Brainscape's Knowledge GenomeTM

Browse over 1 million classes created by top students, professors, publishers, and experts.


See full index

2A1 > week 2 > Flashcards

week 2 Flashcards

1
Q

welke puntmutaties onderscheiden we?

A
  • transities: purine –> purine of pyrimidine –> pyrimidine
  • transversies: purine –> pyrimidine vice versa
  • kleine inserties/deleties
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
2
Q

welke chromosomale afwijkingen onderscheiden we?

A
  • translocaties
  • amplificaties
  • deleties
  • numerieke afwijkingen
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
3
Q

welke oorzaken van DNA schade onderscheiden we?

A
  • chemische instabiliteit
  • chemische verbindingen
  • biologische stoffen
  • fysische agentia
  • foutieve replicatie
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
4
Q

wat gebeurt er bij chemische instabiliteit wat tot DNA schade leidt?

A
  1. spontane hydrolyse van de verbinding tussen de suiker en de basegroep leidt tot depurinatie, hierdoor komt basepaar deletie.
  2. deanimatie van basen zorg ervoor dat de cytosine zijn aminogroep verliest en daardoor omgezet wordt in uracil
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
5
Q

welke biologische stoffen zorgen voor DNA schade en hoe gaat dat in zijn werking?

A
  1. endogene stoffen: zuurstofradicalen zorgen voor ROS, waardoor een guanine in een 8-oxoguanine omgezet wordt, wat met een adenosine paart
  2. benzo[a]pyreen wordt metabolisch omgezet tot BPDE, wat chemische adducten veroorzaakt. hierdoor wordt er tegenover guanine adenosine ingebouwd.
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
6
Q

op welke manier zorgen fysische agentia voor DNA schade?

A

UV zorgt voor ofwel een CPD ofwel een 6-4 fotoproduct vorming.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
7
Q

welke soorten DNA beschadigingen onderscheiden we?

A
  • chemische adducten
  • intrastreng crosslinks
  • interstreng crosslinks
  • DNA strengbreuken
  • basepaar mismatch
How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
8
Q

welke stappen volgt de base excisie reparatie, en welke enzymen komen hierbij te pas?

A

1: herkenning DNA schade (DNA glycosylase)
2: excisie DNA schade (AP-endonuclease)
3: herstel (DNA polymerase en ligase)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
9
Q

hoe herkent BER DNA schade?

A

deanimatie: herkend door UNG, die ongewenste uracil verwijdert en een AP-site creëert

oxidatieve DNA schade: herkend door OGG1 (zelfde werkingsmechanisme als UNG)

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
10
Q

wat doet AP-endonuclease?

A

de AP-site wordt weggehaald door een knip in het DNA van de endonuclease

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
11
Q

wat is het werkingsmechanisme van nucleotide excisie reparatie (NER)?

A

1: herkenning DNA schade
2: openen omringende DNA
3: verwijderen DNA schade en aangrenzende gebieden van dezelfde streng
4: herstel: DNA-synthese/ligatie

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
12
Q

wat is transcriptie gekoppeld NER?

A

bij blokkade van RNA polymerase door een mutatie bindt CSB, waardoor het hele transcript naar achteren wordt geduwd. hierna kan NER zijn werk doen.

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
13
Q

welke afwijkingen kunnen ontstaan door een defect in NER?

A

1: xeroderma pigmentosum
2: cockayne syndroom

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
14
Q

wat zijn de klinische symptomen van XP?

A

zongevoeligheid
droge harde huid
pigmentatie afwijkingen
cataract
huidkanker
versnelde neurologische achteruitgang

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
15
Q

wat zijn de klinische symptomen van CS?

A

zongevoeligheid
groeiachterstand
neurologische achteruitgang
netvliesafwijking
versnelde veroudering

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
16
Q

wat is de reden dat er bij CS geen verhoogd risico op kanker is terwijl dit risico bij XP >1000x verhoogd is?

A

het defect zit in transcriptie gekoppeld NER, niet in globaal genoom NER

How well did you know this?
1
Not at all
2
3
4
5
Perfectly
17
Q

wat is niet homologe DNA eindverbinding (NHEJ)?

A

door schade dsDNA breuk –> herkenning fout door KU70/KU80 –> signalen doorgegeven aan DNA-PKcs en XRCC4-DNA ligase IV

compleet DNA, maar met kleine deletie

18
Q

waartoe kan een defect in NHEJ leiden?

A

radiosensitiviteit, genomische instabiliteit binnen een homoloog chromosoom of tussen verschillende chromosomen

19
Q

waarom wordt niet altijd homologe recombinatie gebruikt maar ook niet-homologe DNA eindverbinding?

A

endogene processen zoals het maken van antilichamen door B-cellen is ook door dubbelstrengs breuken. door homologe recombinatie zou er geen grote variabiliteit kunnen zijn tussen verschillende antilichamen.

20
Q

wat is homologe recombinatie?

