Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > Week 3 > Flashcards

Week 3 Flashcards

1
Q

Welke mutaties zijn waarneembaar met de microscoop en welke mutaties zijn niet waarneembaar met een microscoop?

A
  • Waarneembaar: Chromosoom-afwijkingen
  • Niet waarneembaar: punt-mutaties, deleties, inserties etc.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Waar ligt normaal gesproken de genen BCR en ABL?

A
  • BCR op chromosoom 22
  • ABL op chromossom 9
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Leg de 9;22 translocatie uit

A

Gen op chromosoom 9 en gen op chromosoom 22 kunnen muteren en zullen dan transloceren. Daardoor ontstaat er een fusiegen van deze twee chromosomen bij elkaar. Het philedelphia gen. Dit BCR-ABL gen leidt tot een BCR-ABL mRNA en dat leidt tot een p210 BCR-ABL fusie-eiwit.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat doet het fusie-eiwit BCR-ABL?

A

Het is een enzym dat andere eiwitten fosforyleert en die targeteiwitten verhuizen naar de kern en zorgen dat er versnelde celdeling plaatsvindt in de aangedane cel.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat is er aan de hand bij patiënten met imatinib resistentie?

A

Pocket op BCR-ABL eiwit is veranderd van vorm waardoor imatinib niet meer inhibeert en ATP nog steeds past. Leukemie komt terug.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat is de behandeling van CML?

A
  1. Imatinib
  2. Dasatinib, Nilotinib
  3. Stamceltransplantatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hoe gaat een CML over in een AML?

A

Naast de eerste BCR-ABL mutatie nog een tweede of zelfs derde/vierde/vijfde mutatie waardoor er een acuut beeld ontstaat.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Leg de celcycli tijdens replicatie uit

A
  • G1: celgroei
  • S: verdubbeling van het DNA
  • G2: klaarmaken voor mitose
  • M: uitverdeling van de chromosomen over de dochtercellen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Mitose in alle stappen:

A
  • Profase: celkern nog intact en chromosomen langzaam zichtbaar
  • Prometafase: chromosomen goed zichtbaar, kernenvelop gaat verloren
  • Metafase: Chromosomen in midden van cellen gebracht
  • Anafase: Chromosomen naar zijkant van cellen verdeeld
  • Telofase: Chromosomen worden weer minder zichtbaar en nieuwe kernenveloppen worden gevormd
  • Cytokinese: cytoplasma wordt verdeeld over de twee cellen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Hoe worden de chromosomen uit elkaar getrokken in de anafase?

A

Door centrosomen, deze centrosomen worden ook verdubbeld in de S fase, in de mitose gaan deze uit elkaar. Spoeldraden (microtubuli) komen uit het centrosoom en worden aan het chromosoom vastgemaakt. Als alles vastzit begint de anafase.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat gebeurt er met een dicentrisch chromosoom?

A

Centrosomen hechten aan 2 verschillende plekken aan dus chromosoom wordt als het ware uit elkaar getrokken

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Op welke manieren ontstaan numerieke afwijkingen?

A
  • Chromosoomverlies
  • Chromosoomduplicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Hoe ontstaan structurele afwijkingen van een chromosoom?

A
  • Deleties
  • Translocaties
  • Dicentrische chromosomen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hoe ontstaan precies numerieke afwijkingen?

A

Anafase checkpoint klopt niet helemaal, dus dan kan chromosoom niet uit elkaar getrokken worden maar worden beide chromosomen naar dezelfde kant getrokken en zo krijg je dus trisomie en dergelijke afwijkingen

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hoe ontdek je numerieke afwijkingen?

A
  1. In het karyogram
  2. Analyse van (CA)n repeats
  3. Bij Next Generation Sequencing: verlies van Single Nucleotide Polymorphisms
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Hoe ontstaat een deletie?

A
  • Eerst een dubbelstrengs breuk in het DNA
  • Dan mitose
  • Het stukje chromosoom zonder centromeer wordt niet goed uitverdeeld naar 1 kant
  • Er ontstaat een cel die een (stuk) chromosoomarm mist, er wordt een micronucleus gevormd, die zijn erg instabiel.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

Wat is chromothripsis?

A
  • Chromosomen kunnen in kleine stukjes breken en weer aan elkaar gezet worden: chromothripsis
  • Dit kan gebeuren met 1 chromosoom of met meerdere
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
18
Q

Hoe ontstaat amplificatie van een chromosoom?

A
  • Replicatie ontstaat vanuit een origin of replication
  • Als er meerdere origins zijn dan zal dat meerdere keren gebeuren
  • Dit kan je zien als homogeen kleurende gebieden of “dubbel minute”chromosomen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
19
Q

Hoe kunnen oncogenen geactiveerd worden?

A
  • Translocatie
  • Verdubbeling van chromosoom
  • Genamplificatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
20
Q

Hoe kunnen tumor suppressor genen geïnactiveerd worden?

A
  • Deletie
  • Verlies van chromosoom
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
21
Q

Wat is het nut van de T-loop?

