Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > Week 2 > Flashcards

Week 2 Flashcards

1
Q

Welke soorten puntmutaties zijn er?

A
  • Transities (purine wordt purine pyrimidine wordt pyrimidine, dus A/G en C/T veranderingen.
  • Transversies (purine wordt pyrimidine en vice versa)
  • Kleine inserties/deleties
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

Welke soorten chromosomale afwijkingen zijn er?

A
  • Translocaties
  • Amplificaties
  • Deleties
  • Numerieke afwijkingen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

Wat zijn de verschillende oorzaken van DNA schade?

A
  • Chemische instabiliteit
  • Chemische verbindingen
  • Biologische stoffen
  • Fysische agentia
  • Foutieve replicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

Wat voor verschillende soorten DNA beschadiging zijn er?

A
  • Chemische adducten (stof die bindt aan nucleotiden)
  • Intrastreng crosslinks
  • Interstreng crosslinks
  • DNA strengbreuken
  • Basepaar mismatch
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

Wat is een spontane hydrolyse?

A

Hydrolyse van een N-glycosylverbinding tussen suiker en base wat leidt tot depurinatie. (depurinatie leidt tot basepaar deletie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

Wat is een deaminatie van basen?

A

Een cytosine wordt omgezet in een uracil. Heeft een verandering in complementariteit tot gevolg. (gebeurt ook niet alleen bij cytosine, gaat om het feit dat de complementariteit verandert)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

Hoe kan ROS zorgen voor een verandering in het DNA?

A

ROS kan binden aan guanine waardoor het 8-oxoguanine wordt, dit bindt niet aan een C maar aan een A, dus wordt het product in plaats van een G een T (complementair). (Transversie)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

Hoe zorgt de stof GPDE (uit sigarettenrook) voor veranderingen in het DNA?

A

BPDE is een adduct dat op de G gaat zitten en zorgt dan dat er in plaats van een C een A in wordt gebouwd.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

Wat veroorzaakt UV in het DNA?

A

Pyrimidine dimeren, intrastrengs.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

Welke 2 soorten excisie reparatie mechanismen zijn er?

A
  • Base excisie reparatie (BER)
  • Nucleotide excisie reparatie (NER)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

Wat doet BER?

A
  • Enzymatisch proces
  • Herstel van kleine adducten (oxidatieve DNA schade, deaminatie van basen, ssDNA breuken)
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

Welke DNA-glycosylase herkent deaminatie?

A

Uracil DNA glycosylase (UNG)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

Welke DNA-glycosylase herkent oxidatieve DNA schade?

A

8-oxoguanine DNA glycosylase (OGG1)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

Hoe werkt BER? (volgorde)

A
  1. DNA schade herkent door specifieke DNA glycosylase, abasische plaats wordt gecreëerd
  2. Endonuclease herkent AP en verwijdert deze
  3. Herstel van DNA door DNA-polymerase en ligase
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

Hoe werkt NER? (volgorde)

A
  1. Herkenning van DNA schade
  2. Openen van omringde DNA
  3. Verwijderen DNA-schade (en aangrenzende gebieden van dezelfde streng)
  4. Herstel: DNA synthese/ligatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

Leg uit hoe niet-homologe DNA eindverbinding werkt stap voor stap.

A

Na DNA mutatie (dubbelstrengs DNA breuk):
1. KU70/80 bindt aan plek van mutatie
2. DNA-PKcs bindt aan KU70/80
3. XRCC4-DNA ligase IV
4. Aankoppeling van beide strengen aan elkaar, vaak met een kleine deletie van DNA tot gevolg
Een defect in niet-homologe DNA eindverbinding kan resulteren in radiosensitiviteit (bijv bij SCID patiënten)

17
Q

Welke 2 verschillende oorzaken van replicatie fouten in DNA zijn er?

A
  1. DNA polymerase proofreading fouten
  2. Translesie synthese
18
Q

Wat doet translesie synthese?

A

Wanneer DNA polymerase een fout maakt tijdens DNA replicatie en helemaal vastloopt wil de cel niet richting apoptose gaan. Dan komt translesie synthese en zal verder gaan met het replicatie-proces alleen dit is een stuk onnauwkeuriger en kan fouten tot gevolg hebben.

19
Q

Welke 3 mechanismen zorgen voor de nauwkeurigheid van DNA replicatie?

A
  1. Base selectie
  2. Proofreading
  3. Mismatch reparatie
20
Q

Leg proofreading uit

A

Een amino groep kan in een imino groep veranderen waardoor de base affiniteit verandert en een andere groep met elkaar complementair wordt in de DNA streng. Dit valt vaak snel weer los omdat de imino groep terug naar amino gaat. DNA polymerase lost dit probleem dan weer op.

21
Q

Welke eiwitten zijn betrokken bij mismatch reparatie?

A
  1. MSH6
  2. MSH2
  3. MLH1
  4. PMS2
    Als 1 van deze niet goed functioneert zal er dus een probleem ontstaan in de mismatch reparatie
22
Q

Op welke manieren is het aantonen van mismatch reparatie defecten mogelijk?

