Vecka 1 - Genen (26.08.14) Flashcards
Hur skiljer sig Deoxiribos från Ribos som finns i RNA?
Deoxiribos är reducerat. (En syremolekyl saknas i ribos.)
Vilket socker finns i DNA?
Deoxiribos
Hurudana bindningar finns mellan baserna i DNA-dubbelhelixen?
Vätebindningar.
Vad är grunden till basparningsprincipen?
Antalet möjliga vätebindningar mellan baserna.
Puriner Pyrimidiner
Adenin - Tymin
Guanin - Cytosin
Vilka två baser är puriner?
- Adenin
- Guanin
Vilka två baser är pyrimidiner?
- Tymin
- Cytosin
Hur många nukleotider går det på ett varv i DNA-dubbelhelixen?
10.4
Varför är det möjligt för DNA-bindande proteiner att “läsa av” nukleotiderna i DNA-dubbelhelixen?
Strukturen är öppen.
Vad heter proteinerna som DNA-helixen är lindad kring?
Histoner
Vad kallas den struktur som en Histon och DNA-helix tillsammans bygger upp?
Nukleosom.
Mellan Nukleosomerna finns s.k. linker DNA och det hela liknar lite “beads-on-a-string”. Vad kallas den struktur som en grupp Nukleosomer och associerade proteiner bygger upp?
Kromatin
Med hurudana bindningar är DNA:t bundet till Histonerna?
Vätebindningar
Med tanke på att DNA:t är bundet till Histonerna med hjälp av vätebindningar kan man tänka sig att bindningarna är lätt reversibla. På väldigt grundläggande nivå, vad är det som gör att kromatinstrukturen förändras?
Kovalent modifikation av histoners “svansar”.
Hur många kromosomer har människan?
46
Ungefär hur många gener har vi?
25000
Ungefär hur många procent av hela genomet består av exoner (dvs. proteinkodande delar)?
1,5%
Hur många nukleotider har vi ungefär i hela genomet?
3 · 109
Hur är kromatinet organiserat i cellkärnan vid interfas?
(2 saker)
- Utspritt
- Men INTE slumpmässigt
I cellens interfas, när cellen inte håller på att dela sig, är kromosomerna endast “lätt” packade. De är utstäckta och utspridda i cellens kärna. Dock är de inte lokaliserade på ett slumpvist sätt. Hur kan man generellt säga att geners lokalisation i cellkärnan förändras i interfasen? (2 saker)
- Gener som är aktiva rör sig ofta mot “aktiva områden”, mer mot cellens mitt.
- Gener som är inaktiva finns ofta ut mot cellens kanter.
Vad är det som bygger upp kromatin?
Nukleosomer + associerade proteiner
DNA är orgnaiserat i kromatin, som är en väldigt dynamisk struktur. Det är olika packat beroende på gener som aktiveras, stängs av, mitos osv. Generellt, vad är det som gör att packningsgraden hos kromatinet förändras?
1) Proteinkomplex som binder till DNA
2) Proteinkomplex som binder till histoner
3) Kemiska modifieringar av histoner
Ett tätt packat område av kromatin kallas för…
heterokromatin.
Det finns två särskilda områden i kromosomerna som består av heterokromatin. Vilka?
- Telomererna i ändorna av kromosomen
- Centromeren i mitten kromosomen
Ett område av kromatin som är lättpackat kallas för..
eukromatin.
Definiera en gen!
En gen är en DNA-sekvens som utgör en informationsenhet som översätts till RNA (och eventuellt vidare till protein).
En gens första och sista exon skiljer sig från övriga exon. Hur?
De innehåller UTR - untranslated regions.
5’´-UTR och 3’-UTR
Definiera Epigenetik!
Sådan cellulär information (utöver själva DNA-sekvensen) som kan ärvas från modercell till dottercell och som påverkar genuttryck
Kom ihåg att Epigenetik är intimt förknippad med kromatinstruktur. Dvs. att Epigenetik (cellulär information UTÖVER själva DNA-sekvensen som nedärvs) ofta likställs med kromatinstruktur, kromatinstrukturen är det som är själva informationen som nedärvs.
Ge exempel på 3 kromatinmodifieringar!
- Metylering av Cytosin i DNA
- Acetylering av histoner
- Metylering av histoner
Vad är konsekvensen av att kromatinstrukturen förändras som följd av kromatinmodifieringar?
Att tillgängligheten hos olika DNA-sekvenser förändras. Således förändras möjligheten för TF att binda till dessa områden.
Sådan cellulär information (utöver själva DNA-sekvensen) som kan ärvas från modercell till dottercell och som påverkar genuttryck
Definiera Epigenetik!
CpG islands kan modifieras kovalent, hur?
Metylering av Cytosin i CpG islands.
Vad leder Metylering av Cytosin i CpG islands till?
Stängd kromatinstruktur och således en transkriptionell repression av närliggande gen.
Vad kallas de enzymer som metylerar DNA-sekvenser?
DNA metyl-transferaser
Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en öppen kromatinstruktur och aktivering av gener.
En acetylering av histon…
Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en stängd kromatinstruktur och avstängning av gener.
Metylering av histon…
Enzym som acetylerar histoner (och transkriptionsfaktorer):
HAT (Histon acetyl transferas)
En acetylering av histon…
Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en öppen kromatinstruktur och aktivering av gener.
Metylering av histon…
Denna typens kovalenta modifikation av en histon leder oftast till en stängd kromatinstruktur och avstängning av gener.
Enzym som deacetylerar histon:
HDAC (Histon deacetylas)
Enzym som metylerar histon:
HMT (Histon metyl transferas)
Enzym som tar bort metylering på histon
Histon demetylas
HDAC (Histon deacetylas)
Enzym som deacetylerar histon:
HMT (Histon metyl transferas)
Enzym som metylerar histon:
Histon demetylas
Enzym som tar bort metylering på histon
