1A Flashcards
Quel est définition de la microbiologie au sens strict et au sens large?
Sens strict : Science qui étudie les organismes microscopiques
Sens large : Science qui se définit par les techniques qu’elle emploie
Quels sont les différents domaines d’étude de la microbiologie?
Bactériologie
Mycologie (champignons)
Phycologie (algues)
Protozoologie (organismes parasitaires)
Virologie
Peux tu m’expliquer les impacts des microorganismes sur les activités humaines?
Agriculture:
Qui est utilisé pour les humains : les bactéries convertissent l’azote atmosphérique N2 en 2NH3 (en nitrate, c’est aussi pour ça qu’on utilise du nitrate comme engrais), qui peut ensuite être utilisé par les plantes.
Chez les animaux ruminants, comme les vaches, utilisent la cellulose (que nous on peut pas utiliser) comme nutriment. Ils ont une flore complexe qui va dégrader la cellulose pour la rendre utilisable. À partir de ça on obtient des monosaccharides et du CO2 (réchauffement climatique)
**Énergie/environnement : **
Par la fermentation du mais, on obtient de l’éthanol comme biocarburants (CH4).
Il y a des microorganismes utilisés en bioremédiation, quand il y a des dégats de pétrole et de polluants organiques.
Les microorganismes transforme aussi les produits miniers.
Aliments :
Conservation des aliments par chaleur, froid, radiation, conservateurs chimiques.
Aliments fermentées ; bière, fromage..etc
Les additifs alimentaires; sodium, glutamate, acide citrique, levure.
**Maladies **
Identification de nouvelles maladies.
Traitement, soin et prévention.
Biotechnologie
Organismes génétiquement modifiés
Production pharmaceutique (insuline et autres protéines humaines)
Thérapie génique pour certaines maladies
Quels sont les impacts positifs des microorganismes chez l’homme?
Microbiote
Source de nourriture
Antibiotiques et autres molécules
Biotechnologie
Quels sont les impacts positifs des microorganismes dans la nature?
Décomposition (recyclage)
Balance écologique
Biodégradation
Bioremédiation
Quels sont les impacts négatifs chez l’homme et dans la nature?
Infection
Détérioration des aliments
Corrosion
Mauvaise odeur
Quels sont les types de microorganismes?
Algues
Protozoaires
Mycètes
Bactéries
Virus
Prion
Quel est la définition simple de la cellule?
Le plus petit dénominateur commun de la matière vivante.
Quelss ont les propriétés des cellules?
Métabolisme: Les nutriments prélevés dans l’environnement sont transformés dans la cellule et les déchets sont éliminés dans l’environnement. La cellule est un système ouvert.
Reproduction: Les éléments chimiques de l’environnement se transforment en de nouvelles cellules sous la conduite de cellules préexistantes.
Différentiation: La formation d’une nouvelle structure cellulaire.
Communication: Les cellules communiquent ou interagissent par des échanges de molécules chimiques.
Mouvement: Les cellules possèdent diverses formes de motilité (déplacement de cellules et/ou mouvements internes).
Évolution: Les cellules contiennent des gènes et évoluent, présentant de nouvelles propriétés biologiques.
Quels sont les classifications des organismes vivants en ordre d’apparition?
A- Carl von Linné (1735): 2 règnes:
1) Plantes (immobiles et photosynthétiques)
2) Animaux (mobiles et non photosynthétiques)
B- Haeckel (1866): 3 règnes
1) Plantes (Plantes à graines, fougères, …)
2) Animaux (Vertébrés et invertébrés)
3) Protistes (Algues, champignons, bactéries, protozoaires)
C- Whittaker (1969) 5 règnes :
1) Monères (Bactéries)
2) Protistes (Algues, protozoaires)
3) Mycètes (Champignons, levures)
4) Plantes
5) Animaux
D- Vue moderne: Classification basée sur des caractères moléculaires (Woese, 1990)
Ancêtre commun : progénote
Tous les organismes vivants pourraient être classés en trois grands règnes différents :
eubactéries (Bacteria)
archéobactéries (Archaea),
et eucaryotes (Eucarya)
en gros : aujourd’hui on classe :
-Les bactéries
-Les archées
-Les eucaryotes
Quels sont les difficultés de classifications de la première classification (Carl von Linné)?