A

Daar gaat de telomeer in zitten, zo wordt het niet onterecht als uiteinde of breuk van het DNA herkent en verder wordt het beschermd tegen afbraak.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
22
Q

Hoe wordt beenmerg of bloed gekweekt?

A
  • 1-2 dagen kweken door groeifactoren toe te voegen
  • Mitose blokker toevoegen (colcemid) waardoor er midden tijdens de deling gestopt wordt.
  • Hypotone vloeistof toevoegen waardoor het materiaal goed kan spreiden op het glaasje voor onder de microscoop
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
23
Q

Wat is een inversie?

A

Gedeeltelijke 180 graden flip van een gedeelte van een chromosoom:
* Paracentrisch: binnen een chromosoom arm
* Pericentrisch: rond de centromeer

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
24
Q

Hoe werkt Fluorescence In Situ Hybridization (FISH)

A

Selectief, je kiest target en daarop plaats je een probe. Probe is flurescerend gelabeld, DNA en probe bij elkaar brengen en denatureren (enkelstrengs), enkelstrengs DNA kan met enkelstrengs probe hechten en zo kan het signaal binnen het DNA met een fluorescentie microscoop zichtbaar worden.

25
Q

Welke 2 vormen van FISH zijn er?

A
  • Metafase: FISH op gekweekte delende cellen
  • Interfase: FISH op kernen van niet/slecht delende cellen
26
Q

Hoe werken FISH break-apart probes?

A

Normaal 2 groene 2 roden en dan als er translocatie is dan groen en rood samen dus geel. Nu zoiezo al geel en als het dan breekt groen en rood.

27
Q

Hoe worden plasmacellen gezuiverd zodat ze FISH erop kunnen gebruiken?

A
  • Rode bloedcellen verwijderen met rode bloedcel lysis
  • Zuivering met anti-CD138 kit
28
Q

Hoe werkt SNP?

A

Single Nucleotide Polymorphism, dus een plek in DNA waar 2 soorten basen kunnen zijn zonder dat er verschil optreedt. Hiervoor kan je dan bijvoorbeeld AA, GG, AG hebben. Dat wordt in de array AA, AB en BB genoemd. Wordt gekeken hoeveel van de allelen het B allel zijn.

29
Q

Bij FISH kan je alleen targetted/ongebalanceerd zien en bij SNP kan je alleen targetted/ongebalanceerd zien.

A

FISH targetted
SNP ongebalanceerd

30
Q

Welke genen zijn verantwoordelijk voor de celdeling?

A
  • Cyclines
  • Cycline afhankelijke kinases (CDKs)
  • Cycline afhankelijke kinase remmers (CKIs)
31
Q

Wat is het nut van:
* Cycline D
* Cycline E
* Cycline A
* Cycline B

A
  • Activatie van celcyclus in G1
  • Overgang naar, en voortgang van S-fase
  • Progressie door S-fase
  • Overgang naar M-fase
32
Q

Wat doen CDKs?

A
  • Continu aanwezig (itt cyclines)
  • Alleen actif in complex met cyclines
  • Fosforyleren eiwitten nodig voor celcyclus progressie
33
Q

Wat doen CKIs?

A
  • Binden aan cyclines/CDK complexen
  • Remmen kinase activiteit
  • Voornamelijk in G1-fase of na signalen van buitencel of na DNA schade
34
Q

Welke eiwitten zijn belangrijk bij de volgende checkpoints?:
* Restrictie-punt
* G1/S
* Intra S
* Anafase

A
  • RB
  • p53
  • ATM
  • BUB1
35
Q

Leg uit hoe het eiwit EGF tot celdeling kan leiden

A

EGF -> RAS -> niveau van cycline D gaat omhoog -> Cycline D / CDK4 wordt actief -> celdeling

36
Q

Leg uit hoe E2F tot celdeling kan leiden

A

Normaal is E2F in binding met pRB, door cycline D / CDK4 wordt RB gehyperfosforyleert waardoor E2F vrijkomt, E2F stimuleert Cycline E wat de overgang naar de S fase regelt en komt p16 op gang wat een CKI is en cycline D / CDK4 remt (schakelaar)

37
Q

Welke celdeling checkpoints zijn er?

A
  • Restrictie-punt
  • G1/S
  • intra S
  • G2/M
  • Anafase
38
Q

Hoe kijkt het G1/S checkpoint of er geen schade is in het DNA van de cel die moet gaan delen?

A

Als er DNA schade is in de cel dan zal p53 eiwit stijgen, p21 gen (CKI) komt tot expressie -> cycline E / CDK2 wordt geremd, reparatietijd. Daarna kan de cel weer verder gaan.

39
Q

Wat is een voorbeeld van een defect in het intra S checkpoint?

A

Ataxia telangiectasia (AT) defect gen is ATM.
* Overgevoelig voor Röntgen straling
* Kankerpredispositie
* Progressieve ataxia
* Autosomaal recessieve overerving

40
Q

Hoe zorgt ATM voor het voorkomen van DNA schade? (vooral tegen ioniserende straling?

