2A1 week 2 Flashcards
Soorten mutaties in kanker (5)
- Groeibevorderende genen/proto-oncogenen
- Groeiremmende genen/tumor-suppressorgenen
- Genen betrokken bij genetische instabiliteit/ DNA reparatie genen
- Genen betrokken bij angiogenese en metastase
- Genen betrokken bij multi-drug-resistance
Werking van RAS (en mutatie)
RAS-gen kan celgroei en -differentiatie aanzetten. RAS-GTP zet celgroei aan. Als GTP hydrolyseert in GDP wordt de celgroei uitgezet. Een mutatie van glutamine 61 of 12 remt de GTP-hydrolyse waardoor RAS continu aanstaat en de cel blijft groeien.
Soorten puntmutaties (6)
- Transitie/stille mutatie
- Transversie -> missense of nonsense
- Deletie
- Insertie
Gevolgen puntmutaties:
- Transitie
- Transversie: missense en nonsense
- Deletie
- Insertie
- Niks
- Purine in pyridimine: missense is ander aminozuur. Nonsense is mogelijk stopcodon
- Deletie: van 1 of meerdere basen, heeft korter of langer eiwit tot gevolg
- Insertie: van 1 of meerdere basen, zelfde als hierboven
Chromosomale translocatie
Uitwisseling van chromosoomstrengen met of zonder DNA-verlies. Vorming van een fusiegen kan nieuwe, versterkte of verzwakte functies hebben.
Wat is een chromosomale amplificatie?
Vermeerdering van een mutatie
Wat is een chromosomale deletie?
Stukken DNA gaan verloren ten gevolge van 2 breuken binnen een chromosoomstreng. eventueel verlies van gezond allel waardoor allen het gemuteerde allel overblijft.
Chromosomale numerieke afwijking
Te veel of te weinig kopieen van een chromosoom
Wat voor chromosomale afwijkingen zijn er? (4)
- Translocatie
- Deletie
- Amplificatie
- Numerieke afwijking
Oorzaken DNA-schade (5)
- Chemische instabiliteit
- Chemische verbindingen
- Biologische stoffen
- Fysische agentia
- Foutieve replicatie
Chemische instabiliteit DNA-schade (2)
- Spontane hydrolyse: verbinding tussen de base en suikergroep gaat verloren. bij DNA-replicatie wordt deze abasische site overgeslagen en is er 1 deletie
- Deaminatie van basen: verdwijning van een aminogroep van een base.
verandering van de base en inbouw van een andere complementaire base.
Chemische verbindingen DNA-schade (2)
- Directe DNA-beschadiging: een stof bindt direct aan het DNA en beschadigd dit
- Indirecte DNA-beschadiging: een chemische stof moet eerst metabool geactiveerd worden voordat het het DNA kan beschadigen (cyclofosfamide en benzo(a)pyreen)
Biologische stoffen DNA-schade (2)
- Endogene stoffen: zuurstofradicalen
- Exogene stoffen: stoffen geproduceerd door organismen (aflatoxine geproduceerd door een schimmel)
Fysische agentia DNA-schade
Hoogenergetische straling
Foutieve replicatie DNA-schade (2)
- Translesie synthese: Door DNA fout kan DNA-polymerase er niet overheen en gaat de cel dood
- DNA-polymerase proofreading fouten: normaal gesproken controle of alles goed ingebouwd is
Soorten beschadigingen in het DNA (5)
- Chemische adducten
- Intrastreng crosslinks
- Interstreng crosslinks
- DNA-streng breuken
- Basepaar mismatches
Chemisch adduct
een chemische stof bindt aan een nucleotide in het DNA (cisplatine), kan DNA-dubbele helix verstorend of niet verstorend zijn
Intrastreng crosslink
Een kruisverbinding tussen nucleotiden in dezelfde DNA-streng (bijv cisplatine aan 2 guanines in dezelfde streng)
Interstreng crosslink
Een kruisverbinding tussen nucleotiden in tegenover elkaar liggende DNA-strengen (bijv. cisplatine)
Op hoeveel manieren kan cisplatine DNA-schade creëren en welke?
3
- Interstreng crosslink
- Intrastreng crosslink
- Chemisch adduct
Hoe worden enkel en dubbelstrengsbreuken veroorzaakt?
Enkel: oxidatieve DNA-schade
Dubbel: ioniserende straling
Basepaar mismatches
Een verkeerde base wordt ingebouwd (bijv. G-A), bij replicatie krijg je 1 streng met G-C en 1 met T-A
Wat is een template?
Een kopie van hoe het DNA er origineel uitzag
Verschillende soorten templates (3)
- Zusterchromatide (Beide DNA-strengen beschadigd)
- Homologe chromosoom (beide DNA strengen beschadigd)
- Complementaire DNA-streng (1 beschadigde DNA-streng)
DNA-schade waarbij 1 streng beschadigd is (3)
- Mismatched basepaar
- Intrastreng crosslink
- Enkelstreng DNA-breuk
DNA-schade waarbij beide strengen beschadigd zijn (2)
- Interstreng crosslinks
- Dubbelstrengs DNA-breuk
DNA-schade reparatiemechanismen (4)
- Base excisie reparatie (BER)
- Nucleotide excisie reparatie (NER)
- Niet-homologe DNA eind verbinding (NHEJ)
- Homologe recombinatie (HR)
Functie base excisie reparatie (BER)
Herstel kleine adducten (oxidatieve stress)
Functie nucleotide excisie reparatie (NER)
Herstel grote adducten (UV-straling), repareert intrastreng crosslinks en DNA-dubbele helix verstorende adducten
Ziekten waarbij NER niet goed werkt
Xeroderma pigmentosum (GG-NER) en Cockayne syndroom (TC-NER)
2 soorten NER
- Globaal genoom NER: herkent beschadigingen door het gehele genoom
- Transcriptie gekoppelde NER: herkent alleen beschadigingen in de getranscribeerde streng van het DNA. v.n. om celdood te voorkomen
Kenmerken NHEJ (4)
- Direct aan elkaar ligeren van 2 uiteinden van een DNA-breuk
- Geen template
- Onnauwkeurig
- Vindt plaats in G1 fase
Kenmerken homologe recombinatie (4)
- Uitwisseling van DNA-strengen tussen DNA-moleculen
- Zusterchromatide
- Nauwkeurig
- Vindt plaats in S-fase en G2-fase
Werking RAD51
Belangrijk voor dubbelstrengs DNA-breukherstel, bevordert baseparing tussen het gebroken en intacte zusterchromatide. wordt beinvloedt door BRCA1/2
Werking RAD51
Belangrijk voor dubbelstrengs DNA-breukherstel, bevordert baseparing tussen het gebroken en intacte zusterchromatide. wordt beinvloedt door BRCA1/2
Welke fout kan er plaatsvinden bij homologe recombinatie die loss of heterozygositeit (LOH) tot gevolg heeft?
Homologe recombinatie vindt op het verkeerde tijdstip plaats waardoor er geen zusterchromatide is en de verkeerde template gebruikt wordt. Mogelijk gemuteerd allel kan gedupliceerd worden
Welke fout kan er plaatsvinden bij NHEJ die LOH tot gevolg heeft
Bij deletie van een coderend deel van een chromosoom ontstaat er na NHEJ een korter chromosoom. Enkel het coderende deel van het gemuteerde allel is nog instant.
Nauwkeurigheidsmechanismen van DNA-replicatie (3)
- Proofreading
- Base selectie
- Mismatch repair
Wat is base selectie?
Voordat een nucleotide wordt ingebouwd, wordt de vorm bepaald. Eerst passen en dan pas covalent binden.
Wat is proofreading?
Als een verkeerde base is ingebouwd en door de base selectie is heen gekomen wordt door exonuclease de foute base eruit geknipt.
Wat is mismatch repair?
Als DNA-polymerase geweest is en er zit nog steeds een fout in, komt EXO1 de nucleotide en enkele eromheen verwijderen en het gat wordt weer gevuld door DNA-polymerase
Welk DNA-reparatie mechanisme werkt niet goed bij Lynch syndroom
DNA mismatch repair
Wanneer denken aan erfelijke CRC? (4)
- CRC onder 50 jaar
- 2x CRC bij 1 patiënt
- CRC en Lynch geassocieerde tumor bij 1 patiënt
- 2 of meer familieleden met CRC of Lynch-tumor
Behandeling Lynch met CRC
- < 60 jaar: totale colectomie met ileorectale anatomose
- > 60 jaar: partiele colectomie
Werking en bijwerking bleomycine
DNA-dubbelstrengsbreuken door oxidatieve radicalen dichtbij het DNA te concentreren. Bijwerking is vermindering van longfunctie (>10%)
Werking etoposide
DNA-dubbelstrengsbreuken door remming topoisomerase II
Werking PARP1
Repareert enkelstrengs DNA breuken door binding poly ADP ribose. maakt de reparatie efficienter.
Wat gebeurt er met enkelstrengsbreuken bij replicatie?
Het worden dubbelstrengsbreuken
Wat gebeurt er bij BRCA1/2 deficiente tumoren die PARP-remmers krijgen?
Er is een ophoping van enkelzijdige dubbelstrengsbreuken. De groei van de tumor wordt geremd.
Voor detectie van wat wordt NGS gebruikt? (3)
Detectie van:
- Kleine mutaties
- Deleties en amplificaties
- Translocaties en fusiegenen
Wat is variant allel frequency (VAF)
Het aantal malen dat je bij NGS een afwijkend allel hebt gevonden t.o.v. de referentie.
Toepassingen NGS (5)
- Differentiaal diagnostiek
- Therapiekeuze
- Clonaliteitsanalyse (metastase of primaire tumor)
- Oncogenetica
- Weefselidentificatie
Wat is de invloed van een MDM2 genamplificatie op p53 en een tumorcel?
Door meer expressie van MDM2 wordt de p53 concentratie verlaagd waardoor Bax en p21 niet tot expressie komt. De cel gaat niet in apoptose
Wat doet wnt?
Zorgt voor proliferatie van stamcellen in de darm en voor het vernietigen van het destructiecomplex van beta catenine.
Wat is de invloed van beta-catenine op wnt?
beta-catenine gedraagt zich als zelfstandige transcriptiefactor die wnt gevoelige genen aanzet
