ביוכימיה- שיעור 2

Question 1

pI

Answer 1

הנק האיזואלקטרית.
בנק’ זו ה-pH של התמיסה, גורם “לאיפוס” המטען החשמלי של המולק’ כולה, כך שסך מטעניה שווה ל-0.
כשהמטען החשמלי שווה ל-0, המסיסות יורדת והמולקולה הופכת להיות לא פולארית.

Question 2

Hydropathy
index

Answer 2

טווח יחסי הנע בין 4.5- (מינוס) עד 4.5.
ככל שהערך חיובי יותר, כך המולק’ הידרופובית יותר (ולהפך).
איזוליאוצין- 4.5
ארגנין- 4.5-(מינוס)

Question 3

Pka1, Pka2, Pkar

Answer 3

ערכים המציינים באילו pH החומצה הקרבוקסילית והאמינית מתייננים.
לחומצות מסויימות קיים pKr המציין באיזה pH שיר ה-R מתיינן.

Question 4

(G) גליצין

Answer 4

קבוצות ה- R של חומצות האמינו מסוג זה הן הידרופוביות ואינן פולריות.
ח.א הקטנה ביותר, היחידה שאינה כיראלית. גמישה מאוד, בשל גודלה.
קבוצת ה- R שלה כל כך קטנה, כך שלמרות שהיא נחשבת הידרופובית, היא כמעט ולא
משתתפת באינטרקציות הידרופוביות.
קבוצות R לא פולריות, אליפטיות, הידרופוביות.

Question 5

אלאנין (A)

Answer 5

ח.א קטנה יחסית (אך גדולה מגליצין ולכן קצת יותר הידרופובית). בעלת מרכז כיראלי יחיד ושייר R של מתיל ( CH 3 ).
קבוצות R לא פולריות, אליפטיות, הידרופוביות.

Question 6

פרולין (P)

Answer 6

תכונה ייחודית לשייר ה- R שלה, הסוגר טבעת עם הקצה האמיני, בשל מבנה ציקלי מיוחד (לא להתבלבל עם מבנה ארומטי!).
מבנה ציקלי זה מאופיין בקונפורמציה נוקשה ומעוותת, הגורמת לירידה בגמישות המבנה של האיזור הפוליפפטידי המכיל פרולין.
קבוצות R לא פולריות, אליפטיות, הידרופוביות.

Question 7

לאוצין (L)

Answer 7

הח. אמינית הכי נפוצה.
קבוצות R לא פולריות, אליפטיות, הידרופוביות.

Question 8

איזולאוצין (I)

Answer 8

הכי הידרופובית.
בעלת מרכז כיראלי נוסף בשייר ה-R.
איזומר מבני של לאוצין- שתיהן בעלות אותו נוסחא כימית, אך בעלות סידור פחמנים שונה.
קבוצות R לא פולריות, אליפטיות, הידרופוביות.

Question 9

מתיונין (M)

Answer 9

אחת משתי ח. האמינו המכילות קבוצת סולפור (גופרית) הקשורה בקשר תיו-אטרי לא פולארי R-S-R
שלא כמו ציסטאין, מתיונין אינה נוטה לעשות קשרים דיסולפידים עם הגופרית שלה!
קבוצות R לא פולריות, אליפטיות, הידרופוביות.

Question 10

פניל אלנין (F)

Answer 10

בעלת טבעת ארומטית של פניל המחובר לאלנין.
בעלות שרשרת צד ארומטית אחת לפחות.

Question 11

חומצות אמינו ארומטיות

Answer 11

בעלות שרשרת צד ארומטית אחת לפחות.
טבעות עם רסוננס הן יחסית אינן פולאריות (מאד הידרופוביות ולא מסיסות במים).
כולן יכולות להשתתף באינטאקציות הידרופוביות.

Question 12

טירוזין (Y)

Answer 12

שייר של פניל (פניל+ הידרוקסיל) אשר מתיינן.
מוסר פרוטון ב-pH = 10.7, והופך את מטען החומצה לשלילי.
ב- pH = 7, יש לה מטען נייטרלי.
לקבוצת ההידרוקסילית יש יכולות ליצור קשרי מימן ונמצאת בשכיחות גבוה באתר פעיל של אנזימים.
הקבוצה יכולה לעבור זירחון.

Question 13

קבוצה פרוסטטית

Answer 13

החלק בחלבון שאינו חומצות אמינו.
חלבונים מצומדים מקוטלגים על בסיס הטבע הכימי של הקבוצות
הפרוסטטיות שלהם.

לדוגמה, ליפופרוטאינים Lipoproteins - מכילים שומנים,
גליקופרוטאינים glycoproteins - מכילים קבוצות סוכר,
מטאלופרוטאינים metalloproteins -מכילים מתכות ספיציפיות וכו’
חלבונים יכולים להכיל קבוצה פרוסטטית אחת או יותר.
לרוב הקבוצה הפרוסטטית משחקת תפקיד קריטי בתפקוד הביולוגי של החלבון.

Question 14

חלבונים מצומדים

Answer 14

חלק מהחלבונים מכילים מרכיבים כימיים הקשורים אליהם בצורה קבועה בנוסף לחומצות אמינו המרכיבות אותם

Question 15

מי היא חומצת האמינו בעלת השכיחות הנמוכה ביותר בסליל אלפא?

Answer 15

פרולין, בגלל הטבעת הנוקשה שלה ולחנקן שלה אין מימן עודף. היא גורמת לכיפוף לא יציב

Question 16

המשקל הממוצע של ח. אמינו

Answer 16

128 דלטון.

ממוצע המשקל של ח. אמינו בשרשרת פפטיד הינו 110 דלטון (ללא מולק המים שאבדה ביצירת הקשר הפפטידי).