A
  1. Immunohistochemische kleuring
  2. Microsatellite instability assay (MSI)
23
Q

Hoe werkt microsatellite instability assay?

A

Microsatellieten bestaan uit veel dezelfde nucleotiden achter elkaar. Deze worden vaak zonder probleem gerepliceerd, het kan soms fout gaan maar daar heb je de mismatch reparatie maar bij meer instabiliteit is er meer kans op mutaties. Fout is RER (replication error) fenotype. Het defect in de microsatellite zorgt niet voor de tumor maar is een indicator dat de mismatch repair niet foutloos werkt.

24
Q

Wanneer zou er sprake kunnen zijn van Lynch/erfelijk CRC?

A
  1. CRC < 50 jaar
  2. Tweemaal CRC of CRC icm andere Lynch geassocieerde tumor (synchroon/metachroon) bij één patiënt
  3. CRC met MSI < 60 jaar
  4. CRC bij een patiënt met één of meer eerste/tweedegraads familieleden met Lynch syndroom geassocieerde tumor (tenminste eenmaal < 50 jaar)
  5. CRC bij een patiënt met twee of meer eerste/tweedegraads familieleden met een Lynch syndroom geassocieerde tumor
25
Q

Welke tumoren zijn Lynch syndroom geassocieerd?

A
  • Baarmoeder
  • Eierstok
  • Hogere urinewegen
  • Maag
  • Alvleesklier
  • Galwegen
  • Dunne darm
  • Talklieren
  • Hersenen
26
Q

Wat zijn de surveillance adviezen voor Lynch syndroom?

A

Vanaf 25 jarige leeftijd elke 2 jaar colonoscopie.
Voor vrouwen in de leeftijd 40-60 surveillance voor endometrium en ovariumcarcinoom door histologisch onderzoek.

27
Q

Wat doet etoposide?

A

Etoposide remt topoisomerase II waardoor het eiwit-DNA complex bevriest. Hierdoor blijft er een dubbelstrengs DNA breuk over in het DNA met covalente eiwitbindingen aan de uiteinden van de strengen. Testistumoren zijn erg gevoelig voor deze gebroken strengen.

28
Q

Leg het begrip synthetische letaliteit uit

A

2 manieren van een mutatie oplossen waarbij 1 manier door tumorcellen en normale cellen kan en 1 manier alleen door normale cellen. Als je dan de manier van tumorcellen uitschakelt gaan de tumorcellen dood en blijven de normale cellen leven.

29
Q

Wat is de functie PARP1?

A

Maakt reparatie van enkelstrengs breuken efficiënter

30
Q

Wat is het gevolg van replicatie van een enkelstrengs breuk?

A

Na replicatie een éénzijdige dubbelstrengs breuk. Geen herstel mogelijk door NHEJ omdat er geen tweede DNA uiteinde is. Kan alleen opgelost worden door homologe recombinatie.

31
Q

Hoe erft BRCA1 en 2 mutaties over

A

Autosomaal dominant (zorgt vaak voor loss of heterozygosity)

32
Q

Via welke stappen gaat een medicijn tegen kanker naar de praktijk?

A
  1. Experimenten met cellijnen
  2. Dier experimenten
  3. Klinische studies
33
Q

Wat is het nut van verhitting van tumoren tijdens behandeling?

A

De verhitting zorgt ervoor dat de tumorcellen geen homologe recombinatie meer uit kunnen voeren en daardoor zal er celdood optreden.

34
Q

Hoe werkt Sanger sequencing?

A

Inbouw van fluorescente nucleotiden die daarna door een laser gelezen kunnen worden. Nadeel: maar 1 exon van een gen per analyse per patiënt in kaart brengen.

35
Q

Hoe werkt amplicon based sequencing?

A

Adapters op target regions die je gaat sequencen, daarna kan je dan aan de adapters herkennen welke target region je hebt gesequenced (meerdere target regions worden vaak tegelijkertijd gesequenced dus daarom is dit nodig)

36
Q

Hoe werkt hybridized sequencing?

A

DNA in allerlei stukken knippen waaronder je target region en dan weer adapters eraan maken om te herkennen. Target region gaat aan een magneet zitten zodat je alleen die zal gaan sequencen en de rest wordt weggewassen. FRagmenten die je dan over hebt gaan weer nieuwe adapters op en die binden op een flowcell dan volgt er PCR op de flowcell waardoor je clusters van dezelfde fragmenten op de flowcell krijgt.

37
Q

Hoe zijn de DNA molecules van verschillende patiënten in dezelfde test uit elkkaar te houden?

A

Barcodes vastmaken aan het DNA

38
Q

Wat betekent Variant Allel Frequentie?

A

Hoe vaak een variant op een specifieke positie voorkomt ten opzichte van de referentie sequentie. (Afhankelijk van gen en tumorcelpercentage)

39
Q

Wat betekent coverage?

A

Aantal malen dat een base-positie bepaald is. Hoe hoger de coverage hoe “deeper” gesequenced

2A1 (7 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions