VL 5 - Alternatives Splicing Flashcards
Was sind Mechanismen, die Proteinvielfalt in Metazoen erhöhen?
- somatische DNA-Umordnung
- Verwendung mehrerer Transkriptions-Startseiten
- alternative Polyadenylierung
- post-translationale Protein-Modifikationen
- Prä-mRNA-Edierung
- alternatives prä-mRNA-Spleißen
Zeichne einen Typ alternativen Spleißens!
ZEICHNEN (einen at random)
Wie wird beeinflusst, welche alternative Spleißform benutzt wird?
- durch Proteine ⇒ binden 5’ und 3’ Splice-Sites ⇒ blockt Spleißosom (hnRNPs)
- “schlechte” Splice-sites über (SR-)Proteine verbessern ⇒ helfen snRNPs zu rekrutieren
- RNA Chaperone helfen RNA so zu falten das (vorher unzugängliche) Splicesites zugänglich sind
Inwiefern wird Spleißen durch die RNA Polymerase beeinflusst?
- durch Geschwindigkeit der RNA-Polymerase beeinflusst
- Exons, die von der RNA-Polymerase zu schnell durchgelesen werden, werden übersprungen
- Histon-Code bestimmt Transkriptionsgeschwindigkeit ⇒ die Rate von alternativem Spleißen
Wie nimmt die Art der Chromatin-/Histonmodifikation Einfluss aufs Spleißen?
- Modifikation durch Protein erkannt ⇒ rekrutiert Splicefaktoren ans Chromatin
- Bsp.: MRG15 erkennt 3xMethylierung ⇒ rekrutiert splice Repressor (PTB)
Wozu führt RNA Edierung?
- Codon Veränderungen
- Erschaffung/Entfernen von Splice-Sites
- Erweiterte Codon Erkennung von tRNAs
- Unterstützung von RNA-Stabilität und Translation
Welche Typen der RNA Edierung gibt es?
- Insertional: Extra Us
- Deletional: Entfernen von Us
- Conversional: C⇒U, U⇒C, A⇒I
Was ist A nach I Edierung?
- Desaminierung von Adenosin zu Inosin (verhält sich wie G) durch ADAR
- vor dem Spleißen, ADARs gehen auf dsRNA
Wo findet der Großteil der A zu I Edierung statt und wozu?
• in mRNAs mit Funktionen im Zentralen Nervensystem
• Glutamatrezeptor (100% Edierung) • ohne Edierung: dauerhaft offen ⇒ permanenter Ca2+ Einstrom ⇒ Signal für Zelltod ⇒ Muskeln können nicht mehr gesteuert werden ⇒ ALS
• Serotoninrezeptor: macht Signaltransduktionskaskade über cAMP
⇒ Überedierung oft in Suicid-Opfern nachweisbar
Welches Enzym macht C nach U Edierung?
Wozu?
- Desaminierung durch Apobec
- Zielsequenz: “mooring” sequence
- Edierung von apoB mRNA führt zu stop Codon
- bei Virenabwehr: Zerstört Virengenom (durch Edierung) bei HIV ⇒ wandelt auf DNA-Ebene C zu U um ⇒ Abbau durch Zelle oder resultierende RNA nicht funktional
Was ist unkonditionelles alternatives Spleißen?
Was ist konditionelles alternatives Spleißen?
- Unkonditionell: 2+ Transkriptvarianten in allen Geweben, die das Gen exprimieren
- Konditionell: Alternatives Transkript spezifisch für Gewebetyp, Entwicklungsstadium, Physiologischem Zustand
Welche Typen der RNA Modifikation/Prozessierung gibt es?
- 5’ Modifikation ⇒ capping in mRNA und snRNA
- 3’ End Modifikation ⇒ Polyadenylierung der mRNA
- Endonuklease-Spaltung ⇒ rRNA und mRNA (vorher Polyadenylierung)
- Exonuklease Trimmen - Alle RNAs
• Basen-Modifikationen -
tRNA / mRNA: Pseudo-U’s
snRNA / mRNA: Methylierungen
mRNA: Edierung
• RNA-Spleißen - mRNA, rRNA und tRNA
Was unterscheidet den Menschen in Hinsicht aufs Spleißen von anderen Organismen?
• Beim Menschen ist alternatives Spleißen im Verhältnis zu allen anderen Organismen erhöht.
Wovon hängt alternatives Spleißen allgemein ab?
- Geschwindigkeit der RNA-Polymerase
- epigenetischen Veränderungen
• Gleichgewicht zwischen
negativen und positiven Spleißfaktoren
Was ist RNA Edierung?
- Site-spezifische Basenänderungen (Desaminierung)
* 2 Haupttypen: A-zu-I; C-zu-U
