פרק 2 - מבנה הדנ״א

Question 1

מה הם פורינים - ואילו נוקלאוטידים הם מכילים

Answer 1

פורינים הם נוקלאוטידים בעלי שתי טבעות חנקתיות -האחת מכילה 6 אטומים, והשנייה מכילה 5 אטומים

Question 2

כמה חנקנים יש בפורינים ובאילו עמדות הם נמצאים

Answer 2

בפורינים יש ארבע חנקנים בעמדות 1 3 7 9 דרך שעוזרת לי לזכור- זה כמו לעשות ריבוע עם המקשים בטלפון

Question 3

מה הצורה של גוואנין ואדנין ?

Answer 3

גוואנין הוא בעל חמצן בקשר כפול בעמדה מספר שש וקבוצה אמינית בעמדה מספר שתיים

אדנין הוא בעל קבוצה אמינית בעמדה מספר שש

Question 4

מהו מבנה הפירימידין?

Answer 4

הפירמידין מורכב מטבעת אחת , המורכבת משישה אטומים

מתוכם שני חנקנים בעמדות 1 ו3

Question 5

מה המבנה של הפירמידנים השונים?

Answer 5

אורציל הוא בעל שני חמצנים הקשורים לאטומים בעמדה שתיים וארבע

טימידין דומה במבנהו לאורציל אך בעל קבוצה מתילית בעמדה מספר חמש

ציטוזין הוא בעל קבוצה אמינית בעמדה מספר ארבע וחנקן בעמדה מספר שתיים

Question 6

מה ההבדל בין ריבוז ודאוקסי ריבוז?

Answer 6

בדה-אוקסי ריבוז חסר קישור של חמצן בעמדה מספר שתיים של הטבעת , לעומת זאת בריבוז יש חמצן הקשור לעמדה מספר שתיים

Question 7

באיזה קשר ולאיזו עמדה נקשר הסוכר בפורינים ופירמידינים?

Answer 7

נקשר לעמדה 9 בקשר אן גליקוזידי בפורינים

בפירמידינים נקשר לעמדה 1 בבסיס בקשר אן גליקוזידי גם

Question 8

מה הם הקשרים בהם מחוברים נוקלאוטידים אחד לשני?

לתאר אילו אטומים מחוברים יוצרים את הקשר, ובאילו עמדות

(התשובה תופיע כתמונה)

Answer 8

הקשר בין נוקלאוטידים הוא על ידי קשר פוספו-דה-אסטרי.

החיבור הוא בעמדות שלוש וחמש של הריבוז

Question 9

מה הם חוקי צרגרף?

Answer 9

בדנא כמות ה

T and A

ו

G and C

הן זהות

Question 10

מה מספר קשרי המימן שנוצרים בין כל זוג בסיסים בדנא?

Answer 10

שלושה קשרי מימן בין ג׳י וסי

שני קשרי מימן בין איי וטי

Answer 11

Question 12

לציין את המרחקים של

גובה סיבוב של דנא

גובה בין כל זוג בסיסים

קוטר

הכוונה היא לדנא בקונפורמציה בי

Answer 12

אורך הדנא הוא 33.2 אנגסטרם

בין כל זוג בסיסים הגובה הוא 3.32 אנגסטרם

והקוטר הוא 20 אנגסטרם

Question 13

כמה שאלות שמסכמות טבלה אחת :

מה היא זווית הפיתול לכל קונפורמציה

מה גובה הדנא בכל סיבוב לכל סוג קונפורמציה

כמה בסיסים יש בכל סיבוב

Answer 13

מצורפת תמונה

Question 14

מה ההבדל במבנה בין שלוש הקונפורמציות איי,ביי , זי

Answer 14

קונפורמציה איי - מאפיינת רנא דו גדילי בסביבה מימית. אפשר לדמות את זה לדו-גדיל שמעכו - ולכן התעלות שלו עמוקות ובעלות קוטר גדול

קונפורמציה בי - מאפיינת דנא דו גדילי בעיקר, בה התעלה הגדולה היא רדודה בעלת קוטר קטן יחסית לקונפורמציה איי

זי - קונפורמציה שמאפיינת גדילים עם הרבה ג׳י וסי בה הג׳י נמצא בעמדה סין וסי בעמדת האנטי . המבנה הוא הליקס שמאלי

לשים לב באיור - שקונפורמציה איי נראת כאילו לקחו דנא רגיל ומעכו אותו ובגלל זה יש יותר בסיסים פר סיבוב ובגלל זה התעלות שלו יותר עמוקות עם קוטר גדול יותר.

Question 15

מה הוא סטקינג - איזה סוג קשר זה, בין איזה חלק של הנוקלאוטידים זה קורה, ואיך הוא תורם ליציבות הדנא

Answer 15

סטקינג גורם לקשרים בין נוקלאוטידים הנמצאים אחד מעל השני.

הקשרים הם קשרים שנעשים על ידי אינטרקציות עם ענני הפאי של הקשרים הכפולים בבסיסים.

זה נקרא גם אינטרקצית דיפול-דיפול

הוא תורם ליציבות הדנא על ידי כך שהאינטרקציות האלו מרחיקות מולקולות מים, אשר יכולות לערער את קשרי המימן בין כל זוג נוקלאוטידים

Question 16

מה הם

hoogsteen edge

C-H edge

sugar edge

watson-creek edge

?

Answer 16

הוגסטין - זו מין נקודת מבט שבה אנחנו מסתכלים על הבסיס מהצד שלו . כלומר מסתכלים בצורה שהיא אופקית למישור

זה חלק הקיים בפורינים !

הגשר פחמן-מימן הינו דומה אך רק בפירמידינים

שדרת הסוכר היא המבט האופקי על מישור הנוקלאוטיד כאשר אנחנו מסתכים על החלק הסוכרי שלהםהווטסון קריק הוא החלק שיוצר קשרי מימן עם הנוקלאוטיד המזווג

מצורפת תמונה להמחשה

Question 17

איזה צד של הנוקלאוטידים מאפיין את התעלה הגדול, ואיזה את התעלה הגדולה ?

Answer 17

התעלה הגדולה נוצרת מהצד של ההוגסטין-אדג׳ וגשר הפחמן-מימן

והתעלה הקטנה היא החלק של שדרת הסוכר

Question 18

למה משמשת התעלה הגדולה?

Answer 18

התעלה הגדולה משמשת לזיהוי רצפי דנא ספציפיים על ידי חלבונים.

מכיוון שהתעלה הגדולה פונה לכיוון הבסיסים - כך חלבונים יכולים לזהות את הבסיסים השונים ברצף, ולאפשר חיבור של חלבונים מסוימים לרצפים מסוימים

Question 19

מהי ?

Tm

Answer 19

הטמפ׳ בה חמישים אחוז מהבסיסים בדנא מסוים עברו התכה

Question 20

מה משפיע על טמפ׳ ההתכה?

ולמה זה משפיע?

Answer 20

היא מושפעת מהיחס בין

G-C

T-A

זה משפיע מכיוון שקשרי ג׳י-סי הם בעלי שלושה קשרי מימן לעומת קשרים בין איי-טי שהם בעלי שני קשרי מימן

ככל שיש יותר ג׳י-סי יש יותר קשרי מימן , לכן הטמפ׳ כדי להפריד אותם תהיה גדולה יותר - וטמפ׳ ההתכה תעלה

Question 21

איך אפשר לדעת על ידי בליעה כשאנחנו בטמפ׳ ההתכה?

Answer 21

בטמפ׳ ההתכה הבליעה תהיה חמישים אחוז מהבליעה המקסימלית

כלומר - בטמפ׳ של 100 מעלות , כאשר הדנא מופרד לחלוטין הבליעה היא 2 וכבטמפ׳ החדר כאשר הדנא הוא דו גדילי לחלוטין הבליעה היא 0 אז נדע שכנראה בטמפ׳ ההתכה שלנו הבליעה תהיה 1

**אלו סתם דוגמאות להמחשה