Vecka 1+5 - Transkription och transkriptionell genreglering (27.08.14 och 24.09.14) Flashcards
Hos RNA är sockret inte detsamma som hos DNA. Vilket socker är det frågan om i RNA?
Ribos.
I RNA finns en bas som är unik för RNA. Vilket är det? Vilken bas basparar den sig med komplementärt?
- Basen är Uracil
- Den basparar med Tymin
I eukaryota celler finns tre olika polymeraser. mRNA syntetiseras av…
RNA polymeras II
I eukaryota celler finns tre olika RNA polymeraser. rRNA syntetiseras av..
RNA polymeras I
I eukaryota celler finns tre olika RNA polymeraser. tRNA syntetiseras av…
RNA polymeras III
Vad är en promotor?
En regulatorisk sekvens/region av DNA som visar var RNA polymeras II skall initiera transkriptionen.
Vilka tre “typer” av promotorer finns?
- TATA-box
- Initiator
- CpG-islands
Vad är en TATA-box? Vad är dess syfte? Var ligger den i förhållande till transkriptionens startpunkt?
- TATA-boxen är en evolutionärt sett välkonserverad promotorregion bestående av sekvensen TATAA (ungefär). Den bestämmer var transkriptionen skall starta och i vilken riktning.
- Ligger -25nt 5’ från transkriptionell start.
- Första GENERELLA transkriptionsfaktorn att binda till DNA
- Binder till TATA-boxen
- Böjer DNA
TFIID med sitt TBP.
(Transcription Factor IID, TATA-Binding Protein)
När TFIID bundit in till DNA-sekvensen rekryteras flertalet transkriptionsfaktorer till platsen i följande ordning:
- TFIIB
- TFIIF
- TFIIE som skapar docking site för:
den sista transkriptionsfaktorn att binda till DNA.
Vad heter det?
Den har 2 enzymatiska funktioner, vilka?
- TFIIH
- Har helikas- och ATP-as -aktivitet
TFIID med sitt TBP. (Vad är? Vad gör? 3 saker)
(Transcription Factor IID, TATA-Binding Protein)
- Första GENERELLA transkriptionsfaktorn att binda till DNA
- Binder till TATA-boxen
- Böjer DNA
Det är känt att TFIIH har både ATP-as och Helikasaktivitet. Vad är det som TFIIH fosforylerar?
CTD svansen på RNA polymeras II.
Vad är det som ingår i ett “preinitieringskomplex?” (3 saker)(Transkription)
- TBP
- Generella TF
- RNApol II
Det är känt att TFIIH har både ATP-as och Helikasaktivitet. Helikasaktiviteten öppnar upp DNA-dubbelsträngen och ATP-as aktiviteten leder till fosforylering av CTD. Vad leder fosforyleringen av CTD till? (2 saker)
- Start av transkription
- Rekrytering av Capping enzymes.
I vilken riktning avläser RNApol II DNA-template strängen?
3’ till 5’ riktningen
Vilken ända av det mRNA som syntetiseras spottas ut först?
5’ ändan
Vad är råmaterialet till mRNA strängen?
Ribonukleosid trifosfater.
Varifrån kommer energin som driver polymeriseringen av mRNA strängen?
Från Ribonukleosidtrifosfaterna som används som råmaterial till mRNA syntesen. (2Pi spjälks bort)
Vad är en generell transkriptionsfaktor?
Ett sådant protein som behövs för de flesta, om inte alla geners transkription. Exv. TFIID
Vad är en specifik transkriptionsfaktor?
Ett sådant protein som specifikt reglerar en gen, dvs. inte alla.
För en enskild gen gäller att den kan regleras av olika kombinationer av flertalet specifika transkriptionsfaktorer.
Vad är en transkriptionsfaktor (generellt)?
Ett protein som har en DNA bindande del och en funktionell del. TF binder in till olika regulatoriska DNA-sekvenser.
