week 3 Flashcards
welke 3 reacties kunnen cellen geven op DNA schade?
- aanzetten van DNA herstel-mechanismen
- apoptose
- incorrect schade herstel + geen apoptose –> mutaties gevolgd door transformatie
wat is er verandert bij de chromosomen bij mensen met CML?
een gen in chromosoom 9 (ABL) en chromosoom 22 (BCR) wisselen van plek –> fusiechromosoom BCRABL (philadelphia gen)
wat is het gevolg van het fusiegen BCRABL?
nieuw fusie-eiwit: tyrosine kinase –> neemt ATP en fosforyleert een substraat eiwit –> actief delen
wat doet imatinib?
imatinib werkt tegen het fusie-eiwit, zodat er geen ATP binding in dit fusie-eiwit plaats kan vinden
wat wordt er gedaan als er sprake is van imatinib resistentie?
imatinib wordt verwisseld voor dasatinib of nilotinib
stamceltransplantatie als laatste optie
welke onderdelen zijn in de celdeling te onderscheiden?
G1: celgroei
S: duplicatie van DNA
G2: klaarmaken voor mitose
M: uitverdeling van chromosomen over de dochtercellen
welke onderdelen zijn in de mitose te onderscheiden?
profase: condensatie DNA
prometafase: afbraak celenveloppe
metafase: chromosomen naar midden van de cel (metafase plaat)
anafase: uit elkaar trekken chromosomen naar de polen
telofase: ontwinding van DNA
cytokinese: insnoering cellen tot 2 afzonderlijke cellen
hoe worden de chromosomen uit elkaar getrokken?
door microtubuli die zowel vast zitten aan het chromosoom als aan het centrosoom
welke manieren zijn er om chromosomen te bekijken?
- alle chromosomen aankleuren
- in situ hybridisatie
- chromosoom specifieke probes
wat zijn dicentrische chromosomen?
chromosomen worden in metafase verkeerd uit elkaar getrokken, doordat een chromosoom op een plek aan de verkeerde kant vastzit
hoe ontsaan numerieke chromosoomafwijkingen?
te snel signaalafgifte dat de mitose verder kan, waardoor een chromatide niet vast zit en beide dezelfde kant op worden getrokken (non-disjunctie)
wat is chromothripsis?
bij chromothripsis worden chromosomen in kleine stukjes gebroken en weer aan elkaar gezet
wat is genamplificatie?
een gen wordt vaker gedupliceered in een chromosoom waardoor ze los in de kern gaan liggen
wat zijn manieren om oncogenen te activeren?
- translocatie van genen
- verdubbeling van chromosomen
- genamplificatie
wat zijn manieren om tumor suppressor genen te inactiveren?
- deletie
- verlies van chromosoom
hoe ontstaat er een dicentrisch chromosoom?
de telomeren van chromosomen worden herkend als gebroken DNA molecuul en aan elkaar gezet door NHEJ
wat zijn manieren voor een tumor om telomeren langer te maken
- telomerase aanzetten
- ALT (alternative lengthening)
waarom zijn telomerase remmers niet 100% effectief?
tumoren stappen over van telomerase naar ALT of worden resistent
welke methodes zijn er om chromosomale afwijkingen te detecteren en identificeren?
- klassieke cytogenetica
- moleculaire citogenetica
- Fluorescente in situ hybridisatie (FISH)
- array - moleculaire diagnostiek
- RQ-PCR (bij fusiegenen)
- Q-PCR
- sequencing
hoe worden kweken gemaakt?
- beenmerg of bloed wordt in kweekmedium gebracht
- hier worden eventueel groeifactoren aan toegevoegd
- na 1-2 dagen wordt colcemid toegevoegd –> mitoseblok
- kweek wordt in hypotone oplossing gebracht –> celzwelling
- kweek wordt op een glaasje gelegd –> cellen breken en chromosomen zijn zichtbaar
wanneer spreekt men over een slecht risico bij AML?
- complexe karyotypes
- 2 monosomieën
- 1 monosomie + structurele afwijking
hoe werkt FISH?
- selecteren van DNA probe
- denatureren en fluoriseren
- hybridiseren in situ
- wassen van de probe: alles wat niet gebonden is met fluorescentie spoelt weg
in welke fases van de celcyclus kan FISH toegepast worden?
metafase of interfase
wat zijn de voordelen van FISH?
- snel
- kleine deleties zijn detecteerbaar
wat zijn de nadelen van FISH?
- alleen antwoord op vragen die je stelt
- gelimiteerde sensitiviteit
- niet te veel kleuren tegelijkertijd (alleen rood/groen/blauw)
op welke manieren kan er een translocatie aangetoond worden via FISH?
- colocalisatie van signalen bij een translocatie: in plaats van 4 stipjes zie je er 3
- break-apart probes: geen translocatie = fusiesignaal van kleuren, wel translocatie = losse signalen (3 stipjes ipv 2)
wat is het probleem bij onderzoek naar multipel myeloom?
heel moeizaam chromosomenonderzoek, vanwege laag percentage afwijkende cellen in beenmergaspiraat
afwijkende cellen delen niet of nauwelijks onder labcondities
wat is de oplossing voor onderzoek naar multipel myeloom?
hoger percentage plasmacellen afnemen –> zuivering plasmacellen door rode bloedcel lysis met magnetische nanopartikels
naar welke afwijking kan je niet kijken met SNP array maar wel met FISH?
translocatie
naar welke afwijking kan je niet kijken met FISH maar wel met SNP array?
verlies van heterozygotie
wat is snip-array?
methode om ongebalanceerde afwijkingen op te sporen. er wordt gekeken naar de verhouding van de 2 allelen
welke genen zijn betrokken bij de regulatie van de celcyclus?
