככה הם מקדמים ספלייסינג
הם נקראים בשמם בגלל ריבוי של סרין וארגינין
אס ואר…
איך חלבוני ה
SR
מזהים את רצף האקסון ?
יש להם מוטיב שנקרא
RRM - RNA recognition motif
מהו שחבור חליפי?
איפה שחבור חליפי מאד משפיע ?
שחבור חלופי עוזר ליצור מ-רנא שונים מאותו גן
זה נעשה על ידי שימוש ברצפי
ESS and ESE
שונים
התופעה נפוצה בעיקר בנוגדנים - כאשר שחבור חלופי גורמת ליצירת נוגדנים עם שונות מאד גבוה
כמובן שזה קורה בהרב גנים אחרים , פשוט נוגדנים זו דוגמה מאד טובה, בגלל שצריך מגוון של נוגדנים וזו דרך יעילה ליצור זאת
אילו סוגים של שחבור חליפי קיימים ?
לזכור את הדוגמאות באיור
מה עושה החלבון
SC35?
הוא מוזכר בדוגמאות שונות בשני הספרים , אז כדאי להכיר
החלבון
SC35
הוא אקטיבטור של ספלייסינג הנקשר לרצפי
ESE
אילו חלבונים מעורבים בקביעת המין בדרוזופילה, ואיך זה קשור לשחבור חלופי?
קביעת המין נעשת על ידי שלושה חלבונים מרכזיים -
Sxl, tra ,Dsx
Sxl
מתבטא רק בנקבות ,וגורם לשחבור גם של עצמו וגם של הגן טי-אר-איי
tra
בנקבות, הגן טי-אר-איי מתבטא בשלמותו, ואילו בזכרים בגלל שחבור אחר שנעשה עליו , יש לו קודון סטופ באמצע ולכן אינו פעיל
הגן הזה גורם לשחבור חלופי בגן השלישי בדרך שנקרא
Dsx
שהוא אחראי על דיכוי גנים זכריים , וביטוי גנים נקביים . בסופו של דבר הוא פקטור שעתוק..
מהו
SXl?
הוא חלבון אשר מבקר שחבור גם של עצמו וגם של פקטור שחבור נוסף שנקרא
tra
, הוא נמצא רק בנקבות בגלל שבזכרים החלבון הזה לא פעיל
הוא נחשב מדכא שחבור- בגלל שהוא מונע הכנסה של אקסונים בנקבות
והוא נקשר לרצפי
ISS - intron splicing silencer
מהו
tra
?
הוא חלבון אשר קיים באופן פעיל רק בנקבות, ושוב בגלל בקרה על הספלייסינג שלו - כאשר בזכרים הספלייסינג הוא שונה, וגורם לחלבון להיות לא פעיל
וזה נעשה בזכות בקרת שחבור עם
Sxl
חלבון זה נחשב מאקטב שחבור מכיוון שהוא נקשר לרצפי
ESE - exon splicing enhancer
ולכן גם ניתן לקרוא לו
SR - protein !
מהו
dsx?
החלבון הזה הוא פקטור שעתוק
זה קצת תלוי איך מסתכלים עליו - אבל אפשר להגיב שהוא גם רפרסור של שעתוק
מכיוון שהוא מונע שעתוק של גנים זכריים בנקבות.
הוא פעיל רק בנקבות, מכיוון שבזכרים החלבון הזה מיוצר ללא אקסון מספר 4 שהופך את החלבון לתקין
בנקבות - יש את אקסון 4 , בגלל בקרה שונה על הספלייסינג שלו
ולכן הוא פעיל
איך הגן
sxl
קיים רק בנקבות?
הרפרסור שמונע שעתוק של החלבון הזה נמצא על כרומוזום מספר 2 בזבובים, ואילו האקטיבטור לגן נמצא על כרומוזום איקס
אצל זכרים - יש יחס דומה בין האקטיבטור ובין הרפרסור, וכך נמנע השעתוק של הגן
ואילו בנקבות - יש שני כרומוזומי איקס, כלומר פי שניים מהאקטיבטור - ולכן יהיה שעתוק
