Vecka 1 - Genen (26.08.14)

Question 0

Hur skiljer sig Deoxiribos från Ribos som finns i RNA?

Answer 0

Deoxiribos är reducerat. (En syremolekyl saknas i ribos.)

Question 1

Vilket socker finns i DNA?

Answer 1

Deoxiribos

Question 2

Hurudana bindningar finns mellan baserna i DNA-dubbelhelixen?

Answer 2

Vätebindningar.

Question 3

Vad är grunden till basparningsprincipen?

Answer 3

Antalet möjliga vätebindningar mellan baserna.
Puriner Pyrimidiner
Adenin - Tymin
Guanin - Cytosin

Question 4

Vilka två baser är puriner?

Answer 4

1. Adenin
2. Guanin

Question 5

Vilka två baser är pyrimidiner?

Answer 5

1. Tymin
2. Cytosin

Question 6

Hur många nukleotider går det på ett varv i DNA-dubbelhelixen?

Answer 6

10.4

Question 7

Varför är det möjligt för DNA-bindande proteiner att “läsa av” nukleotiderna i DNA-dubbelhelixen?

Answer 7

Strukturen är öppen.

Question 8

Vad heter proteinerna som DNA-helixen är lindad kring?

Answer 8

Histoner

Question 9

Vad kallas den struktur som en Histon och DNA-helix tillsammans bygger upp?

Answer 9

Nukleosom.

Question 10

Mellan Nukleosomerna finns s.k. linker DNA och det hela liknar lite “beads-on-a-string”. Vad kallas den struktur som en grupp Nukleosomer och associerade proteiner bygger upp?

Answer 10

Kromatin

Question 11

Med hurudana bindningar är DNA:t bundet till Histonerna?

Answer 11

Vätebindningar

Question 12

Med tanke på att DNA:t är bundet till Histonerna med hjälp av vätebindningar kan man tänka sig att bindningarna är lätt reversibla. På väldigt grundläggande nivå, vad är det som gör att kromatinstrukturen förändras?

Answer 12

Kovalent modifikation av histoners “svansar”.

Question 13

Hur många kromosomer har människan?

Answer 13

46

Question 14

Ungefär hur många gener har vi?

Answer 14

25000

Question 15

Ungefär hur många procent av hela genomet består av exoner (dvs. proteinkodande delar)?

Answer 15

1,5%

Question 16

Hur många nukleotider har vi ungefär i hela genomet?

Answer 16

3 · 10⁹

Question 17

Hur är kromatinet organiserat i cellkärnan vid interfas?

(2 saker)

Answer 17

1. Utspritt
2. Men INTE slumpmässigt

Question 18

I cellens interfas, när cellen inte håller på att dela sig, är kromosomerna endast “lätt” packade. De är utstäckta och utspridda i cellens kärna. Dock är de inte lokaliserade på ett slumpvist sätt. Hur kan man generellt säga att geners lokalisation i cellkärnan förändras i interfasen? (2 saker)

Answer 18

1. Gener som är aktiva rör sig ofta mot “aktiva områden”, mer mot cellens mitt.
2. Gener som är inaktiva finns ofta ut mot cellens kanter.

Question 19

Vad är det som bygger upp kromatin?

Answer 19

Nukleosomer + associerade proteiner

Question 20

DNA är orgnaiserat i kromatin, som är en väldigt dynamisk struktur. Det är olika packat beroende på gener som aktiveras, stängs av, mitos osv. Generellt, vad är det som gör att packningsgraden hos kromatinet förändras?

Answer 20

1) Proteinkomplex som binder till DNA
2) Proteinkomplex som binder till histoner

3) Kemiska modifieringar av histoner

Question 21

Ett tätt packat område av kromatin kallas för…

Answer 21

heterokromatin.

Question 22

Det finns två särskilda områden i kromosomerna som består av heterokromatin. Vilka?

Answer 22

1. Telomererna i ändorna av kromosomen
2. Centromeren i mitten kromosomen

Question 23

Ett område av kromatin som är lättpackat kallas för..

Answer 23

eukromatin.

Question 24

Definiera en gen!

Answer 24

En gen är en DNA-sekvens som utgör en informationsenhet som översätts till RNA (och eventuellt vidare till protein).

Question 25

En gens första och sista exon skiljer sig från övriga exon. Hur?

Answer 25

De innehåller UTR - untranslated regions.
5’´-UTR och 3’-UTR

Question 26

Definiera Epigenetik!

Answer 26

Sådan cellulär information (utöver själva DNA-sekvensen) som kan ärvas från modercell till dottercell och som påverkar genuttryck

Question 27

Kom ihåg att Epigenetik är intimt förknippad med kromatinstruktur. Dvs. att Epigenetik (cellulär information UTÖVER själva DNA-sekvensen som nedärvs) ofta likställs med kromatinstruktur, kromatinstrukturen är det som är själva informationen som nedärvs.

Ge exempel på 3 kromatinmodifieringar!

Answer 27

1. Metylering av Cytosin i DNA
2. Acetylering av histoner
3. Metylering av histoner

Question 28

Vad är konsekvensen av att kromatinstrukturen förändras som följd av kromatinmodifieringar?

Answer 28

Att tillgängligheten hos olika DNA-sekvenser förändras. Således förändras möjligheten för TF att binda till dessa områden.

Question 29

Sådan cellulär information (utöver själva DNA-sekvensen) som kan ärvas från modercell till dottercell och som påverkar genuttryck

Answer 29

Definiera Epigenetik!

Question 30

CpG islands kan modifieras kovalent, hur?

Answer 30

Metylering av Cytosin i CpG islands.

Question 31

Vad leder Metylering av Cytosin i CpG islands till?

Answer 31

Stängd kromatinstruktur och således en transkriptionell repression av närliggande gen.

Question 32

Vad kallas de enzymer som metylerar DNA-sekvenser?

Answer 32

DNA metyl-transferaser

Question 33

Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en öppen kromatinstruktur och aktivering av gener.

Answer 33

En acetylering av histon…

Question 34

Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en stängd kromatinstruktur och avstängning av gener.

Answer 34

Metylering av histon…

Question 35

Enzym som acetylerar histoner (och transkriptionsfaktorer):

Answer 35

HAT (Histon acetyl transferas)

Question 36

En acetylering av histon…

Answer 36

Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en öppen kromatinstruktur och aktivering av gener.

Question 37

Metylering av histon…

Answer 37

Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en stängd kromatinstruktur och avstängning av gener.

Question 38

Enzym som deacetylerar histon:

Answer 38

HDAC (Histon deacetylas)

Question 39

Enzym som metylerar histon:

Answer 39

HMT (Histon metyl transferas)

Question 40

Enzym som tar bort metylering på histon

Answer 40

Histon demetylas

Question 42

HDAC (Histon deacetylas)

Answer 42

Enzym som deacetylerar histon:

Question 43

HMT (Histon metyl transferas)

Answer 43

Enzym som metylerar histon:

Question 44

Histon demetylas

Answer 44

Enzym som tar bort metylering på histon