ביוכימיה- שיעור 1 Flashcards
R-CH3
Methyl
R-CH2-CH3
Ethyl
R-C(1)-CH=CH-CH=CH-CH=C(1)
Phenyl
R-COH
Carbonyl (aldehyde)
R1-CO-R2
Carbonyl (ketone)
R-COOH(COO-)
Carboxyl
R-OH
Hydroxyl (alcohol)
R-COH=CH2
Enol
R1-C=N-R3
\R2
N-substituted imine (Schiff base)
R1-C=NH
\R2
Imine
R-CO-O-P02-OH
Mixed anhydride (carboxylic acid and phosphoric acid; also called acylphosphate
R1-O-PO2-O-PO2-O-R2
Phosphoanhydride
R-CO-O-CO-R2
Anhydride (two carboxylic acids)
R-NH3+
Amino (protonated)
R-CO-NH2
Amido
R-PO3-OH
Phosphoryl
R1-CO-S-R2
Thioester
R1-S-S-R2
Disulfide
R-O-CO-CH3
Acetyl
R-S-H
Sulfhydryl
R1-O-R2
Ether
R1-CO-O-R2
Ester
R-NH-C-NH2
=NH2+
Guanidinium
R-C(1)=CH-N=CH-NH-C(1)
Imidazole
חומצה רצמית
מכילה כמות שווה של אננטיומרים, לא מסיטה אור
Bulk Elements
רכיבים חיוניים לרקמות והאורגניזם. נדרשים בכמות של גרמים באופן יום יומי (H,C,O,N).
Trace Elements
הכרחיים לתפקוד של חלבונים ואנזימים ספציפיים. נדרשים במיליגרמים בודדים.
קשר קוולנטי
קשר כימי תוך מולקולרי חזק מאוד יכול להיות פולארי או לא פולארי, סוגי קשרים קוולנטים: קשר סיגמא (חזק), קשר פאי (חזק פחות).
קשר פולארי
כאשר אטום בעל אלקטרו שליליות גבוהה נקשר לאטום בעל אלקטרו שליליות נמוכה (H2O).
קשר לא פולארי
כאשר שני אטומים בעלי אלקטרו שליליות זהה (O=O) או דומה מאוד (C-H).
קשרים בין מולקולריים
נגזרים מהקשרים התוך מולקולריים. ככל שהקשרים התוך מולקולריים פולאריים יותר, כך חוזק הקשרים הבין מולקולריים של המולקולה יגדלו, אודות לקוטביות שתיווצר לזמן ממושך יותר.
קשרי ואן דר ואלס (לונדון)
בעלי דיפול רגעי. יכולים להיווצר בין מולקולות לא פולאריות. סוג הקשר המרכזי באינטרקציות בין מולקולות הידרופוביות, הנמשכות שמן קצר יחסי. עוצמת החיבור תיקבע לפי כמות הקשרים.
קשרי דיפול דיפול
בעלי דיפול ממושך יותר בהשוואה לקשרי הדיפול הרגעי. נוצר בין מולקולות פולאריות בעלי הפרשים באלקטרו שליליות.
קשרי מימן
קשרים חזקים, יוצרים דיפול ממושך בין מולקולות בעלות האלקטרו שליליות הגבוהה ביותר: אטומי NOF. באחת המולקולות לפחות קיים קשר קוולנטי בין אטום ה- NOF לבין מימן.
טמפרטורת ההתכה point Melting והרתיחה point Boiling של החומר
נקבעת על פי: 1. סוג הקשרים וחוזקם (יותר חזק -טמפ’ התכה ורתיחה גבוהה יותר).
2. כמות הקשרים (מולקולה ארוכה ובעלת שטח פנים גדול - טמפ’ גבוהה יותר).
מאקרומולקולות
המרכיב העיקרי בתאים, פולימרים במשקל הגבוה מ-5,000 דלטון. חלבונים, חומצות גרעין ופוליסכרידים הם מקרומולקולות המורכבות ממונומרים.
אוליגומר
מולקולה בגודל בינוני, לרוב מורכבים ממספר תת יחידות.
איזומרים
חומרים בעלי אותה נוסחה מולקולרית, אך מסודרים אחרת מבחינה מבנית או מבחינה מרחבית גיאומטרית ולכן החומר הכימי מקבל תכונות שונות.
איזומרים מבניים
מולקולה עם הרכב אטומי זהה, אך חיבור שונה של האטומים. לשל טאוטומרים, קטון ואלדהיד.
סטראוספציפיות
התאמה ספציפית מבחינה מרחבית, קונפיגורציה מסויימת של המולקולות המגיבות.
איזומרים מרחביים
מולקולות בעלות אותה נוסחה כימית ואותם קשרים כימיים, השונות זו מזו היא בקונפיגורציה שלהן, כלומר בסידור המרחבי\גיאומטרי (ציס וטראנס) של האטומים. *אי אפשר להמיר סטראואיזומר אחד לאחר מבלי לפרק קשר קוולנטי אחד או יותר.
מרכז כיראלי
קבוצה מרכזית, שהקבוצות הסובבות אותה יכולות להתארגן בצורה מרחבית אחת, ברואיינטציה מסויימת. כדי שמרכז יחשב כיראלי, צריך שיהיו מחוברות אליו 4 קב’ שונות. באורגניזמים, רוב המולקולות מתקיימות
רק בצורה כיראלית יחידה מכיוון
שהאנזימים המסנתזים אותן הם כיראלים
בעצמם
אננטיומרים
זוג סטראואיזומרים שכל אחד מהם .הוא תמונת מראה מושלמת של רעהו
דיאסטרומרים
כאשר יש יותר ממרכז כיראלי אחד
ניתן לקבל סטראואיזומרים שאינם תמונת ראי זה של זה=
דיאסטראואיזומרים.
קונפורמציה
תכונה נפרדת מהקונפיגורציה שלה. הקונפורמציה היא הסידור המרחבי של קבוצות מתמירות המסוגלות להימצא בעמדות שונות במרחב מבלי לפרק קשרים, הודות לחופש הסיבוב סביב קשרים יחידים.
staggered
בקונפורמציה היציבה ביותר האפשרית (כלומר: בעלת רמה אנרגטית נמוכה) מועדפת אנרגטית ולכן השכיחה ביותר.
eclipsed
קונפורמציה פחות יציבה, בעלת רמה אנרגטית גבוהה.
D גלוקוז
התצורה של גלוקוז אצלנו בגוף, L-גלוקוז אינו יכול לעבור עיבוד ע”י הקסוקינאז. לעומת זאת, חומצות אמינו מופיעות בחלבונים רק בצורת L.
Keq קבוע שיווי משקל
שווה ליחס בין ריכוז התוצרים לבין ריכוז המגיבים. קיים קבוע שיווי משקל ספציפי לכל ריאקציה, הקבוע עבורה בתנאי טמפרטורה ואטמוספירה מסוימים. כל עוד הטמפ’ והלחץ קבועים, כך קבוע שיווי המשקל לא משתנה ונשאר קבוע. כשהריאקציה מגיעה לשו”מ - קיים יחס קבוע בין ריכוז הגיבים והתוצרים. ערך גבוה של הקבוע מצביע על כך שהתגובה נוטה לכיוון התוצרים ולהיפך.
מנת הריאקציה Q
היחס בין התוצרים למגיבים ברגע נתון (לאו דווקא בשיווי משקל, אך יכול להיות שווה שו”מ).
פחמן אנומרי
הפחמן הקרבונילי במונוסכריד יוצר קשר קוולנטי עם החמצן שעל ההידרוקסיל בהמשך של אותה שרשרת סוכר.
ההידרוקסיל עושה התקפה נוקלאופילית לפחמן
הקרבונילי שהוא האלקטרופיל.
כעת הפחמן קושר 4 קבוצות שונות. יכול להיות באוריינטציה של אלפא או בטא.
אנומר אלפא
קבוצת ההידרוקסיל מתרחקת מפחמן מס’ 6 (מצב טרנס).
33.3% מהמקרים.
אנומר בטא
קבוצת ההידרוקסיל קרובה לפחמן מס’ 6 (מצב ציס)
סוכרוז
מקור: קנה/ סלק
הרכב: D גלוקוז + D פרקטוז
דיסכריד
לקטוז
מקור: סוכר החלב
הרכב: גלוקוז + גלקטוז
מלטוז
מקור: פירוק עמילן
הרכב: גלוקוז+ גלוקוז
אנומר בטא
קבוצת ההידרוקסיל קרובה לפחמן מס’ 6 (מצב ציס).
67.7 % מהמקרים
דקסטרוז
המונוסכריד הנפוץ ביותר בטבע.
סוכר ה- D גלוקוז בעל 6 הפחמנים.
Glycosidic Bonds
מחברים שרשאות קצרות של מונוסכרידים היוצרים אוליגוסכרידים.
נוצרים ע”י ריאקציית דחיסה תוך יציאת מולק’ מים.
Ka
הנטייה של חומצה כלשהי (HA) לאבד פרוטון ולהפוך לבסיס המצומד שלה (-A).
קבוע שיווי המשקל של הריאקציה ההפיכה של פירוק החומצה במים Keq.
קבוע פירוק החומצה בסביבה מימית.
ככל שהחומצה חזקה יותר היא בעלת ערך Ka גבוה יותר אך ערך Pka נמוך יותר.
יציבות קינטית
מקרומולקולות לא מתפרקות לפי עיקרון האנטרופיה באופן ספונטני, בגלל היציבות הקיניטית הקשר מתפרק לפי זמן מחצית חיים או שימוש בזרזים קינטיים כדי לפרק מקרומולקולות כי צריך אנרגיה בשביל לפרק את הקשרים
אנטלפיה
עולה כשהחום נכנס לריאקציה (אנדותרמית) ויורדת כשחום יוצא מהריקציה או כשריאקיה מאבדת חום (אקסותרמית).
ריאקציה אנדרגונית
לא ספונטנית (דורשת השקעת אנרגיה), כאשר ∆ G חיובי.
ריאקציה אקסרגונית
ספונטנית (לא דורשת אנרגיה), כאשר ∆ G שלילי.
תגובה אקסותרמית
אנרגיה השתחררה מהמערכת אל הסביבה, כאשר Δ H שלילי.
תגובה אנדותרמית
הושקעה אנרגיה מהסביבה למערכת, כאשר Δ H חיובי.
מה סוג הקשר הנפוץ בין מולקולות הידרופוביות?
קשר הידרופובי מסוג ונדר ואלס
