2 - DNA schade en reparatie Flashcards
Welke 2 soorten mutaties zijn er bij kanker en hoe zijn deze te onderscheiden?
- Puntmutaties: kleine veranderingen op basepaar niveau
- Chrosomale afwijkingen: grote veranderingen, waar te nemen op chromosomaal niveau
Wat zijn 5 oorzaken van DNA-schade?
- Chemische instabiliteit
- Chemische verbindingen
- Biologische stoffen
- Fysische agentia
- Foutieve replicatie
Welke 2 soorten DNA-schade zijn er bij chemische instabiliteit, en hoe kenmerkt chemische instabiliteit zich?
Chemische instabiliteit wordt niet veroorzaakt, maar het gebeurt gewoon.
1. Spontane hydrolyse -> depurinatie -> deletie
2. Deaminatie van basen-> cytosine naar uracil -> verandering complementariteit
Welke 2 biologische stoffen kunnen DNA-schade induceren?
- Endogene stoffen -> guanine naar 8-oxoguanine -> transversie G naar T
- Benzo(a)pyreen -> benzo(a)pyreen naar BPDE -> BPDE kan binden aan DNA
Wat kan BPDE veroorzaken zodra het bindt aan DNA?
- Veroorzaakt chemische adducten die de DNA dubbelhelix verstoren
- BPDE reageert voornamelijk met G residue
- Tegenover G-BPDE wordt een A residue ingebouwd
Hoe kunnen fysische agentia DNA-schade induceren?
UV zorgt ervoor dat intrastreng DNA-beschadigingen ontstaan door straling.
Wat houdt base excisie reparatie (BER) in?
Het is een herstel van kleine adducten en er is 1 base die hersteld moet worden.
Hoe werkt de excisie van DNA-schade bij BER?
Endonuclease maakt een knip in het DNA waardoor de AP-site wordt verwijderd.
Hoe werkt de herkenning van oxidatieve DNA-schade bij BER?
8-oxoguanine DNA-glycosylase (OGG1) hydrolyseert de N-glycosyl verbinding tussen deoxyribose en 8-oxoG. Het creëert een abasische plaats. Endonuclease herkent de AP-site.
Hoe werkt het herstel van DNA-schade bij BER?
DNA-polymerase en ligase zorgen ervoor dat de AP-site opgevuld wordt met een nieuwe base.
Wat houdt nucleotide excisie reparatie (NER) in?
Herstel van grote adducten.
Hoe werkt de DNA-schade herkenning bij globaal genoom NER?
Een laesie wordt herkend door XPC, CETN2 en RAD23. Deze binden aan de laesie en er komen extra eiwitten die controleren wat de DNA-schade is.
Is globaal genoom NER een snel of traag proces?
Traag proces
Hoe werkt DNA-schade herkenning via transcriptie gekoppeld NER?
De transcriptie wordt geblokkeerd door een mutatie in het DNA. CSB herkent de blokkade. CSA duwt dan het hele transcriptieproces naar achteren: backtracking.
Is transcriptie gekoppeld NER een snel of traag proces?
Snel proces
Hoe werkt excisie van DNA-schade bij NER?
Als er een probleem herkend is, komt RAD23 los van het complex. Er komt dan een plek vrij voor een andere groep eiwitten: TF2H. Dit complex is betrokken bij transcriptie van genen, die binden aan de promotor en zorgen dat de RNA-polymerase kan binden. Vervolgens wordt er een knip gemaakt in het DNA waarna XPC nog een knip maakt in het einde. Je verwijdert op deze manier een heel gedeelte DNA.
Wat zijn 2 voorbeelden van ziektebeelden die ontstaan bij defect NER?
- Xeroderma pigmentosum
- Cockayne syndroom
Wat zijn sympromen bij XP?
- Zongevoeligheid
- Droge, harde huid
- Pigmentale afwijkingen
- Cataract
- Huidkaker
- Versnelde neurologische achteruitgang
Welk gen/welke genen zijn defect bij XP?
Een mutatie in 1 van de 8 genen: XPA, XPB, … XPG.
Wat zijn sympromen bij CS?
- Zongevoeligheid
- Groei achterstand
- Neurologische achteruitgang
- Netvliesafwijkingen
- Versnelde veroudering
- Geen huidkanker
Welk gen/welke genen zijn defect bij CS?
Een mutatie in 1 van de 2 genen: CSA of CSB. Samen met XP: XPB, XPD, XPG.
Wat voor defect is er biJ XP? En bij CS?
- Xeroderma pigmentosum (XP): globaal genoom NER defect
- Cockayne syndroom (CS) -> transcriptie gekoppeld NER defect
Wanneer gebruik je een zusterchromatide of een homoloog chromosoom bij herstel van DNA-schade?
Bij interstrengs DNA-crosslinks en bij dubbelstrengs DNA-breuken kan de tegenovergestelde streng niet gebruikt worden voor herstel, aangezien deze ook gemuteerd is. In zo’n geval kan een zusterchromatide of een homoloog chromosoom worden gebruikt.
Wat zijn 2 manieren van herstel van dubbelstrengs DNA-breuken?
- Niet-homologe DNA-eindverbinding -> onnauwkeurig herstel
- Homologe recombinatie -> nauwkeurig herstel
Waarom is er bij niet-homologe DNA-eindverbinding sprake van onnauwkeurig DNA-herstel?
Er wordt geen template gebruikt. Een template is eigenlijk noodzakelijk voor foutloos DNA-herstel.
Hoe vindt niet-homologe DNA-eindverbinding plaats?
Door het direct aan elkaar ligeren van twee uiteinden van een DNA-breuk.
Hoe vindt homologe recombiantie plaats?
Er is een uitwisseling van DNA strengen tussen DNA-moleculen. Bij dit proces wordt voornamelijk het zusterchromatide gebruikt.
Welke 2 dingen kunnen gebeuren bij niet-homologe DNA-eindverbinding dubbelstrengs DNA-breuk herstel?
- Interne chromosomale deletie
- Translocatie -> chronische myeloïde leukemie