A

ATM kinase stijgt bij ioniserende straling, activeert CHK2 -> remt cycline A / CDK2 waardoor DNA synthese geremd wordt en er tijd is voor homologe recombinatie (reparatie dus).
Bij defect hierin: RDS fenotype

41
Q

Wat is het nut van Rad50?

A

Rad50 houdt twee gebroeken gedeelten van DNA aan elkaar vast (dit doet het samen met NBS1)

42
Q

Hoe leiden Rad50 en NBS1 tot DNA schade reparatie?

A

Rad50 en NBS1 activeren ATM kinase wat CHK2 activeert -> remt Cycline A / CDK2 waardoor de DNA synthese wordt geremd en er tijd is voor reparatie

43
Q

Defecten in welke eiwitten kan leiden tot aneuploidie?

A

MAD1 en BUB1

44
Q

Wlke genen zijn essentiële klokgenen?

A

Cry1 en Cry2

45
Q

Wat zijn lange termijn effecten van circadiane verstoring?

A

Wellicht vergroting op risico op kanker, alleen een causaal verband ontbreekt nog een beetje. Soort van tumor kan ook verergeren

46
Q

Wat is chronofarmacokinetiek?

A

Farmacokinetiek hangt af van circadiane klok op elke factor van de verspreiding van het geneesmiddel over het lichaam. Zo kan je dus een geneesmiddel op het optimale tijdstip toedienen voor optimale werkzaamheid

47
Q

Wat betekent chronotoxiciteit?

A

Toxisch effect is afhankelijk van het tijdstip van blootstelling

48
Q

Wat is de checklist voor potentieel chronotherapeutische geneesmiddelen?

A
  1. Vertonen de symptomen van een ziekte significante circadiane variatie?
  2. Is de farmacokinetiek van het geneesmiddel afhankelijk van het tijdstip van toediening?
  3. Vertoont het target orgaan circadiane variatie in de gevoeligheid voor het geneesmiddel (effectiviteit, toxiciteit)
49
Q

Wat betekent exoom?

A

De informatie in het genoom die tot expressie komt en waaruit eiwit gemaakt kan worden

50
Q

Wat zijn de verschillende toepassingen van de humane genoomsequentie?

A
  • Identificeren en kloneren van ziektegenen, inclusief genen die betrokken zijn bij het ontstaan van kanker
  • Identificeren van nieuwe genen die nauw verwant zijn aan bekende drug targets, biedt mogelijkheden om nieuwe farmacologische stoffen te ontwikkelen en oude te verbeteren
  • Het vinden van mutaties die overgevoeligheid voor medicijnen veroorzaken
51
Q

Wat is het nut van trypsine binnen de proteomics?

A

Knipt de peptidebindingen van eiwitten op specifieke plaatsen: Arginine (R) en Lysine (K)

52
Q

Wat is het nut van fosfaatgroepen toevoegen aan de eiwitten voordat de massaspectrometrie uit wordt gevoerd?

A

Fosfaat maakt een eiwit actief, zo is het te onderzoeken of een eiwit gefosforyleerd wordt of niet en wat dan het verschil in concentratie is tussen de actieve en de passieve vorm.

53
Q

Wat is het nut van metabolomics?

A

Bepalen welke metabolieten er voorkomen bijvoorbeeld in het bloed. Kan handig zijn om te kijken of er een tumor aanwezig is vanwege andere metabolietenhuishouding.

54
Q

Waarom is mRNA niet altijd voorspellend voor de eiwitactiviteit?

A
  • Regulatie van translatie
  • Regulatie van eiwitstabiliteit (afbraak door proteases)
  • Regulatie van eiwitmodificaties (fosforylering etc.)
55
Q

Op welke verschillende manieren wordt de translatie gereguleerd?

A
  • Regulatie van miRNA transcriptie
  • Drosha knipt het tot pre-miRNA
  • Transport naar cytoplasma
  • Dicer knipt het tot miRNA
  • 1 streng wordt ingebouwd in het RISC complex
  • miRNA zorgt voor specificiteit, eiwitcomponenten zorgen voor repressie van translatie of mRNA afbraak
56
Q

Welke stoffen zorgen voor de differentiatie van voorlopercellen richting:
* Rode bloedcellen
* Witte bloedcellen
* Bloedplaatjes

A
  • EPO
  • G-CSF
  • TPO
57
Q

Hoe zorgt een mutatie binnen FLT3 ervoor dat een patiënt AML krijgt? (is in 30 procent van de gevallen gemuteerd)

A

Tandemmutatie op het intracelullaire gedeelte van de FLT3 receptor zorgt voor een constante activatie van de receptor waardoor deze celaanmaak stimuleert

58
Q

Wat is het verschil tussen Receptor Tyrosine Kinases en Non-RTK receptors?

A

Non-RTK hebben geen intrinsiek kinase domein, deze binden namelijk JAK

59
Q

Hoe leidt een CSF3R mutatie tot chronische neutrofiele leukemie?

A

Receptor wordt G-CSF onafhankelijk waardoor de JAKs aangestuurd blijven worden en er stimulering van de celaanmaak plaatsvindt. Zo ontstaat een CNL

2A1 (7 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions