2.4. Interacciones entre ácidos nucleicos y proteínas Flashcards
4 fuerzas de unión que participan en las interacciones DNA/RNA:
Fuerzas electroestáticas/puentes salinos
Fuerzas dipolares/hidrógeno
Fuerzas entrópicas/hidrofóbicas
Fuerzas de dispersión/van de Waals
A medida que aumenta la concentración de sal en la solución, la fuerza de los puentes salinios ( aumenta / disminuye ).
Disminuye
Las fuerzas entrópicas contribuyen al apilamineto de bases. ( V / F )
Verdadero
¿Cuál de las fuerzas que participan en la unión DNA/RNA tiene menor alcance?
Fuerzas de dispersión
Maneras en las que las proteínas interactúan con DNA-B (2):
- Lámina beta antiparalela interactúa con el esqueleto de fosfafto en el surco menor
- Hélice alfa interactúa con bases en el surco mayor
¿Qué son las interacciones directas e indirectas entre DNA-B y proteínas?
Directas: regiones concretas interactúan con secuencias concretas
Indirectas: la interacción se da por cambios conformacionales inducidos
¿Por qué las interacciones indirectas son más frecuentes en RNA que DNA?
La estructura del RNA varía más que la del DNA
¿Qué es la lectura directa (direct readout) del DNA?
Las proteínas forman enlaces de hidrógeno directamente a las cadenas laterales, al esqueleto polipeptídico y/o a través de moléculas de agua con el DNA.
Familias de proteínas que se unen al surco mayor del DNA (4):
HTH (helix-turn-helix)
Dedos de Zinc
Cremalleras de leucinas
Represon MetJ
Familias de proteínas que se unen al surco menor del DNA (3):
IHF
Proteínas HMG
TBP
Herramientas de medición de la afinidad de la interacción proteína-ácido nucleico (3)
Ensayo de unión de filtro de nitrocelulosa
Retardo de gel
Calorimetría de titulación isotérmica
¿Cómo funciona el ensayo de unión de filtro de nitrocelulosa?
Incubamos la proteína y NA juntos y los pasamos por un filtro de nitrocelulosa cargada (+) y nylon. La proteína se quedará en la nitrocelulosa, y el NA al nylon. Si la unión proteína-NA es fuerte, el NA se queda con la proteína en la nitrocelulosa.
¿Cómo se cuantifica la fuerza de unión con el ensayo de unión de filtro de nitrocelulosa?
El NA va marcado con P32
¿Cómo funciona el ensayo de retardo en gel?
Se basa en la movilidad electroforética en condiciones nativas en la que la proteína y el NA migran en sentidos opuestos. Si interaccionan se ve un cambio en el patrón de migración
¿Cómo funciona la calorimetría de titulación isométrica?
Se mide el cambio de temperatura generado por la unión entre proteína y NA. El calor producido es directamente proporcional a la afinidad.
