מבנה שניוני (ביוכימיה א)

Question 1

ע”י אלו קשרים מיוצב המבנה השניוני?

Answer 1

קשרי מימן בין קבוצות השלד הפוספוסוכרי

Question 2

היכן נוצרת זווית פי?

Answer 2

בין החנקן האמיני לפחמן אלפא בקשר הפפטידי

Question 3

היכן נוצרת זווית פסאיי?

Answer 3

בין פחמן אלפא לפחמן הקרבוקסילי בקשר הפפטידי

Question 4

היכן נוצרת זווית אומגה?

Answer 4

בין שנים פחמני אלפא סמוכים (כלומר, נוצרת מהקשר הפפטידי כולו)

Question 5

מהי דיאגרמת רמצ’מדראן?

Answer 5

דיאגרמה הסוקרצת את הערכים האפשריים של זוויות פי ופסאיי ומציעה מבנים שניוניים שונים לערכים המתקבלים.

Question 6

מהו מבנה שניוני רגיל?

Answer 6

מבנה שניוני בו זוויות פי ופסאיי אינן משתנות לאורך הסגמנט בשרשרת הפוליפפטידית

Question 7

מהו מבנה שניוני שאינו רגיל?

Answer 7

מבנה שניוני בו זוויות פי ופסאיי משתנות לאורך הסגמנט בשרשרת הפוליפפטידית

Question 8

random coiling

הוא-

Answer 8

מבנה שניוני בלתי רגיל

Question 9

בין מי למי נוצר קשר המימן בסליל אלפא?

Answer 9

בין קבוצת הקרבוקסיל של חומצה אמינית
X
לבין האמין של חומצה אמינית
X+4

Question 10

כמה ח”א מרכיבות סיבוב בסליל אלפא?

Answer 10

3.6

Question 11

מה זווית הפיתול של סליל אלפא?

Answer 11

100

מעלות

Question 12

מה הגובה של סיבוב בסליל אלפא?

Answer 12

5.4

אנגסטרם

Question 13

איזו חומצה אמינית תמצא בסבירות הגבוהה ביותר בסליל אלפא?

Answer 13

אלנין

Question 14

אלו ח”א נמצא בסבירות נמוכה בסליל אלפא?

Answer 14

גליצין (גמישה) ופרולין (קשיחה, אמין שניוני).

Question 15

בסדין בטא אנטיפרללי קשרי המימן-

Answer 15

מיושרים בקו של קרוב ל180 מעלות

Question 16

אורך סגמנט בסדין בטא אנטיפרללי-

Answer 16

7

אנגסטרם

Question 17

קשרי המימן בסדין בטא פרללי-

Answer 17

מעוותים ואינם ישרים

Question 18

אורך כל סגמנט בסדים בטא פרללי-

Answer 18

6.5

אנגסטרם

Question 19

איזו תצורה של סדין בטא יציבה יותר?

Answer 19

אנטיפרללי

Question 20

כמה ח”א מכיל סיבוב בטא?

Answer 20

4

Question 21

בין מי למי נוצר קשר המימן בסיבוב בטא?

Answer 21

בין הקרבוניל של ח”א ראשונה לבין האמין של הח”א הרביעית

Question 22

מה הסיכוי של פרולין להימצא במצב ציס?

Answer 22

6%

Question 23

מהו סיבוב בטא

type 1?

Answer 23

סיבוב בטא בו הח”א השנייה שלו היא פרולין

Question 24

מהו סיבוב בטא

type 2?

Answer 24

סיבוב בטא בו הח”א השלישית שלו היא גליצין

Question 25

מהו סיבוב גמא?

Answer 25

סיבוב פחות נפוץ המכיל 3 ח”א, כאשר קשר המימן נוצר בין הח”א הראשונה לשלישית

Question 26

מה מאפיין חלבונים סיביים ככלל?

5

Answer 26

1. מבנה לינארי ארוך
2. מבנה שניוני חוזרני
3. בד”כ מבנה שלישוני פשוט/מינימאלי
4. חוסר מסיסות במים
5. בד”כ תפקיד הגנתי/ מכני

Question 27

אלפא קרטין הוא חלבון-

Answer 27

סיבי

Question 28

מהי היחידה החוזרנית במבנה השניוני של אלפא קרטין?

Answer 28

אלפא הליקס ימני

Question 29

כיצד קרוי המבנה הרביעוני של קרטין?

Answer 29

coiled coil

גם במיוזין

Question 30

כיצד מאורגן קרטין למבנה רביעוני?

4

Answer 30

• סליל אלפא ימני
• שני סלילי אלפא מסתלסלים בצורה מקבילה בסיבוב שמאלי
• שני דימרים מתלפפים בצורה אנטי-מקבילה וכן הלאה.
• קשרים דיסולפידים מייצבים את ה
  coiled coil

Question 31

כיצד מבצעים החלקה קבועה?

Answer 31

חומר מחזר (שבירת דיסולפידים) - חימום ומתיחה (שבירת מימן) - חומר מחמצן (יצירת דיסולפידים חדשים)

Question 32

מהו החלבון הנפוץ באדם?

Answer 32

קולגן

Question 33

מה היחידה הבסיסית המרכיבה את קולגן?

Answer 33

אלפא קולגן

Question 34

מה המבנה של אלפא קולגן?

Answer 34

מבנה הליקאלי המכיל 3 ח”א, בעלות זווית פיתול של 120 מעלות, וכיוון סליל שמאלי

Question 35

כיצד מורכב המבנה הרביעוני של קולגן (סופר הליקס)?

Answer 35

שלוש שרשראות אלפא קולגן מתלפפות אחת על השנייה בסיבוב ימני

Question 36

מהן ח”א הנפוצות בקולגן?

Answer 36

גליצין ופרולין

אלנין והידרוקסיפרולין

Question 37

מה דרוש לשם יצירת הידרוקסיפרולין?

Answer 37

ויטמין

C

Question 38

בין מי למי נוצרים קשרי צילוב בקולגן?

Answer 38

בין ליזין להידרוקסיליזין

Question 39

מהו הטריפפטיד החוזרני בקולגן?

Answer 39

GXY

גליצין- נטייה לפרולין- נטייה להידרוקסיפרולין

Question 40

ממה נגרמת מחלת יורדי הים (צפדינה, סקורבי)?

Answer 40

מחסור בחומצה אסקורביט ובהתאם פגיעה בקולגן.

Question 41

סימפטומים של צפדינה-

5

Answer 41

• דימום מהחניכיים
• כאבי עצמות
• קושי בריפוי פצעים
• עייפות
• לבסוף מוות מאי-ספיקת לב

Question 42

מי האנזים האחראי על הידרוקסילציה של פרולין?

Answer 42

4 prolyl hydroxylase

Question 43

למה משמשת חומצה אסקורבית בראקצית ההידרוקסילציה?

Answer 43

חיזור הברזל של קבוצת ה
heme
של האנזים המבצע את הראקציה

Question 44

כיצד בנוי האנזים

4 prolyl hydroxylase?

Answer 44

שתי יחדות אלפא ושתי יחידות בטא (טטרהמר), ברזל דו ערכי בתת יחידה אלפא האחראי על הקטליזה וקבוצת
heme

Question 45

איך קוראים לחלבון שמרכיב את המשי?

Answer 45

fibroin

Question 46

באלו ח”א עשים

fibroin?

Answer 46

אלנין וגליצין

Question 47

מה המבנה השניוני הנפוץ במשי?

Answer 47

סדין בטא אנטיפרללי