A

exonuclease verwijdert paar nucleotiden –> base pairing tussen gebroken en identieke intacte zusterchromatide

21
Q

wat is RAD51?

A

belangrijk eiwit: vormen een filament op enkelstrengs staart bij HR, wat basepairing bevordert. wordt beinvloed door BRCA1 en BRCA2

22
Q

waar kunnen fouten bij HR toe leiden?

A

genomische instabiliteit, hierdoor heterozygositeit

23
Q

door welke mechanismen wordt de nauwkeurigheid van DNA replicatie gewaarborgd?

A
  1. base selectie
  2. proofreading
  3. mismatch reparatie
24
Q

welke eiwitten werken samen om een mismatch te herkennen?

A

PMS2, MLH1, MSH2, MSH6

25
Q

op welke 2 manieren is het aantonen van mismatch reparatiedefect mogelijk?

A
  1. immunohistochemische kleuring
  2. microsatellite instability assay
26
Q

wat is het mechanisme achter microsatellite instability assay?

A

microsatellieten bestaan uit korte repeterende sequenties, meestal di-, tri- of tetranucleotide repeats.

defecte mismatchreparatie leidt tot microsatellite instabiliteit

27
Q

wat zijn de richtlijnen voor het onderzoeken op lynch syndroom?

A
  • CRC <50 jaar
  • tweemaal CRC OF CRC i.c.m. andere lynch geassocieerde tumor bij 1 patiënt
  • CRC bij een patiënt met 1 of meer eerste/tweedegraads familieleden met lynch syndroom geassocieerde tumor (min. 1 <50 jaar)
  • CRC bij een patiënt met 2 of meer eerste/tweedegraads familieleden met lynch syndroom geassocieerde tumor
28
Q

wat zijn de risico’s van lynch syndroom in verband met tumoren?

A
  • lifetime risico CRC: tot 70%
  • lifetime risico op endometriumcarcinoom: tot 55%
  • andere geassocieerde tumoren: 1-15%
29
Q

wat zijn de karakteristieken van CRC bij mensen met lynch syndroom?

A
  • vaak <50 jaar
  • tumoren meestal rechtszijdig gelokaliseerd
  • in 25% meer dan 1 tumor bij diagnose
30
Q

welke surveillance adviezen worden er gegeven bij een patiënt met lynch syndroom?

A

vanaf 25 jaar 1x per 2 jaar colonscopie

jaarlijks transvaginale echoscopie met afname endometrium sample bij vrouwen 40-60 jaar

31
Q

wat is het beleid bij lynch geassocieerde CRC?

A

totale colectomie met ileorectale anastomose (IRA)

partiële colectomie bij patiënten >60 jaar

32
Q

wat zijn de preventieve overwegingen die besproken moeten worden met patiënten met lynch?

A

preventieve chirurgie voor endometrium en ovariumcarcinoom

33
Q

wat is het mechanisme achter de stof etoposide?

A

remt topoisomerase II –> tijdelijke opening in dubbele helix sluit niet meer –> cel in apoptose

34
Q

hoe kunnen tumoren in BRCA mutatie dragers geremd worden, zonder dat normale cellen geremd worden?

A

PARP remmen –> hierdoor werkt NHEJ niet meer –> efficiëntie van breukherstel omlaag –> afsterven BRCA-dëficiente cel, omdat hij niet over kan gaan op HR

35
Q

behalve door NHEJ of HR, hoe kunnen dubbelstrengs breuken nog meer gerepareerd worden?

A

TMEJ: reparatie van uiteinden met een beetje HR, dat afhankelijk is van polymerase theta (POLQ)

36
Q

hoe werkt hyperthermie als anti-tumor therapie?

A

vergrootte effectiviteit van radiotherapie: geen ophoping van RAD51, vanwege hoge gevoeligheid van BRCA2 voor hoge temperatuur –> BRCA2 deficiëntie bij hoge temperatuur

37
Q

op welke manieren wordt next generation sequencing toegepast in de oncologie?

A
  • differentiaal diagnostiek
  • therapiekeuze
  • clonaliteitsanalyse
  • oncogenetica (erfelijke tumorsyndromen)
  • weefselidentificatie
38
Q

hoe werkt next-generation sequencing?

A

maken van fragmenten via targeting sequencing –> toevoegen adaptoren –> laten lopen over flowcel –> binding aan primer op flowcel –> PCR reactie –> sequencing van klusters met fluorescentie

39
Q

op welke 2 manieren kunnen de kopieën gemaakt worden die voor next-generation sequencing nodig zijn?

A
  • amplicon enrichment
  • hybridization enrichment
40
Q

wat is de VAF?

A

variant-allel frequentie: tumorcel percentage + wat voor soort type gen de mutatie bevat

41
Q

wat is de coverage (NGS)?

A

het aantal keer dat een base-positie bepaald is

2A1 (6 decks)

Brainscape helps you reach your goals faster, through stronger study habits.
© 2024 Bold Learning Solutions. Terms and Conditions