Difficultés de classification à la suite de la découverte du monde microscopique:
Les algues (photosynthétiques) et les champignons (non-photosynthétiques) sont classés parmi les plantes car les deux sont immobiles
L’euglène possède des flagelles et utilise la photosynthèse. Donc, classé comme ANIMAL par les zoologistes et PLANTE par les botanistes
Les bactéries furent au départ considérées comme des plantes car elles possèdent une paroi cellulaire rigide.
rappel : 2 règnes:
1) Plantes (immobiles et photosynthétiques)
2) Animaux (mobiles et non-photosynthétiques)
Sur quoi est fondé la deuxième classification des organismes vivants (Haeckel)?
Fondé sur l’organisation biologique: unicellulaire, pluricellulaire, différentiation tissulaire,…
rappel :
3 règnes
1) Plantes (Plantes à graines, fougères, …)
2) Animaux (Vertébrés et invertébrés)
3) Protistes (Algues, champignons, bactéries, protozoaires)
Sur quoi est fondé la classification moderne (Whittaker)?
Fondé sur :
- Le type de cellule: procaryote ou eucaryote
- L’organisation biologique: unicellulaire, solitaire et en colonie ou pluricellulaire
- Le type de nutrition: autotrophe (source de carbone = principalement CO2)
hétérotrophe (source de carbone = principalement des molécules organiques réduites)
Où classe-t-on les virus? (whittaker)
Matériel génétique (ADN ou ARN) entouré d’un manteau protéique (capside)
Parasites intracellulaires obligatoires et ne sont pas considérés comme des cellules
Ils sont donc non vivants, mais quand même considérés comme des microorganismes
La classification de Whittaker en 1969, qui comprenait cinq règnes (Monères, Protistes, Mycètes, Plantes, Animaux), ne mentionne pas explicitement les virus. Les virus ne sont pas inclus dans cette classification car ils ne sont pas considérés comme des organismes vivants au sens traditionnel.
Quel est le type cellulaire, le niveau d’organisation, la nutrition et les représentants des monères?
Pour le règne des MONÈRES
Type cellulaire : Procaryote
Niveau d’organisation :Unicellulaire
Nutrition : Autotrophe ou hétérotrophe
Représentants :
Archéobactéries
Cyanobactéries
Eubactéries
Quel est le type cellulaire, le niveau d’organisation, la nutrition et les représentants des protistes?
Type cellulaire : Eucaryote
Niveau d’organisation : Unicellulaire (quelques pluricellulaires)
Nutrition : Autotrophe ou hétérotrophe
Représentants :
Algues
Protozoaires
Myxomycètes
Quel est le type cellulaire, le niveau d’organisation, la nutrition et les représentants des mycètes?
Type cellulaire : Eucaryote
Niveau d’organisation : Pluricellulaire
(quelques unicellulaires)
Nutrition : Hétérotrophe
Représentants :
Zygomycètes
Ascomycètes
Basidiomycètes
Levures
Lichens etc
Quel est le type cellulaire, le niveau d’organisation, la nutrition et les représentants des plantes?
Type cellulaire : Eucaryote
Niveau d’organisation : Pluricellulaires
Nutrition : Autotrophe
Représentants :
Invasculaires
Vasculaires
Quel est le type cellulaire, le niveau d’organisation, la nutrition et les représentants des animaux?
Type cellulaire : Eucaryote
Niveau d’organisation : Pluricellulaires
Nutrition : Hétérotrophe
Représentants :
Invertébrés
Vertébrés
Que suggère la classification de vue moderne ?
D- Vue moderne: Classification basée sur des caractères moléculaires (Woese, 1990)
Cette nouvelle classification suggère de nouvelles relations phylogénétiques:
- Tous les organismes vivants seraient issus d’un ancêtre commun auquel on a donné le nom de PROGÉNOTE
- Tous les organismes vivants pourraient être classés en trois grands règnes différents :
eubactéries (Bacteria)
archéobactéries (Archaea),
et eucaryotes (Eucarya) - Les mitochondries et les chloroplastes proviendraient, par endosymbiose,
de bactéries aérobies et photosynthétiques, respectivement - Les Archaea seraient phylogénétiquement plus proches des Eukarya que des Bacteria
Quels seraient les 3 domaines primaires pour la classification au niveau moléculaire?
