Οι πρωτεΐνες συνδέονται με άλλα μόρια (σελ. 170-171)

Question 1

Από τι εξαρτώνται οι βιολογικές ιδιότητες μιας πρωτεΐνης; Αναφέρετε παραδείγματα.

Answer 1

Φυσική Αλληλεπίδραση με άλλα μόρια
Παραδείγματα:
- Ab => Σύνδεση με ιούς & βακτήρια => Κινητοποίηση Αμυντικών Μηχανισμών
- Εξοκινάση => Σύνδεση με ATP & γλυκόζη => Κατάλυση Αντίδρασής τους
- Μόρια Ακτίνης => Σύνδεση μεταξύ τους => Σχηματίζουν Νημάτια Ακτίνης

Question 2

Όλες οι πρωτεΐνες συνδέονται με άλλα μόρια. Τι τύπο σύνδεσης κάνουν;

Answer 2

• Πολύ ισχυρή
  ή
• Ασθενή & Βραχύβια

Question 3

Πως αποδίδεται η συγγένεια ενός ενζύμου με το υπόστρωμά του;

Answer 3

K(M)
Όταν η K(M) μειώνεται => η σύνδεση αυξάνεται

Question 4

Τι εμφανίζει η σύνδεση ανεξάρτητα από την ισχύ της; Τι σημαίνει αυτό;

Answer 4

• ΠΑΝΤΟΤΕ αυξημένη εξειδίκευση (specifity)
• Κάθε πρωτεϊνικό μόριο μπορεί να συνδεθεί με 1 ή λίγα από τα χιλιάδες διαφορετικά μόρια

Question 5

Τι ορίζεται ως συνδέτης/ προσδέτης (Ligand);

Answer 5

Ουσία που συνδέεται με την πρωτεΐνη και μπορεί να είναι:
- ιόν
- μικρό μόριο
- μακρομόριο
για την συγκεκριμένη πρωτεΐνη

Question 6

Πως συνδέεται μια πρωτεΐνη με έναν συνδέτη; Που οφείλεται αυτό;

Answer 6

• Εκλεκτικά
• Αυξημένη συγγένεια

Οφείλεται:
- Σχηματισμό ενός συνόλου ασθενών, μη ομοιοπολικών αλληλεπιδράσεων
- Ευνοϊκών Υδρόφοβων Δυνάμεων

Question 7

Οι μη ομοιοπολικές αλληλεπιδράσεις μόνες τους είναι ασθενείς. Ποια είναι η προϋπόθεση για μια αποτελεσματική αλληλεπίδραση; Πως επιτυγχάνεται αυτό;

Answer 7

• Σχηματίζονται Ταυτόχρονα Πολλοί ασθενείς δεσμοί
• Επιφανειακό περίγραμμα συνδέτη που ταιριάζει πολύ καλά στην πρωτεΐνη

Question 8

Τι συμβαίνει όταν οι επιφάνειες 2 μορίων δεν ταιριάζουν καλά; Τι αποτρέπει αυτό;

Answer 8

• Σχηματίζονται Λίγοι - Μη ομοιοπολικοί δεσμοί => Τα μόρια γρήγορα απομακρύνονται
• Δημιουργία εσφαλμένων και ανεπιθύμητων αλληλεπιδράσεων μεταξύ κακοταιριασμέων μορίων

Question 9

Τι συμβαίνει όταν σχηματίζονται πολλοί μη ομοιοπολικοί δεσμοί; Πότε συμβαίνει αυτό; Παραδείγματα.

Answer 9

Αλληλεπίδραση μπορεί να διαρκέσει πολύ καιρό

Συμβαίνει:
- στα κύτταρα
- Στόχο => να εκδηλωθεί μια βιολογική λειτουργία => προϋποθέτει ισχυρή σύνδεση διαφόρων μορίων και αυξημένο χρόνο

Παράδειγμα:
Ομάδα μακρομορίων συναρμολογεί ενδοκυττάρια δομή (ριβοσώματα)

Question 10

Τι ορίζεται ως θέση σύνδεσης (binding site);

Answer 10

Η περιοχή της πρωτεΐνης που αλληλεπιδρά με τον συνδέτη

Question 11

Από τι αποτελείται μια θέση σύνδεσης;

Answer 11

Κοιλότητα στην επιφάνεια της πρωτεΐνης που σχηματίζεται από μια συγκεκριμένη διάταξη R αμινοξέων => Ανήκουν σε περιοχές π.α. που απέχουν μεταξύ τους => Έχουν πλησιάσει πολύ κοντά λόγω πτύχωσης πρωτεΐνης

Question 12

Τι παρέχουν άλλες περιοχές της επιφάνειας και με ποια βιολογική λειτουργία;

Answer 12

• Θέσεις Σύνδεσης για Διαφορετικούς συνδέτες
• Ρυθμίζουν την Δραστικότητα της πρωτεΐνης

Question 13

Που είναι χρήσιμα άλλα μέρη της πρωτεΐνης; Αναφέρετε παραδείγματα.

Answer 13

• Τοπολογία της πρωτεΐνης μέσα στο κύτταρο
• Υδρόφοβη α-έλικα διαμεμβρανικής πρωτεΐνης => επιτρέπει να εισχωρήσει στην διπλοστιβάδα λιπιδίων κυτταρικής μεμβράνης

Question 14

Τι γίνεται με τα άτομα που είναι κρυμμένα στο εσωτερικό της πρωτεΐνης; Τι παρέχουν;

Answer 14

• ΔΕΝ έρχονται σε άμεση επαφή με τον συνδέτη
• Υπόβαθρο προσδίδει στην επιφάνεια πρωτεΐνης => περίγραμμα & χημικές ιδιότητες

Question 15

Πως αλλάζει το 3D-σχήμα μιας πρωτεΐνης; Τι αποτέλεσμα έχει αυτό;

Answer 15

• Μικροσκοπικές Μεταβολές => Αμινοξέα στο εσωτερικό του μορίου
• Αποτέλεσμα: Καταστροφή Λειτουργίας πρωτεΐνης

Question 16

Τι δημιουργεί η πτύχωση της π.α.;

Answer 16

• Κοιλότητα
• Σχισμή
  στην επιφάνεια της πρωτεΐνης

Question 17

Τι περιέχει η σχισμή που σχηματίζεται στην επιφάνεια της πρωτεΐνης;

Answer 17

Ορισμένες R αμινοξέων => Τέτοια διάταξη που σχηματίζουν μη ομοιοπολικούς δεσμούς με συγκεκριμένους συνδέτες

Question 18

Τι περιέχει η σχισμή που σχηματίζεται στην επιφάνεια της πρωτεΐνης;