- cyclines
- cycline afhankelijke kinases
- cycline afhankelijke kinase remmers
welke cycline is wanneer in de celcyclus actief?
- G1 fase –> cycline D
- overgang G1-S –> cycline E
- S fase –> cycline A
- overgang G2-M –> cycline B
welke cycline afhankelijke kinase (CDK) is in complex met welke cycline actief?
- CDK4 –> cycline D
- CDK2 –> cycline A + cycline E
- CDK1 –> cycline B
welke checkpoints zijn er in de celcyclus?
1: restrictiepunt –> wel/niet delen? specialiseren?
2: G1/S –> is er schade?
3: intra S –> is er schade?
4: G2/M –> is er schade? volledige replicatie?
5: anafase: zijn de chromosomen goed gerangschikt?
wat is het werkingsmechanisme van EGF?
groeisignaal, dit geeft zijn signalen door via RAS –> cycline D level omhoog en activatie van CDK4
wat is het werkingsmechanisme van E2F?
E2F/pRB (inactief) wordt actief door cycline D –> activatie cycline E door E2F (actief) + activatie p16 –> p16 remt cycline D/CDK4
wat gebeurt er in de cel als er DNA schade is opgetreden? (eiwitten)
p53 eiwit niveau omhoog –> p21 gen wordt afgeschreven –> remming cycline E/CDK2 –> geen G1/S arrest
(straling) ATM kinase activatie –> fosforylering CHK2 eiwit –> inactivatie cycline A/CDK2 –> remming DNA synthese in S-fase cellen
wat doen MAD1 en BUB1?
voelen de spanning tussen de centromeren en de polen, zodat de chromosomen niet uit elkaar getrokken worden tot er overal spanning op staat
wat doet RAD50/Nbs1?
eiwitcomplex dat zorgt voor reparatie van dubbelstrengs breuken
RAD50 vormt brug tussen DNA moleculen
RAD50/Nbs activeert ATM kinase –> activatie CHK2 –> inactivatie cycline A en CDK 2 –> remming DNA synthese voor reparatie
waar zit de circadiane klok?
in de suprachiasmatische nucleus (SCN)
wat is het werkingsmechanisme achter de circadiane klok?
Bmal1 en Clock activeren E-box –> activatie cry1 en cry2, en activatie per1 en per2 –> binding zorgt voor negatieve feedback
E-box bindt met Rev-erb(alfa) –> cyclische activatie Bmal1
wat zijn de kenmerken van de centrale klok?
- in neuronen van SCN
- iedere dag gelijk gezet met licht-donker cyclus door licht
wat zijn de kenmerken van de perifere klokken?
- in overige weefsels en cellen
- ongevoelig voor lichtprikkels
- iedere dag gelijk gezet door SCN via humorale factoren of neurale stimuli
- zelfde set klokgenen als SCN
wat zijn de functies van de circadiane klok?
- in staat stellen van de lichaamsfuncties om te anticiperen op de specifieke behoeften op bepaalde momenten van de dag
- tijdstructuur geven aan cellen en organen
- evolutionair geconserveerd
wat zijn de belangen rondom geneeskunde voor het volgen van de circadiane klok?
chronische circadiane desynchronie kan zorgen voor een versnelde tumorinductie
medicatie is niet op elk moment van de dag even effectief
wat is de checklist die gevolgd wordt om te kijken of chronotherapie effectief is?
- vertonen de symptomen van een ziekte significante circadiane variatie?
- is de farmacokinetiek van het geneesmiddel afhankelijk van het tijdstip van toediening?
- vertoont het target orgaan circadiane variatie in de gevoeligheid voor het geneesmiddel?
hoe worden eiwitten geidentificeerd?
eiwit of eiwitmengsel –> trypsine digestie (afbraak bij arginine en lysine) –> analyse met massa spectometrie –> data vergelijking (humane genoom project) –> identificatie
hoe worden eiwit-interacties bekeken?
antilichaam toevoegen dat bindt aan het eiwit waar je geïnteresseerd in bent –> onoplosbaar iets aan andere kant antilichaam –> antilichaam complexen er uit vissen
hoe kan het dat eiwitmodificaties te zien zijn met massa spectometrie?
een peptide met een modificatie krijgt een grotere massa
hoe kan een veranderde metabolietenconcentratie gemeten kunnen worden?
- sample preparation
- massa spectometrie
- identificatie
- herkennen van patroon
- wat is de biomarker?
wat gaat er vooraf aan de translatie?
miRNA wordt op maat geknipt door Drosha (kern) en Dicer (cytoplasma) en wordt enkelstrengs ingebouwd op het RISC-complex
miRNA reguleert de translatie (bij binding geen translatie meer)
hoe werkt siRNA?
wordt ingebracht in het RISC complex, waardoor de translatie afgebroken wordt.