Bacteria, Archéa et Eucaryotes
eubactéries (Bacteria)
archéobactéries (Archaea),
et eucaryotes (Eucarya)
Quels sont les organismes des bactéries, des Archéa et des Eucaryotes?
Bactéries :
Cyanobactéries,
Gram + et Gram -
Streptocoques, Staphylocoques etc.
Archéa :
Méthanogènes
Halophiles
Hyperthermophiles
Eucayotes :
Protistes
Mycètes
Plantes et Animaux
Parmi les bactéries, archéa et les eucarya, lesquels sont eucaryotes et procaryotes?
Les eucaryotes : Eucarya, which means eucaryotes in itself
Procaryotes :
Bacteries et archéa
Quels sont les dimensions des des bactéries, des Archéa et des Eucaryotes?
Bactéries :
1 à 10 μm de longueur
(en moyenne)
Archéa :
1 à 10 μm de longueur
(en moyenne)
Eucayotes :
10 à 100 μm de longueur
(en moyenne)
Quels sont les parois cellulaires des des bactéries, des Archéa et des Eucaryotes?
Bactéries : Peptidoglycane
Archéa :Pseudopeptidoglycane
Eucayotes :Polysaccharides (plantes)
Chitine (mycètes)
Quels sont les membranes cellulaires des des bactéries, des Archéa et des Eucaryotes?
Bactéries :
Chaînes d’acides gras linéaires liées au glycérol par des liaisons ester
Archéa :
Chaînes d’acides gras ramifiées liées au glycérol par des liaisons éther
Eucayotes :
Chaînes d’acides gras linéaires liées au glycérol par des liaisons ester
Quels sont les organelles des des bactéries, des Archéa et des Eucaryotes?
Bactéries :
Peu d’organelles
Pas de noyau
Inclusions, ribosomes,
Flagelles, Pili
Archéa :
Peu d’organelles
Pas de noyau
Inclusions, ribosomes, Flagelles
Eucayotes :
Noyau, mitochondries, chloroplastes, Réticulum endoplasmique, Golgi, lysosomes, peroxysomes
Quel est l’ADN des des bactéries, des Archéa et des Eucaryotes?
Bactéries :
Bicaténaire.
Circulaire et dans le nucléoïde.
Superhélices.
Associé à des protéines un peu semblables aux histones des Eucarya.
Pas d’introns.
Généralement 1 seul chromosome.
Plasmides, Génome petit
Archéa :
Bicaténaire.
Circulaire et dans le nucléoïde.
Superhélices.
Associé à des protéines similaires aux histones des Eucarya.
Présence d’introns.
Généralement 1 seul chromosome.
Plasmides, Génome petit
Eucayotes :
Très long, linéaire avec beaucoup de régions codant pour aucune protéine ou aucun ARN (Introns).
Associé aux histones. Limité par l’enveloppe nucléaire.
Organisé en chromosomes.
Génome important
Comment se sépare la structure hiérarchique en taxonomie?
Domaine (le plus général) ex. bacteria
Phylum
Classe
Ordre
Famille
Genre
Espèce
Comment s’est déroulé la découverte des microorganismes?
Hypothèse : les maladies sont provoquées par des êtres vivants invisibles ( Fracastoro, 15e siècle)
Hooke, Robert (1635-1703)
-Décrit des moisissure (1665), mot cellule (1667)
Van Leeuwenhoek, Anton (1632-1723)
-Premier à décrire des bactéries (1676) ‘animalcules’.
Peu de progrès en microbiologie pendant les 200 années suivant la description des microorganismes.
Qui réfutent la théorie de génération spontanée, et quels sont leurs expériences?
- Lazzaro Spallanzani (1729-1799) attaque la théorie de la génération
spontanée en ce qui concerne les microorganismes
Son expérience basically ; un bouillon chauffé ébulition, ensuite refroidi, soit sans bouchon ; et attente, on voit croissance microbienne.
Un autre bouillon chauffé, mais le flacon est bouché avant refroidissement, attente ; absence de développement microbien ; ouverture du flacon et attente : croissance microbienne.
- Louis Pasteur (1822-1895) réfute
la théorie de la génération spontanée
en ce qui concerne les microorganismes
Expériences de Pasteur en utilisant les flacons à col de cygne; a) Stérilisation du flacon à col de cygne. b. Si le flacon à col de cygne est maintenu droit, il n’y a pas de croissance de micro-organismes. c) Si des micro-organismes sont emprisonnés dans le col du flacon et atteignent le liquide stérile, il y a croissance microbienne. en gros il y a une extrémité ouverte where l’air peut entrer, mais tant que le flacon est droit, ils resteront emprisonnés dans la courbure. si le flacon est incliné, le liquide stérile entre en contact avec les microorganismes et la pousssière.
Quel époque est l’âge d’or de la microbiologie et porque?
60 années de progrès (1857-1914)
-Découverte et identification de plusieurs microorganismes
-Fermentation/ Pasteurisation
-Caractérisation du métabolisme microbien
-Amélioration des techniques d’isolement
-Importance du rôle de l’immunité
-Développement de vaccin
-Techniques de prévention des infections
Théorie des germes :
Établir le lien microorganisme-maladie
-Postulats de Koch
Que développe Robert Koch (1843-1910)
-Méthodes de culture pure
-Démontre que les microorganismes peuvent causer des maladies
Que développe Hans Christian Gram (1884)?
-Coloration de Gram (classification des bactéries)
Que développe Joseph Lister (1827-1912)?
-Méthodes antiseptiques:
Se laver les mains
Stériliser les outils avant opérations
Que découvre Alexander Fleming (1881-1955)?
-Découverte de la pénicilline (accidentelle)
Quels sont les postulats de Koch?
- L’organisme suspecté pathogène doit être présent chez tous les animaux malades et absent chez les animaux sains.
- L’organisme suspecté pathogène doit être cultivé en culture pure.
- Les cellules issues d’une culture pure d’un organisme suspect doivent provoquer la maladie chez un animal sain.
- L’organisme doit pouvoir être isolé à nouveau et s’avérer identique à l’original.
Peux tu décrire l’expérience de Koch?
On a un animal malade, et un animal sain.
Quand on observe le sang et le tissu au microscope, on voit des globules rouges et l’agent pathogène suspecté pour l’animal malade et seulement des globules rouges pour l’animal sain.
Quand on fait l’ensemencement de boîtes de Petri par un échantillon issu de l’animal sain ou de l’animal malade, on voit des colonies du pathogène suspecté sur le petri, et pas d’organisme présent pour le petri de l’animal sain.
Quand on fait l’inoculation du pathogène suspecté à un animal sain, l’animal est malade.
En faisant l’observation au microscope d’un échantillon de tissu ou de sang de l’animal malade après infection, on voit l’argent pathogène suspecté sur le petri. On fait la culture du petri en laboratoire, et la culture pure doit être identique à celle de départ.
Qui sont les trois hommes de la vaccination et qu’ont-ils fait?
Jenner, Edward (1749-1823)
-1796 introduit le vaccin contre la variole
-Innocule avec des vésicules (pus) de la vaccine
-Immunisation
-Vacca (vache)
Pasteur, Louis (1822-1895)
-Explique le principe d’action de la vaccination
-1881: Vaccine un troupeau de mouton contre le charbon (anthrax)
-1885: Iere vaccination humaine : la rage
Von Behring, Emil (1854-1917)
-1890: Fabrique un sérum antitoxine (diphtérie) (Nobel 1901)
Quels avancés de nos jours?
-Antibiotiques (1940-
-Biotechnologie (1978-
-Microbiome humain
Quels sont les caractéristiques des bactéries?
-Règne des monères
-Petites cellules (1-10mm)
-S’adaptent très facilement
-Paroi bactérienne
-Peu d’organelles
-Petit génome
-Colonisent toutes sortes d’environnements
-Dominent en nombre et par leur activité métabolique la biosphère
-Passent malgré tout inaperçues
-Grande majorité est cependant inoffensive
-Décomposent les organismes morts et recyclent ainsi les éléments chimiques vitaux
-Les eucaryotes ont besoin des procaryotes pour vivre mais le contraire n’est pas
nécessairement vrai
V/F. Les eucaryotes ont besoin des procaryotes pour vivre mais le contraire n’est pas
nécessairement vrai
Vrai
Qu’est-ce qui décrire la morphologie bactérienne?
-La taille
0,05 um à 500 um
-La forme
Sphérique ou ovale (coque)
Allongée (bâtonnet) (bacille)
Hélice ou spirale
Bactérie bourgeonnantes et appendiculés
Bactéries filamenteuses
-L’arrangement
Isolé, amas, paire, chaîne, grappe, tétrade… pleins d’autres
Quels caractéristiques pour les bactéries de formes sphériques ou ovoides (coques; du latin coccus/cocci)?
-Diplocoques (ex. : Neisseria)
-Longues chaînes (ex. : Streptococcus)
-Grappes de raisins (ex. : Staphylococcus)
-Tétrades carrées de 4 cellules (ex. : Micrococcus)
-Cubes de 8 cellules (ex. : Sarcina).
Quels caractéristiques pour les bactéries de formes bâtonnets (bacilles)?
-Certains très courts et très larges (Ex. :coccobacilles)
-Solitaires ou attachés ensemble après la division cellulaire (en paires, en chaînes).
-Incurvés comme une parenthèse (ex. : Vibrio)
Quels sont des bactéries appartenant à la classe des bactéries de formes hélice ou spirale?
-Spirilles (rigides)
-Spirochètes (flexibles)
Comment s’appelle une classe de bactérie filamenteuse?
Actinomycètes
V/F. Certaines bactéries contiennent des spores.
Vrai
V/F. La grande majorité des bactéries sont dangereuses.
Faux. La grande majorité des bactéries sont inoffensives et même essentiel pour homéostasie.
Comment se déroule la formation d’une colonie globalement?
On départ, on dépose seulement 2-3 bactéries, on pourrait croire que c’est juste une bactérie au départ, mais on ne peut jamais être sûr. Après incubation, il y en a plein.
C’est quoi l’agar?
-Agar; agent solidifiant; polymère de D-galactose (algue).
-Poudre ajoutée à un milieu liquide (1.5%)
-Solubilise à ébullition; solidifie à 42 degrés celsius.
-Non toxique; non métabolisable
-Koch et collaborateurs (culture pure)
-Petri, Julius Richard (1887)
C’est quoi les caractéristiques génétiques de l’espèce microbienne?
-Taille
-Forme
ex; punctiforme, circulaire, filamenteuse, irrégulière, rhizoide, fusiforme.
-Couleur (pigment)
-Relief/élévation
ex; plane, élevée, convexe, bombée, bossue
-Contour/bordure
ex; régulier, ondulé, lobé, dentelé, filamenteux, bouclé
-Texture
-Odeur
-Hémolyse (sur gélose sang)
Quels sont les différents types d’hémolyse sur gélose sang?
Hémolyse Bêta (complète); looks completely yellow; nécessite antibiotique; Infection pharyngienne.
Hémolyse Alpha (incomplète); looks verdatre; bactéries commensales qui font ça
Hémolyse Gamma (abscence); flore commencale
C’est quoi une culture pure?
Une culture composée d’une seule espèce de micro-organisme.
L’isolement se fait toujours sur glose et non en milieu liquide.
L’isolement d’une culture pure se fait toujours dans quel milieu?
Sur gélose et non en milieu liquide.
Quels sont les étapes de l’isolement d’une culture pure?
- Isolement par striation: À l’aide d’un manche de Koch stérile (fil de platine), les micro-organismes sont étalés progressivement par des mouvements de va-et-vient (stries) à la surface d’une gélose.
L’épuisement de l’inoculum (individus bactériens) lors de de ces striations produira normalement des colonies isolées dont chacune constituera une culture pure.
- Isolement par dilution en milieu liquide
Dilutions successives en milieu liquide afin d’obtenir une dilution de l’inoculum permettant la croissance de colonies isolées sur une gélose.
Sur une gélose, l’isolement se fait à partir de quel strie?
Croissance confluente à partir de la première strie
MAIS, colonie isolée à partir de la dernière strie.