Vad har de generella transkriptionsfaktorerna för funktion?
Att guida RNApol II till promotorn och öppna DNA-strängen.
Hur många transkriptionsfaktor-gener finns det?
2000
Hur indelas transkriptionsfaktorerna? (2 exempel)
I familjer baserat på homologi i den DNA-bindande domänen.
- Zinc-fingers
- Leucine-zippers
Specifika transkriptionsfaktorer kan delas in i två huvudgrupper baserat på hur de påverkar transkriptionen av gener, vilka?
- Aktivatorer
- Repressorer
Vad är en Enhancer?
Ett regulatoriskt DNA element som kan binda in specifika transkriptionsfaktorer. STIMULERAR transkription av “sin” gen.
Hur stor är Enhancer-element?
50-200bp
Var ligger Enhancers i förhållande till transkriptionsstart?
De kan ligga flera KB ifrån transkriptionsstart, antingen uppströms eller nedströms.
För att transkriptionsfaktorer från första början skall kunna binda in till sina respektive DNA-element måste kromatinstrukturen luckras upp. Vad är det allra första som rekryteras och luckrar upp stängt heterokromatin temporärt?
Ett kromatinremodelleringskomplex luckrar upp heterokromatin temporärt.
Vad är det som stabiliserar det temporärt uppluckrade kromatinet?
Histonacetylering
Vad kallas det DNA-element som ett co-activator complex binder till?
UAS (Upstream activating sequence) Som namnet antyder ligger detta element upströms från TATA-boxen.
Co-activator complex rekryteras till sådana områden där kromatin luckrats upp av chromatin remodelling complex, och binder där till UAS. Co-activator complex har förmåga att hyperacetylera histonsvansar. Vad har detta för funktion? (2 saker)
- Hyperacetyleringen av histonetails får till stånd att kromatinets uppluckrade form stabiliseras.
- Hyperacetylerade histonsvansar utgör bindningsställen för proteiner, exv. transkriptionsfaktorer såsom TFIID.
Vad kallas det DNA-element som ett co-repressor komplex kan binda till?
URS1 (Upstream control element), som är en typ av silencer. Ligger som namnet avslöjar uppströms från TATA boxen.
Repressor-directed histone deacetylation sker med hjälp av co-repressor complex. Vad är resultatet av komplexets verksamhet?
Deacetylering av Histonsvansar och således en övergång till mer packat kromatin.
I reader-writer metylering, vilket enzym är det som identifierar och binder till en metylerad histonsvans och därefter rekryterar HMT?
HP1
Vad är det för enzym som HP1 rekryterar i reader-writer metylering?
HMT (Histon Metyl Transferas)
Vad har HMT för funktion i reader-writermetylering?
Det har förmåga att metylera “nästa” histon i ordningen. (Den rekryteras till en metylerad histonsvans av HP1).
I och med att HMT metylerar “nästa” histon i ordningen kan en ny HP1 binda in och rekrytera ytterligare HMT, som därefter metylerar nästa histon osv. osv. Vad är det som gör att denna reader-writer metylering inte sprider sig i all oändlighet?
En Insulator har förmåga att blockera framfarten av kromatinmodifieringar.
Vad är en insulator?
En typ av “barriärprotein” som kan binda till kromatin.
Vad har insulatorer/barriärproteiner för funktion?
Det är en balans mellan aktivatorer och repressorer som sist och slutligen avgör om transkription “förstärks” eller inhiberas. Beskriv kort 3 sätt som detta kan ske.
En mängd specifika transkriptionsfaktorer (aktivatorer och repressorer) som samtidigt bundit till en gens kontrollelement kan med sina activation domains binda till en mediator. Vad har mediatorn för funktion?
Mediatorn “sammanställer” informationen från alla aktivatorer och repressorer och bildar en slags brygga som har möjlighet att stimulera eller hämmta bildningen av pre-initation complex.
